genome.fa.s223.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168048.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_3, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33276047

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2083757--2083871	25	4.6	25	78	5	117	38	8	32	20	1.83
2083757--2083873	49	2.4	50	79	4	139	39	8	31	20	1.83
2084172--2084327	52	3.0	52	86	2	217	40	9	24	25	1.85
2084898--2084953	24	2.3	24	90	3	85	37	8	32	21	1.84
2084858--2084972	25	4.6	25	78	5	117	38	8	32	20	1.83
2084858--2084974	49	2.4	50	79	4	139	39	8	31	20	1.83
2085273--2085428	52	3.0	52	86	2	217	40	9	24	25	1.85
2085968--2085999	16	1.9	17	93	6	57	31	9	0	59	1.29
2088155--2088186	16	2.0	16	93	0	55	31	0	15	53	1.43
2088685--2088738	25	2.2	25	83	6	65	38	1	5	53	1.35
2089323--2089624	22	13.8	22	71	6	132	47	6	10	35	1.65
2089458--2089626	66	2.6	66	75	9	157	47	5	10	36	1.61
2089519--2089874	44	8.2	44	70	14	143	47	4	9	38	1.57
2089674--2089881	22	9.5	22	73	7	113	47	4	10	38	1.57
2089713--2089873	43	3.7	44	80	4	157	47	4	8	39	1.56
2089586--2089921	65	5.2	64	72	8	207	47	4	9	38	1.56
2089753--2089820	14	4.8	15	69	26	51	47	4	8	39	1.55
2089701--2089989	87	3.3	87	74	4	219	48	4	9	37	1.55
2090117--2090281	3	49.7	3	74	17	59	27	4	2	66	1.23
2090114--2090293	21	8.0	22	67	24	69	27	4	2	65	1.23
2090109--2090284	15	11.6	14	70	21	74	27	3	2	65	1.24
2090109--2090269	4	42.2	4	72	17	80	27	3	3	65	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2091211--2091269	5	11.8	5	74	25	54	15	1	0	83	0.74
2091216--2091274	13	4.4	13	85	12	75	15	3	0	81	0.82
2091210--2091270	32	1.9	31	96	3	113	14	3	0	81	0.80
2091280--2091443	57	2.8	58	86	6	217	45	6	11	36	1.67
2091431--2091457	14	1.9	14	100	0	54	37	11	7	44	1.68
2091370--2091516	72	2.0	72	90	6	233	42	8	10	37	1.71
2091316--2091571	132	2.0	128	88	6	381	42	7	11	38	1.70
2091445--2091575	56	2.3	58	87	7	196	41	6	11	39	1.68
2094776--2094806	15	2.1	15	93	0	53	19	29	6	45	1.75
2102026--2102074	9	5.0	10	85	14	75	81	0	8	10	0.87
2102028--2102090	11	6.0	11	80	15	71	77	0	11	11	0.99
2102028--2102090	20	3.0	20	88	6	90	77	0	11	11	0.99
2103106--2103452	42	8.4	42	86	3	472	25	14	20	39	1.91
2103106--2103452	82	4.2	83	87	2	468	25	14	20	39	1.91
2103125--2103452	124	2.6	124	94	0	559	25	13	20	40	1.89
2103634--2103663	13	2.3	13	94	0	51	16	0	0	83	0.65
2104267--2104368	7	14.6	7	71	19	63	26	0	2	69	1.09
2104267--2104316	4	13.8	4	87	8	56	28	2	0	70	0.99
2104267--2104368	19	5.4	19	72	18	79	26	0	2	69	1.09
2104342--2104398	5	10.8	5	85	14	55	21	1	0	77	0.86
2104347--2104398	13	3.6	14	76	10	52	21	1	0	76	0.87
2104340--2104403	19	3.4	19	75	12	69	20	3	0	76	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2104407--2104633	59	3.9	59	89	4	327	44	6	11	37	1.68
2104409--2104633	118	1.9	116	92	3	380	44	6	11	37	1.67
2105152--2105234	22	3.8	22	76	6	78	46	4	8	39	1.55
2105295--2105437	22	6.5	22	70	9	67	46	10	5	37	1.62
2105275--2105418	66	2.2	66	81	7	159	47	11	4	36	1.61
2105451--2105520	22	3.2	21	69	15	54	58	4	5	31	1.41
2105522--2105561	19	2.1	19	86	9	55	42	2	15	40	1.60
2105512--2105629	41	2.8	42	77	9	132	44	4	11	38	1.61
2105579--2105633	11	5.0	11	76	10	51	43	1	10	43	1.50
2105513--2105629	22	5.5	22	78	13	109	44	4	11	39	1.61
2105641--2105727	22	4.1	20	73	10	59	45	12	4	36	1.63
2105641--2105747	43	2.5	43	83	7	128	45	12	4	37	1.62
2105652--2105752	22	4.7	20	75	19	87	46	11	4	36	1.62
2105780--2105823	22	2.0	22	95	0	79	47	4	13	34	1.63
2106111--2106184	22	3.4	22	86	0	103	48	4	10	36	1.57
2106491--2106542	22	2.3	22	83	6	59	55	3	3	36	1.36
2106503--2106547	22	2.0	22	87	8	65	53	2	4	40	1.33
2106597--2106666	22	3.1	22	82	8	86	51	5	4	38	1.45
2106578--2106666	46	1.9	46	81	4	108	51	5	5	37	1.49
2106775--2106826	22	2.4	21	81	12	61	44	3	13	38	1.62
2106780--2106885	52	2.0	52	82	7	126	46	3	9	40	1.54
2106836--2106878	22	2.0	22	90	0	68	46	0	9	44	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2106853--2106970	44	2.7	44	74	9	96	50	9	5	33	1.59
2106867--2106943	22	3.5	22	78	3	84	50	9	5	35	1.56
2107412--2107507	21	4.6	21	75	8	90	43	13	9	33	1.76
2107550--2107606	3	19.7	3	92	3	91	31	0	1	66	1.02
2107731--2107874	21	6.9	21	75	6	114	46	9	8	36	1.66
2107731--2107896	41	4.0	42	70	12	119	46	8	7	37	1.62
2110996--2111067	22	3.3	22	86	3	92	47	4	11	37	1.59
2111614--2111974	59	6.1	58	82	10	376	36	12	8	42	1.73
2111614--2111974	178	2.0	178	88	5	534	36	12	8	42	1.73
2111781--2111875	30	3.2	30	61	21	72	37	8	7	46	1.62
2112001--2112117	14	7.4	15	72	14	67	73	3	1	21	1.07
2112001--2112034	9	3.6	9	88	11	50	85	0	0	14	0.60
2112050--2112089	20	2.1	19	90	4	62	70	0	0	30	0.88
2112078--2112115	20	1.9	20	88	0	58	81	2	5	10	0.94
2112560--2112599	3	12.3	3	85	15	53	65	0	5	30	1.14
2112560--2112599	15	2.4	18	88	12	59	65	0	5	30	1.14
2112566--2112621	24	2.3	24	84	6	69	60	1	7	30	1.33
2112891--2113082	44	4.4	42	83	5	163	39	20	14	25	1.91
2112941--2113082	42	3.3	42	85	5	178	38	20	14	26	1.91
2113153--2113384	42	5.6	41	85	9	319	40	19	15	23	1.90
2113153--2113384	83	2.8	82	90	5	360	40	19	15	23	1.90
2115180--2115254	20	3.7	19	80	15	87	5	13	0	81	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2115188--2115225	12	3.2	12	92	3	60	0	10	0	89	0.49
2115188--2115245	23	2.6	23	83	10	75	3	12	0	84	0.74
2115201--2115258	29	2.0	30	86	3	82	6	15	0	77	0.97
2119157--2119643	59	8.2	58	79	9	385	36	11	7	44	1.69
2119157--2119608	179	2.5	179	86	5	619	36	12	7	44	1.70
2119665--2119720	13	4.2	13	81	4	58	78	1	1	17	0.92
2120155--2120206	20	2.5	20	76	14	61	65	1	3	28	1.21
2120192--2120236	3	14.3	3	86	9	63	66	0	4	28	1.11
2120860--2121163	22	14.1	22	69	10	153	48	4	8	38	1.54
2121497--2121592	21	4.6	21	77	8	90	42	12	9	35	1.75
2121635--2121674	3	13.0	3	89	5	62	32	0	2	65	1.06
2121801--2121921	11	11.6	10	69	9	64	47	8	6	37	1.60
2121831--2121921	21	4.4	21	80	12	98	47	9	6	36	1.63
2121826--2121921	42	2.3	42	82	5	115	50	9	6	34	1.60
2122049--2122254	102	2.0	102	97	0	385	40	9	9	40	1.69
2126678--2126703	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
2127522--2127552	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2132904--2132930	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2134826--2135805	491	2.0	491	97	0	1861	27	17	22	31	1.97
2139104--2139138	17	2.1	17	94	0	61	25	5	5	62	1.40
2143813--2143857	20	2.2	20	84	0	54	46	2	6	44	1.42
2144491--2144686	3	60.7	3	70	20	78	33	5	0	61	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2144525--2144666	24	6.7	21	78	18	111	33	5	0	61	1.19
2144498--2144666	57	3.3	50	77	15	152	33	4	0	61	1.17
2144498--2144652	60	2.8	56	82	12	171	34	4	0	60	1.17
2144591--2144616	13	2.0	13	100	0	52	38	0	0	61	0.96
2144542--2144690	60	2.6	57	85	9	189	32	4	0	63	1.15
2144601--2144666	22	3.1	22	91	6	102	31	4	0	63	1.14
2144523--2144666	22	6.8	20	72	19	84	33	5	0	61	1.19
2150380--2151210	412	2.0	413	96	0	1547	32	23	14	29	1.94
2152485--2152530	19	2.4	19	96	0	83	45	6	19	28	1.75
2157776--2158102	42	7.8	41	78	6	228	25	11	21	42	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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