genome.fa.s223.2.7.7.80.10.50.1000.152.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168048.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_3, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33276047

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24482366--24482403	5	7.6	5	82	11	51	63	0	0	36	0.95
24482361--24482406	9	4.8	9	84	12	56	65	2	0	32	1.05
24482884--24482947	20	3.2	20	84	6	87	53	21	1	23	1.55
24489755--24489793	20	2.0	20	94	0	69	66	2	5	25	1.25
24491102--24491150	21	2.3	21	82	0	53	69	4	2	24	1.17
24500231--24500263	16	2.1	16	100	0	66	42	18	0	39	1.50
24504880--24504912	16	2.1	16	100	0	66	42	18	0	39	1.50
24510094--24510521	48	9.0	49	80	8	474	26	13	23	36	1.91
24510094--24510524	95	4.5	96	81	11	467	26	13	23	36	1.92
24510094--24510524	142	3.0	144	82	8	524	26	13	23	36	1.92
24515584--24515626	14	3.0	14	86	3	59	27	0	4	67	1.10
24521976--24522012	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
24524565--24524623	26	2.3	26	88	8	86	50	0	0	49	1.00
24524564--24524629	26	2.4	27	80	16	82	50	0	0	50	1.00
24526237--24526330	39	2.3	40	82	12	111	51	0	3	45	1.17
24526215--24526310	32	2.7	36	76	9	101	46	1	3	48	1.24
24526493--24526531	16	2.4	17	78	8	53	53	0	2	43	1.14
24530082--24530112	16	1.9	16	93	0	53	19	3	0	77	0.90
24530897--24531046	75	2.0	75	93	0	255	28	27	10	34	1.90
24532449--24532543	50	1.9	50	82	4	120	49	8	7	34	1.61
24532568--24532619	26	2.0	26	85	7	70	50	11	9	28	1.70
24532642--24532683	21	2.0	22	90	4	68	54	16	2	26	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24532961--24533040	22	3.7	22	78	11	85	36	20	11	32	1.88
24532696--24533016	175	1.8	175	80	6	382	35	16	18	29	1.92
24536047--24536083	9	4.1	9	93	6	58	67	0	2	29	1.04
24536662--24536812	81	1.9	81	83	5	198	51	11	28	7	1.66
24540821--24540858	16	2.4	16	86	8	51	31	10	0	57	1.32
24541250--24541309	12	4.9	12	73	4	57	48	25	6	20	1.73
24541250--24541308	25	2.4	25	85	2	75	49	25	6	18	1.72
24541299--24541357	19	3.1	19	87	0	82	44	27	11	16	1.83
24545436--24545460	12	2.1	12	100	0	50	76	8	0	16	1.02
24550536--24550579	23	1.9	23	86	9	63	43	9	6	40	1.63
24556743--24557194	58	7.7	57	81	11	463	34	12	7	45	1.69
24556744--24557194	59	7.7	58	82	11	510	34	12	6	45	1.69
24557309--24557352	4	11.0	4	85	9	63	75	2	0	22	0.92
24558193--24558240	20	2.4	20	96	0	87	72	8	8	10	1.27
24558304--24558436	16	8.7	15	67	19	60	61	3	4	30	1.33
24558307--24558396	33	2.9	31	75	20	89	63	3	4	28	1.30
24558238--24558351	21	5.5	20	69	23	67	68	1	3	26	1.15
24558234--24558354	65	1.9	64	81	11	149	68	2	3	25	1.17
24559198--24559263	18	3.7	18	78	11	73	34	12	16	36	1.86
24559375--24559432	18	3.2	18	80	0	71	32	12	13	41	1.82
24559878--24559925	21	2.2	22	81	7	53	43	14	6	35	1.71
24559887--24559937	21	2.2	24	86	10	72	41	9	7	41	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24562064--24562107	23	2.0	23	86	4	63	52	15	4	27	1.63
24563781--24563809	14	2.1	14	100	0	58	10	6	27	55	1.59
24569604--24569646	17	2.6	16	82	13	52	48	2	4	44	1.36
24569620--24569813	104	1.9	103	80	9	225	34	7	10	47	1.66
24569991--24570031	16	2.5	17	92	4	66	53	7	4	34	1.50
24570304--24570345	20	2.0	21	90	4	68	80	7	0	11	0.88
24570283--24570345	20	3.2	20	78	8	67	77	6	0	15	0.96
24570268--24570343	24	3.2	25	69	16	70	75	6	0	18	1.02
24573838--24573897	24	2.5	23	86	8	75	56	1	0	41	1.09
24587980--24588017	7	5.4	7	100	0	76	57	0	0	42	0.98
24588064--24588097	16	2.1	16	94	0	59	44	20	0	35	1.52
24591314--24591380	31	2.1	32	78	15	77	41	11	5	40	1.66
24594407--24594461	24	2.3	23	82	11	67	63	3	0	32	1.12
24594845--24594909	34	1.9	34	83	0	85	43	7	15	33	1.75
24594972--24595046	34	2.2	34	85	0	96	36	18	12	33	1.88
24596735--24596783	22	2.2	23	88	3	73	30	0	4	65	1.11
24596779--24596817	17	2.3	17	81	0	51	46	2	2	48	1.29
24600330--24600380	3	17.0	3	95	0	93	31	0	1	66	1.03
24600414--24600504	3	30.7	3	93	2	130	67	5	0	27	1.13
24600780--24600824	23	1.9	24	81	4	56	57	0	4	37	1.19
24602281--24602338	3	19.3	3	85	0	80	62	3	1	32	1.22
24610147--24610235	46	1.9	46	90	0	142	52	6	6	33	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24611777--24611808	16	2.0	16	100	0	64	56	12	31	0	1.37
24615310--24615339	1	30.0	1	93	0	51	0	3	0	96	0.21
24615308--24615346	11	3.5	11	89	10	62	2	7	0	89	0.56
24625407--24625460	16	3.2	17	81	7	65	55	7	12	24	1.63
24630656--24630740	40	2.2	40	83	8	104	31	3	5	58	1.39
24630175--24630843	217	3.1	211	76	9	622	31	11	5	50	1.63
24631182--24631691	221	2.3	220	77	5	502	31	10	5	51	1.61
24631826--24631863	16	2.2	17	86	9	51	26	15	0	57	1.38
24631784--24632680	218	4.1	219	77	6	763	31	11	5	51	1.61
24632546--24632602	21	2.8	21	66	23	50	35	10	3	50	1.54
24634226--24634265	21	1.9	21	90	10	64	42	0	5	52	1.23
24634458--24634490	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
24640412--24640488	39	2.0	39	97	0	145	36	27	18	18	1.94
24642007--24642051	2	22.5	2	100	0	90	0	48	0	51	1.00
24648427--24648468	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
24649833--24649867	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
24650418--24650458	21	2.0	21	81	18	50	29	2	0	68	1.03
24650551--24650610	15	4.1	14	78	16	59	78	0	1	20	0.84
24650558--24650605	24	2.0	23	88	12	69	75	0	2	22	0.91
24650871--24650979	3	35.7	3	89	3	139	64	3	0	31	1.17
24652757--24652796	21	1.9	21	100	0	80	50	5	15	30	1.65
24658093--24658121	12	2.4	12	100	0	58	86	6	0	6	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24658086--24658121	18	1.9	19	88	5	56	83	8	0	8	0.82
24658473--24658517	14	3.1	14	87	12	56	82	0	15	2	0.77
24658473--24658519	13	3.5	13	83	16	60	80	0	17	2	0.80
24658494--24658726	128	1.8	129	80	8	287	53	10	16	20	1.71
24659895--24660057	89	1.8	89	81	2	202	40	9	12	37	1.76
24660144--24660203	26	2.3	26	82	0	75	36	18	11	33	1.87
24660437--24660498	22	3.0	20	86	11	72	35	19	14	30	1.92
24660441--24660739	144	2.0	148	82	6	360	36	14	14	34	1.87
24660441--24660775	144	2.3	146	80	4	354	36	15	14	34	1.87
24660633--24661022	126	3.1	124	79	6	394	35	16	14	34	1.88
24660985--24661040	22	2.6	22	88	2	78	37	21	10	30	1.87
24660901--24661308	147	2.8	145	78	2	402	36	16	13	33	1.88
24661524--24661565	16	2.8	15	85	7	59	85	11	2	0	0.68
24662984--24663010	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
24663931--24663973	14	3.3	13	81	9	52	76	4	0	18	0.95
24663929--24663982	24	2.3	23	84	12	65	74	3	1	20	1.07
24664257--24664396	3	46.7	3	81	9	162	65	3	1	30	1.18
24670854--24670892	18	2.1	19	86	13	55	28	5	2	64	1.28
24679993--24680047	28	1.9	29	85	10	78	49	9	7	34	1.62
24685820--24685905	29	3.0	29	77	12	99	41	13	8	36	1.75
24686229--24686283	27	2.0	28	82	7	67	43	10	5	40	1.63
24694960--24695005	18	2.6	18	82	0	56	30	4	2	63	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24695853--24695894	20	2.2	19	86	4	57	38	0	0	61	0.96
24696727--24697092	196	1.9	195	84	5	488	42	7	12	38	1.69
24697285--24697339	21	2.5	22	82	8	69	36	5	0	58	1.21
24697751--24697776	11	2.4	11	100	0	52	46	7	0	46	1.31
24698383--24699069	247	2.7	247	85	7	875	38	14	7	39	1.75
24699366--24700068	248	2.8	245	83	5	776	37	12	8	40	1.74
24699437--24700116	251	2.7	251	84	4	838	38	13	8	39	1.76
24705213--24705249	6	6.0	6	87	6	56	48	0	0	51	1.00
24705212--24705249	13	3.0	13	88	3	60	50	0	0	50	1.00
24705443--24705514	30	2.3	33	83	9	98	55	9	0	34	1.33

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