genome.fa.s223.2.7.7.80.10.50.1000.109.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168048.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_3, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33276047

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17013779--17013834	26	2.2	26	100	0	112	26	19	25	28	1.99
17014682--17014732	26	2.0	26	92	0	84	31	19	21	27	1.97
17013379--17021811	906	9.5	896	77	9	6860	25	23	24	25	2.00
17015587--17015638	26	2.0	26	92	3	88	26	17	26	28	1.97
17015690--17017053	685	2.0	686	96	0	2534	26	22	24	26	2.00
17018179--17018231	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
17019080--17019132	26	2.0	26	88	0	79	32	20	20	26	1.98
17019988--17020040	26	2.0	26	96	0	97	28	20	26	24	1.99
17020894--17020946	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
17024111--17024163	26	2.0	26	92	0	88	30	20	22	26	1.98
17025035--17025401	159	2.3	159	85	1	468	23	30	26	18	1.98
17025194--17037453	903	13.8	893	83	6	14368	25	23	24	25	2.00
17026966--17027018	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
17028746--17028798	26	2.0	26	100	0	106	30	20	22	26	1.98
17029640--17029689	26	1.9	26	88	8	75	30	24	22	24	1.99
17035783--17035835	26	2.0	26	96	0	97	24	13	28	33	1.93
17038936--17038988	26	2.0	26	96	0	97	26	22	24	26	2.00
17039830--17039882	26	2.0	26	88	0	79	28	16	24	30	1.97
17043843--17043894	26	2.0	26	92	3	88	26	23	21	28	1.99
17044738--17044790	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
17045642--17045693	26	2.0	26	92	3	88	28	23	19	28	1.98
17046278--17046330	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17049421--17049471	26	2.0	26	96	0	93	25	25	19	29	1.99
17051241--17051293	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
17051942--17052317	159	2.4	158	82	3	416	19	28	29	23	1.98
17052291--17052343	26	2.0	26	89	7	81	30	22	20	26	1.98
17053195--17053247	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
17054089--17054167	26	3.0	26	94	3	133	30	24	16	29	1.96
17055020--17055072	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
17055723--17056098	159	2.4	158	81	3	389	19	28	28	23	1.98
17056072--17056124	26	2.0	26	89	7	81	30	22	20	26	1.98
17056048--17057519	736	2.0	733	88	2	2218	27	23	22	25	2.00
17057711--17057760	26	1.9	26	95	0	91	24	26	22	28	1.99
17058403--17058472	26	2.7	26	93	0	113	30	24	17	28	1.97
17059164--17059532	185	2.0	183	90	1	576	20	28	29	21	1.98
17060367--17060419	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
17061225--17061277	26	2.0	26	85	0	70	33	24	15	26	1.95
17061957--17062009	26	2.0	26	85	0	70	32	22	18	26	1.97
17061153--17062647	732	2.0	731	89	1	2255	27	24	23	25	2.00
17062859--17062911	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
17063757--17063816	26	2.4	26	86	5	88	30	26	16	26	1.97
17061884--17066602	902	5.2	897	88	1	6736	25	25	24	24	2.00
17067133--17067611	236	2.0	237	89	1	728	39	16	16	27	1.90
17067899--17067951	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17068800--17068850	26	2.0	26	92	0	84	29	23	17	29	1.97
17069866--17069918	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
17071682--17071734	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
17069226--17072373	903	3.5	900	87	4	4477	26	24	23	25	2.00
17073365--17073414	26	1.9	26	91	0	82	32	24	16	28	1.96
17074251--17074303	26	2.0	26	96	0	97	26	24	22	26	2.00
17072501--17090896	888	20.9	890	84	6	20767	25	24	24	25	2.00
17075139--17075191	26	2.0	26	96	0	97	26	24	22	26	2.00
17076055--17076107	26	2.0	26	96	0	97	24	26	20	28	1.99
17077773--17077825	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
17083050--17083102	26	2.0	26	92	0	88	26	22	22	28	1.99
17083953--17084005	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
17077755--17112524	902	38.9	891	75	11	20517	25	24	23	25	2.00
17084829--17084880	26	2.0	26	88	0	77	34	23	13	28	1.92
17085670--17085721	26	2.0	26	92	0	86	30	23	19	26	1.98
17086564--17086619	26	2.2	26	90	0	85	30	21	19	28	1.98
17087467--17087520	26	2.1	26	92	0	90	29	24	16	29	1.97
17089252--17089302	26	2.0	26	96	0	93	27	23	19	29	1.98
17090145--17090197	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
17090274--17091583	708	1.8	710	87	3	1965	27	22	22	27	1.99
17091700--17091752	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
17090817--17093155	873	2.7	851	83	7	2950	26	23	23	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17092771--17093579	424	1.9	424	93	1	1390	30	20	20	27	1.98
17094785--17094838	26	2.1	26	96	0	99	31	27	16	24	1.96
17094012--17097960	897	4.5	857	83	6	4362	26	24	23	25	2.00
17095636--17095688	26	2.0	26	89	7	81	30	24	16	28	1.97
17096530--17096582	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
17094883--17112521	893	19.7	893	80	7	17034	25	24	23	25	2.00
17100199--17100251	26	2.0	26	100	0	106	30	26	16	26	1.97
17104592--17104644	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
17105494--17105546	26	2.0	26	86	13	74	26	30	16	26	1.97
17107257--17107309	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
17108154--17108204	26	2.0	26	92	0	84	27	25	17	29	1.98
17108614--17108672	27	2.2	27	81	3	66	57	8	8	25	1.56
17109034--17109086	26	2.0	26	88	0	79	32	26	16	24	1.97
17111733--17111785	26	2.0	26	92	7	90	30	26	16	26	1.97
17113246--17113575	180	1.8	182	84	4	461	19	29	28	21	1.98
17113522--17113573	26	2.0	26	96	3	97	26	26	21	25	1.99
17113547--17114888	706	1.9	694	89	3	2064	27	22	23	26	2.00
17115117--17115169	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
17117146--17117196	26	2.0	26	92	7	86	29	27	15	27	1.96
17118046--17118098	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
17116396--17119382	878	3.4	867	87	4	3836	26	24	23	25	2.00
17120181--17120233	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17121082--17121134	26	2.0	26	88	0	79	30	22	18	28	1.98
17121989--17122038	26	1.9	26	88	8	75	26	24	18	32	1.97
17122862--17122919	26	2.2	26	87	3	80	29	20	20	29	1.98
17119497--17128538	881	10.3	884	81	7	8842	25	24	23	25	2.00
17124647--17124699	26	2.0	26	88	0	79	30	28	15	26	1.96
17125475--17125527	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
17127209--17127261	26	2.0	26	92	0	88	30	24	18	26	1.98
17128094--17128145	26	2.0	26	96	0	95	25	25	19	30	1.98
17128716--17128768	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
17128910--17130132	636	1.9	630	89	1	1892	28	22	22	26	1.99
17130261--17130312	26	2.0	26	88	0	77	28	26	17	26	1.97
17132895--17132946	26	2.0	26	92	7	88	30	19	17	32	1.95
17133791--17133843	26	2.0	26	92	0	88	26	26	18	28	1.98
17131958--17134562	905	2.9	895	86	3	3621	25	25	23	25	2.00
17134536--17134588	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
17133781--17135229	743	1.9	745	89	1	2219	27	23	23	25	2.00
17136266--17136318	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
17136399--17137318	464	2.0	464	93	1	1576	30	21	22	26	1.99
17136851--17143627	884	7.6	879	85	4	8496	26	24	23	25	2.00
17139395--17139447	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
17138519--17143627	895	5.7	891	84	5	6084	26	24	23	25	2.00
17143663--17143716	26	2.1	26	92	0	90	25	24	20	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17143991--17144048	26	2.2	26	87	9	82	27	20	22	29	1.99
17144895--17144947	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
17145805--17145856	26	2.0	26	92	0	86	28	25	17	28	1.97
17146668--17146719	25	2.0	26	88	3	79	26	25	19	28	1.98
17147769--17147819	26	2.0	26	96	0	93	27	13	27	31	1.94
17148668--17148720	26	2.0	26	92	0	88	26	20	24	28	1.99
17147391--17149679	897	2.6	893	88	3	3325	25	24	24	25	2.00
17149565--17149617	26	2.0	26	92	0	88	26	16	26	30	1.97
17151267--17151319	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
17153064--17153113	26	1.9	26	91	0	82	32	22	24	22	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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