genome.fa.s223.2.7.7.80.10.50.1000.134.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168048.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_3, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33276047

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21583926--21583980	22	2.5	22	82	2	67	43	0	3	52	1.18
21585572--21585620	20	2.5	20	78	15	57	42	8	0	48	1.32
21585664--21585704	21	2.0	21	85	0	55	73	0	14	12	1.11
21585804--21585837	17	2.0	17	94	0	59	67	0	2	29	1.05
21585873--21585917	22	2.0	22	100	0	90	64	0	4	31	1.13
21585908--21585966	30	2.0	30	83	6	75	47	11	0	40	1.40
21595161--21595210	3	16.7	3	100	0	100	66	0	0	34	0.92
21597855--21597978	42	3.0	42	83	4	153	34	16	14	34	1.89
21601546--21601573	14	2.0	14	100	0	56	42	7	28	21	1.79
21605701--21605784	22	3.9	22	93	3	136	15	21	7	55	1.63
21607393--21607427	18	1.9	18	88	11	54	40	28	0	31	1.57
21608751--21608800	20	2.5	19	80	9	55	36	14	2	48	1.55
21614589--21614617	11	2.5	12	88	11	51	58	10	6	24	1.55
21615062--21615091	15	1.9	16	93	6	53	36	0	6	56	1.26
21619379--21619526	41	3.4	45	73	11	135	51	10	14	22	1.74
21625774--21625806	5	7.0	5	93	6	52	84	0	0	15	0.61
21626717--21626752	18	2.0	18	94	0	63	41	0	0	58	0.98
21631303--21631336	9	3.6	9	85	14	50	64	0	0	35	0.94
21630954--21631642	255	2.7	249	89	5	997	52	5	6	34	1.51
21631733--21631766	9	3.6	9	85	14	50	35	0	0	64	0.94
21636649--21636697	25	1.9	26	84	12	66	10	34	6	48	1.62
21637224--21637488	136	1.9	136	83	1	343	40	10	13	35	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21638119--21638270	74	2.1	74	83	5	191	34	21	15	28	1.94
21638117--21638270	37	4.2	37	80	2	166	34	21	15	28	1.94
21639395--21639603	33	6.3	33	74	11	158	33	15	20	30	1.94
21639395--21639605	66	3.2	65	72	14	178	33	15	20	30	1.94
21639417--21639603	99	1.9	102	84	5	256	32	16	20	31	1.94
21639485--21639819	179	1.9	178	83	4	442	33	14	18	34	1.90
21640270--21640311	22	1.9	22	90	0	66	23	19	23	33	1.97
21640280--21640351	22	3.3	22	70	14	58	23	16	23	36	1.94
21645843--21645912	30	2.3	30	90	0	113	28	11	27	32	1.91
21650183--21650523	145	2.3	145	83	3	400	42	10	12	33	1.78
21650183--21650579	145	2.7	145	80	3	354	42	11	12	32	1.79
21651514--21651750	128	1.8	130	87	5	352	37	16	9	36	1.81
21659221--21659260	12	3.3	12	89	6	55	20	0	10	70	1.16
21659853--21659935	20	4.6	19	78	18	88	31	7	9	51	1.62
21659872--21659935	16	3.8	16	81	8	65	29	6	10	53	1.60
21659955--21660012	20	2.9	20	81	0	62	36	8	8	46	1.65
21660067--21660157	43	2.2	43	82	4	105	29	4	10	54	1.54
21660067--21660157	21	4.3	20	76	14	85	29	4	10	54	1.54
21660464--21660506	20	2.2	20	82	0	50	23	9	13	53	1.69
21660508--21660580	37	1.9	37	81	13	87	41	2	6	49	1.44
21660511--21660584	20	4.0	20	70	22	70	40	4	6	48	1.48
21660758--21660837	39	2.1	39	100	0	160	48	5	7	38	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21662083--21662124	22	1.9	22	85	0	57	23	28	2	45	1.66
21666273--21666327	24	2.3	25	81	12	62	70	0	16	12	1.16
21668107--21668218	43	2.6	43	88	4	163	30	16	13	40	1.86
21668545--21668585	13	3.1	14	79	13	59	21	2	4	70	1.18
21669194--21669387	20	10.2	20	75	12	108	29	5	12	52	1.62
21669411--21669599	53	3.5	52	75	15	159	31	5	10	52	1.59
21669438--21669545	20	5.5	20	68	23	61	31	6	9	52	1.59
21669443--21669598	57	2.9	52	78	9	141	32	5	8	53	1.55
21669677--21669738	24	2.6	24	85	7	81	33	3	9	53	1.50
21669661--21669708	19	2.5	19	80	6	62	35	4	8	52	1.51
21669832--21669917	20	4.3	20	74	11	86	36	4	8	51	1.53
21671348--21671409	31	1.9	33	84	12	85	6	3	12	77	1.08
21671343--21671409	20	3.5	20	76	17	61	5	2	11	79	1.03
21671343--21671416	38	1.9	38	81	10	89	6	2	10	79	1.01
21671343--21671416	31	2.3	32	80	11	82	6	2	10	79	1.01
21671868--21671918	26	2.0	26	84	7	68	41	7	5	45	1.57
21672282--21672337	24	2.5	23	83	13	73	60	0	37	1	1.07
21672418--21672473	25	2.3	24	78	3	67	39	1	5	53	1.34
21672907--21672987	39	2.2	36	82	10	92	54	2	3	39	1.32
21673032--21673081	24	2.1	24	88	7	75	64	2	0	34	1.05
21673027--21673081	23	2.4	24	84	6	69	65	1	0	32	1.03
21673166--21673208	18	2.5	17	88	11	61	53	4	0	41	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21673166--21673208	9	4.9	9	80	13	54	53	4	0	41	1.21
21673465--21673541	24	3.2	24	83	8	79	28	1	5	64	1.22
21673474--21673540	24	2.8	23	88	6	91	28	1	4	65	1.21
21673612--21673681	28	2.6	27	86	4	95	32	0	4	62	1.14
21673633--21673687	18	3.0	18	84	12	67	30	0	7	61	1.23
21673641--21673687	18	2.6	18	87	12	78	29	0	6	63	1.19
21674744--21674791	18	2.6	18	93	3	78	20	0	4	75	0.97
21685190--21685225	12	3.0	12	100	0	72	25	8	16	50	1.73
21685263--21685306	19	2.3	19	80	0	52	18	15	25	40	1.90
21685308--21685361	26	2.1	26	92	0	90	24	7	18	50	1.72
21685367--21685404	20	2.0	20	84	5	51	47	15	2	34	1.60
21687542--21687628	18	4.8	17	78	12	77	22	1	4	71	1.11
21687583--21687624	3	13.7	3	90	5	57	28	0	4	66	1.12
21698657--21698731	27	2.6	28	79	8	80	46	18	4	30	1.67
21704740--21704870	22	6.0	22	76	10	90	32	16	21	30	1.95
21704771--21704938	44	3.8	43	79	4	167	31	12	21	34	1.91
21704769--21704939	66	2.6	66	84	0	207	31	12	22	33	1.91
21704791--21704939	22	6.8	22	84	0	163	31	11	22	34	1.89
21704885--21704924	12	3.5	12	75	25	50	37	7	17	37	1.78
21704771--21704962	66	2.9	66	82	3	190	31	12	21	34	1.91
21704815--21704962	44	3.4	43	82	3	143	30	11	21	36	1.89
21704856--21704982	66	1.9	66	82	3	157	32	9	22	36	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21704985--21705194	41	5.2	41	72	10	141	40	7	12	40	1.70
21704972--21705075	40	2.6	40	79	13	115	36	5	12	45	1.66
21705012--21705339	41	8.1	41	72	10	194	37	7	14	39	1.75
21705012--21705282	78	3.4	82	75	7	207	38	6	14	41	1.71
21707265--21707340	10	7.0	10	85	8	62	1	14	6	77	1.03
21707290--21707340	10	4.5	12	90	9	65	1	13	7	76	1.09
21707863--21707887	9	2.8	9	100	0	50	8	8	0	84	0.79
21708504--21708551	20	2.4	19	86	6	60	2	16	0	81	0.79
21708503--21708550	21	2.3	20	82	3	60	2	16	0	81	0.79
21711462--21711506	23	2.0	23	86	8	65	6	4	6	82	0.95
21712125--21712178	27	2.0	28	89	10	85	24	5	0	70	1.08
21712125--21712191	27	2.6	26	81	9	66	20	4	1	73	1.09
21712153--21712194	18	2.4	17	84	7	57	19	2	2	76	1.01
21713141--21713183	22	2.0	22	90	9	70	20	0	32	46	1.51
21713142--21713202	7	8.4	7	78	7	59	19	3	32	44	1.67
21713149--21713202	22	2.5	22	84	0	63	18	3	33	44	1.67
21714693--21714950	144	1.8	141	79	9	299	41	14	9	34	1.78
21716614--21716670	24	2.4	24	100	0	114	43	17	14	24	1.86
21721753--21721889	66	2.1	66	85	0	184	32	18	9	39	1.83
21730214--21730292	38	2.1	38	97	0	149	24	12	6	56	1.59
21730406--21730441	18	1.9	19	88	5	56	5	16	0	77	0.94
21730518--21730555	18	2.1	18	90	9	60	36	2	10	50	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21730637--21730696	23	2.7	23	79	10	70	50	1	0	48	1.11
21741320--21741656	109	3.2	103	84	5	453	32	19	7	40	1.80
21741363--21741680	103	3.0	104	82	5	381	34	18	7	39	1.79
21746440--21746491	24	2.2	24	92	0	86	51	9	26	11	1.68
21748625--21748920	107	2.8	107	89	0	448	34	18	8	38	1.80
21750414--21750529	52	2.3	50	80	5	126	37	14	14	33	1.87
21750629--21750795	59	2.8	58	80	9	162	32	16	14	36	1.89
21751755--21751806	24	2.2	24	86	6	70	0	15	7	76	0.99
21751767--21751807	13	3.3	13	80	13	59	0	14	4	80	0.87
21767025--21767262	98	2.4	96	82	12	274	31	21	7	38	1.83

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