genome.fa.s223.2.7.7.80.10.50.1000.167.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168048.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_3, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33276047

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27249048--27249095	21	2.2	22	85	3	71	50	0	0	50	1.00
27249125--27249162	14	2.8	13	85	14	51	78	2	0	18	0.86
27252064--27252106	21	2.0	21	90	0	68	25	9	18	46	1.79
27252123--27252217	46	2.1	46	85	0	127	29	7	22	41	1.81
27252185--27252303	30	3.7	30	74	18	112	27	8	18	45	1.78
27252333--27252377	24	1.9	24	86	4	65	28	15	8	46	1.76
27252333--27252383	24	2.1	23	82	7	57	31	13	11	43	1.80
27255280--27255315	14	2.6	14	91	8	56	55	0	0	44	0.99
27258845--27258896	26	2.0	26	96	0	95	21	15	21	42	1.89
27264378--27264458	39	2.1	39	92	0	135	51	17	14	16	1.76
27265626--27265685	25	2.3	27	82	5	70	45	0	1	53	1.10
27267661--27267688	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
27269205--27269258	22	2.5	22	80	14	58	62	1	3	31	1.23
27269264--27269302	19	2.1	19	85	4	53	61	5	2	30	1.31
27269981--27270036	24	2.4	24	91	8	89	55	0	0	44	0.99
27270005--27270088	28	3.0	28	77	8	73	59	1	0	39	1.05
27278888--27278936	24	2.0	24	88	7	73	73	0	2	24	0.94
27279087--27279143	18	3.2	17	81	16	71	57	0	0	42	0.98
27283595--27283753	68	2.4	67	84	3	196	48	10	10	31	1.70
27283565--27283753	65	2.9	65	82	4	200	49	8	9	31	1.66
27290250--27290302	4	12.8	4	78	7	52	24	1	5	67	1.22
27290389--27290421	17	2.0	17	88	5	50	45	3	0	51	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27290442--27290703	58	4.5	57	82	8	296	48	2	7	41	1.44
27290442--27290703	118	2.2	119	83	4	343	48	2	7	41	1.44
27290658--27290694	19	1.9	19	88	0	56	48	5	0	45	1.25
27291213--27291276	24	2.7	22	73	21	58	45	9	0	45	1.36
27292750--27292780	12	2.6	12	89	0	53	38	0	0	61	0.96
27294857--27294961	51	2.1	50	82	5	122	57	5	9	27	1.53
27303848--27303889	22	1.9	22	90	0	66	45	9	11	33	1.73
27304908--27304961	26	2.1	26	96	0	99	33	20	3	42	1.70
27308110--27308137	13	2.2	13	100	0	56	42	0	25	32	1.55
27310776--27310820	22	2.0	23	82	4	56	15	6	24	53	1.66
27320809--27320855	21	2.2	20	85	10	67	42	4	17	36	1.68
27320816--27320856	21	2.0	21	95	0	73	46	4	14	34	1.66
27325872--27325919	21	2.3	21	85	3	62	50	2	20	27	1.60
27328510--27328534	11	2.3	11	100	0	50	44	28	0	28	1.55
27334308--27334343	18	2.0	18	100	0	72	33	5	0	61	1.19
27340596--27340682	42	2.0	43	89	6	133	44	9	2	43	1.48
27341165--27341207	18	2.3	18	84	8	50	18	6	2	72	1.19
27342537--27342623	42	2.0	42	82	10	106	43	12	2	41	1.55
27342807--27342850	7	6.4	7	78	5	54	79	0	2	18	0.83
27342806--27342850	17	2.7	18	86	10	60	77	0	2	20	0.87
27342807--27342858	17	3.1	16	76	20	52	78	0	3	17	0.89
27343930--27343960	16	1.9	16	100	0	62	74	0	0	25	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27343995--27344055	27	2.3	26	83	10	79	42	3	8	45	1.50
27351100--27351165	22	3.0	22	71	10	53	45	3	6	45	1.43
27351665--27351704	15	2.8	14	88	7	62	22	0	10	67	1.20
27351698--27351762	26	2.7	23	80	13	76	33	4	7	53	1.50
27351694--27351779	23	3.3	26	77	12	88	34	5	5	53	1.49
27351725--27351786	23	2.7	23	85	7	65	40	8	4	46	1.55
27351817--27351848	15	2.1	15	94	0	55	62	0	0	37	0.95
27352357--27352400	14	3.2	13	75	12	52	29	2	0	68	1.02
27354933--27354977	20	2.2	21	84	4	56	24	8	24	42	1.83
27354892--27355100	41	5.1	41	74	2	188	24	14	26	34	1.94
27365350--27365379	13	2.4	13	94	5	53	13	3	0	83	0.77
27370795--27370825	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
27374292--27374404	34	3.3	34	87	0	154	40	13	7	38	1.74
27375338--27375461	66	1.9	65	84	1	167	37	9	8	45	1.67
27375666--27375867	63	3.2	62	82	7	219	45	7	8	38	1.63
27375756--27375929	63	2.8	63	84	6	194	45	9	7	37	1.64
27402338--27402393	20	2.8	20	79	12	62	62	5	5	26	1.39
27404791--27404853	25	2.5	25	79	5	74	44	30	4	20	1.72
27405338--27405458	62	2.0	64	80	9	144	43	7	14	34	1.73
27405390--27406339	185	5.1	185	84	4	1139	41	11	11	35	1.78
27405375--27406339	371	2.6	368	83	4	1206	41	11	12	35	1.78
27407738--27407780	21	2.0	21	90	0	68	39	18	0	41	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27414301--27414376	33	2.3	34	90	4	127	35	18	14	31	1.91
27414302--27414420	34	3.5	33	86	1	130	35	18	12	33	1.89
27415490--27415530	20	2.0	20	85	0	55	41	0	12	46	1.41
27415528--27415599	28	2.8	26	78	13	87	62	1	1	34	1.13
27415528--27415586	13	4.4	13	75	8	55	59	1	1	37	1.18
27416219--27416280	31	2.0	31	87	9	90	32	4	12	50	1.62
27417767--27417791	13	1.9	13	100	0	50	60	16	0	24	1.36
27420969--27421010	12	3.5	12	84	15	52	33	2	0	64	1.07
27421728--27422121	195	2.0	195	100	0	788	35	12	12	39	1.80
27422331--27422371	18	2.2	19	91	4	66	36	4	26	31	1.78
27424793--27424858	25	2.5	27	87	4	91	46	7	4	40	1.52
27424808--27424869	25	2.5	25	84	2	81	50	6	1	41	1.38
27429242--27429269	3	9.3	3	100	0	56	0	0	64	35	0.94
27438714--27438746	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
27456162--27456204	21	2.0	21	86	8	61	34	0	4	60	1.17
27456248--27456292	17	2.9	15	78	12	54	20	8	6	64	1.44
27457257--27457323	3	22.7	3	81	3	82	67	4	1	26	1.19
27457354--27457445	26	3.5	26	79	5	96	31	21	21	25	1.98
27457648--27457948	89	3.4	90	78	2	295	46	15	18	18	1.84
27457603--27457986	89	4.3	89	75	3	272	45	16	19	18	1.85
27457720--27458017	89	3.3	89	77	3	262	45	16	19	19	1.86
27459041--27459078	15	2.5	15	83	8	51	7	0	5	86	0.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27469137--27469177	21	2.0	21	85	9	57	36	0	2	60	1.10
27469297--27469387	13	6.7	13	72	18	53	79	5	2	13	1.00
27469339--27469374	5	6.8	5	90	9	54	77	2	2	16	1.00
27470220--27470278	16	3.6	16	80	11	66	74	3	0	22	0.96
27470238--27470299	3	20.7	3	86	6	90	69	1	0	29	0.98
27470209--27470304	18	5.4	18	71	10	72	76	3	0	20	0.93
27470220--27470302	9	9.4	9	81	12	75	73	2	0	24	0.95
27470318--27470388	26	2.7	26	97	0	133	32	23	22	21	1.98
27490761--27490799	20	2.0	20	85	10	53	38	2	7	51	1.44
27491323--27491366	23	2.0	23	86	4	63	45	0	4	50	1.22
27491555--27491587	16	2.1	16	88	11	50	51	0	0	48	1.00
27500593--27500618	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
27501954--27501996	22	2.0	22	85	0	59	65	0	0	34	0.93
27502696--27502727	2	16.0	2	100	0	64	50	50	0	0	1.00
27502727--27502756	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
27505105--27505145	21	2.0	21	85	0	55	46	2	2	48	1.28
27507109--27507193	44	1.9	44	100	0	170	25	31	9	32	1.88
27507744--27507788	2	22.5	2	82	8	56	42	0	2	55	1.12
27507744--27507788	18	2.5	18	92	0	72	42	0	2	55	1.12
27507744--27507790	16	2.8	16	90	6	67	40	0	2	57	1.11
27509998--27510037	21	1.9	21	85	10	55	47	25	20	7	1.75
27513402--27513461	21	2.9	21	83	13	79	23	0	28	48	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27513423--27513481	30	1.9	31	86	3	84	25	3	25	45	1.69
27513428--27513500	31	2.4	30	81	6	85	28	2	28	39	1.71
27514942--27514969	11	2.5	11	100	0	56	14	0	0	85	0.59
27514991--27515019	15	2.0	15	93	6	51	58	0	0	41	0.98
27515210--27515338	36	3.6	36	82	7	156	47	11	20	20	1.81
27515447--27515516	24	3.0	24	81	4	81	35	17	18	28	1.93
27515507--27515666	87	1.8	87	83	2	214	41	18	18	21	1.90
27515850--27516236	171	2.2	171	86	3	553	49	11	16	22	1.77
27516247--27516306	19	3.3	19	68	13	63	48	13	11	26	1.76
27517381--27517433	13	4.2	12	77	15	54	7	1	7	83	0.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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