genome.fa.s223.2.7.7.80.10.50.1000.93.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168048.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_3, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33276047

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   

This is table  93  of  190  ( 22769 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14738780--14738832	26	2.0	26	96	0	97	26	20	24	28	1.99
14739685--14739737	26	2.0	26	92	7	90	26	11	28	33	1.91
14737154--14743386	905	6.9	901	86	4	7887	25	24	24	25	2.00
14740488--14740520	11	3.0	11	100	0	66	18	36	27	18	1.94
14740601--14740653	26	2.0	26	92	7	90	26	16	26	30	1.97
14741515--14741566	26	2.0	26	85	7	70	28	21	23	26	1.99
14742681--14744178	782	1.9	785	85	6	2070	26	22	22	27	1.99
14743446--14748060	902	5.1	897	85	5	5855	25	24	25	25	2.00
14747696--14747748	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
14748422--14748469	25	1.9	25	95	0	87	27	29	18	25	1.98
14750185--14750237	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
14751061--14751113	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
14748060--14756388	896	9.3	892	84	6	10016	25	24	23	25	2.00
14751956--14752004	25	2.0	25	91	0	80	30	28	12	28	1.93
14752847--14752899	26	2.0	26	88	0	79	32	26	18	22	1.97
14753743--14753821	26	3.0	26	94	0	131	26	27	18	26	1.98
14754667--14754719	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
14755593--14755645	26	2.0	26	92	0	88	30	24	16	28	1.97
14755619--14757113	720	2.1	719	88	1	2237	26	24	23	25	2.00
14758121--14758173	26	2.0	26	96	0	97	28	26	20	24	1.99
14756338--14758550	904	2.4	903	88	2	3300	24	25	25	25	2.00
14758966--14759018	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14761494--14761546	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
14759720--14762035	904	2.6	899	88	2	3393	25	24	24	25	2.00
14762253--14762305	26	2.0	26	92	0	88	28	24	16	30	1.97
14763853--14763905	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
14764755--14764803	25	2.0	25	95	0	89	26	22	22	28	1.99
14762997--14766443	902	3.8	901	87	3	4592	26	24	23	25	2.00
14766992--14767044	26	2.0	26	92	0	88	28	24	20	26	1.99
14768564--14768616	26	2.0	26	85	0	70	24	16	26	32	1.97
14769456--14769508	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
14768315--14772469	889	4.6	893	85	3	5337	25	24	25	25	2.00
14771256--14771308	26	2.0	26	100	0	106	26	20	26	26	1.99
14772146--14772198	26	2.0	26	92	0	88	26	18	26	28	1.98
14775918--14775968	26	2.0	26	96	0	93	31	17	23	27	1.97
14776763--14776815	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
14777649--14777699	26	2.0	26	96	0	93	31	17	23	27	1.97
14781777--14781829	25	2.0	27	82	7	65	26	18	26	28	1.98
14783584--14783634	26	2.0	26	92	0	84	27	15	27	29	1.96
14787163--14787215	26	2.0	26	96	0	97	28	20	26	24	1.99
14781039--14789333	903	9.2	900	83	5	9915	25	23	25	25	2.00
14788068--14788121	26	2.1	26	89	0	81	37	22	16	24	1.94
14788969--14789021	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
14789695--14789742	25	1.9	25	95	0	87	25	27	20	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14790595--14790646	26	2.0	26	88	0	77	28	25	21	25	1.99
14791499--14791549	26	2.0	26	92	0	84	25	25	19	29	1.99
14793594--14793644	26	2.0	25	92	3	84	29	25	15	29	1.96
14794494--14794546	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
14793123--14795935	910	3.1	892	86	4	3721	26	24	23	24	2.00
14795403--14795455	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
14796149--14796201	26	2.0	26	85	0	70	28	24	18	28	1.98
14797709--14797760	26	2.0	26	96	0	95	25	26	19	28	1.98
14798612--14798661	25	2.0	25	96	0	91	26	22	24	28	1.99
14799452--14799504	26	2.0	26	100	0	106	30	26	16	26	1.97
14796978--14800236	847	3.7	849	82	7	3389	26	24	22	25	2.00
14799752--14800739	496	2.0	496	92	1	1631	31	22	19	26	1.98
14800852--14800904	26	2.0	26	92	0	88	28	24	20	26	1.99
14804205--14804257	26	2.0	26	100	0	106	26	20	26	26	1.99
14805095--14805147	26	2.0	26	88	0	79	26	20	26	26	1.99
14801281--14807188	890	6.6	898	84	4	7234	25	24	25	24	2.00
14806009--14806061	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
14817548--14817602	15	3.5	16	85	9	69	1	34	43	20	1.62
14817560--14817602	5	8.6	5	85	10	61	0	34	44	20	1.52
14817548--14817609	15	4.0	15	78	4	61	3	32	45	19	1.66
14817820--14817854	17	1.9	19	88	11	56	22	22	22	31	1.98
14817922--14817994	31	2.4	31	90	4	112	27	24	26	21	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14818311--14818344	11	2.9	12	86	8	52	79	0	0	20	0.73
14818569--14818606	6	5.9	7	90	9	55	86	0	0	13	0.56
14818569--14818603	13	2.9	12	91	8	54	88	0	0	11	0.51
14818639--14818703	20	3.2	20	91	0	94	20	30	32	16	1.95
14819403--14819455	26	2.0	26	88	0	79	33	24	13	28	1.93
14820290--14820349	26	2.4	26	83	5	79	23	28	20	28	1.99
14818726--14821194	887	2.8	882	86	4	3352	26	25	23	25	2.00
14822795--14822847	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
14821919--14828953	903	7.8	902	88	2	9574	25	24	24	25	2.00
14824600--14824652	26	2.0	26	89	7	81	28	26	16	28	1.97
14825499--14825551	26	2.0	26	92	0	88	30	26	15	28	1.96
14826387--14826439	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
14827287--14827339	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
14828181--14828233	26	2.0	26	92	0	88	30	26	18	24	1.98
14830781--14830831	26	2.0	26	92	0	84	33	23	13	29	1.93
14829038--14837794	877	9.8	897	85	5	10294	25	24	23	25	2.00
14832565--14832615	26	2.0	26	88	0	75	27	23	17	31	1.97
14836107--14836159	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
14837024--14837076	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
14838348--14838400	26	2.0	26	92	0	88	26	24	18	30	1.98
14839241--14839293	26	2.0	26	88	0	79	33	26	15	24	1.95
14839788--14839838	26	2.0	26	88	0	75	31	13	25	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14842100--14842152	26	2.0	26	100	0	106	26	20	26	26	1.99
14843003--14843054	25	2.0	25	81	3	59	30	21	17	30	1.96
14841612--14846963	902	6.0	894	81	7	5303	25	23	25	25	2.00
14843850--14843900	26	2.0	26	92	0	84	29	19	25	25	1.99
14845506--14845542	17	2.2	17	95	0	65	24	43	21	10	1.84
14845657--14845708	26	2.0	26	88	0	77	25	21	25	28	1.99
14843778--14846963	926	3.5	906	85	5	4306	25	24	25	24	2.00
14846554--14846601	25	1.9	25	95	0	87	27	20	27	25	1.99
14847272--14847324	26	2.0	26	92	0	88	24	26	20	28	1.99
14848171--14848224	26	2.1	26	89	0	81	24	16	22	37	1.94
14846963--14857045	903	11.2	899	85	3	13098	25	24	24	25	2.00
14849078--14849130	26	2.0	26	96	0	97	24	26	20	28	1.99
14853558--14853610	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
14854464--14854515	26	2.0	26	92	0	86	30	28	13	26	1.94
14855358--14855410	26	2.0	26	96	0	97	28	24	20	26	1.99
14858715--14858764	26	1.9	26	95	0	91	30	28	14	28	1.95
14861244--14861299	26	2.2	26	96	0	103	30	25	17	26	1.97
14863008--14863061	26	2.1	26	96	0	99	22	25	24	27	2.00
14863915--14863967	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
14862147--14874616	904	13.8	899	80	8	12573	25	25	24	25	2.00
14865319--14871001	873	6.4	873	85	4	7130	25	25	23	25	2.00
14867426--14867478	26	2.0	26	92	0	88	26	24	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14865713--14874616	873	9.8	892	74	11	6774	25	25	24	25	2.00
14869202--14869254	26	2.0	26	92	0	88	30	24	18	26	1.98
14870820--14871244	185	2.3	185	86	2	595	21	29	27	21	1.99
14871165--14871215	26	2.0	26	92	0	84	33	25	13	27	1.94
14872062--14872112	25	2.0	25	88	7	77	25	25	21	27	1.99
14872961--14873013	26	2.0	26	96	0	97	24	24	20	30	1.99
14873859--14873910	26	2.0	26	85	3	70	34	21	19	25	1.96
14874590--14874642	26	2.0	26	96	0	97	26	24	22	26	2.00
14873786--14875280	732	2.0	731	90	1	2350	26	24	23	25	2.00
14875492--14875544	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190