genome.fa.s223.2.7.7.80.10.50.1000.139.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168048.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_3, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33276047

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22487057--22487114	21	2.8	21	86	0	80	41	5	10	43	1.61
22497481--22497944	237	2.0	228	93	3	784	40	16	9	33	1.82
22519151--22519261	56	2.0	56	92	1	188	37	17	9	35	1.83
22519325--22519358	15	2.3	15	89	0	50	67	0	29	2	1.05
22520045--22520079	10	3.6	10	88	3	54	8	31	0	60	1.27
22521214--22521262	25	2.0	25	88	4	73	38	18	14	28	1.90
22534004--22534035	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
22536025--22536098	26	2.8	26	85	6	87	56	0	1	41	1.07
22536105--22536134	6	5.2	6	96	4	53	13	0	0	86	0.57
22536875--22536927	27	2.0	27	96	0	97	49	0	1	49	1.12
22536888--22536941	3	18.3	3	92	3	56	42	0	0	57	0.98
22540190--22540224	15	2.3	15	95	0	61	68	5	0	25	1.11
22544675--22544725	19	2.7	20	81	6	70	17	5	1	74	1.11
22544746--22544835	46	1.9	48	81	4	112	43	20	3	33	1.68
22552205--22552235	15	2.1	15	93	0	53	64	6	0	29	1.18
22554482--22554549	16	4.2	16	69	14	50	50	1	4	44	1.31
22566157--22566250	43	2.2	43	84	0	116	32	12	17	37	1.87
22566208--22566276	34	2.0	35	85	2	95	27	11	20	40	1.87
22566354--22566886	114	4.7	113	79	3	482	32	14	15	37	1.87
22567106--22567145	17	2.4	17	82	0	53	5	12	0	82	0.82
22569777--22569836	17	3.7	17	79	12	56	56	0	5	38	1.21
22576056--22576100	18	2.5	18	88	0	63	22	11	6	60	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22592462--22592486	11	2.3	11	100	0	50	36	8	8	48	1.62
22601890--22602022	46	2.9	45	76	5	115	34	10	16	38	1.83
22602022--22602495	124	3.8	123	79	7	476	33	15	14	36	1.88
22602006--22602519	249	2.1	247	82	5	619	34	16	13	35	1.88
22605962--22606081	55	2.2	55	80	3	134	45	14	11	29	1.80
22608037--22608085	23	2.1	23	100	0	98	38	14	30	16	1.88
22608042--22608091	23	2.3	21	90	10	75	42	16	30	12	1.84
22608703--22608777	29	2.5	30	87	8	109	41	2	2	53	1.29
22608831--22608897	30	2.2	30	83	0	80	43	2	8	44	1.50
22613180--22613239	12	4.7	13	80	19	65	35	0	0	65	0.93
22613185--22613240	22	2.5	22	77	5	60	35	0	0	64	0.94
22613198--22613236	16	2.4	16	82	0	51	35	0	0	64	0.94
22619293--22619337	21	2.2	20	96	4	81	37	4	22	35	1.74
22623183--22623216	18	1.9	18	88	5	52	11	14	2	70	1.27
22626071--22626114	22	2.0	23	86	4	63	20	2	29	47	1.62
22626260--22626341	14	6.0	13	79	12	85	15	1	26	56	1.48
22626258--22626340	27	3.0	26	84	8	103	14	1	28	55	1.47
22626517--22626556	16	2.5	16	91	0	71	40	0	2	57	1.12
22627190--22628095	301	3.0	301	93	0	1474	21	9	35	32	1.86
22628932--22628957	10	2.6	10	100	0	52	61	0	15	23	1.33
22631982--22632018	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
22632025--22632112	22	4.2	20	77	11	86	69	3	0	27	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22632025--22632125	7	14.1	7	78	7	87	69	3	0	26	1.06
22632054--22632125	15	4.9	15	78	8	76	72	5	0	22	1.05
22632025--22632143	29	4.1	29	81	3	125	70	4	0	25	1.05
22632294--22632336	23	2.0	23	86	9	63	20	23	34	20	1.96
22633094--22634014	462	2.0	462	98	0	1788	29	21	13	35	1.91
22637709--22637808	19	5.3	19	73	17	91	21	65	1	13	1.33
22637678--22637808	20	6.9	19	69	19	87	21	62	1	14	1.39
22637708--22637809	36	2.7	36	76	14	100	21	63	0	13	1.35
22640282--22640409	13	9.8	13	77	3	123	46	19	7	25	1.76
22645671--22645695	10	2.5	10	100	0	50	44	20	8	28	1.79
22647837--22647924	33	2.8	32	79	10	90	52	25	2	20	1.58
22647921--22648097	7	27.4	7	68	17	64	44	33	0	20	1.56
22647902--22647988	20	4.4	20	80	7	79	43	37	2	16	1.60
22647956--22647996	13	3.2	13	83	13	57	39	43	0	17	1.49
22647982--22648048	26	2.6	26	80	4	82	47	26	0	25	1.52
22648006--22648093	19	4.3	19	67	20	52	45	31	0	22	1.53
22649147--22649184	19	2.1	19	85	14	53	76	0	13	10	1.02
22652854--22652899	8	6.0	8	87	7	51	8	6	2	82	0.91
22652848--22652899	15	3.4	15	78	5	59	7	5	3	82	0.93
22654992--22655046	27	2.0	27	100	0	110	29	18	12	40	1.87
22660242--22660293	22	2.4	21	75	15	52	65	21	1	11	1.34
22661915--22662028	37	3.1	36	78	3	111	35	17	11	35	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22663937--22663975	18	2.2	18	85	0	51	23	20	10	46	1.81
22682805--22682858	28	1.9	28	100	0	108	37	20	0	42	1.52
22682807--22682867	28	2.2	28	91	5	97	36	21	1	40	1.63
22687331--22687387	19	3.0	19	84	0	78	35	14	19	31	1.91
22694799--22694828	13	2.4	13	94	5	53	6	6	6	80	1.04
22695764--22696109	171	2.0	171	86	1	487	30	16	13	38	1.88
22699129--22699163	18	1.9	19	88	11	56	65	8	8	17	1.44
22699118--22699163	18	2.8	17	78	21	53	69	8	8	13	1.36
22700486--22700518	13	2.5	13	100	0	66	48	6	30	15	1.69
22702800--22702839	17	2.3	18	87	12	57	80	0	12	7	0.91
22709345--22709409	23	2.8	24	81	6	71	44	9	7	38	1.65
22709354--22709412	24	2.5	23	86	2	73	44	8	10	37	1.69
22714326--22714380	19	2.9	19	76	7	58	20	3	38	38	1.70
22714317--22714429	6	17.7	6	70	17	59	19	3	33	43	1.68
22714393--22714429	7	5.6	7	87	6	51	18	0	32	48	1.49
22714345--22714429	13	6.5	13	74	8	73	20	3	32	43	1.68
22716254--22716306	25	2.2	25	83	6	65	52	18	9	18	1.72
22716848--22716882	16	2.2	16	89	0	52	40	11	14	34	1.82
22723765--22723819	20	2.7	21	80	8	69	12	3	36	47	1.59
22723810--22723859	25	2.0	26	88	4	75	18	0	34	48	1.48
22723730--22723884	7	22.7	7	72	11	56	16	1	33	48	1.57
22724067--22724111	23	1.9	24	81	4	56	53	11	11	24	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22724168--22724198	11	2.8	11	90	0	53	22	9	0	67	1.19
22725623--22725958	143	2.4	142	80	7	342	39	15	12	31	1.85
22726234--22726283	19	2.5	20	83	3	66	20	10	18	52	1.73
22726863--22726903	19	2.2	19	86	8	57	68	14	0	17	1.22
22735039--22735076	17	2.2	17	86	9	51	44	0	0	55	0.99
22742356--22742439	24	3.5	24	75	0	78	17	38	11	32	1.87
22742619--22742678	26	2.3	26	88	0	84	21	16	18	43	1.88
22742703--22742791	44	2.0	44	95	0	160	23	14	16	44	1.85
22742854--22742901	22	2.2	22	81	7	53	31	4	16	47	1.65
22746593--22746731	68	2.0	68	98	0	269	20	24	8	46	1.79
22750547--22750586	19	2.1	19	86	9	55	20	7	2	70	1.24
22751466--22751500	13	2.8	12	86	4	52	8	5	0	85	0.73
22752694--22752752	31	1.9	31	89	0	91	27	10	15	47	1.77
22757057--22757112	24	2.4	24	90	3	87	23	3	10	62	1.43
22759845--22759914	26	2.8	26	82	4	81	25	14	17	42	1.86
22766403--22766435	12	2.8	12	100	0	66	30	24	27	18	1.98
22766995--22767301	103	3.0	101	80	4	323	30	11	15	42	1.82
22768951--22768994	22	2.0	22	86	0	61	50	20	2	27	1.60
22768964--22769017	27	2.0	27	100	0	108	51	14	3	29	1.60
22769199--22769260	24	2.8	22	75	13	65	48	12	9	29	1.73
22769067--22769365	45	6.7	45	73	5	214	47	10	9	32	1.70
22769065--22769411	21	15.8	22	66	12	81	47	10	9	31	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22769065--22769281	87	2.4	88	75	6	213	47	11	10	29	1.73
22774259--22774536	146	1.9	146	81	5	337	37	16	11	34	1.85
22774492--22774703	64	3.4	62	76	11	200	37	11	15	35	1.83
22775894--22775940	3	15.7	3	86	8	60	34	0	2	63	1.06
22783262--22783561	55	5.5	55	73	12	165	44	13	15	28	1.83
22783467--22783594	55	2.3	56	80	6	145	45	10	17	26	1.81
22783278--22783668	159	2.5	160	79	5	409	42	12	16	28	1.84
22785622--22785665	20	2.2	20	80	12	54	34	0	6	59	1.24
22793666--22793724	29	2.0	30	93	3	102	45	1	13	38	1.54
22793913--22793956	12	3.7	12	82	8	54	29	0	0	70	0.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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