genome.fa.s223.2.7.7.80.10.50.1000.150.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168048.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_3, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33276047

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24283010--24283067	7	7.4	8	75	16	59	72	0	0	27	0.85
24282975--24283090	28	4.1	28	76	15	89	67	3	0	28	1.13
24283118--24283184	4	16.8	4	76	11	57	65	2	1	29	1.16
24283413--24283703	41	7.0	41	90	4	401	37	24	15	23	1.93
24283413--24283703	125	2.3	123	91	3	458	37	24	15	23	1.93
24283413--24283703	84	3.5	82	89	5	442	37	24	15	23	1.93
24284976--24285006	9	3.3	9	91	8	53	0	9	0	90	0.46
24284970--24285006	19	1.9	19	88	0	56	2	10	0	86	0.67
24284960--24285008	10	4.7	10	83	16	64	4	12	0	83	0.77
24284960--24285027	10	6.3	10	78	20	57	7	13	0	79	0.93
24288932--24289156	61	3.7	61	84	7	271	34	13	6	45	1.70
24288932--24289147	62	3.6	61	85	6	287	35	13	6	43	1.71
24288932--24289156	123	1.8	121	89	1	351	34	13	6	45	1.70
24289171--24289212	22	1.9	22	90	9	68	71	0	11	16	1.14
24289194--24289311	17	7.2	16	70	16	55	72	3	5	19	1.18
24289172--24289257	21	3.9	21	68	27	54	74	1	9	15	1.12
24289724--24289761	19	2.1	19	85	5	51	34	23	23	18	1.96
24290258--24290449	4	48.2	4	68	21	52	67	3	2	26	1.18
24290258--24290331	17	4.4	16	78	13	78	71	1	0	27	0.94
24290261--24290329	8	8.8	8	73	20	65	72	1	0	26	0.93
24290258--24290352	28	3.4	27	76	13	95	69	2	0	28	1.00
24290223--24290336	47	2.4	46	79	17	112	69	1	1	27	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24290274--24290321	14	3.4	14	75	11	53	70	0	0	29	0.87
24290590--24290652	33	1.9	33	86	0	90	41	15	14	28	1.87
24291508--24291541	17	1.9	18	88	5	52	50	0	5	44	1.26
24292304--24292382	15	5.3	15	76	7	63	20	0	25	54	1.45
24292431--24292465	17	2.1	17	94	0	61	28	0	28	42	1.56
24292589--24292632	22	2.0	22	86	0	61	25	0	29	45	1.54
24292524--24292652	52	2.5	52	75	6	127	23	3	27	46	1.67
24294566--24294626	22	2.8	22	76	0	68	32	8	22	36	1.84
24295152--24295221	32	2.2	32	82	5	79	37	18	10	34	1.84
24296692--24296742	18	2.8	18	82	14	52	5	11	1	80	0.97
24303927--24304009	16	5.4	15	75	8	60	22	0	22	54	1.45
24304003--24304060	13	4.1	13	73	18	53	15	3	34	46	1.63
24303990--24304037	22	2.1	23	81	11	55	16	2	31	50	1.57
24304154--24304195	22	1.9	22	90	0	66	21	0	30	47	1.51
24304159--24304256	31	3.2	30	72	8	90	23	2	28	45	1.64
24304218--24304279	22	2.8	23	78	4	65	16	1	37	45	1.57
24304154--24304313	83	2.0	81	83	2	203	19	1	32	46	1.61
24304471--24304536	10	6.2	10	73	13	51	25	0	1	72	0.93
24304474--24304541	17	4.0	17	80	14	68	25	0	1	73	0.92
24304666--24304713	14	3.5	13	78	13	51	14	6	2	77	1.06
24311011--24311044	16	2.1	17	88	5	52	47	8	0	44	1.34
24312164--24312277	41	2.7	42	80	12	103	23	6	5	64	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24312288--24312359	19	3.7	19	85	5	99	31	2	11	54	1.50
24316515--24316569	10	5.4	10	82	8	58	85	0	14	0	0.60
24316512--24316563	10	4.9	10	88	11	77	86	0	13	0	0.57
24316512--24316563	21	2.4	22	93	3	79	86	0	13	0	0.57
24316512--24316563	11	4.8	11	88	4	79	86	0	13	0	0.57
24316468--24316569	9	11.4	9	69	15	52	80	3	12	2	0.96
24324081--24324116	16	2.4	14	90	9	54	52	0	2	44	1.15
24325281--24325323	2	21.5	2	100	0	86	0	48	0	51	1.00
24325766--24325807	14	2.9	15	82	13	52	52	0	0	47	1.00
24326356--24326391	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
24326541--24326585	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
24329081--24329127	22	2.0	25	84	12	64	48	4	4	42	1.42
24329617--24329652	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
24330524--24330584	32	1.9	33	83	12	83	40	9	6	42	1.64
24330923--24330986	31	2.1	31	81	0	74	39	10	4	45	1.60
24331097--24331194	14	6.9	14	70	17	69	45	3	1	50	1.24
24332047--24332085	13	3.0	13	84	0	51	41	0	20	38	1.53
24332158--24332234	29	2.5	31	81	6	95	41	16	9	32	1.80
24332342--24332390	20	2.5	20	100	0	98	38	26	10	24	1.87
24337496--24337534	20	2.0	20	94	0	69	61	2	10	25	1.41
24341502--24341550	12	4.1	12	78	7	55	26	4	0	69	1.06
24341623--24341656	14	2.4	14	90	0	50	26	5	0	67	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24341732--24341791	23	2.7	23	72	23	56	31	3	1	63	1.20
24343285--24343322	20	1.9	20	94	0	67	21	65	0	13	1.26
24343257--24343317	25	2.4	26	86	2	79	22	63	0	13	1.28
24344980--24345030	3	17.0	3	95	0	93	33	1	0	64	1.05
24345369--24345437	34	2.0	35	86	8	97	2	8	10	78	1.07
24345390--24345433	18	2.4	18	82	17	56	2	4	9	84	0.85
24345390--24345437	20	2.5	19	82	3	60	2	4	10	83	0.87
24345370--24345445	34	2.2	36	83	6	95	5	6	10	77	1.11
24345575--24345687	35	3.2	34	72	14	113	54	12	14	18	1.70
24345607--24345833	107	2.1	107	80	2	249	56	12	13	17	1.67
24345673--24345853	36	5.1	35	78	7	150	57	14	12	15	1.66
24345575--24345855	71	4.0	70	74	9	196	55	13	13	17	1.69
24345745--24346399	35	18.6	34	74	7	269	54	14	13	16	1.71
24345649--24345883	71	3.3	71	73	7	208	57	14	11	16	1.66
24345673--24345904	71	3.3	71	76	6	227	56	13	12	16	1.66
24345737--24346045	36	8.7	35	74	9	164	54	14	13	17	1.72
24345650--24346398	107	7.1	106	74	8	402	55	14	13	16	1.70
24346029--24346399	142	2.6	140	79	7	362	55	15	13	16	1.69
24346484--24346709	32	7.0	33	74	8	151	31	12	17	38	1.87
24346550--24346709	65	2.5	66	79	5	191	30	13	18	38	1.88
24347372--24347425	17	2.8	20	73	21	60	5	12	1	79	0.98
24350018--24350412	178	2.2	176	91	3	634	34	12	7	45	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24350017--24350412	59	6.7	58	88	3	587	34	12	7	44	1.71
24350421--24350497	21	3.5	21	73	18	59	77	3	7	10	1.09
24350535--24350583	25	1.9	26	87	4	73	81	4	2	12	0.91
24351431--24351475	22	2.1	22	87	4	65	68	0	6	24	1.13
24351439--24351481	22	2.0	22	85	0	59	69	0	6	23	1.12
24351498--24351536	17	2.2	18	90	4	62	76	2	0	20	0.90
24351518--24351558	14	2.9	14	89	7	57	70	0	0	29	0.87
24351512--24351575	17	3.6	17	77	16	51	68	1	0	29	0.99
24351532--24351669	14	9.5	14	68	25	58	60	5	0	33	1.23
24351535--24351586	17	3.2	17	82	17	58	61	3	0	34	1.14
24351538--24351586	15	3.2	16	83	16	52	61	4	0	34	1.15
24351850--24351910	1	61.0	1	81	0	68	3	0	6	90	0.55
24351849--24351903	19	2.8	20	91	8	96	5	0	5	89	0.61
24351850--24351910	28	2.2	28	90	0	95	3	0	6	90	0.55
24351850--24351903	10	5.6	10	86	4	76	3	0	5	90	0.53
24351921--24352260	42	8.1	41	90	4	520	35	22	17	23	1.95
24353471--24353532	20	2.9	22	79	13	67	3	16	0	80	0.83
24353471--24353542	7	10.1	7	78	15	69	2	13	1	81	0.86
24353489--24353545	11	5.7	10	77	20	57	0	14	1	84	0.71
24353499--24353538	12	3.2	12	89	10	55	0	12	2	85	0.71
24353481--24353541	27	2.2	28	85	8	81	1	13	1	83	0.79
24353489--24353544	17	3.5	17	73	14	55	0	12	1	85	0.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24357411--24357559	61	2.5	59	92	4	237	32	12	10	44	1.76
24361772--24361812	15	2.7	15	84	0	55	46	7	24	21	1.77
24363483--24363528	9	4.5	10	82	17	51	30	0	8	60	1.26
24363485--24363553	19	3.5	20	72	18	63	28	1	5	63	1.26
24363534--24363653	17	6.8	17	70	22	54	29	0	4	66	1.10
24363490--24363583	40	2.4	39	79	11	102	31	1	7	59	1.32
24363563--24363611	15	3.2	15	78	21	57	34	0	4	61	1.15
24363565--24363627	23	2.9	22	80	13	60	33	0	3	63	1.10
24363989--24364042	26	2.2	25	83	6	65	38	1	20	38	1.63
24364545--24364591	25	1.9	24	86	4	67	12	4	4	78	1.04

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