genome.fa.s223.2.7.7.80.10.50.1000.147.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168048.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_3, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33276047

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23831673--23831838	66	2.5	66	77	5	167	45	6	7	40	1.58
23832201--23832312	21	5.3	21	72	15	72	49	9	4	36	1.56
23832217--23832332	21	5.5	21	73	0	79	50	7	3	37	1.48
23832304--23832357	27	2.0	27	92	0	90	59	3	1	35	1.26
23832496--23832542	2	23.5	2	86	0	67	48	4	2	44	1.34
23832567--23832601	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
23855078--23855115	20	1.9	20	89	10	60	63	2	5	28	1.30
23858004--23858048	21	2.1	21	100	0	90	26	22	8	42	1.83
23858938--23858995	26	2.3	25	82	14	66	51	1	1	44	1.21
23859408--23859531	59	2.1	59	82	5	144	54	18	4	22	1.63
23860380--23860434	20	2.7	21	83	11	78	47	9	5	38	1.58
23860556--23860647	20	4.8	20	77	12	88	51	10	6	31	1.62
23860537--23860634	35	2.7	36	81	16	121	51	10	6	32	1.61
23860563--23860658	21	5.0	20	77	16	80	52	10	6	31	1.60
23860681--23860709	8	3.8	8	95	4	51	65	0	0	34	0.93
23870197--23870258	13	4.3	13	78	17	61	1	17	0	80	0.79
23870191--23870269	19	4.1	19	75	18	65	2	17	0	79	0.84
23870194--23870262	31	2.3	29	79	16	79	1	18	0	79	0.80
23871277--23871386	25	4.2	25	73	17	98	55	10	2	30	1.49
23871237--23871493	77	3.3	78	83	10	226	51	11	4	31	1.59
23871305--23871395	25	3.1	31	71	19	104	51	12	4	31	1.58
23871281--23871395	56	2.1	56	95	3	205	53	12	3	31	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23871379--23871417	20	2.0	20	100	0	78	48	10	5	35	1.59
23871288--23871493	77	2.6	78	90	3	315	51	11	4	32	1.59
23871288--23871429	24	5.8	24	76	18	139	52	11	3	33	1.54
23871444--23871539	20	4.7	21	70	17	78	54	9	5	31	1.55
23871520--23871572	16	3.3	16	83	0	70	50	5	9	33	1.58
23871508--23871572	32	2.0	33	90	3	105	50	6	9	33	1.59
23885574--23886775	358	3.4	356	83	2	1441	37	15	11	35	1.84
23885574--23886823	357	3.5	357	82	3	1426	37	15	11	35	1.83
23894224--23894248	13	1.9	13	100	0	50	24	0	0	76	0.80
23895609--23895703	49	2.0	48	81	6	111	34	16	9	38	1.81
23895697--23895863	63	2.7	62	75	9	144	33	17	14	34	1.90
23895901--23896176	65	4.3	65	75	11	244	39	11	11	36	1.79
23895901--23896216	65	4.9	65	72	12	222	38	11	12	38	1.78
23895966--23896237	127	2.1	128	79	6	284	38	12	10	38	1.78
23895909--23896703	62	12.8	62	68	14	221	36	12	11	38	1.80
23896408--23896636	118	1.9	118	85	3	318	37	13	11	37	1.81
23898147--23898196	3	16.7	3	95	0	91	66	2	0	32	1.03
23898197--23898227	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
23899516--23899559	22	2.0	22	86	8	63	63	0	0	36	0.95
23899744--23899781	15	2.5	15	87	8	51	47	0	0	52	1.00
23900391--23900463	23	3.3	21	76	14	67	47	0	1	50	1.09
23902768--23902800	13	2.4	14	90	5	50	81	0	15	3	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23917754--23917796	2	23.5	2	82	17	58	48	0	0	51	1.00
23920276--23920306	14	2.2	14	94	0	53	25	0	3	70	1.02
23921571--23921620	19	2.8	17	77	14	55	8	8	4	80	1.03
23921594--23921636	22	2.0	22	86	9	61	11	6	4	76	1.13
23922030--23922093	24	2.5	26	82	10	87	51	21	7	18	1.71
23922069--23922183	42	2.8	41	77	9	133	44	20	10	24	1.83
23922550--23922706	35	4.4	35	83	5	181	36	12	15	36	1.84
23923607--23923652	19	2.5	19	86	10	60	6	15	0	78	0.95
23927710--23927755	17	2.7	17	87	9	67	6	6	10	76	1.16
23928735--23928765	14	2.2	14	94	0	53	25	0	3	70	1.02
23930084--23930118	5	6.8	5	87	6	52	80	2	0	17	0.84
23930083--23930118	16	2.2	16	95	0	63	80	2	0	16	0.83
23930384--23930427	7	6.0	7	84	5	52	72	2	0	25	0.96
23930378--23930426	15	3.3	15	83	11	64	75	2	0	22	0.90
23930378--23930417	16	2.5	15	84	11	53	80	0	0	20	0.72
23931969--23932079	53	2.1	53	80	6	118	31	20	11	36	1.89
23934952--23935007	6	8.7	6	76	20	51	82	0	14	3	0.81
23934949--23935007	26	2.3	25	83	13	75	83	0	13	3	0.78
23934952--23935007	25	2.2	25	87	12	78	82	0	14	3	0.81
23934952--23934997	14	3.4	14	75	24	53	80	0	15	4	0.86
23936462--23936609	22	6.7	22	78	10	124	34	20	14	29	1.93
23936456--23936636	88	2.1	88	86	2	247	32	21	15	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23936595--23936713	22	5.4	22	70	9	91	33	13	15	36	1.87
23937121--23937293	38	4.4	38	76	9	136	23	11	17	47	1.80
23937244--23937382	43	3.2	43	79	2	145	30	9	13	46	1.75
23937620--23937718	18	5.4	19	78	6	87	26	12	12	49	1.75
23946954--23946983	13	2.2	14	94	5	53	23	20	0	56	1.42
23946977--23947019	22	2.0	22	95	0	77	44	13	4	37	1.65
23947002--23947038	14	2.5	15	86	8	58	59	8	0	32	1.27
23960063--23960117	27	2.1	26	86	3	74	34	10	0	54	1.36
23960425--23960484	23	2.6	23	79	10	59	38	1	0	60	1.07
23961471--23961555	30	2.8	32	78	7	88	52	1	0	45	1.08
23963051--23963081	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
23963688--23963734	23	2.1	23	92	7	80	51	6	0	42	1.27
23963859--23963968	58	1.9	58	88	3	168	50	9	3	36	1.51
23969449--23969497	21	2.2	21	82	7	53	22	0	26	51	1.49
23969747--23969772	12	2.2	12	100	0	52	30	7	0	61	1.24
23969942--23970003	19	3.4	17	76	10	61	29	1	1	67	1.09
23970031--23970074	23	1.9	23	86	9	63	56	2	0	40	1.11
23971359--23971391	3	11.3	3	87	6	50	30	3	0	66	1.06
23971569--23971684	37	3.1	37	78	2	126	47	18	20	12	1.82
23971751--23971839	38	2.4	38	84	1	117	49	16	17	15	1.80
23971621--23971949	148	2.3	143	79	4	356	44	19	17	17	1.87
23971872--23972055	88	2.1	88	87	0	260	41	20	19	19	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23972094--23972172	38	2.1	38	85	2	106	50	15	20	13	1.77
23972103--23972191	38	2.4	38	76	1	90	53	15	17	12	1.72
23972219--23972272	22	2.5	22	93	0	90	44	18	11	25	1.83
23972721--23972745	11	2.3	11	100	0	50	0	8	8	84	0.79
23972865--23973314	33	13.9	31	74	9	271	34	14	19	31	1.92
23973123--23973243	62	2.0	62	88	6	183	33	14	22	28	1.94
23973014--23973276	98	2.7	96	83	5	284	34	14	18	31	1.92
23973478--23973557	22	3.6	23	78	9	76	20	18	22	38	1.93
23975082--23975116	12	2.9	12	84	16	54	0	14	2	82	0.77
23975773--23975820	8	6.0	8	79	16	55	4	10	0	85	0.73
23977489--23977566	16	4.9	16	76	6	68	51	7	19	21	1.72
23977490--23977566	32	2.4	32	86	0	100	51	7	18	22	1.71
23981010--23981118	52	2.1	52	96	0	200	19	3	32	44	1.68
23981142--23981211	14	4.9	14	72	16	54	17	0	28	54	1.43
23981058--23981190	58	2.3	59	80	3	144	20	2	31	45	1.63
23981113--23981253	29	4.8	29	71	6	88	21	0	27	50	1.54
23981429--23981503	32	2.3	33	83	2	89	28	6	1	64	1.27
23981605--23981633	13	2.1	14	93	6	51	31	3	0	65	1.09
23981709--23981752	23	1.9	23	86	9	63	56	4	0	38	1.20
23982460--23982492	17	1.9	17	88	11	50	6	9	18	66	1.40
23983033--23983064	14	2.3	15	89	10	50	0	15	0	84	0.63
23983096--23983126	3	10.7	3	93	6	55	29	0	0	70	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23986903--23986927	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
23990102--23990134	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
23991263--23991320	12	4.5	13	77	10	57	51	10	0	37	1.36
23994873--23994904	3	10.7	3	100	0	64	34	0	31	34	1.58
23999547--23999757	114	1.9	114	91	0	350	40	20	7	31	1.79
24002645--24002692	3	15.7	3	80	4	51	31	0	4	64	1.12
24006344--24006369	12	2.2	12	100	0	52	34	0	0	65	0.93
24008412--24008551	52	2.7	52	87	3	203	45	6	16	31	1.72
24009154--24009202	25	1.9	26	91	4	82	10	4	6	79	1.03
24010019--24010082	24	2.7	25	76	9	80	21	0	6	71	1.07

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