genome.fa.s223.2.7.7.80.10.50.1000.54.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168048.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_3, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33276047

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8930942--8931051	8	13.9	8	81	16	106	10	12	0	76	1.02
8930942--8931045	17	6.2	17	73	22	64	10	12	0	76	1.01
8936071--8936114	18	2.4	19	84	3	54	50	11	9	29	1.69
8937274--8937306	3	11.3	3	87	6	50	66	0	3	30	1.06
8948675--8948771	37	2.6	37	96	0	176	42	23	0	34	1.55
8952004--8952194	7	29.4	7	70	15	88	18	1	32	47	1.55
8951998--8952120	19	6.2	19	69	15	70	13	1	34	49	1.52
8951998--8952033	18	1.9	19	88	5	56	13	0	38	47	1.44
8952061--8952194	13	10.2	13	68	12	67	19	0	32	47	1.55
8952110--8952162	20	2.6	20	78	3	70	24	0	32	43	1.55
8952143--8952194	26	2.0	26	88	0	77	21	0	32	46	1.52
8958853--8959007	51	3.1	51	85	5	192	48	10	13	27	1.75
8959570--8959637	8	8.4	8	81	15	68	13	10	1	75	1.12
8959570--8959637	17	4.2	17	76	16	72	13	10	1	75	1.12
8967128--8967162	15	2.3	15	95	0	61	65	8	5	20	1.40
8967239--8967386	79	1.9	79	91	1	244	50	15	25	8	1.71
8968652--8968689	3	12.7	3	100	0	76	68	0	0	31	0.90
8969514--8969542	14	2.1	14	93	6	51	48	6	6	37	1.57
8969527--8969565	18	2.2	18	90	0	60	53	7	5	33	1.51
8969568--8969625	21	2.9	21	84	5	66	53	6	5	34	1.50
8971366--8971464	17	5.9	17	73	14	73	34	10	16	39	1.82
8971366--8971464	33	3.0	32	77	7	92	34	10	16	39	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8971415--8971471	17	3.4	17	71	9	53	31	10	19	38	1.86
8971434--8971538	51	2.1	51	92	0	174	35	13	12	39	1.82
8971423--8971515	17	5.5	17	77	7	73	37	10	12	38	1.79
8971830--8971910	23	3.5	22	75	8	63	44	13	8	33	1.74
8971853--8971901	24	2.0	24	92	0	80	51	10	6	32	1.61
8971681--8971969	45	6.4	44	74	9	172	42	14	7	35	1.74
8972173--8972238	34	1.9	34	84	6	89	40	18	15	25	1.89
8973018--8973068	14	3.6	14	79	10	59	3	13	0	82	0.81
8973017--8973063	18	2.6	17	87	12	67	4	12	0	82	0.80
8975501--8975620	63	1.9	63	86	3	170	39	10	9	40	1.72
8979413--8979466	26	2.0	27	89	10	83	42	1	1	53	1.22
8984949--8985036	29	3.0	28	84	12	99	46	0	1	52	1.08
8985121--8985197	29	2.7	29	87	0	109	48	2	0	49	1.15
8992797--8992826	16	1.9	16	93	6	53	33	0	13	53	1.40
8993853--8993949	5	19.2	5	73	13	58	55	4	4	36	1.38
8994124--8994461	114	3.0	113	76	4	313	34	16	25	22	1.95
9005851--9005916	32	2.2	30	78	19	75	75	0	6	18	1.00
9005855--9005915	5	11.8	5	78	14	54	75	0	6	18	1.01
9006301--9006346	19	2.4	19	81	0	65	71	17	2	8	1.21
9006783--9006840	3	19.3	3	79	13	57	62	3	3	31	1.29
9008444--9008494	18	3.0	17	77	8	59	76	3	17	1	1.03
9010136--9010251	7	17.3	7	71	14	57	20	0	33	45	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9010147--9010210	26	2.4	26	84	7	76	21	0	32	45	1.52
9010140--9010210	13	5.3	13	76	10	63	21	0	35	43	1.53
9010183--9010263	20	4.1	20	80	4	85	18	0	33	48	1.49
9010222--9010263	13	3.2	13	80	9	50	19	0	30	50	1.48
9012671--9012733	32	1.9	33	90	3	101	42	17	15	23	1.88
9012864--9013098	35	6.8	35	72	4	138	39	14	17	29	1.89
9013196--9013280	31	2.8	30	77	7	82	40	17	15	27	1.89
9013531--9013592	19	3.0	20	79	13	63	4	14	1	79	0.98
9013551--9013594	24	1.9	22	86	9	61	0	15	2	81	0.78
9013537--9013594	10	5.6	10	76	13	55	3	13	1	81	0.91
9015291--9015335	15	2.8	17	74	19	51	4	13	6	75	1.15
9015734--9015784	23	2.2	24	82	10	61	3	13	5	76	1.11
9015118--9016031	458	2.0	454	97	0	1339	24	16	12	46	1.82
9016703--9016743	16	2.7	15	81	7	55	14	0	4	80	0.87
9016709--9016744	19	1.9	18	94	5	63	13	0	8	77	0.98
9019894--9019979	37	2.3	37	82	4	102	34	13	18	32	1.90
9021000--9021111	25	4.6	25	80	6	122	54	5	12	27	1.59
9021007--9021102	50	1.9	50	91	0	156	55	5	12	27	1.58
9021189--9021230	9	4.7	9	82	8	50	11	4	4	78	1.06
9021674--9021718	8	5.5	8	82	12	56	0	13	0	86	0.57
9021689--9021719	9	3.6	9	95	4	55	0	9	0	90	0.46
9021682--9021720	14	2.9	13	88	11	53	0	10	0	89	0.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9021673--9021720	21	2.4	20	86	6	62	0	14	0	85	0.60
9021674--9021720	23	2.0	23	92	8	78	0	12	0	87	0.55
9021674--9021720	17	2.9	16	87	6	67	0	12	0	87	0.55
9022175--9022293	7	17.7	7	70	10	61	21	0	33	44	1.58
9022172--9022277	27	4.0	26	77	15	101	22	0	32	44	1.60
9022179--9022223	20	2.2	21	92	4	74	15	0	37	46	1.46
9022189--9022269	13	6.2	13	75	9	67	23	1	30	44	1.61
9022266--9022330	20	3.2	20	76	4	69	16	0	38	44	1.48
9022246--9022330	40	2.2	39	85	10	111	18	1	36	43	1.58
9022563--9022613	23	2.3	22	80	10	59	56	31	0	11	1.35
9022946--9023108	85	1.9	85	84	0	218	36	14	16	32	1.89
9032997--9033220	33	6.8	33	74	9	156	29	19	19	32	1.96
9033376--9033457	21	4.1	21	80	11	86	3	17	2	76	1.03
9033383--9033449	26	2.5	28	75	20	72	2	17	1	77	0.97
9040934--9040968	3	11.7	3	87	0	52	31	2	2	62	1.24
9042451--9042779	142	2.3	142	81	5	362	41	12	13	32	1.83
9046546--9046597	16	3.3	15	75	5	50	17	3	1	76	1.02
9046555--9046594	17	2.4	17	87	8	55	15	5	2	77	1.04
9049687--9049820	62	2.2	62	84	10	168	38	13	12	35	1.83
9051184--9051230	3	15.7	3	100	0	94	31	0	0	68	0.90
9052968--9053190	114	2.0	113	83	6	281	34	15	14	35	1.88
9053081--9053393	144	2.2	144	80	6	341	33	12	11	42	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9053129--9053393	145	1.8	143	82	4	336	33	12	10	43	1.77
9055595--9055621	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
9059784--9059823	14	2.9	14	88	3	64	92	0	5	2	0.45
9059784--9059823	1	40.0	1	87	0	53	92	0	5	2	0.45
9059786--9059840	20	2.7	20	91	2	83	85	3	7	3	0.82
9062052--9062076	12	2.1	12	100	0	50	24	24	8	44	1.80
9062192--9062362	53	3.3	51	72	17	165	30	19	15	34	1.93
9062055--9062360	94	3.1	99	81	7	372	33	19	13	34	1.90
9062350--9062397	21	2.3	21	92	0	78	18	20	14	45	1.85
9062093--9062389	101	3.0	100	79	10	315	32	18	13	35	1.90
9062256--9062534	155	1.8	154	92	0	477	30	21	13	34	1.91
9062378--9062610	42	5.4	42	68	14	136	33	21	12	32	1.91
9062376--9062877	134	3.8	135	83	3	572	32	19	12	35	1.90
9062376--9062877	268	1.9	266	82	4	643	32	19	12	35	1.90
9062853--9062885	15	2.2	15	94	0	57	21	24	15	39	1.91
9062950--9063008	24	2.4	24	82	2	73	35	11	6	45	1.67
9063117--9063157	18	2.3	18	91	0	64	21	14	14	48	1.80
9063504--9063609	45	2.4	45	86	0	149	29	21	26	22	1.99
9063407--9063582	22	7.9	22	67	7	68	31	21	21	25	1.98
9063526--9063610	23	3.7	23	76	14	86	31	21	24	22	1.98
9063631--9065727	35	58.5	35	69	12	714	15	17	17	49	1.79
9063632--9063946	107	2.9	107	81	1	353	15	16	18	49	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9064133--9064213	39	2.0	40	88	2	119	13	12	13	60	1.59
9064714--9064817	38	2.8	36	76	13	104	23	23	10	43	1.84
9063739--9065727	36	55.5	36	70	8	559	15	17	17	49	1.79
9064560--9065727	71	16.2	72	73	8	429	14	18	17	49	1.80
9065769--9065833	13	4.9	13	78	10	60	80	9	7	3	1.01
9066338--9066553	114	1.9	112	83	3	281	35	14	12	37	1.84
9066444--9066745	144	2.1	145	84	6	382	32	14	13	39	1.84
9071745--9071957	105	2.0	105	97	0	399	36	8	17	37	1.81
9078306--9078521	63	3.4	63	86	1	299	33	10	26	28	1.90
9078856--9078932	21	3.5	22	85	5	102	33	9	19	37	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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