genome.fa.s223.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168048.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_3, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33276047

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1935349--1935433	11	7.7	11	74	0	62	40	4	3	51	1.40
1935335--1935452	44	2.7	45	80	4	132	40	6	4	48	1.49
1935350--1935477	66	1.9	66	81	6	152	39	3	6	50	1.46
1935433--1935541	44	2.6	43	78	9	100	39	7	9	44	1.64
1935662--1935943	22	12.8	22	67	17	102	37	8	6	48	1.58
1935810--1935867	23	2.5	22	86	5	71	32	6	5	55	1.49
1935912--1935945	11	3.1	11	82	0	50	38	5	5	50	1.51
1936254--1936335	22	3.7	22	88	3	103	39	8	3	48	1.51
1936264--1936971	44	16.1	44	65	13	129	35	10	6	46	1.65
1936266--1936370	22	4.8	22	84	0	102	36	9	6	47	1.62
1936493--1936542	19	2.5	20	81	18	59	36	18	6	40	1.75
1936625--1936795	22	7.9	21	71	9	103	36	11	7	45	1.68
1936611--1936719	43	2.5	44	77	5	114	40	11	4	43	1.62
1936783--1936833	22	2.3	22	86	6	68	33	9	7	49	1.65
1936880--1936953	22	3.4	22	76	0	67	36	10	4	48	1.57
1936876--1936986	44	2.5	44	82	0	123	34	9	6	49	1.61
1937104--1937181	22	3.6	22	77	6	61	37	12	5	44	1.65
1939299--1939342	17	2.6	17	85	3	54	36	2	2	59	1.23
1939652--1939678	14	1.9	14	100	0	54	37	11	14	37	1.82
1939836--1939860	13	1.9	13	100	0	50	60	8	8	24	1.52
1945461--1945970	58	8.7	60	82	8	576	34	13	6	45	1.70
1945461--1945969	60	8.7	58	82	9	601	34	13	6	45	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1945461--1945970	117	4.4	115	84	7	627	34	13	6	45	1.70
1946017--1946049	6	5.7	6	85	7	50	81	0	3	15	0.80
1945983--1946036	27	2.0	27	85	10	74	74	0	9	16	1.07
1945993--1946049	17	3.2	17	77	20	62	77	0	7	15	0.98
1945978--1946049	11	6.2	11	72	26	51	75	0	8	16	1.04
1946913--1947006	23	4.3	23	75	14	74	71	6	5	17	1.26
1946913--1947025	22	5.2	22	71	16	67	68	7	5	19	1.33
1947140--1947198	6	9.3	6	77	14	57	77	1	3	16	0.98
1947359--1947417	1	59.0	1	77	0	55	1	1	8	88	0.66
1947359--1947418	14	4.0	15	82	8	77	1	1	10	86	0.71
1947360--1947417	23	2.6	22	86	8	73	1	1	8	87	0.67
1947359--1947418	30	2.0	31	93	3	104	1	1	10	86	0.71
1947359--1947418	8	7.9	8	80	10	72	1	1	10	86	0.71
1947425--1947721	41	7.1	41	82	5	319	38	21	15	23	1.92
1947448--1947721	83	3.3	83	82	6	313	39	21	15	24	1.91
1949854--1949901	22	2.2	21	77	3	51	62	10	8	18	1.52
1952860--1953472	56	10.8	56	88	6	887	34	13	6	45	1.70
1953488--1953540	17	3.1	17	76	10	54	79	1	5	13	0.99
1953497--1953551	29	1.9	28	82	17	69	78	1	7	12	1.04
1953519--1953552	17	2.0	17	88	0	50	79	2	2	14	0.97
1953578--1953627	7	7.3	7	76	10	50	82	4	0	14	0.82
1954005--1954038	12	2.9	12	86	4	52	32	11	32	23	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1954435--1954527	21	4.3	20	75	15	71	69	5	5	19	1.27
1954651--1954688	3	13.3	3	83	10	53	73	0	0	26	0.83
1954653--1954716	12	5.6	11	77	15	60	75	1	1	21	0.98
1955399--1955423	8	3.1	8	100	0	50	40	12	24	24	1.88
1958586--1958634	17	2.9	16	77	14	53	51	12	6	30	1.64
1958585--1958637	18	3.0	18	74	20	58	50	11	5	32	1.61
1958941--1959048	32	3.7	32	72	24	119	59	8	1	30	1.38
1959020--1959073	21	2.6	21	82	8	74	59	7	1	31	1.36
1958945--1959118	54	3.2	54	88	8	248	59	8	2	29	1.40
1959042--1959105	33	1.9	33	87	6	94	60	6	3	29	1.36
1959074--1959122	21	2.4	20	86	6	71	61	8	4	26	1.42
1959638--1959693	27	2.0	27	82	10	67	44	14	19	21	1.86
1972525--1972572	13	3.6	13	83	10	62	75	0	16	8	1.04
1972524--1972561	20	1.9	20	88	0	58	76	0	15	7	1.01
1973600--1973989	42	9.4	42	85	3	454	25	12	20	41	1.87
1973590--1973976	82	4.7	82	86	4	456	26	12	19	41	1.86
1973607--1973945	124	2.8	122	87	1	471	27	12	19	41	1.87
1973600--1973989	164	2.4	165	85	3	516	25	12	20	41	1.87
1974169--1974211	7	6.7	6	87	10	59	18	0	2	79	0.85
1974168--1974214	12	3.8	12	81	13	51	19	0	2	78	0.85
1974169--1974260	7	13.0	7	76	10	55	18	3	2	76	1.03
1974169--1974211	19	2.2	20	95	4	79	18	0	2	79	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1974233--1974385	4	40.8	4	73	16	50	30	2	3	64	1.23
1974241--1974379	3	41.7	3	75	17	82	30	2	2	64	1.23
1974242--1974368	34	3.6	33	78	15	114	30	3	3	62	1.26
1974241--1974385	23	6.5	22	75	17	97	30	2	2	64	1.22
1974241--1974385	20	7.7	20	74	13	121	30	2	2	64	1.22
1974241--1974387	57	2.6	57	77	7	151	30	2	2	63	1.22
1975215--1975276	4	16.8	4	90	6	80	27	1	0	70	0.96
1975215--1975281	23	3.0	21	82	18	75	28	1	1	68	1.07
1975302--1975369	5	12.8	5	77	22	68	22	2	0	75	0.94
1975308--1975364	13	3.9	15	80	13	66	22	3	0	73	0.98
1975302--1975364	27	2.3	27	84	12	85	22	3	0	74	0.96
1975376--1975553	60	3.0	59	92	3	306	44	5	11	37	1.65
1975454--1975652	102	1.9	103	91	1	328	41	7	13	37	1.73
1975512--1975603	45	2.0	45	97	0	175	36	7	17	38	1.78
1976167--1976249	22	3.8	22	80	0	94	48	6	7	38	1.56
1976290--1976433	66	2.2	66	82	5	166	47	9	5	36	1.60
1976307--1976623	22	14.1	22	70	11	133	47	7	8	36	1.61
1976572--1976675	52	2.0	52	83	7	131	45	5	8	40	1.59
1976637--1976743	43	2.5	43	87	4	144	46	11	4	37	1.60
1976637--1976755	22	5.5	21	77	6	103	45	11	5	37	1.63
1976770--1976819	22	2.3	22	92	0	82	46	8	12	34	1.70
1977109--1977180	22	3.3	22	86	3	92	47	4	11	37	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1977571--1977640	22	3.1	22	84	8	95	51	2	4	41	1.36
1977723--1977779	22	2.5	22	80	2	60	49	7	10	33	1.64
1978358--1978397	16	2.4	17	83	8	55	45	0	5	50	1.23
1978271--1978548	58	4.7	58	83	8	328	35	13	6	44	1.70
1978271--1978549	60	4.7	59	83	3	319	35	13	6	44	1.70
1978577--1978652	11	6.7	11	75	14	50	76	2	6	14	1.10
1979053--1979102	20	2.5	20	83	0	55	26	16	16	42	1.88
1979230--1979282	25	2.2	23	86	6	70	50	13	1	33	1.52
1979539--1979633	22	4.3	20	73	16	66	69	6	6	17	1.31
1979767--1979832	26	2.5	26	85	7	80	77	0	1	21	0.85
1979774--1979832	6	9.5	6	80	14	66	77	0	1	20	0.85
1979727--1979837	38	2.8	39	83	5	116	73	0	3	21	1.03
1979769--1979852	32	2.7	32	82	15	95	77	0	4	17	0.94
1979789--1979852	26	2.5	26	85	12	80	78	0	6	15	0.95
1980038--1980591	42	13.1	42	86	4	688	37	21	16	24	1.93
1981830--1981877	18	2.5	19	83	10	62	12	16	0	70	1.16
1981818--1981877	16	3.8	16	72	12	52	11	16	0	71	1.14
1985808--1986088	60	4.7	57	85	6	355	35	12	7	45	1.69
1985974--1986070	29	3.2	32	65	19	82	34	10	6	49	1.62
1985808--1986107	118	2.5	117	86	5	408	36	11	7	45	1.68
1986104--1986188	24	3.5	24	72	23	79	75	2	5	16	1.10
1986143--1986195	27	1.9	28	82	17	67	75	1	5	16	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1986218--1986247	13	2.2	13	94	5	51	73	0	0	26	0.84
1987105--1987154	9	4.9	10	75	20	50	66	0	4	30	1.10
1987115--1987181	21	3.1	21	78	18	66	61	4	5	28	1.39
1987299--1987371	17	4.4	17	72	19	73	73	1	1	23	0.98
1987261--1987388	48	2.6	50	78	8	140	72	2	3	21	1.12
1987318--1987384	33	2.1	32	83	13	84	76	2	4	16	1.08
1987474--1987575	22	4.7	21	75	10	80	50	7	4	36	1.53
1987572--1987619	22	2.2	22	81	7	53	52	10	6	31	1.60
1987648--1987690	22	2.0	22	90	0	68	51	4	9	34	1.55
1988037--1988132	21	4.6	21	77	8	99	44	13	8	33	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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