genome.fa.s223.2.7.7.80.10.50.1000.131.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168048.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_3, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33276047

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21071464--21071545	31	2.7	31	86	5	114	50	29	0	20	1.49
21071530--21071604	29	2.6	30	82	4	91	49	32	0	18	1.48
21072723--21072868	64	2.3	64	73	2	141	47	15	19	17	1.83
21072827--21072922	49	2.0	48	87	2	138	40	14	23	20	1.90
21072900--21073213	55	5.8	54	73	8	190	41	12	21	23	1.87
21073583--21073628	18	2.5	19	93	6	78	17	15	8	58	1.61
21073975--21074020	19	2.5	19	82	3	58	6	10	0	82	0.83
21073975--21074010	18	1.9	18	88	5	54	5	13	0	80	0.88
21078061--21078103	17	2.4	18	84	3	52	74	6	2	16	1.14
21078128--21078167	9	4.4	9	90	9	64	87	0	2	10	0.63
21078062--21078160	8	11.9	8	68	15	58	77	4	2	16	1.01
21079088--21079154	28	2.4	28	85	7	91	8	0	11	79	0.95
21079554--21079602	13	3.9	13	76	12	50	69	0	10	20	1.17
21081272--21081321	17	2.5	22	72	27	56	56	0	0	44	0.99
21081274--21081315	17	2.4	18	84	11	61	54	0	0	45	0.99
21083974--21084060	30	2.9	30	72	16	90	50	2	6	40	1.42
21084935--21084979	13	3.3	13	76	11	54	66	2	2	28	1.15
21089722--21089801	19	4.3	19	74	6	83	21	2	33	42	1.66
21089800--21089866	19	3.6	19	70	20	61	11	1	44	41	1.50
21089933--21089976	16	2.6	17	89	7	63	18	4	45	31	1.69
21093557--21093592	17	2.1	17	89	0	54	11	5	2	80	0.98
21096930--21096971	19	2.2	20	91	8	70	28	23	0	47	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21099859--21099902	20	2.1	21	87	4	63	22	18	4	54	1.61
21100056--21100095	21	1.9	21	94	0	71	35	2	27	35	1.71
21104526--21105135	311	2.0	312	87	2	886	38	8	12	41	1.73
21105789--21105838	15	3.4	14	81	8	55	12	14	4	70	1.31
21106670--21106725	29	2.0	27	83	13	69	46	0	0	53	1.00
21112441--21112467	4	6.8	4	100	0	54	48	0	0	51	1.00
21112794--21112822	13	2.1	14	93	6	51	27	0	3	68	1.05
21115661--21115724	31	2.1	31	84	0	83	28	7	14	50	1.70
21115691--21115880	20	9.6	20	66	28	70	29	5	12	52	1.61
21115747--21115815	24	2.9	24	89	6	97	28	4	13	53	1.58
21115692--21115868	79	2.3	79	89	3	259	29	5	11	53	1.59
21115770--21115953	55	3.3	55	84	2	235	27	5	11	54	1.58
21115870--21115913	23	1.9	23	90	0	70	20	6	15	56	1.62
21115876--21115921	23	2.0	22	84	12	58	23	4	10	60	1.47
21115899--21115980	33	2.5	32	84	3	110	26	2	12	58	1.46
21116058--21116118	24	2.6	24	82	10	72	32	3	9	54	1.50
21116289--21116357	18	3.8	18	74	14	70	33	5	11	49	1.63
21118466--21118724	140	1.9	140	84	4	353	45	15	7	31	1.73
21121873--21121920	12	3.7	12	80	20	60	18	0	31	50	1.48
21123647--21123705	31	1.9	31	85	0	82	27	25	16	30	1.97
21125130--21125201	35	2.1	35	94	0	126	33	22	12	31	1.91
21125348--21125556	62	3.3	61	72	12	163	33	11	13	41	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21132495--21132540	23	2.0	23	100	0	92	39	4	4	52	1.41
21136918--21136952	18	2.1	18	89	10	56	71	0	2	25	1.00
21137240--21137267	14	2.0	14	100	0	56	57	14	21	7	1.61
21141099--21141126	7	4.0	7	100	0	56	0	14	0	85	0.59
21143422--21143481	22	2.7	22	82	12	70	41	8	16	33	1.78
21147319--21147378	28	2.1	27	79	8	66	35	5	5	55	1.44
21149303--21149338	17	2.1	17	100	0	72	47	5	5	41	1.50
21149703--21149788	42	2.0	42	90	0	136	43	4	6	45	1.51
21150673--21150711	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
21153206--21153238	15	2.1	16	94	5	59	33	27	0	39	1.57
21153288--21153324	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
21155249--21155278	2	15.5	2	93	6	53	53	0	46	0	1.00
21155491--21155574	3	28.0	3	72	4	53	27	1	3	67	1.14
21155491--21155547	21	2.8	20	89	7	87	24	1	5	68	1.20
21155967--21156030	16	4.2	15	75	9	58	17	3	4	75	1.11
21157280--21157327	24	2.0	24	88	8	71	39	25	14	20	1.91
21157697--21157773	25	3.2	25	62	20	65	27	9	29	33	1.88
21157680--21157775	46	2.1	46	100	0	192	28	9	29	33	1.88
21158993--21159046	11	4.7	11	78	14	56	18	5	9	66	1.39
21159007--21159060	25	2.2	25	82	0	63	24	3	5	66	1.29
21159043--21159085	13	3.4	12	84	15	52	25	2	0	72	0.97
21162881--21162905	9	2.8	9	100	0	50	92	0	8	0	0.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21164268--21164422	44	3.5	45	77	7	156	35	12	12	39	1.81
21164268--21164432	88	1.9	88	89	0	258	35	12	12	40	1.80
21164287--21164571	97	3.1	89	80	9	279	35	13	11	40	1.80
21164401--21164607	97	2.1	97	99	0	407	32	15	7	43	1.76
21164640--21164709	19	3.8	19	75	7	72	30	11	10	48	1.72
21164651--21164736	36	2.4	36	84	0	109	29	16	9	45	1.78
21164846--21165112	17	15.0	17	68	14	119	28	14	12	44	1.81
21164846--21165111	36	7.5	37	72	10	155	28	14	12	44	1.81
21164888--21165012	55	2.3	55	83	8	148	28	12	12	46	1.79
21164651--21165046	206	1.9	204	84	6	530	28	14	11	44	1.81
21164979--21165091	53	2.1	53	85	0	145	30	15	11	43	1.81
21165524--21165568	21	2.0	23	83	8	58	24	15	22	37	1.93
21165815--21165845	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
21167809--21167964	58	2.7	57	90	3	224	42	5	12	38	1.67
21171904--21171968	34	1.9	34	90	6	105	73	0	16	9	1.07
21171905--21172004	41	2.4	40	82	12	114	77	0	15	8	0.99
21171939--21171982	14	3.1	14	87	9	54	79	0	13	6	0.92
21171956--21171987	14	2.4	14	94	5	57	87	0	12	0	0.54
21173843--21173963	41	2.9	42	86	8	158	21	13	23	42	1.88
21176093--21176366	61	4.7	57	78	10	286	44	6	11	37	1.68
21176091--21176366	119	2.4	115	83	8	337	44	6	11	36	1.68
21177270--21177313	19	2.2	20	84	4	63	13	0	25	61	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21177269--21177316	20	2.4	21	79	10	64	12	0	27	60	1.32
21177654--21177693	14	2.7	15	84	7	55	25	2	0	72	0.97
21177653--21177695	13	3.4	12	84	15	52	25	2	0	72	0.97
21179275--21179305	16	1.9	16	93	0	53	19	0	35	45	1.51
21179322--21179433	32	3.6	31	82	8	131	16	0	32	50	1.52
21179264--21179429	14	11.5	14	71	21	103	15	0	34	48	1.50
21179304--21179434	16	8.4	16	74	18	116	14	0	35	48	1.49
21180900--21180949	23	2.2	22	89	3	73	40	0	0	60	0.97
21180938--21180981	3	14.7	3	80	0	52	43	0	0	56	0.99
21180915--21180980	15	4.3	15	78	3	69	43	0	0	56	0.99
21187778--21187889	58	1.9	58	92	0	188	36	8	14	40	1.77
21188448--21188485	16	2.4	16	95	0	67	50	34	15	0	1.45
21191770--21191804	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
21192102--21192135	2	17.0	2	93	0	59	47	0	2	50	1.16
21192770--21192816	20	2.4	19	80	19	53	29	0	4	65	1.11
21194223--21194261	7	5.9	7	87	6	55	87	0	0	12	0.55
21194226--21194279	12	5.0	11	74	19	51	85	1	1	11	0.76
21194223--21194280	18	3.2	18	82	4	71	82	1	1	13	0.82
21194226--21194268	19	2.2	20	91	4	70	86	0	0	13	0.58
21194223--21194274	26	2.0	26	88	0	77	84	1	0	13	0.70
21200541--21200584	23	1.9	23	90	0	70	36	11	22	29	1.89
21201706--21201880	62	2.8	62	91	3	280	32	14	12	40	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21201704--21201916	62	3.4	62	87	3	259	31	17	11	39	1.85
21202045--21202133	46	1.9	47	83	2	117	35	10	17	35	1.84
21209498--21209522	13	1.9	13	100	0	50	8	0	8	84	0.79
21209590--21209656	26	2.7	24	79	9	71	73	0	4	22	1.01
21209595--21209642	17	2.9	16	84	9	69	70	0	4	25	1.04
21210572--21210607	3	12.3	3	88	5	56	63	0	2	33	1.08
21210829--21211006	87	2.0	87	89	2	268	42	14	24	18	1.88
21211140--21211667	238	2.2	238	80	3	562	41	14	25	18	1.89
21211232--21211664	119	3.6	117	75	8	349	41	15	25	18	1.89
21212938--21213006	7	9.6	7	76	16	61	1	20	2	75	1.01

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