genome.fa.s223.2.7.7.80.10.50.1000.126.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168048.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_3, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33276047

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   

This is table  126  of  190  ( 22769 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19825813--19833644	362	21.9	358	74	8	5036	40	8	9	41	1.68
19830275--19830319	16	2.6	18	79	17	58	44	8	6	40	1.62
19830275--19830319	18	2.6	17	82	13	56	44	8	6	40	1.62
19830275--19830325	18	2.9	17	75	21	52	47	7	7	37	1.62
19833463--19833501	19	1.9	20	85	15	53	41	10	17	30	1.83
19833749--19834497	181	4.1	181	75	10	653	41	10	8	40	1.68
19834511--19835151	181	3.6	178	81	5	650	39	9	8	42	1.68
19836267--19836299	18	1.9	17	88	11	50	42	6	3	48	1.43
19835795--19836331	277	1.9	277	94	0	948	39	10	9	41	1.72
19836492--19837120	179	3.5	180	79	8	572	40	7	9	42	1.66
19837279--19837670	181	2.2	181	83	2	480	45	8	7	39	1.63
19837319--19837848	181	3.0	178	80	5	534	42	9	7	40	1.65
19837971--19838036	3	22.7	3	84	6	91	66	4	0	28	1.11
19838669--19839267	180	3.4	176	78	7	559	41	8	9	41	1.67
19839614--19841155	181	8.6	180	74	7	859	41	9	7	41	1.66
19839901--19840879	357	2.7	353	76	7	790	41	9	7	41	1.65
19840828--19840880	17	3.1	18	75	10	56	41	9	1	47	1.47
19840668--19841155	180	2.7	180	77	4	412	40	9	7	42	1.66
19841152--19842323	181	6.5	181	76	6	862	42	9	8	39	1.67
19841152--19842293	362	3.1	356	76	8	1038	42	9	8	39	1.67
19842351--19846273	181	21.9	179	75	7	2419	42	9	7	40	1.65
19844867--19844908	20	2.1	20	86	8	59	40	7	0	52	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19842351--19846310	537	7.4	541	76	8	2603	42	9	7	40	1.65
19845884--19845916	18	1.9	17	88	11	50	42	6	3	48	1.43
19859637--19859693	24	2.4	23	80	11	71	12	5	19	63	1.47
19860294--19860559	125	2.1	125	82	4	322	37	13	13	35	1.84
19860786--19860824	12	3.2	12	92	0	60	35	28	5	30	1.79
19862332--19862497	8	20.4	8	68	21	69	73	0	18	8	1.07
19862344--19862435	17	5.3	17	66	26	50	72	0	18	8	1.09
19862360--19862448	27	3.3	26	77	16	83	74	0	19	6	1.04
19862342--19862497	70	2.2	68	81	13	176	73	0	18	8	1.08
19862404--19862474	21	3.5	21	78	16	78	77	0	16	5	0.95
19862413--19862477	21	3.1	21	79	20	82	78	0	16	4	0.91
19862458--19862497	15	2.9	14	82	10	55	72	0	17	10	1.11
19863193--19863317	63	2.0	63	84	3	162	30	12	31	26	1.92
19863193--19863339	63	2.3	63	80	2	152	31	12	29	26	1.92
19864277--19864615	41	8.3	41	81	8	338	24	10	18	46	1.81
19864557--19864676	61	2.0	61	86	0	168	26	8	18	46	1.77
19864516--19864716	102	2.0	102	87	5	291	27	9	17	45	1.80
19864626--19864830	41	4.9	41	76	9	162	28	11	15	43	1.82
19864483--19864748	143	1.9	143	85	1	372	26	10	18	44	1.82
19865244--19865339	28	3.5	28	81	7	99	30	3	2	64	1.20
19865272--19865388	49	2.6	43	73	19	110	25	5	1	67	1.21
19865262--19865370	26	4.3	26	78	11	95	26	4	1	66	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19865325--19865388	19	3.0	22	82	15	80	26	6	0	67	1.14
19865272--19865390	42	2.6	43	78	15	125	26	5	1	67	1.21
19866218--19866268	4	13.2	4	77	8	52	25	0	3	70	1.04
19867233--19867262	15	1.9	16	93	6	53	73	6	16	3	1.18
19867307--19867332	11	2.4	11	100	0	52	23	0	15	61	1.33
19868145--19868248	53	2.0	53	83	7	131	55	9	10	24	1.63
19873947--19874040	48	2.0	48	84	0	125	11	19	38	30	1.87
19875374--19875404	1	31.0	1	100	0	62	100	0	0	0	0.00
19879797--19879825	11	2.6	11	100	0	58	48	6	6	37	1.57
19880068--19880116	18	2.7	18	84	6	55	67	0	4	28	1.09
19884111--19884273	76	2.1	76	83	4	204	32	12	19	35	1.89
19884421--19884601	82	2.2	82	90	0	281	28	14	19	37	1.92
19884183--19884557	203	1.8	203	87	1	554	30	13	19	35	1.91
19884922--19885139	42	5.2	42	83	4	260	24	13	22	39	1.90
19884922--19885160	126	1.9	126	85	1	327	24	13	22	40	1.89
19885301--19885535	51	4.6	51	80	3	231	34	11	17	37	1.85
19885300--19885536	102	2.3	102	80	6	257	34	10	17	37	1.85
19885300--19885561	51	5.1	51	76	10	205	32	11	17	38	1.86
19886282--19886338	17	3.4	16	76	13	53	63	15	1	19	1.40
19886507--19886542	10	3.6	10	96	0	63	22	0	13	63	1.29
19888824--19888876	21	2.5	21	79	11	56	60	0	18	20	1.36
19903621--19903654	14	2.3	15	90	5	52	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19908721--19908942	55	4.0	53	75	13	180	50	7	9	32	1.62
19908704--19908885	56	3.4	54	78	13	180	54	7	6	31	1.53
19908704--19908985	110	2.6	111	78	12	262	51	7	8	33	1.60
19910624--19910721	49	2.0	49	91	0	160	43	11	7	37	1.68
19915989--19916245	128	2.0	128	100	0	514	44	13	21	20	1.85
19917423--19917486	27	2.3	27	86	2	83	31	1	3	64	1.19
19917461--19917504	17	2.6	16	78	7	52	47	2	0	50	1.13
19917507--19917568	23	2.6	23	78	16	65	48	0	1	50	1.10
19917524--19917556	17	1.9	17	100	0	66	48	0	0	51	1.00
19917725--19917760	16	2.2	18	85	14	51	50	0	8	41	1.33
19918429--19918708	151	1.8	153	83	4	379	15	20	11	53	1.72
19922778--19923069	153	1.9	153	91	1	478	38	14	22	24	1.91
19926962--19927024	26	2.3	26	79	12	74	63	1	3	31	1.19
19927422--19927456	14	2.5	13	86	13	52	45	0	0	54	0.99
19927469--19927501	11	2.9	12	86	13	52	51	0	0	48	1.00
19927542--19927584	21	2.0	22	86	13	63	60	6	0	32	1.23
19928320--19928351	17	1.9	17	93	6	57	37	12	15	34	1.85
19928612--19928654	11	3.9	11	81	0	50	23	2	2	72	1.08
19929530--19929568	20	1.9	21	89	5	62	17	0	7	74	1.05
19929535--19929586	24	2.2	23	80	12	61	15	0	11	73	1.11
19930579--19930613	12	2.9	12	91	0	52	48	11	0	40	1.39
19930584--19930621	12	3.2	12	92	0	58	50	7	0	42	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19933104--19933159	25	2.3	24	84	9	69	64	1	0	33	1.04
19933126--19933159	12	2.8	12	90	0	59	70	0	0	29	0.87
19933179--19933252	29	2.8	27	80	13	82	45	2	1	50	1.24
19933179--19933241	29	2.2	28	86	5	83	44	3	1	50	1.27
19933241--19933277	14	2.8	14	88	8	51	54	5	0	40	1.24
19933430--19933472	20	2.1	20	86	4	59	34	2	0	62	1.08
19939569--19939625	24	2.5	23	81	10	64	61	0	3	35	1.13
19939601--19939699	40	2.4	43	75	14	109	51	0	0	48	1.00
19939678--19939743	20	3.0	20	70	19	51	53	1	0	45	1.09
19941677--19954011	962	12.9	962	95	2	22243	38	19	12	29	1.89
19941677--19947135	481	11.4	481	99	0	10692	37	20	12	29	1.90
19947152--19954011	481	14.4	481	95	2	11867	38	19	12	29	1.89
19953862--19954461	150	4.0	150	97	0	1110	41	16	14	26	1.87
19947151--19956246	962	9.6	925	90	4	9197	38	19	12	29	1.88
19954312--19956246	936	2.0	941	92	2	3208	39	18	11	30	1.86
19955961--19956530	283	2.0	283	87	1	829	40	18	10	30	1.84
19955495--19956929	758	1.9	756	89	2	2052	39	17	11	31	1.85
19957106--19957136	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
19957212--19957532	169	1.9	169	83	7	416	43	8	5	42	1.60
19957728--19957769	16	2.4	17	88	11	59	42	11	0	45	1.41
19957452--19961073	181	20.1	181	77	7	2204	41	9	8	40	1.68
19956954--19961073	361	11.4	362	76	7	2945	41	9	7	40	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19959536--19959580	17	2.6	18	79	13	58	40	6	8	44	1.62
19961379--19961426	18	2.8	16	84	9	51	41	8	2	47	1.45
19961905--19961950	24	1.9	24	82	8	58	50	6	6	36	1.54
19965487--19965710	112	2.0	112	99	0	439	30	14	19	36	1.91
19977860--19977921	31	2.0	31	90	0	97	56	17	12	12	1.67
19978936--19978988	26	2.0	26	82	7	63	20	11	7	60	1.55
19985255--19985296	21	2.0	22	85	4	59	54	2	0	42	1.13
19986980--19987033	24	2.4	22	84	6	63	5	31	3	59	1.38
19987024--19987072	24	2.0	24	88	7	73	2	16	2	79	0.92
19989177--19989218	12	3.5	12	80	0	57	38	0	30	30	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190