genome.fa.s223.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168048.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_3, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33276047

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54--1458	181	7.8	179	77	6	1093	42	9	6	41	1.63
2160--2298	65	2.2	65	85	6	185	39	10	10	38	1.75
2398--2543	61	2.3	63	80	3	170	36	12	10	39	1.78
3283--3428	61	2.3	63	83	3	188	36	13	10	39	1.78
1765--3521	885	2.0	884	94	0	3122	34	14	14	37	1.86
8480--8604	34	3.7	34	79	6	128	40	20	10	28	1.85
8480--8625	68	2.1	68	81	5	161	39	21	10	28	1.87
8480--8624	34	4.3	35	77	5	118	39	21	11	28	1.87
8767--10729	181	10.9	180	77	6	1570	42	8	7	41	1.63
8883--10729	360	5.1	358	77	8	1502	43	8	7	41	1.62
8825--10729	542	3.5	535	78	7	1516	43	8	7	41	1.62
11275--11589	164	1.9	167	82	5	401	42	8	6	41	1.63
12419--12515	20	5.1	20	70	18	73	27	6	11	54	1.59
12425--12550	55	2.3	55	94	0	216	26	6	12	54	1.61
12511--12560	23	2.3	22	80	12	59	26	4	10	60	1.47
12511--12582	24	3.0	23	76	15	67	26	2	12	58	1.48
12602--12636	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
12632--12674	18	2.3	18	92	4	68	25	4	9	60	1.47
12675--12778	18	5.9	18	68	10	56	33	7	11	47	1.68
12796--12873	18	4.2	19	71	18	65	38	3	10	47	1.56
12860--12918	13	4.5	13	75	21	52	33	8	11	45	1.71
12921--12968	25	2.0	24	84	12	62	31	6	14	47	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13453--13647	107	1.8	107	91	2	320	33	10	8	47	1.69
13710--14022	172	1.8	174	84	4	436	44	10	4	40	1.59
13842--14824	180	5.5	182	73	12	489	42	9	7	40	1.64
15027--17879	177	15.8	177	72	10	1273	42	8	7	41	1.63
15458--15499	18	2.4	17	84	11	50	42	7	2	47	1.43
16397--16444	20	2.4	20	100	0	96	33	8	6	52	1.57
16465--17845	181	7.6	181	76	6	965	43	8	7	40	1.64
19599--22387	180	15.5	180	76	7	2024	42	9	7	40	1.67
19599--22387	361	7.8	361	77	6	2286	42	9	7	40	1.67
19981--22387	721	3.3	712	78	7	1856	42	9	7	40	1.66
22229--22539	152	2.0	153	88	2	464	42	7	9	41	1.65
22462--23087	181	3.5	179	81	6	675	42	8	7	40	1.65
22965--23233	141	1.9	139	83	5	346	40	9	6	43	1.64
21771--23329	688	2.3	681	78	7	1455	42	9	7	40	1.66
23137--23571	177	2.4	173	79	9	403	41	6	8	42	1.62
23106--26639	181	19.6	180	73	9	1983	41	8	7	41	1.64
25916--25971	17	3.1	18	73	23	55	33	10	8	46	1.70
26295--26336	18	2.4	18	84	15	61	45	9	0	45	1.36
30385--34706	181	24.2	180	73	9	2201	41	10	7	40	1.68
30856--34706	181	21.4	181	75	7	2743	42	10	7	40	1.67
30856--60496	542	54.8	535	71	11	10840	41	9	8	40	1.68
30856--60496	898	32.9	884	70	13	6772	41	9	8	40	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34299--35133	427	2.0	425	80	4	939	42	9	7	39	1.67
34720--35425	181	3.9	179	80	4	688	40	9	8	40	1.70
35175--35664	254	1.9	255	84	3	648	39	10	8	41	1.69
34994--35826	435	1.9	435	81	3	996	39	9	9	41	1.70
35423--36910	181	8.2	181	75	6	1104	40	9	9	40	1.70
35423--36894	363	4.1	361	73	9	884	40	9	9	40	1.69
36774--37066	153	1.9	153	92	0	487	43	8	7	40	1.63
36927--41513	181	25.5	181	73	9	2906	40	10	8	40	1.70
38435--38755	175	1.9	171	81	5	394	40	8	9	41	1.67
38966--55061	717	22.5	717	71	11	1988	41	9	8	40	1.68
40031--40075	17	2.5	19	75	10	51	40	2	6	51	1.41
36927--60496	361	65.6	361	72	11	10416	41	9	8	40	1.68
41577--51188	180	53.8	180	72	9	4049	41	9	8	40	1.68
41653--60496	720	26.2	717	72	11	7099	41	9	8	40	1.68
45502--48827	181	18.7	179	72	9	988	42	10	7	39	1.68
45576--48558	357	8.4	360	73	10	945	41	10	7	39	1.68
46500--46963	179	2.7	169	79	8	447	41	10	7	41	1.66
48733--48940	114	1.8	114	84	3	285	44	10	9	35	1.72
49706--49756	18	2.8	20	72	27	60	41	7	3	47	1.51
49649--49953	157	2.0	154	82	3	369	40	9	8	42	1.67
49798--60496	181	59.2	180	70	11	3932	41	9	8	40	1.68
51056--51349	158	1.9	158	84	4	396	43	9	6	40	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54335--54390	16	3.4	15	73	26	51	39	10	3	46	1.56
54329--54395	34	2.0	34	93	0	116	41	11	2	43	1.57
54368--55076	180	4.0	175	81	6	746	40	9	9	41	1.68
54717--54765	17	2.7	19	72	15	59	40	6	10	42	1.63
54714--54770	18	3.2	18	73	14	64	36	5	8	49	1.57
55483--55550	34	2.0	34	91	0	109	41	11	2	44	1.56
58012--58044	18	1.9	17	88	11	50	42	6	3	48	1.43
60967--61535	305	1.9	307	79	7	645	38	7	10	43	1.68
61260--66941	181	31.4	181	69	12	1956	40	7	9	42	1.67
62810--62858	17	2.8	17	84	12	64	44	6	10	38	1.63
64106--64402	158	1.9	157	80	2	344	40	9	11	38	1.74
65103--65418	169	1.9	169	81	4	386	42	7	9	41	1.65
64247--66569	708	3.3	690	78	7	1993	39	7	10	42	1.67
67614--67660	24	2.0	23	83	4	58	38	0	8	53	1.32
68335--76257	181	43.9	180	73	10	4462	40	8	9	41	1.68
68335--76195	361	21.8	360	73	11	4424	40	8	9	41	1.68
68580--74176	180	31.2	176	73	11	1848	40	8	9	41	1.67
75163--75195	15	2.3	15	89	5	50	24	0	0	75	0.80
83059--83940	177	4.9	179	74	9	434	40	9	9	40	1.70
83519--83939	177	2.3	179	80	4	454	39	8	8	42	1.67
83017--84336	181	7.4	180	73	10	825	40	8	10	40	1.70
83060--84336	525	2.4	532	79	4	1301	40	8	10	40	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84473--86827	181	13.1	180	76	8	1787	39	7	11	41	1.69
84548--86827	891	2.5	893	77	8	2191	39	7	11	41	1.69
86802--86866	27	2.4	27	92	0	112	44	3	18	33	1.65
86218--87480	653	1.9	654	79	7	1404	40	7	11	40	1.70
86862--88238	356	3.9	360	77	7	906	41	8	9	41	1.67
86862--88602	180	9.8	180	73	8	1032	41	8	9	40	1.68
86871--88236	537	2.6	525	80	5	1347	41	7	9	41	1.67
88715--91188	180	13.8	180	73	7	1395	40	8	10	41	1.68
88717--90984	361	6.3	358	71	11	866	40	8	9	41	1.68
91193--91977	179	4.4	180	78	7	701	42	7	9	40	1.66
91972--92312	179	1.9	177	81	5	411	40	8	9	41	1.67
91972--92329	180	2.0	176	81	5	407	40	8	8	41	1.67
92229--92447	120	1.8	120	84	3	298	47	9	10	32	1.70
92073--93249	299	3.8	298	75	11	1102	40	8	10	39	1.71
91720--93608	626	3.0	626	85	5	2335	41	8	10	39	1.69
92984--93683	176	3.9	179	77	5	645	41	8	9	40	1.68
93790--97698	361	10.8	353	75	9	2099	39	8	10	41	1.68
93880--97698	180	21.2	180	75	8	2281	39	8	10	41	1.68
93753--97678	542	7.3	541	77	6	3033	39	8	10	41	1.68
98234--99277	182	5.8	181	75	7	773	40	8	9	41	1.67
99243--99307	32	2.0	33	84	3	87	53	7	13	24	1.66
99062--99477	214	1.9	214	81	2	496	43	9	9	37	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99674--99713	20	2.0	20	95	0	71	37	0	12	50	1.41
99716--102595	182	16.0	178	75	6	2167	40	9	9	40	1.70
99769--102246	544	4.6	544	93	1	4042	40	9	9	40	1.70
102735--102770	16	2.1	17	90	10	56	44	8	5	41	1.58
102608--107008	181	24.4	180	72	10	2400	40	8	10	41	1.69
102608--107007	358	12.2	357	73	10	2708	40	8	10	41	1.69
103952--103990	20	1.9	21	89	5	62	51	5	7	35	1.53
104422--104907	182	2.8	171	77	10	410	39	9	9	41	1.70
105378--105680	165	1.8	166	84	2	421	40	10	11	37	1.75
105768--105823	17	3.3	17	75	14	62	46	0	14	39	1.44

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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