genome.fa.s223.2.7.7.80.10.50.1000.18.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168048.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_3, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33276047

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2586301--2586365	35	1.9	33	87	12	96	55	0	0	44	0.99
2586297--2586390	38	2.3	41	76	18	99	55	1	0	43	1.06
2588018--2588065	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
2588923--2588978	12	4.6	11	81	16	58	53	0	3	42	1.18
2589002--2589045	10	4.5	10	85	5	63	29	0	0	70	0.88
2589154--2589226	31	2.3	32	81	9	89	52	5	1	41	1.33
2591136--2591164	6	4.8	6	100	0	58	51	31	0	17	1.45
2598225--2598380	52	3.0	51	83	3	177	40	6	24	28	1.80
2606280--2606308	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2608027--2608066	19	2.1	19	100	0	80	35	10	10	45	1.71
2608218--2608247	12	2.5	12	94	0	51	33	0	0	66	0.92
2608363--2608408	13	3.7	13	77	5	51	47	8	0	43	1.34
2613026--2613097	27	2.9	25	80	13	71	34	9	12	43	1.76
2613030--2613104	22	3.3	22	74	17	64	36	9	13	41	1.76
2614124--2614150	14	1.9	14	100	0	54	55	0	0	44	0.99
2614133--2614187	28	2.0	28	82	7	67	41	3	0	54	1.18
2614391--2614425	16	2.2	16	89	0	52	37	2	0	60	1.12
2620228--2620286	26	2.3	26	84	0	82	37	13	3	45	1.60
2638934--2638960	4	6.8	4	100	0	54	51	22	0	25	1.48
2639053--2639107	27	2.0	27	100	0	110	25	16	25	32	1.96
2640173--2640204	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2640354--2640379	7	3.7	7	100	0	52	69	0	0	30	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2641239--2641275	9	4.2	9	96	3	67	64	0	0	35	0.94
2641236--2641279	18	2.4	19	88	11	74	63	0	0	36	0.95
2641903--2641946	7	6.0	7	79	10	52	34	0	0	65	0.93
2641903--2641946	15	2.9	15	82	0	61	34	0	0	65	0.93
2641908--2641952	22	2.0	22	87	8	65	42	0	0	57	0.98
2650323--2650347	12	2.1	12	100	0	50	64	0	0	36	0.94
2650400--2650431	14	2.4	14	90	10	50	62	0	3	34	1.11
2656087--2656138	15	3.6	14	78	12	52	38	1	1	57	1.21
2656676--2656749	31	2.3	32	77	9	80	47	1	1	50	1.18
2656720--2656786	22	2.7	26	72	25	65	47	1	1	49	1.19
2656802--2656832	13	2.4	13	94	0	53	25	0	0	74	0.82
2666650--2666674	6	4.2	6	100	0	50	32	0	0	68	0.90
2673477--2673504	5	5.6	5	100	0	56	42	21	0	35	1.53
2684138--2684230	45	2.1	44	92	6	152	31	11	31	25	1.92
2684394--2684440	16	2.9	16	81	6	51	38	36	0	25	1.56
2684621--2684696	40	1.9	40	91	0	125	56	17	6	19	1.62
2685572--2685645	28	2.8	27	81	6	80	52	0	1	45	1.09
2686370--2686404	16	2.2	16	89	0	52	48	0	0	51	1.00
2686354--2686409	20	2.8	20	84	12	71	50	0	0	50	1.00
2687368--2687401	14	2.5	14	90	4	52	64	2	0	32	1.08
2687355--2687415	18	3.4	17	77	11	59	63	3	0	32	1.10
2687551--2687583	12	2.5	14	90	9	52	33	3	0	63	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2688184--2688217	15	2.3	15	94	0	59	70	0	0	29	0.87
2690433--2690479	16	3.0	15	78	9	58	42	0	2	55	1.12
2690427--2690478	12	4.7	12	71	26	51	40	0	1	57	1.10
2691656--2691701	18	2.6	18	78	0	56	36	0	0	63	0.95
2691686--2691746	13	5.1	13	67	18	51	27	1	0	70	0.97
2691694--2691731	14	2.8	14	81	18	53	23	0	0	76	0.79
2691678--2691731	21	2.5	21	84	6	72	29	0	0	70	0.88
2691689--2691738	21	2.4	21	83	12	75	28	0	0	72	0.86
2695701--2695741	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
2696781--2696810	11	2.6	11	94	5	51	50	0	0	50	1.00
2700266--2700295	5	6.2	5	92	7	53	16	0	0	83	0.65
2705318--2705421	51	2.0	51	94	0	181	25	13	17	43	1.86
2705434--2705614	88	2.1	88	90	0	281	33	13	18	34	1.89
2709402--2709535	71	1.9	71	93	0	232	28	23	14	33	1.94
2714769--2714797	9	3.2	9	100	0	58	20	68	10	0	1.18
2719528--2719582	26	2.1	26	82	0	65	18	27	14	40	1.89
2726313--2726417	21	5.0	21	69	12	72	45	3	2	47	1.35
2726318--2726417	42	2.4	43	83	8	134	45	4	2	49	1.32
2726451--2726559	21	5.2	20	78	4	101	55	2	1	39	1.25
2726471--2726559	10	8.7	9	72	20	52	53	3	2	40	1.30
2726451--2726533	10	8.0	10	73	10	60	56	2	1	39	1.20
2726451--2726559	41	2.6	42	81	8	116	55	2	1	39	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2726473--2726559	31	2.8	31	79	11	88	54	3	2	40	1.30
2726493--2726591	11	8.9	11	70	27	59	54	5	2	38	1.34
2727594--2727704	30	4.0	30	73	21	125	40	14	16	28	1.87
2727624--2727662	20	2.0	20	94	0	69	51	17	12	17	1.76
2727594--2727692	50	2.0	50	95	0	180	43	15	15	26	1.85
2731733--2731782	26	1.9	26	92	8	84	50	6	0	44	1.26
2731891--2731924	2	17.5	2	93	6	61	50	0	0	50	1.00
2732032--2732143	44	2.6	43	81	6	129	49	4	5	41	1.46
2732029--2732199	22	8.0	21	70	14	98	49	5	5	39	1.50
2732064--2732163	32	3.1	33	72	17	91	47	5	8	40	1.55
2732194--2732265	22	3.3	22	76	9	67	59	5	2	31	1.35
2732124--2732316	11	18.2	10	66	17	59	52	7	4	34	1.51
2732212--2732268	22	2.7	20	86	10	78	59	3	1	35	1.25
2733486--2733521	10	3.6	10	92	7	56	75	0	0	25	0.81
2733489--2733521	11	3.1	11	91	8	59	72	0	0	27	0.85
2733959--2733990	16	1.9	17	93	6	57	50	0	0	50	1.00
2734088--2734135	21	2.3	21	85	7	62	56	4	2	37	1.30
2734386--2734575	22	8.9	20	66	18	73	47	6	5	39	1.54
2734481--2734537	21	2.7	21	86	8	71	49	7	5	38	1.53
2734570--2734617	21	2.2	23	88	7	73	64	4	2	29	1.23
2734475--2734615	11	13.2	11	66	12	71	53	7	3	36	1.46
2734561--2734637	32	2.5	31	80	15	81	62	6	1	29	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2743148--2743187	14	2.8	15	85	7	57	67	0	0	32	0.91
2744739--2744781	14	3.1	14	80	12	52	55	2	0	41	1.12
2745247--2745317	30	2.3	29	83	7	79	50	4	0	45	1.21
2749731--2749767	16	2.4	16	95	4	67	48	10	0	40	1.38
2752197--2752238	19	2.2	20	86	4	59	21	16	4	57	1.58
2752332--2752386	2	27.5	2	100	0	110	0	50	0	49	1.00
2753627--2753652	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2755604--2755635	15	2.1	15	100	0	64	37	0	0	62	0.95
2756881--2756909	11	2.5	12	94	5	51	27	0	0	72	0.85
2757095--2757128	14	2.4	14	90	0	50	85	2	8	2	0.80
2759529--2759566	18	2.1	18	100	0	76	36	0	18	44	1.50
2769019--2769116	29	3.3	30	76	10	112	53	6	2	38	1.38
2769030--2769140	59	1.9	58	87	9	163	55	6	3	34	1.42
2779916--2779949	16	2.0	18	88	11	54	47	0	17	35	1.48
2785134--2785177	17	2.6	17	77	0	52	52	0	2	45	1.13
2786423--2786455	16	2.1	17	88	11	52	51	0	0	48	1.00
2787739--2787885	76	1.9	77	97	1	278	37	17	17	27	1.93
2788636--2788671	10	3.0	13	76	23	51	47	0	13	38	1.44
2793413--2793461	23	2.1	23	100	0	98	48	14	16	20	1.80
2796529--2796600	33	2.2	33	95	2	128	52	12	15	19	1.74
2803892--2803939	23	2.1	23	100	0	96	27	20	12	39	1.89
2808722--2808764	21	2.0	21	95	0	77	37	13	20	27	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2823456--2823482	11	2.5	11	100	0	54	44	25	0	29	1.54
2826337--2826573	18	13.1	18	69	23	103	55	1	1	41	1.16
2826395--2826561	49	3.4	50	74	17	145	57	1	1	40	1.14
2826351--2826562	11	18.7	11	64	19	64	57	1	1	40	1.16
2826577--2826644	19	3.7	18	83	11	75	44	2	0	52	1.16
2826647--2826705	26	2.3	26	77	11	68	45	1	1	50	1.21
2829010--2829047	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2835293--2835466	63	2.8	62	78	7	183	43	9	9	37	1.71
2835860--2835993	62	2.2	60	82	10	164	46	6	5	41	1.55
2836587--2836618	13	2.5	13	94	0	55	25	0	0	75	0.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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