genome.fa.s223.2.7.7.80.10.50.1000.158.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168048.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_3, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33276047

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25622219--25622252	10	3.4	10	91	0	50	23	14	0	61	1.33
25624275--25624315	21	2.0	21	86	9	59	53	4	0	41	1.22
25627222--25627607	197	2.0	196	84	4	501	25	16	19	39	1.91
25629953--25629984	3	10.7	3	93	0	55	3	68	0	28	1.04
25632552--25632594	22	2.0	22	90	0	68	41	11	13	32	1.81
25640026--25640055	15	2.0	15	93	0	51	40	16	20	23	1.91
25640501--25640565	34	1.9	34	87	0	94	33	6	7	52	1.55
25661817--25661867	15	3.5	15	79	15	70	37	0	3	58	1.16
25661808--25661871	29	2.2	29	100	0	128	35	0	7	56	1.28
25662837--25662878	16	2.6	16	92	0	75	14	16	11	57	1.66
25663195--25663233	14	2.8	13	81	11	51	79	0	5	15	0.90
25664915--25664954	18	2.2	18	91	8	64	12	12	0	75	1.06
25680026--25680273	133	1.9	133	81	5	304	36	11	12	39	1.80
25680191--25680356	45	3.7	44	78	6	136	34	9	13	42	1.76
25680151--25680362	89	2.4	89	75	0	217	33	9	15	41	1.79
25680026--25680317	133	2.2	132	79	5	293	35	10	13	40	1.80
25680078--25680368	44	6.6	45	74	7	168	34	10	13	40	1.80
25680663--25680701	13	3.0	13	80	0	51	41	0	0	58	0.98
25682457--25682505	23	2.1	23	82	14	57	75	0	4	20	0.96
25682548--25682616	14	5.0	13	75	16	59	65	2	1	30	1.16
25682561--25682621	3	20.7	3	80	15	74	67	1	1	29	1.10
25684229--25684272	9	5.1	8	91	5	52	31	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25684237--25684275	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
25686297--25686483	98	1.9	99	90	5	299	28	17	18	35	1.94
25686552--25686650	30	3.3	31	81	8	105	43	9	1	46	1.42
25686663--25686721	17	3.8	16	68	22	54	52	3	0	44	1.17
25686671--25686762	29	3.2	29	86	9	134	61	3	0	34	1.12
25688571--25688616	24	1.9	24	86	0	65	54	23	4	17	1.61
25699120--25699161	17	2.6	16	85	7	57	47	0	4	47	1.23
25699125--25699159	17	2.1	17	94	0	61	51	0	5	42	1.25
25700120--25700274	57	2.6	60	84	4	208	32	12	4	49	1.61
25700494--25700525	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
25701309--25701379	3	23.7	3	88	5	108	69	1	0	29	0.98
25701300--25701430	6	21.7	6	81	12	63	72	2	0	24	1.01
25701307--25701427	15	9.3	12	76	16	61	71	1	0	25	1.00
25701604--25701888	87	3.3	87	83	4	349	43	20	15	21	1.87
25701604--25701888	130	2.2	132	88	4	416	43	20	15	21	1.87
25701604--25701888	43	6.5	43	83	3	329	43	20	15	21	1.87
25702905--25702940	11	3.1	11	92	8	54	2	11	0	86	0.68
25702907--25702940	13	2.5	14	90	4	52	2	8	0	88	0.62
25710451--25710489	18	2.1	18	85	4	51	17	15	15	51	1.77
25713453--25713596	58	2.4	60	90	2	220	34	11	5	48	1.63
25713453--25713628	60	3.1	58	85	7	225	35	10	6	48	1.62
25713629--25713806	61	2.9	62	81	10	195	34	11	5	48	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25713826--25713879	6	9.2	6	82	13	60	79	0	1	18	0.82
25714722--25714813	3	28.7	3	81	12	62	71	2	1	25	1.03
25714774--25714798	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
25715015--25715063	25	1.9	26	84	12	66	71	0	0	28	0.86
25715446--25715497	21	2.5	20	75	12	50	53	0	0	46	1.00
25715462--25715513	28	1.9	26	88	7	77	53	0	0	46	1.00
25715549--25715589	20	2.0	22	85	9	59	53	0	0	46	1.00
25715728--25715765	16	2.5	15	87	8	51	52	0	0	47	1.00
25716563--25716615	27	2.0	27	85	7	72	41	0	3	54	1.18
25716548--25716622	37	2.0	37	87	5	107	42	0	4	53	1.19
25717567--25717593	13	2.1	13	100	0	54	48	0	0	51	1.00
25717592--25717634	8	5.1	8	78	10	50	41	0	2	55	1.12
25719722--25719748	12	2.2	12	100	0	54	25	7	33	33	1.84
25727312--25727340	2	14.5	2	100	0	58	48	0	51	0	1.00
25729693--25729727	6	5.8	6	93	0	52	71	0	0	28	0.86
25729916--25729991	40	1.9	40	83	5	100	43	1	2	52	1.23
25733070--25733112	12	3.4	13	84	12	54	53	0	0	46	1.00
25733545--25733614	21	3.3	22	78	15	67	51	2	4	41	1.36
25733661--25733716	29	1.9	29	88	0	85	64	7	5	23	1.40
25733698--25733731	17	2.0	17	88	11	52	64	2	2	29	1.22
25733741--25733776	18	1.9	18	88	5	54	75	2	2	19	1.06
25733829--25733904	10	8.4	9	71	18	52	21	0	2	76	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25733820--25733902	27	3.1	27	75	11	80	25	0	3	71	1.02
25733828--25733932	19	5.9	17	74	17	81	24	0	2	71	1.06
25733836--25733887	10	5.3	10	75	11	54	19	0	3	76	0.93
25733829--25733932	9	11.7	9	71	21	69	24	0	2	72	1.05
25733830--25733941	27	4.2	25	74	20	86	25	0	3	69	1.10
25733917--25733991	19	3.9	19	71	11	64	41	0	2	56	1.13
25733884--25733994	9	12.1	9	70	16	50	35	0	2	61	1.17
25735748--25735785	20	1.9	20	84	10	51	44	0	2	52	1.14
25740499--25740534	11	3.2	11	88	7	54	66	0	33	0	0.92
25740676--25740912	117	2.0	117	86	1	332	37	1	10	51	1.44
25740884--25740927	17	2.5	17	77	3	52	56	0	4	38	1.20
25746166--25746218	21	2.4	23	81	6	65	26	1	11	60	1.41
25746197--25746340	62	2.3	62	80	9	152	38	7	9	45	1.65
25755494--25755555	22	2.8	21	77	20	63	53	0	0	46	1.00
25755496--25755532	19	2.0	20	84	10	51	48	0	0	51	1.00
25760542--25760573	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
25761827--25761897	30	2.4	29	81	11	81	39	4	2	53	1.35
25761842--25761901	30	2.0	30	90	6	95	40	1	1	56	1.19
25768165--25768296	68	1.9	68	90	3	212	39	8	10	41	1.70
25773823--25773914	48	1.9	48	86	8	134	50	14	17	18	1.79
25778356--25778409	26	2.1	25	86	3	72	57	11	20	11	1.63
25778702--25778738	7	5.4	7	87	6	58	18	0	0	81	0.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25778702--25778738	14	2.7	14	95	4	67	18	0	0	81	0.70
25778713--25778796	42	2.0	42	90	0	132	35	4	0	59	1.19
25778702--25778779	13	5.6	14	74	8	52	29	1	0	69	0.97
25779382--25779440	13	4.5	13	73	14	50	62	0	1	35	1.05
25779381--25779429	24	2.0	24	84	7	64	63	0	2	34	1.06
25779419--25779445	14	1.9	14	100	0	54	51	0	0	48	1.00
25783001--25783036	19	1.9	19	94	5	65	69	0	25	5	1.10
25783256--25783297	16	2.5	17	80	3	50	52	0	2	45	1.13
25791367--25791403	18	2.1	17	90	5	56	83	0	16	0	0.64
25791364--25791418	14	3.5	15	83	16	60	78	3	18	0	0.90
25791614--25791919	49	6.3	48	77	11	257	39	20	11	28	1.87
25791646--25791828	97	1.9	99	89	4	291	38	21	11	28	1.88
25792884--25792926	17	2.5	17	78	10	52	4	2	9	83	0.87
25793637--25793764	68	1.9	67	87	4	186	27	10	11	50	1.71
25793978--25794030	10	5.0	10	88	9	70	83	0	15	1	0.74
25793985--25794030	21	2.1	22	96	4	85	84	0	13	2	0.71
25794033--25794062	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
25793982--25794030	22	2.4	19	81	15	62	83	0	14	2	0.73
25794937--25795330	57	6.8	56	76	10	287	49	8	8	32	1.65
25795063--25795190	61	2.1	62	81	10	147	53	7	9	29	1.59
25794940--25795330	117	3.3	119	75	12	314	49	8	8	32	1.65
25798698--25798755	29	2.0	30	89	3	91	60	5	0	34	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25800541--25800594	25	2.2	25	86	6	74	48	0	9	42	1.35
25802471--25802527	29	2.0	29	89	0	87	24	19	10	45	1.81
25816214--25816238	2	12.5	2	100	0	50	52	48	0	0	1.00
25819782--25819816	2	17.5	2	100	0	70	0	48	0	51	1.00
25823078--25823111	17	2.0	17	94	0	59	11	8	5	73	1.24
25832236--25832342	24	4.3	25	70	19	64	60	3	2	32	1.29
25832378--25832410	17	2.0	17	88	5	50	51	0	3	45	1.16
25832952--25832994	11	3.7	11	87	6	59	83	2	11	2	0.83
25833917--25833994	40	2.0	40	84	0	102	32	11	8	47	1.71
25833893--25834001	40	2.7	40	78	1	101	33	11	7	48	1.66

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