genome.fa.s223.2.7.7.80.10.50.1000.137.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168048.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_3, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33276047

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22155497--22155568	24	3.0	24	80	13	87	66	1	0	31	1.00
22155668--22155742	12	5.8	13	71	12	64	49	24	9	17	1.75
22155666--22155749	26	3.2	27	78	10	102	51	22	8	17	1.72
22155668--22155742	14	5.8	13	73	17	66	49	24	9	17	1.75
22155668--22155769	52	2.0	51	84	9	136	49	21	10	18	1.78
22160894--22160951	26	2.3	25	85	11	75	77	3	17	1	0.99
22162144--22162213	21	3.2	21	80	9	70	74	0	18	7	1.04
22162151--22162213	22	2.9	22	86	9	76	74	0	17	7	1.05
22163559--22163851	33	8.8	33	75	10	197	40	13	13	33	1.83
22163671--22164046	97	3.8	99	73	12	249	40	16	12	30	1.85
22163559--22163859	66	4.6	67	78	10	300	40	13	13	33	1.83
22163564--22163849	131	2.2	133	86	4	400	40	13	12	32	1.82
22163564--22163916	33	10.6	32	76	8	192	39	14	13	32	1.84
22166553--22166577	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
22166847--22166919	26	2.7	26	85	6	83	50	21	4	23	1.66
22166885--22166946	12	4.8	13	79	11	65	51	24	8	16	1.71
22166856--22166935	26	3.0	26	83	5	88	51	21	6	21	1.69
22166883--22166966	14	6.5	12	69	17	53	52	22	7	17	1.69
22166884--22166960	40	1.9	41	89	2	120	51	23	7	16	1.70
22166883--22166984	26	3.9	26	74	11	75	50	23	6	18	1.70
22172284--22172538	126	2.0	126	99	0	501	42	12	14	30	1.83
22174612--22175825	610	2.0	609	90	1	1930	35	16	10	36	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22177897--22177956	26	2.2	26	85	11	75	23	3	23	50	1.64
22181334--22181371	20	2.0	20	85	10	53	26	10	10	52	1.68
22189879--22189917	21	1.9	19	90	10	60	48	0	0	51	1.00
22190057--22190169	31	3.7	30	71	15	81	41	0	3	53	1.24
22190133--22190175	22	1.9	23	85	4	61	46	2	0	51	1.13
22190230--22190304	20	3.5	20	76	10	60	54	1	2	41	1.23
22198340--22198370	9	3.4	9	95	0	53	64	0	0	35	0.94
22198855--22198929	18	4.2	18	76	10	64	37	1	2	58	1.20
22199101--22199135	3	11.7	3	100	0	70	65	0	0	34	0.93
22199134--22199177	3	14.7	3	100	0	88	34	0	0	65	0.93
22201250--22201331	40	2.0	40	95	0	146	47	10	13	28	1.76
22205986--22206023	17	2.2	17	86	9	51	13	5	0	81	0.85
22206687--22206901	54	4.0	54	71	14	156	42	6	11	39	1.68
22206580--22206871	107	2.7	106	78	9	290	42	8	10	38	1.71
22209196--22209235	19	2.1	19	100	0	80	35	5	10	50	1.58
22211951--22212050	49	2.0	49	84	7	132	29	10	19	42	1.83
22211995--22212107	59	1.9	59	83	7	149	30	8	22	38	1.84
22212060--22212166	49	2.2	50	89	3	164	29	9	17	42	1.81
22211951--22212148	108	1.8	108	86	4	292	29	9	19	41	1.83
22212409--22212487	3	28.0	3	85	10	87	25	2	0	72	0.98
22212411--22212499	18	5.1	17	79	8	63	21	4	0	74	1.00
22212652--22212701	23	2.2	23	78	3	57	44	12	16	28	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22213483--22213532	21	2.5	21	80	6	59	30	0	2	68	1.01
22213682--22214038	195	1.8	193	81	4	441	43	8	12	35	1.73
22214760--22214988	86	2.7	84	81	4	264	41	10	6	40	1.67
22217303--22217345	21	2.0	21	95	0	77	18	16	18	46	1.84
22217771--22217799	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
22217799--22217829	2	15.5	2	100	0	62	51	0	48	0	1.00
22219208--22219241	14	2.4	14	95	0	59	14	11	41	32	1.82
22220295--22220354	24	2.4	25	81	10	70	36	10	36	16	1.82
22220683--22220802	52	2.3	52	81	2	134	42	6	21	29	1.78
22222730--22222775	21	2.1	22	88	11	69	32	0	21	45	1.52
22222801--22222931	52	2.5	51	79	9	158	48	6	14	29	1.69
22223869--22223995	52	2.5	51	83	8	168	51	8	11	27	1.67
22224571--22224647	25	3.1	25	77	5	84	44	7	27	20	1.79
22224981--22225107	52	2.4	52	83	5	159	45	7	18	28	1.77
22225629--22225681	25	2.1	25	89	0	79	33	9	39	16	1.81
22229537--22229579	14	3.0	15	80	10	54	46	0	0	53	1.00
22231086--22231117	17	1.9	16	93	6	55	56	6	9	28	1.55
22237931--22237968	17	2.3	16	90	4	58	63	10	2	23	1.39
22241028--22241061	18	1.9	18	88	5	52	73	0	5	20	1.04
22243090--22243154	29	2.2	30	78	15	82	47	0	0	52	1.00
22243242--22243274	2	16.5	2	93	0	57	51	0	0	48	1.00
22244197--22244229	14	2.3	15	89	5	50	24	3	3	69	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22245527--22245570	19	2.3	19	80	0	52	36	4	0	59	1.18
22245668--22245704	18	2.0	18	89	5	56	40	2	0	56	1.13
22246625--22246679	27	2.0	28	86	10	78	56	1	0	41	1.10
22251705--22251745	21	2.0	21	90	0	64	41	2	0	56	1.13
22251710--22251775	29	2.3	28	80	12	80	46	4	0	48	1.22
22255489--22255522	17	2.0	17	88	0	50	79	5	0	14	0.91
22256137--22256378	65	3.7	66	77	7	172	47	13	19	19	1.82
22256175--22256398	65	3.4	65	79	6	245	45	13	20	19	1.84
22256202--22256441	131	1.8	131	81	3	304	45	13	20	20	1.84
22268114--22268146	16	2.1	15	94	5	57	45	0	0	54	0.99
22275736--22275777	22	1.9	22	95	0	75	71	2	9	16	1.23
22276189--22276255	29	2.3	29	80	14	77	50	0	0	49	1.00
22276197--22276264	23	2.9	23	78	19	70	54	0	0	45	0.99
22276274--22276300	14	1.9	14	100	0	54	51	0	0	48	1.00
22280784--22280942	84	1.9	84	85	5	223	41	24	9	24	1.84
22281546--22282605	355	3.0	354	85	4	1386	35	11	14	38	1.83
22283943--22283989	19	2.4	20	89	3	69	23	2	4	70	1.16
22284065--22284103	19	2.1	18	85	4	51	74	0	0	25	0.82
22284080--22284104	10	2.5	10	100	0	50	84	0	0	16	0.63
22285480--22285848	48	7.9	47	81	9	389	37	21	13	27	1.90
22285481--22285852	145	2.6	143	83	7	465	37	21	12	27	1.90
22298178--22298217	18	2.2	19	90	4	64	77	0	0	22	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22299225--22299279	18	3.1	18	80	12	51	7	1	10	80	0.99
22307226--22307442	57	3.7	60	79	7	212	35	11	7	46	1.68
22307455--22307494	17	2.3	18	79	12	57	30	0	0	70	0.88
22308252--22308288	19	1.9	19	88	0	56	16	2	2	78	0.98
22308462--22308608	42	3.4	44	77	10	151	47	17	10	23	1.79
22308753--22308803	14	3.4	14	75	19	50	39	11	5	43	1.66
22308917--22309186	114	2.4	114	89	0	405	36	15	12	35	1.86
22309382--22309671	46	6.4	46	89	5	448	38	13	10	38	1.78
22309377--22309826	67	6.6	66	78	12	334	36	13	9	40	1.77
22309382--22309826	180	2.5	181	85	7	568	37	13	9	40	1.77
22309326--22309826	159	3.1	158	81	10	497	37	13	9	39	1.77
22309382--22309826	134	3.3	132	82	11	458	37	13	9	40	1.77
22309382--22309831	46	9.9	44	82	8	412	37	12	9	39	1.76
22309382--22309831	113	4.0	112	79	9	461	37	12	9	39	1.76
22310952--22311030	41	1.9	41	85	10	108	3	20	0	75	0.95
22310952--22311030	6	13.0	6	78	16	67	3	20	0	75	0.95
22310952--22311049	25	4.1	22	72	20	65	4	19	0	76	0.94
22310965--22311049	35	2.4	35	81	18	97	4	18	0	76	0.96
22315318--22315370	21	2.5	21	81	6	63	77	9	1	11	1.07
22316882--22316914	16	2.1	16	88	5	50	63	0	0	36	0.95
22318555--22318597	20	2.1	20	82	4	50	30	34	13	20	1.92
22319117--22319163	21	2.2	22	88	3	69	48	4	8	38	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22322473--22322553	26	3.1	26	90	0	117	30	19	17	32	1.95
22322618--22322733	3	38.7	3	82	8	114	27	2	3	66	1.21
22323546--22323575	5	5.8	5	92	7	51	16	0	0	83	0.65
22327337--22327372	18	2.1	17	89	5	54	0	16	0	83	0.65
22335275--22335325	25	2.0	25	84	0	66	13	21	13	50	1.76
22335466--22335649	56	3.2	56	69	14	165	17	21	17	44	1.87
22335337--22335921	238	2.5	238	84	3	721	18	21	15	45	1.85
22335337--22335947	119	5.1	119	83	3	649	18	21	15	45	1.85
22336111--22336192	26	3.2	26	75	0	83	24	23	19	32	1.97
22337117--22337151	18	1.9	18	88	0	52	14	5	2	77	1.07

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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