genome.fa.s223.2.7.7.80.10.50.1000.110.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168048.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_3, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33276047

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17153969--17154018	26	1.9	26	91	0	82	32	22	24	22	1.98
17154844--17154896	26	2.0	26	92	0	88	30	20	22	26	1.98
17156618--17156670	26	2.0	26	96	0	97	26	11	26	35	1.90
17162979--17163031	26	2.0	26	96	0	97	28	16	26	28	1.97
17161665--17170322	904	9.7	899	84	5	10359	25	24	24	25	2.00
17164752--17164807	26	2.2	26	86	0	76	28	21	23	26	1.99
17167395--17167445	26	2.0	26	96	0	93	31	19	19	29	1.97
17168285--17168337	26	2.0	26	85	0	70	30	16	22	30	1.96
17169865--17169932	33	2.1	33	100	0	136	33	30	20	14	1.93
17170734--17170786	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
17171617--17171669	26	2.0	26	100	0	106	26	16	26	30	1.97
17173871--17173923	26	2.0	26	92	0	88	26	16	28	28	1.97
17175609--17175660	26	2.0	26	92	0	86	26	21	26	25	1.99
17177375--17177427	26	2.0	26	100	0	106	26	20	26	26	1.99
17178278--17178329	26	2.0	26	88	0	77	30	17	23	28	1.97
17174227--17184635	903	11.6	900	87	2	13779	25	24	24	25	2.00
17180073--17180122	26	1.9	26	95	0	91	30	20	24	26	1.98
17180964--17181016	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
17181855--17181907	26	2.0	26	92	0	88	28	22	22	26	1.99
17182750--17182802	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
17183653--17183705	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
17184554--17184606	26	2.0	26	85	7	72	32	20	20	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17185396--17185448	26	2.0	26	88	0	79	26	20	28	24	1.99
17187180--17187232	26	2.0	26	100	0	106	26	20	26	26	1.99
17188083--17188130	25	1.9	25	95	0	87	27	20	27	25	1.99
17188864--17188916	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
17190495--17190547	26	2.0	26	100	0	106	26	20	26	26	1.99
17191394--17191446	26	2.0	26	92	0	88	30	20	20	28	1.98
17192185--17192234	26	1.9	26	91	0	82	28	20	24	28	1.99
17190745--17192273	791	1.9	789	90	1	2402	26	24	23	26	2.00
17193080--17193133	26	2.1	26	92	0	90	31	14	24	29	1.95
17194144--17194194	26	2.0	26	96	0	93	29	19	25	25	1.99
17194536--17194988	226	2.0	226	100	0	906	29	15	17	36	1.91
17195264--17195316	26	2.0	26	96	0	97	24	22	26	26	2.00
17194762--17199749	894	5.6	898	84	4	6327	25	23	24	26	2.00
17197059--17197109	26	2.0	26	92	0	84	29	17	25	27	1.98
17197951--17198003	26	2.0	26	100	0	106	26	20	26	26	1.99
17198833--17198885	26	2.0	26	96	0	97	30	22	22	24	1.99
17201356--17201406	26	2.0	26	92	0	84	27	19	25	27	1.99
17199712--17207057	896	8.2	896	87	3	9449	25	23	24	25	2.00
17202250--17202302	26	2.0	26	100	0	106	26	20	26	26	1.99
17203146--17203198	26	2.0	26	92	0	88	26	20	24	28	1.99
17205827--17205879	26	2.0	26	88	0	79	28	20	22	28	1.99
17206731--17206780	26	1.9	26	91	0	82	26	18	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17208713--17208765	26	2.0	26	88	0	79	28	24	20	26	1.99
17211307--17211358	26	2.0	26	96	0	95	26	28	19	25	1.98
17212159--17212211	26	2.0	26	92	7	90	30	26	16	26	1.97
17213068--17213140	26	2.8	26	95	0	137	23	21	23	31	1.98
17213976--17214054	26	3.0	26	94	0	140	29	25	18	26	1.98
17216556--17216606	26	2.0	26	96	0	93	25	25	19	29	1.99
17217460--17217512	26	2.0	26	96	0	97	28	20	20	30	1.98
17215470--17223286	903	8.8	901	83	5	9366	25	24	23	25	2.00
17218352--17218404	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
17222741--17222793	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
17221094--17223286	899	2.4	899	87	2	3071	26	24	23	25	2.00
17223454--17223506	26	2.0	26	96	0	97	28	24	20	26	1.99
17224853--17225242	188	2.0	188	83	5	485	25	27	20	26	1.99
17226040--17226065	8	3.2	8	100	0	52	0	61	26	11	1.30
17225047--17227117	873	2.4	866	84	5	2704	25	25	24	25	2.00
17227100--17227150	26	2.0	26	92	0	84	21	25	19	33	1.97
17226919--17227573	348	1.9	345	87	2	972	18	28	28	24	1.98
17228343--17228392	26	1.9	26	87	0	73	26	26	18	30	1.98
17228690--17228742	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
17229586--17229638	26	2.0	26	88	0	79	28	26	16	28	1.97
17230797--17230847	26	2.0	26	88	0	75	31	27	15	25	1.96
17232397--17232449	26	2.0	26	89	7	81	30	24	16	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17233280--17233332	26	2.0	26	92	0	88	26	20	22	30	1.98
17235035--17235087	26	2.0	26	96	0	97	30	18	22	28	1.98
17233426--17236045	893	3.0	881	85	4	3379	25	24	24	25	2.00
17235923--17235975	26	2.0	26	92	0	88	30	20	22	26	1.98
17236654--17236706	26	2.0	26	85	0	70	28	16	26	28	1.97
17237555--17237607	26	2.0	26	89	7	81	28	16	24	30	1.97
17238051--17238103	26	2.0	26	100	0	106	26	20	26	26	1.99
17243338--17243390	26	2.0	26	96	0	97	30	18	22	28	1.98
17244228--17244280	26	2.0	26	100	0	106	26	20	26	26	1.99
17245113--17245165	26	2.0	26	92	7	90	26	16	26	30	1.97
17246929--17246981	26	2.0	26	96	0	97	30	18	22	28	1.98
17246940--17246998	26	2.2	26	81	3	64	37	20	18	23	1.94
17241718--17248837	900	7.9	893	86	4	9229	25	24	24	25	2.00
17248721--17248773	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
17252158--17252210	26	2.0	26	92	0	88	30	20	22	26	1.98
17254273--17254325	26	2.0	26	88	0	79	26	16	28	28	1.97
17256899--17256949	26	2.0	26	96	0	93	25	15	25	33	1.95
17258669--17258721	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
17257795--17261926	896	4.6	896	84	2	5218	25	23	24	26	2.00
17259565--17259617	26	2.0	26	88	0	79	28	16	26	28	1.97
17261371--17261423	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
17261610--17262281	355	1.9	355	87	1	988	24	18	23	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17262784--17263531	374	2.0	373	86	2	1054	23	19	24	31	1.98
17263893--17263943	26	2.0	26	92	0	84	27	17	23	31	1.97
17264770--17264822	26	2.0	26	88	0	79	28	13	24	33	1.93
17263158--17265468	887	2.6	880	87	3	3352	25	22	25	27	2.00
17268128--17268183	26	2.2	26	96	0	103	30	25	17	26	1.97
17267255--17272221	890	5.4	901	75	10	3895	25	24	23	25	2.00
17269350--17269532	88	2.1	88	92	0	303	29	16	19	34	1.94
17270033--17270110	26	3.0	26	94	0	129	33	26	12	26	1.93
17270949--17271001	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
17269437--17272221	917	3.1	880	86	5	3611	26	25	23	25	2.00
17271462--17272963	756	2.0	746	86	3	2065	22	26	26	25	2.00
17272218--17276110	903	4.3	901	86	2	5203	25	24	24	25	2.00
17278082--17278134	26	2.0	26	88	0	79	30	20	20	28	1.98
17278813--17278865	26	2.0	26	92	7	90	26	20	24	28	1.99
17279681--17279733	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
17280585--17280637	26	2.0	26	92	0	88	26	16	26	30	1.97
17279253--17283794	903	5.1	898	83	5	5466	26	23	24	26	2.00
17282342--17282394	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
17286352--17286404	26	2.0	26	96	0	97	28	24	20	26	1.99
17287248--17287300	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
17288149--17288201	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
17285661--17289066	892	3.8	896	87	3	4643	26	24	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17288858--17289226	159	2.3	159	83	1	443	20	28	29	21	1.98
17289200--17289252	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
17290640--17290692	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
17292267--17292319	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
17291582--17296395	902	5.4	869	84	5	5739	26	24	23	25	2.00
17294906--17294956	26	2.0	26	96	0	93	27	27	17	27	1.98
17295805--17295857	26	2.0	26	92	0	88	30	24	18	26	1.98
17296164--17296625	230	2.0	229	91	1	746	36	19	15	28	1.92
17297835--17297887	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
17296393--17301581	901	5.8	900	83	5	6217	25	24	23	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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