genome.fa.s223.2.7.7.80.10.50.1000.136.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168048.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_3, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33276047

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22001465--22002203	161	4.6	161	81	2	790	41	14	10	32	1.81
22001509--22002203	320	2.2	321	83	3	853	41	14	10	32	1.81
22005662--22005701	21	1.9	21	89	0	62	35	27	10	27	1.89
22008657--22008902	126	1.9	126	85	5	336	33	14	13	38	1.85
22012030--22012056	1	27.0	1	100	0	54	0	0	0	100	0.00
22013471--22013503	6	5.5	6	86	13	50	48	0	0	51	1.00
22013471--22013503	11	2.8	12	86	13	50	48	0	0	51	1.00
22013389--22013552	7	23.7	7	71	19	80	53	2	0	43	1.18
22013574--22013666	23	4.2	22	67	18	59	44	1	4	50	1.28
22013854--22013903	24	2.1	23	85	10	66	38	2	0	60	1.09
22013873--22013897	11	2.3	11	100	0	50	36	0	0	64	0.94
22013964--22014010	19	2.5	19	77	19	53	40	0	2	57	1.11
22016556--22016589	3	11.3	3	93	0	59	29	2	0	67	1.05
22016588--22016626	3	13.0	3	100	0	78	33	33	0	33	1.58
22016799--22016838	21	1.9	21	85	10	55	22	17	2	57	1.52
22017754--22017810	3	18.7	3	89	10	89	68	0	0	31	0.90
22022594--22022841	80	3.1	80	81	2	313	41	24	9	24	1.85
22023966--22024006	17	2.4	17	95	0	73	29	9	24	36	1.87
22034236--22034272	16	2.3	16	100	0	74	43	10	5	40	1.63
22034507--22034567	16	3.9	16	77	12	56	78	0	19	1	0.83
22034527--22034573	11	4.4	11	87	10	62	89	0	10	0	0.49
22034520--22034573	19	2.8	20	88	5	83	85	0	14	0	0.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22034527--22034594	30	2.2	32	86	5	95	83	2	11	1	0.82
22034731--22034948	101	2.2	99	90	4	341	33	14	16	35	1.89
22034957--22035335	50	7.6	49	87	4	467	35	22	13	27	1.93
22034966--22035347	203	1.9	199	89	4	588	35	22	13	28	1.92
22044238--22044270	16	2.1	16	88	11	50	6	15	3	75	1.11
22044237--22044281	22	2.1	21	84	8	56	8	13	2	75	1.13
22047801--22047898	27	3.6	27	95	0	178	24	15	24	35	1.94
22048162--22048208	17	2.8	17	79	20	55	4	0	17	78	0.90
22048165--22048223	27	2.1	28	81	9	68	10	1	16	71	1.22
22048545--22048592	18	2.6	19	81	15	57	77	0	22	0	0.78
22048545--22048614	27	2.7	27	77	18	78	77	0	22	0	0.78
22048559--22048619	15	3.9	15	74	19	54	75	1	22	0	0.89
22048637--22048681	3	15.0	3	100	0	90	66	0	0	33	0.92
22048831--22049129	134	2.2	134	85	2	386	39	18	13	28	1.88
22049374--22049641	126	2.2	125	82	10	310	48	5	8	36	1.59
22049413--22049641	126	1.9	120	86	8	331	49	5	9	35	1.58
22049686--22049725	19	2.2	19	86	8	57	65	7	2	25	1.32
22060337--22060370	15	2.3	15	94	0	59	79	0	20	0	0.73
22061230--22061416	42	4.5	42	76	9	141	29	13	14	41	1.85
22061372--22061463	47	2.0	47	84	0	121	29	21	15	33	1.94
22061252--22061469	42	5.1	41	73	11	152	30	16	16	37	1.90
22061744--22061772	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22061946--22061987	21	2.0	21	90	0	66	21	28	2	47	1.63
22062841--22063112	124	2.3	116	80	13	297	50	6	7	35	1.56
22064844--22064929	28	3.2	28	64	12	81	44	4	5	45	1.48
22064839--22064943	52	2.0	52	100	0	210	46	3	7	41	1.50
22066248--22066288	18	2.3	19	83	8	50	4	17	2	75	1.08
22081840--22081890	21	2.5	21	87	6	70	72	5	0	21	1.05
22082778--22082864	4	21.0	4	75	13	54	73	3	2	20	1.09
22082803--22082853	14	3.5	14	79	15	59	78	3	1	15	0.99
22082799--22082864	10	6.7	10	72	20	59	77	3	3	16	1.02
22082812--22082860	14	3.5	13	81	13	53	77	2	4	16	1.01
22085519--22085675	3	52.7	3	81	1	73	26	1	10	61	1.36
22085546--22085604	21	2.8	21	97	0	109	6	0	27	66	1.17
22085603--22085696	47	2.0	47	97	0	179	43	2	1	53	1.19
22087950--22088228	132	2.1	132	85	4	366	36	15	11	36	1.84
22089416--22089463	22	2.2	22	84	0	60	22	27	18	31	1.97
22089496--22089562	31	2.1	32	97	2	127	53	8	8	28	1.62
22091005--22091060	6	9.3	6	90	0	58	28	14	39	17	1.89
22097856--22097895	6	6.7	6	91	0	62	50	0	30	20	1.49
22103934--22103986	28	1.9	28	84	3	72	37	3	13	45	1.61
22104331--22104369	21	1.9	21	89	5	62	48	7	0	43	1.31
22104906--22104931	1	26.0	1	100	0	52	0	0	0	100	0.00
22108035--22108064	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22108706--22108762	29	2.0	29	92	0	96	40	0	1	57	1.09
22111634--22111680	14	3.5	13	81	18	60	55	0	0	44	0.99
22114711--22114892	60	3.1	58	83	10	253	50	3	6	39	1.45
22114778--22114864	29	3.0	29	72	12	81	60	1	3	34	1.21
22114783--22114870	28	3.1	28	73	12	81	60	1	4	34	1.25
22114732--22114889	56	2.8	56	85	8	219	53	2	7	36	1.43
22118845--22118893	25	1.9	25	83	4	62	73	2	14	10	1.18
22118887--22118932	19	2.4	19	79	20	51	76	0	21	2	0.90
22118854--22118938	14	6.7	13	69	16	54	77	0	17	4	0.93
22118914--22118946	15	2.1	16	88	5	50	81	0	15	3	0.80
22118854--22118956	23	4.2	23	72	19	75	75	0	18	5	0.99
22119607--22119657	23	2.2	23	96	0	93	43	0	27	29	1.55
22120088--22120144	21	2.6	22	80	2	62	38	5	17	38	1.72
22120129--22120263	63	2.2	61	83	6	168	37	12	19	30	1.89
22120237--22120288	21	2.5	21	84	3	61	38	15	17	28	1.90
22120247--22120287	21	2.0	21	95	0	73	36	14	19	29	1.92
22120576--22121303	42	17.4	42	82	6	741	24	12	20	43	1.85
22120576--22121327	83	9.0	83	83	5	815	23	12	20	43	1.86
22120576--22121303	210	3.5	207	82	5	865	24	12	20	43	1.85
22121599--22121623	13	1.9	13	100	0	50	64	24	4	8	1.38
22122457--22122498	14	2.9	14	80	13	50	54	0	2	42	1.13
22122452--22122754	59	5.1	59	86	5	400	49	4	8	37	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22122541--22122631	27	3.2	27	65	24	69	47	3	10	38	1.55
22122452--22122751	119	2.5	117	88	4	433	50	4	8	37	1.53
22128902--22128939	18	2.1	18	95	0	67	36	2	23	36	1.69
22128933--22128972	20	2.0	20	95	0	71	30	2	20	47	1.63
22129780--22129822	20	2.2	20	91	0	68	27	25	32	13	1.94
22131227--22131258	14	2.1	16	88	11	50	75	9	3	12	1.16
22134208--22134268	32	1.9	32	90	6	97	40	11	9	37	1.75
22134361--22134431	9	7.5	10	73	20	64	61	0	7	30	1.22
22134361--22134421	3	20.3	3	83	6	79	62	0	4	32	1.17
22136628--22136695	20	3.2	21	77	10	68	47	36	2	13	1.58
22136688--22136751	26	2.5	27	80	14	82	48	35	0	15	1.46
22136669--22136784	13	8.8	13	69	20	64	47	35	0	16	1.53
22136735--22136865	7	19.7	7	72	15	75	46	36	0	16	1.48
22136715--22136854	41	3.6	38	76	18	146	47	35	0	17	1.48
22136724--22136794	20	3.5	20	79	11	81	46	36	0	16	1.48
22136762--22136839	34	2.3	34	82	6	97	47	33	0	19	1.50
22136740--22136807	13	5.1	13	75	10	57	44	35	0	20	1.52
22136838--22136881	17	2.6	18	85	10	65	54	40	0	4	1.21
22136726--22136881	74	2.1	74	81	10	185	48	37	0	14	1.44
22137003--22137041	18	2.1	19	85	4	53	48	38	0	12	1.42
22137124--22137168	24	1.9	23	86	4	63	42	26	8	22	1.83
22137188--22137238	19	2.7	19	77	14	61	47	41	0	11	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22139893--22139960	24	2.7	25	81	6	75	69	1	1	27	1.06
22141048--22141087	16	2.4	17	95	4	73	75	0	7	17	1.03
22141058--22141149	13	7.0	13	69	13	55	71	1	10	16	1.19
22141703--22141895	99	2.0	98	88	3	289	37	9	15	36	1.81
22142565--22142612	26	2.0	25	84	12	64	54	14	2	29	1.52
22143893--22143984	47	2.0	47	97	0	175	22	8	20	47	1.77
22149585--22149609	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
22152074--22152357	140	2.0	142	90	2	455	50	11	13	24	1.75
22155338--22155386	9	5.4	9	90	0	53	67	22	0	10	1.20
22155349--22155380	3	10.7	3	100	0	64	68	31	0	0	0.90

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