genome.fa.s223.2.7.7.80.10.50.1000.129.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168048.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_3, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33276047

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20671857--20671924	8	8.8	8	79	10	70	77	1	8	11	1.04
20673177--20673242	22	3.0	22	68	12	62	40	7	16	34	1.77
20673171--20673245	23	3.3	23	70	10	82	40	6	14	38	1.73
20673322--20673408	17	5.2	16	74	12	77	27	20	9	42	1.82
20673505--20673601	34	2.8	35	74	12	85	34	17	7	41	1.77
20673570--20673662	17	5.7	17	73	10	77	37	13	6	41	1.71
20673676--20673709	18	1.9	18	88	5	52	38	14	11	35	1.83
20674351--20674381	14	2.2	14	100	0	62	58	6	22	12	1.58
20675412--20675628	122	1.8	116	87	7	319	44	6	12	36	1.69
20675412--20675628	59	3.7	57	84	9	249	44	6	12	36	1.69
20678466--20678506	3	13.7	3	100	0	82	31	0	0	68	0.90
20682903--20683076	89	1.9	90	90	3	280	45	12	18	22	1.83
20684513--20684555	16	2.7	16	77	0	50	60	2	0	37	1.10
20690666--20690724	26	2.3	26	82	2	75	33	8	16	40	1.79
20695225--20695258	14	2.4	14	85	0	50	50	0	0	50	1.00
20701499--20702244	327	2.3	327	80	6	839	35	11	15	36	1.85
20708197--20708239	22	2.0	22	85	0	59	67	0	4	27	1.10
20708199--20708239	10	3.8	11	81	15	50	68	0	4	26	1.10
20709106--20709641	267	2.0	267	94	0	946	34	10	14	40	1.81
20721580--20721623	16	2.8	16	100	0	88	45	29	6	18	1.75
20724077--20724131	12	4.3	13	77	11	60	16	0	30	52	1.44
20724060--20724400	13	26.5	13	68	18	105	17	1	31	48	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20724138--20724400	7	40.3	6	69	20	81	18	1	31	47	1.59
20724202--20724237	18	1.9	19	88	5	56	11	0	36	52	1.37
20724138--20724404	20	13.6	19	68	20	85	17	1	31	48	1.59
20724219--20724343	27	4.7	26	75	17	98	20	0	32	47	1.51
20724225--20724366	27	5.3	26	76	12	92	21	0	32	45	1.52
20724204--20724404	7	30.4	7	70	17	85	18	0	33	47	1.49
20731887--20731911	9	2.8	9	100	0	50	8	0	0	92	0.40
20732023--20732087	35	1.9	33	87	6	94	78	1	3	16	0.96
20732021--20732076	29	2.0	28	89	10	87	75	1	1	21	0.99
20732024--20732086	24	2.7	23	75	18	67	77	1	3	17	0.97
20732035--20732087	25	2.2	24	86	3	70	77	1	3	16	1.01
20732335--20732359	13	1.9	13	100	0	50	64	20	0	16	1.30
20732901--20732993	5	17.8	5	72	16	73	56	4	3	35	1.35
20732923--20732994	8	8.5	8	72	22	58	58	4	1	36	1.26
20732946--20732999	17	3.2	16	78	17	65	57	7	1	33	1.37
20733179--20733395	55	3.8	58	76	7	178	43	18	19	18	1.89
20733299--20733500	55	3.7	55	79	4	210	44	18	19	18	1.88
20733356--20733558	109	1.9	110	81	3	248	42	18	20	17	1.89
20734367--20734412	17	2.7	18	83	10	60	2	4	13	80	0.95
20734694--20734727	10	3.5	10	84	8	52	8	14	0	76	1.01
20734695--20734774	9	9.0	9	75	15	53	5	18	0	76	0.97
20734695--20734769	16	4.9	15	73	20	59	5	17	0	77	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20734695--20734758	14	4.3	15	77	11	60	6	17	0	76	0.98
20734715--20734765	22	2.4	21	90	3	75	5	17	0	76	0.98
20734706--20734769	8	8.0	8	73	13	60	4	17	0	78	0.92
20734696--20734773	40	2.0	39	82	7	95	5	17	0	76	0.96
20739606--20739663	21	2.9	19	82	7	53	50	20	0	29	1.49
20740142--20740282	3	49.7	3	67	20	56	57	4	3	34	1.37
20740164--20740233	19	3.6	19	80	7	79	57	4	2	35	1.33
20740164--20740273	5	21.8	5	72	18	59	55	4	4	35	1.41
20740143--20740233	21	4.5	22	73	20	74	58	4	2	35	1.30
20740180--20740270	32	2.9	31	79	9	96	54	4	4	36	1.40
20744685--20744753	34	2.0	34	100	0	138	34	5	8	50	1.57
20749643--20749670	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
20750540--20750568	14	2.0	15	93	6	51	34	0	3	62	1.12
20752815--20752852	17	2.2	18	90	4	60	42	13	0	44	1.43
20759545--20759783	122	1.9	124	84	5	315	33	12	13	41	1.82
20759679--20761206	187	8.1	185	81	6	1627	35	11	11	41	1.77
20764405--20764538	63	2.1	63	78	5	137	43	11	10	35	1.75
20777919--20777954	18	2.0	18	94	0	63	22	19	11	47	1.80
20783513--20783549	5	7.4	5	100	0	74	40	0	0	59	0.97
20784088--20784113	12	2.2	12	100	0	52	57	0	7	34	1.27
20785650--20785691	21	2.0	21	90	0	66	33	9	14	42	1.78
20786264--20786294	15	2.1	15	100	0	62	12	6	38	41	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20797552--20797599	19	2.5	20	79	3	53	20	16	8	54	1.68
20802753--20802985	61	3.8	62	74	12	201	36	13	14	35	1.86
20802761--20803030	124	2.2	123	80	6	287	34	14	14	36	1.87
20807144--20807285	62	2.3	64	79	6	157	35	12	17	33	1.88
20807480--20807511	13	2.5	13	95	5	57	43	0	0	56	0.99
20807634--20807821	94	2.0	93	92	1	313	30	21	13	35	1.91
20813269--20813436	55	3.1	54	78	9	162	46	11	12	29	1.76
20816200--20816321	37	3.3	35	76	13	111	59	10	13	16	1.60
20816166--20816649	72	6.7	72	72	6	279	53	14	14	17	1.74
20815704--20816776	36	30.1	36	69	11	194	53	14	14	16	1.73
20816148--20816656	144	3.5	141	77	5	423	52	14	15	17	1.74
20816167--20816569	215	1.9	214	79	6	456	52	14	14	18	1.74
20816526--20816638	38	3.0	38	76	2	122	56	13	12	17	1.67
20816665--20816826	35	4.8	34	69	16	97	54	16	14	14	1.72
20816926--20817114	36	5.3	37	74	7	126	50	18	17	13	1.78
20816908--20817006	34	2.8	34	79	13	103	51	20	15	13	1.76
20817121--20817232	58	1.9	58	84	10	149	50	7	21	20	1.71
20817184--20817260	36	2.1	36	83	4	93	51	9	20	18	1.72
20819254--20819539	136	2.1	139	80	9	309	17	16	11	54	1.70
20819517--20820379	417	2.1	407	79	8	939	22	17	9	50	1.75
20824023--20824403	144	2.6	145	80	6	418	43	12	12	31	1.79
20824023--20824358	145	2.3	144	82	5	394	42	11	12	32	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20829654--20829693	2	20.0	2	94	0	71	47	0	52	0	1.00
20829959--20830055	51	1.9	50	89	2	149	25	17	7	49	1.72
20832702--20832734	14	2.4	14	94	0	57	57	0	0	42	0.98
20835899--20835946	21	2.2	23	82	14	57	52	0	4	43	1.20
20836060--20836092	15	2.2	15	89	10	50	33	0	0	66	0.92
20836081--20836112	7	4.4	7	96	4	55	37	0	0	62	0.95
20841253--20841334	31	2.6	32	79	11	105	26	13	8	51	1.70
20844757--20844820	31	2.1	31	91	5	103	43	9	12	34	1.75
20844806--20844836	16	1.9	16	93	0	53	45	6	3	45	1.45
20844775--20844871	47	2.1	47	92	0	158	46	10	8	35	1.68
20844878--20844944	31	2.2	31	91	5	109	29	8	11	49	1.70
20854200--20854231	11	2.6	13	80	19	50	15	6	0	78	0.95
20858477--20858512	17	2.1	18	94	5	65	52	5	5	36	1.48
20858855--20858900	22	2.1	22	100	0	92	26	4	21	47	1.69
20862025--20862059	16	2.2	16	100	0	70	31	11	11	45	1.76
20862419--20862472	22	2.5	22	81	6	65	44	9	14	31	1.77
20866147--20866191	23	2.0	23	82	8	56	62	13	0	24	1.31
20870036--20870077	20	2.1	20	86	0	57	28	14	4	52	1.62
20872827--20872851	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
20880914--20880965	25	2.1	25	88	0	77	36	19	26	17	1.94
20883533--20883562	15	1.9	16	93	6	53	46	6	13	33	1.69
20884432--20884476	23	2.0	23	86	8	65	62	15	0	22	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20889934--20889969	16	2.1	18	90	10	58	11	11	0	77	0.99
20891516--20891547	14	2.4	14	94	5	57	21	3	18	56	1.56
20891517--20891598	13	6.2	13	76	8	58	26	6	17	50	1.69
20891529--20891598	27	2.6	27	77	6	70	28	5	15	50	1.67
20891736--20891772	15	2.5	15	80	20	51	18	5	0	75	0.99
20891736--20891774	14	2.8	13	82	17	51	20	5	0	74	1.01
20892246--20892368	64	1.9	65	88	1	185	39	13	13	34	1.84
20892043--20892732	369	1.9	369	83	1	891	40	13	12	34	1.81
20893253--20893419	62	2.7	60	86	7	226	34	13	14	37	1.86
20893314--20893584	121	2.2	121	81	6	316	37	14	15	32	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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