genome.fa.s223.2.7.7.80.10.50.1000.151.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168048.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_3, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33276047

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24364712--24365222	59	8.7	58	87	5	742	44	8	13	33	1.73
24364709--24365222	117	4.4	119	89	3	756	44	8	13	33	1.73
24366310--24366371	8	7.9	8	82	10	74	1	12	0	85	0.67
24366308--24366371	23	2.7	23	81	16	78	1	14	0	84	0.70
24366336--24366370	1	35.0	1	88	0	52	0	5	0	94	0.32
24366308--24366368	7	9.1	7	77	21	60	1	13	0	85	0.68
24366318--24366368	21	2.4	21	93	0	84	0	11	0	88	0.52
24370184--24370218	12	2.9	12	91	0	52	68	11	2	17	1.31
24370184--24370213	6	5.0	6	91	0	51	70	13	0	16	1.18
24370254--24370704	59	7.7	58	84	9	596	35	13	6	45	1.69
24370254--24370703	117	3.8	116	89	5	651	35	13	6	44	1.69
24370718--24370787	21	3.6	20	70	18	58	78	4	7	10	1.07
24370825--24370873	25	1.9	26	87	4	73	81	4	2	12	0.91
24370958--24370983	10	2.6	10	100	0	52	0	30	42	26	1.56
24371828--24371876	23	2.2	22	85	3	62	59	4	0	36	1.17
24371835--24371885	15	3.3	15	78	13	50	58	5	0	35	1.22
24372461--24372914	59	7.7	58	85	5	590	35	12	7	44	1.70
24372463--24372914	236	1.9	234	91	2	737	35	12	6	45	1.69
24372963--24373017	21	2.5	21	80	14	58	78	1	7	12	1.04
24373035--24373090	25	2.3	26	81	9	64	78	7	3	10	1.06
24373426--24373465	20	2.0	20	90	9	64	35	20	20	25	1.96
24373982--24374316	59	5.7	57	89	6	451	34	13	8	44	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24373982--24374320	118	2.9	117	89	2	509	33	13	8	44	1.74
24374323--24374388	31	2.0	35	85	11	95	74	3	10	12	1.18
24374333--24374417	27	3.1	27	75	21	72	76	2	9	11	1.11
24374439--24374482	21	2.1	21	91	0	70	81	2	2	13	0.88
24375002--24375051	25	2.0	24	84	7	64	42	18	6	34	1.74
24375492--24375542	25	2.0	25	85	7	68	58	1	0	39	1.09
24375501--24375547	15	3.1	14	80	19	51	59	2	0	38	1.09
24375491--24375547	14	4.0	14	80	15	64	59	1	0	38	1.08
24375833--24375915	9	9.3	9	77	10	82	4	0	9	85	0.73
24375860--24375916	5	12.0	5	83	10	66	1	0	10	87	0.61
24375860--24375915	1	56.0	1	78	0	58	1	0	8	89	0.56
24375923--24376208	41	7.0	42	90	5	394	37	22	18	22	1.94
24375923--24376208	40	7.0	40	89	6	382	37	22	18	22	1.94
24377475--24377511	16	2.4	16	86	8	51	2	21	0	75	0.92
24377815--24377848	17	2.0	17	88	0	50	2	17	5	73	1.16
24381352--24381658	53	5.6	53	93	5	515	36	12	7	44	1.70
24381677--24381834	9	17.8	9	72	15	116	80	2	0	16	0.86
24381677--24381817	5	29.2	5	70	23	81	79	2	0	17	0.90
24381680--24381834	17	9.4	17	75	15	121	80	2	0	16	0.86
24381679--24381736	1	58.0	1	75	0	53	87	1	0	10	0.60
24381677--24381833	7	21.1	7	72	20	67	80	2	0	16	0.87
24383351--24383425	7	10.7	7	79	14	50	4	9	0	86	0.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24383349--24383427	9	8.3	9	76	21	65	3	11	0	84	0.74
24383373--24383434	23	2.7	23	84	0	88	1	11	0	87	0.62
24383359--24383434	12	6.5	12	80	7	68	3	11	0	84	0.76
24383383--24383425	1	43.0	1	90	0	68	0	4	0	95	0.27
24383346--24383422	11	7.2	11	78	10	70	3	11	0	84	0.75
24383373--24383427	12	4.7	12	90	4	85	0	10	0	89	0.50
24387275--24387607	57	5.7	56	89	9	481	34	12	8	44	1.74
24387275--24387610	175	1.9	179	92	3	574	33	12	8	44	1.73
24387731--24387792	12	5.2	11	74	16	52	79	3	3	14	0.99
24387731--24387793	24	2.6	24	80	7	65	79	3	3	14	0.98
24392063--24392127	15	4.2	15	88	7	103	73	0	12	13	1.09
24392063--24392151	8	10.9	8	82	13	110	74	0	13	12	1.08
24393161--24393372	41	5.1	41	93	2	354	24	16	23	35	1.95
24393163--24393372	83	2.5	82	93	1	357	23	16	23	36	1.94
24393379--24393423	16	2.9	15	93	6	81	86	6	0	6	0.70
24393591--24393620	11	2.7	11	94	0	51	10	3	3	83	0.88
24393591--24393637	20	2.4	19	76	13	51	14	2	4	78	0.99
24393625--24393729	10	10.6	10	66	21	53	32	0	4	62	1.16
24393625--24393670	13	3.5	13	85	11	58	32	0	0	67	0.91
24393728--24393775	24	2.0	24	84	8	62	12	0	8	79	0.94
24394184--24394237	26	2.2	25	83	6	65	38	3	16	40	1.66
24394788--24394829	21	2.0	21	90	4	66	19	2	0	78	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24394797--24394873	5	15.8	5	75	22	67	16	3	0	79	0.88
24394799--24394850	24	2.2	23	86	10	70	15	1	0	82	0.75
24394797--24394888	43	2.3	41	82	14	111	17	5	0	77	0.96
24394803--24394887	30	2.8	29	81	13	84	16	5	0	77	0.95
24394792--24394882	33	2.6	37	83	13	104	18	4	0	76	0.94
24394788--24394873	18	4.3	20	79	16	90	18	3	0	77	0.90
24394900--24395178	59	4.7	57	87	10	393	46	6	11	35	1.67
24396157--24396235	41	2.0	39	95	5	140	65	2	11	20	1.36
24398245--24398294	27	1.9	25	84	8	64	52	2	0	46	1.12
24398440--24398473	17	1.9	18	88	5	52	67	0	2	29	1.05
24400519--24400548	15	2.0	15	93	0	51	63	0	0	36	0.95
24402776--24402800	12	2.1	12	100	0	50	36	0	0	64	0.94
24402787--24402854	30	2.3	30	82	2	84	42	0	1	55	1.08
24403815--24403868	14	3.7	14	80	9	63	48	5	1	44	1.37
24403815--24403868	7	7.4	7	75	8	54	48	5	1	44	1.37
24404965--24405006	6	7.0	6	100	0	84	33	0	50	16	1.46
24405386--24405418	12	2.8	12	86	13	50	66	0	0	33	0.92
24411656--24411737	37	2.2	37	82	6	96	29	8	7	54	1.57
24417130--24417170	18	2.3	19	87	8	59	63	2	19	14	1.41
24417751--24417780	11	2.7	11	89	0	51	46	13	0	40	1.43
24418116--24418213	43	2.3	42	81	13	103	53	6	3	37	1.42
24418116--24418195	20	3.8	20	75	14	65	52	7	3	36	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24418144--24418209	23	2.9	22	80	14	64	51	4	1	42	1.31
24419017--24419077	26	2.3	26	86	5	79	18	26	21	34	1.96
24419017--24419091	26	2.9	25	78	7	78	17	25	24	33	1.96
24419243--24419300	3	19.3	3	85	0	80	31	1	3	63	1.21
24419839--24419879	19	2.2	19	86	0	55	24	12	21	41	1.87
24420094--24420136	10	4.7	9	80	13	52	18	0	2	79	0.85
24420162--24420191	8	3.6	8	91	8	51	86	0	13	0	0.57
24431274--24431873	120	5.0	119	80	5	624	18	21	15	44	1.86
24431269--24431861	240	2.5	239	84	1	780	17	22	15	44	1.86
24432004--24432066	26	2.5	26	86	2	83	17	23	28	30	1.97
24432193--24432253	3	20.3	3	91	0	95	29	0	3	67	1.07
24433108--24433148	19	2.2	19	86	8	57	12	7	2	78	1.06
24433181--24433210	8	3.6	8	91	8	51	86	0	13	0	0.57
24434182--24434273	47	2.0	46	82	6	114	18	16	9	55	1.68
24439409--24439434	5	5.2	5	100	0	52	80	0	19	0	0.71
24443851--24443937	18	4.4	20	70	22	60	55	5	0	39	1.24
24444559--24444588	15	1.9	16	93	6	53	66	0	30	3	1.07
24444956--24445014	29	2.0	29	83	0	73	37	5	3	54	1.39
24447584--24447614	12	2.6	12	100	0	62	61	0	22	16	1.34
24454249--24454282	13	2.6	13	90	0	50	2	14	0	82	0.79
24455067--24455119	22	2.3	23	83	3	72	37	3	1	56	1.28
24455378--24455416	18	2.1	18	85	9	51	43	2	0	53	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24455525--24455563	18	2.2	18	86	9	53	41	0	0	58	0.98
24455762--24455803	18	2.4	18	84	4	50	33	0	0	66	0.92
24455758--24455826	30	2.3	30	83	11	81	34	1	1	62	1.13
24466461--24466580	64	1.9	62	84	3	159	33	8	12	45	1.72
24466592--24466736	61	2.4	61	82	5	159	44	13	7	35	1.72
24467151--24467380	63	3.7	62	77	5	230	39	11	10	39	1.75
24467145--24467385	126	1.9	125	83	5	308	38	11	10	39	1.76
24467172--24467416	126	2.0	125	81	5	289	41	10	10	37	1.74
24472676--24472750	28	2.6	28	80	4	78	48	21	6	24	1.74
24473428--24474085	185	3.5	184	83	4	784	39	11	12	36	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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