genome.fa.s223.2.7.7.80.10.50.1000.170.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168048.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_3, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33276047

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27924846--27925090	122	2.0	117	80	12	266	48	4	7	39	1.51
27924854--27925094	60	4.0	60	77	15	221	48	4	7	39	1.52
27932394--27932484	42	2.2	42	89	0	146	39	13	26	20	1.89
27934756--27934783	13	2.2	13	100	0	56	39	21	7	32	1.80
27936266--27936306	16	2.5	16	88	4	55	26	19	19	34	1.96
27936570--27936898	88	3.8	88	83	5	357	24	10	17	48	1.78
27936566--27936885	132	2.4	132	83	3	360	23	10	17	47	1.79
27936573--27936898	44	7.4	43	79	5	269	24	10	16	47	1.78
27937112--27937150	17	2.4	16	91	4	60	23	2	5	69	1.21
27937112--27937150	4	9.5	4	83	5	51	23	2	5	69	1.21
27938137--27938167	16	1.9	16	93	0	53	45	3	0	51	1.17
27938087--27938420	62	5.4	62	80	9	389	47	4	8	39	1.54
27938348--27938497	72	2.1	72	83	5	196	47	4	7	40	1.52
27938411--27938522	59	1.9	59	85	5	156	48	4	9	37	1.57
27939106--27939144	20	1.9	21	84	5	53	41	2	2	53	1.28
27939194--27939278	29	3.0	29	77	3	84	24	5	14	55	1.61
27939688--27939757	31	2.2	31	78	16	72	44	5	5	44	1.51
27943699--27943778	28	2.8	29	78	14	87	47	6	0	46	1.27
27944336--27944373	3	12.7	3	94	0	67	65	0	2	31	1.06
27945817--27945854	3	12.7	3	100	0	76	65	0	0	34	0.93
27952728--27952793	27	2.5	27	97	2	125	45	7	33	13	1.72
27952728--27952810	27	3.1	27	87	5	80	46	8	32	12	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27953096--27953135	19	2.1	19	85	4	53	82	7	2	7	0.92
27956099--27956136	9	4.3	9	83	16	53	21	2	0	76	0.91
27956101--27956136	16	2.2	17	95	5	65	22	2	0	75	0.94
27956683--27957038	129	2.9	124	83	9	451	36	7	6	49	1.58
27958268--27958306	3	12.7	3	94	5	69	66	0	2	30	1.05
27958692--27958787	49	2.0	49	82	0	120	37	17	11	33	1.86
27958709--27958823	49	2.3	49	77	2	124	39	16	12	32	1.86
27965925--27965964	21	1.9	21	100	0	80	47	0	0	52	1.00
27972562--27972613	26	2.0	27	100	0	90	38	23	3	34	1.73
27973478--27973520	21	2.1	21	91	8	72	0	0	20	79	0.74
27973801--27973860	3	19.7	3	90	10	95	68	0	1	30	0.99
27977452--27977488	9	3.8	10	86	13	51	62	16	0	21	1.33
27977452--27977488	14	2.6	14	91	4	56	62	16	0	21	1.33
27977452--27977488	5	7.6	5	85	14	51	62	16	0	21	1.33
27985753--27985778	13	2.0	13	100	0	52	23	15	23	38	1.92
27993362--27993386	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
27993562--27993612	26	1.9	27	84	11	70	58	0	0	41	0.98
27993570--27993615	24	1.9	24	82	8	58	58	0	0	41	0.98
27994410--27994454	21	2.1	22	83	4	56	57	6	2	33	1.37
27997548--27997618	21	3.4	21	77	9	74	22	1	0	76	0.87
27997551--27997591	10	4.1	10	87	9	57	19	0	0	80	0.71
27997548--27997597	17	3.1	17	85	8	68	20	0	0	80	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27997554--27997597	6	7.5	6	80	14	56	18	0	0	81	0.68
27997560--27997597	11	3.5	11	92	7	60	18	0	0	81	0.69
28005204--28005237	14	2.4	14	95	0	59	58	0	2	38	1.13
28005343--28005442	16	5.8	17	79	11	80	53	0	1	46	1.07
28005371--28005443	17	3.9	19	68	16	55	54	0	1	43	1.08
28005343--28005443	18	5.9	18	78	14	83	53	0	0	45	1.07
28005472--28005669	15	14.3	13	71	17	116	41	2	2	54	1.23
28005471--28005681	18	12.7	17	70	23	139	41	1	1	54	1.22
28005559--28005646	22	3.8	22	77	12	86	43	2	1	53	1.20
28005506--28005674	31	5.9	28	75	20	138	43	1	1	52	1.22
28006113--28006147	16	2.1	17	89	5	54	31	5	2	60	1.35
28006112--28006150	17	2.3	18	82	13	55	30	5	2	61	1.31
28006705--28006749	23	2.0	23	90	0	72	28	6	8	55	1.56
28011217--28011258	16	2.4	17	84	15	59	50	0	0	50	1.00
28011233--28011273	13	3.2	13	80	13	50	51	0	0	48	1.00
28011195--28011277	41	2.1	39	84	8	105	49	1	0	49	1.08
28018885--28018930	23	2.0	23	91	4	74	8	8	4	78	1.09
28020191--28020240	26	1.9	26	92	8	84	48	8	2	42	1.44
28020333--28020385	6	8.7	6	78	12	54	15	16	0	67	1.23
28028374--28028426	28	1.9	28	85	11	74	50	1	0	47	1.12
28040677--28040709	14	2.2	16	89	10	52	0	12	0	87	0.53
28040677--28040710	8	4.4	8	92	3	52	0	11	0	88	0.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28041704--28041765	14	4.5	14	76	11	74	38	0	0	61	0.96
28041704--28041760	27	2.2	26	83	3	69	38	0	0	61	0.96
28041712--28041763	13	3.8	13	85	12	61	38	0	0	61	0.96
28046935--28046975	21	2.0	21	85	4	57	34	34	21	9	1.87
28048382--28048520	70	2.0	70	88	2	208	28	14	16	41	1.87
28050192--28050216	2	12.5	2	100	0	50	52	48	0	0	1.00
28055165--28055190	13	2.0	13	100	0	52	46	23	0	30	1.53
28055316--28055349	11	3.1	11	87	12	52	55	2	0	41	1.15
28056255--28056289	2	18.0	2	94	5	63	51	0	0	48	1.00
28057310--28057348	2	19.5	2	89	0	60	2	2	43	51	1.29
28063584--28063609	9	2.9	9	100	0	52	19	0	0	80	0.71
28069125--28069171	17	2.7	17	81	12	51	31	17	12	38	1.87
28076109--28076200	31	3.0	31	98	1	177	44	3	29	22	1.69
28086182--28086207	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
28089038--28089269	118	2.0	118	93	0	401	25	15	21	37	1.93
28092047--28092146	31	3.2	30	80	5	110	36	21	17	26	1.94
28092446--28092475	11	2.8	11	95	5	53	46	0	0	53	1.00
28105852--28105889	19	2.0	19	89	0	58	36	21	15	26	1.93
28106811--28106850	3	13.7	3	94	5	73	30	0	0	70	0.88
28106810--28106853	20	2.2	20	100	0	88	29	0	0	70	0.88
28106814--28106847	17	2.0	17	100	0	68	29	0	0	70	0.87
28107172--28107199	12	2.3	12	100	0	56	21	0	0	78	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28107509--28107533	11	2.3	11	100	0	50	76	0	0	24	0.80
28108155--28108236	34	2.5	32	90	7	128	20	2	9	67	1.32
28108269--28108316	20	2.4	20	85	0	69	2	4	12	81	0.93
28108837--28108920	41	2.1	41	88	2	125	46	17	9	26	1.79
28108909--28109183	43	6.5	42	77	3	201	43	13	13	30	1.82
28108909--28109175	85	3.1	85	77	3	268	42	13	13	30	1.83
28108873--28109183	85	3.7	85	75	7	256	43	12	13	30	1.81
28109164--28109417	119	2.1	122	81	5	295	44	15	11	28	1.82
28121056--28121111	3	18.7	3	100	0	112	32	0	0	67	0.91
28121414--28121455	22	1.9	22	90	0	66	11	4	9	73	1.22
28125610--28125905	160	1.9	154	88	6	443	33	29	12	24	1.92
28131077--28131154	40	2.0	40	97	0	147	48	17	6	26	1.71
28134148--28134186	21	2.0	18	85	14	51	43	0	2	53	1.14
28138709--28138823	57	2.0	56	96	1	212	33	10	15	40	1.81
28150191--28150285	39	2.6	34	71	15	91	37	11	10	40	1.76
28150451--28150490	21	1.9	21	89	0	62	32	7	22	37	1.82
28151124--28151221	51	1.9	51	95	0	178	45	16	13	24	1.83
28152945--28152986	15	3.0	14	86	6	50	52	0	0	47	1.00
28154127--28154161	3	11.7	3	100	0	70	65	0	0	34	0.93
28154191--28154229	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
28154127--28154259	68	2.0	68	98	0	257	51	3	10	34	1.54
28158734--28158806	30	2.4	30	86	0	101	41	28	16	13	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28159850--28159880	9	3.4	9	90	0	53	87	0	0	12	0.55
28160115--28160150	14	2.6	14	90	0	54	58	0	2	38	1.13
28160322--28160379	21	3.0	21	76	16	54	53	0	0	46	1.00
28160428--28160538	28	3.8	29	73	12	84	45	1	0	52	1.17
28160404--28160584	88	2.0	89	80	9	201	44	1	1	53	1.15
28160681--28160726	22	2.1	22	87	0	65	30	8	6	54	1.56
28163252--28163741	132	3.7	132	80	5	481	28	13	17	40	1.88
28168867--28168910	21	2.1	21	83	8	54	38	18	11	31	1.86
28173448--28173490	10	4.5	10	80	11	54	27	0	20	51	1.48
28173447--28173483	18	2.1	18	89	0	56	27	0	18	54	1.44

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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