genome.fa.s223.2.7.7.80.10.50.1000.171.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168048.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_3, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33276047

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28173352--28173596	80	3.1	79	85	2	328	23	7	25	43	1.79
28175038--28175084	21	2.2	21	84	0	58	42	19	19	19	1.89
28178606--28178643	18	2.1	19	90	5	60	81	2	2	13	0.90
28178606--28178674	9	7.8	9	74	8	52	79	2	5	11	1.01
28181838--28181890	26	2.1	25	86	10	72	66	1	0	32	1.03
28181963--28182009	21	2.2	22	82	17	64	38	2	0	59	1.09
28182163--28182201	18	2.2	18	86	4	53	12	7	17	61	1.54
28187729--28187759	9	3.3	9	95	4	53	51	3	0	45	1.17
28188170--28188212	17	2.6	17	82	7	54	67	0	4	27	1.10
28188444--28188496	24	2.3	23	75	12	54	64	0	5	30	1.17
28189305--28189339	18	1.9	18	94	0	61	22	0	0	77	0.78
28189565--28189603	18	2.2	18	85	0	51	53	2	5	38	1.37
28192305--28192374	34	2.1	34	91	0	113	21	15	11	51	1.75
28197973--28198018	23	1.9	25	86	8	69	54	13	6	26	1.62
28198057--28198096	13	3.3	13	76	16	50	57	15	5	22	1.57
28198089--28198126	20	1.9	20	94	0	67	50	10	7	31	1.66
28202553--28202616	29	2.2	29	94	2	112	45	7	15	31	1.75
28203619--28203657	18	2.2	18	86	9	53	33	0	5	61	1.18
28204087--28204158	33	2.2	33	94	0	126	34	13	5	45	1.67
28210119--28210188	34	2.0	36	86	5	99	57	5	0	37	1.23
28210285--28210343	20	2.7	23	75	21	65	52	0	1	45	1.10
28210327--28210376	22	2.2	22	78	3	55	68	4	0	28	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28214044--28214094	5	10.4	5	85	2	59	37	7	0	54	1.29
28214044--28214094	20	2.6	20	90	3	77	37	7	0	54	1.29
28214528--28214567	20	2.0	20	90	4	64	32	0	20	47	1.50
28215130--28215180	22	2.4	21	80	3	57	49	1	1	47	1.24
28216786--28216879	33	2.8	33	85	1	116	26	27	18	27	1.98
28219866--28219945	28	2.9	27	77	7	90	35	18	8	37	1.82
28219866--28219945	26	2.9	28	79	7	92	35	18	8	37	1.82
28223673--28223715	17	2.6	16	82	10	50	60	0	4	34	1.17
28231301--28231380	38	2.1	38	82	13	94	40	12	16	31	1.85
28235687--28235715	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
28235845--28235884	10	4.0	10	90	0	62	50	10	0	40	1.36
28235844--28235881	16	2.4	16	90	0	58	50	13	0	36	1.42
28237399--28237442	12	3.5	12	81	6	52	40	2	4	52	1.34
28244313--28244484	84	2.0	84	96	0	317	33	29	4	33	1.78
28245979--28246063	26	3.2	26	75	18	68	76	0	12	10	1.02
28245986--28246063	40	1.9	40	82	12	97	76	0	12	10	1.01
28245996--28246065	26	2.6	26	80	11	70	78	0	11	10	0.96
28246591--28246784	71	2.7	71	83	1	228	38	10	23	27	1.88
28247361--28247393	16	2.0	17	88	5	50	33	12	12	42	1.79
28247526--28247570	15	3.0	15	87	6	65	31	17	13	37	1.89
28247641--28248094	44	10.6	43	74	9	336	25	13	17	43	1.85
28247641--28247859	84	2.6	83	74	10	192	27	10	15	46	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28249836--28249878	23	2.0	22	86	9	61	16	6	0	76	0.99
28254506--28254560	23	2.5	22	83	13	69	54	0	0	45	0.99
28254596--28254652	29	2.0	29	85	0	78	52	1	1	43	1.21
28258000--28258059	30	2.0	30	83	0	75	45	0	1	53	1.10
28258034--28258086	22	2.6	21	88	11	83	49	1	0	49	1.12
28260959--28261028	22	3.2	22	66	22	65	47	12	18	21	1.82
28260959--28261057	44	2.2	44	100	0	198	48	12	18	21	1.80
28260978--28261050	22	3.3	22	68	21	71	49	10	15	24	1.76
28268904--28268969	30	2.2	31	97	2	125	48	21	15	15	1.81
28269942--28269970	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
28270027--28270177	77	2.0	77	98	0	293	49	21	5	23	1.71
28271959--28272002	15	2.9	15	79	3	52	50	0	6	43	1.29
28272821--28272942	55	2.2	56	86	4	174	46	2	0	50	1.20
28272846--28272965	56	2.2	55	81	4	134	45	5	1	48	1.34
28273016--28273061	23	2.0	23	95	0	83	34	6	21	36	1.80
28275860--28275903	19	2.4	18	85	11	54	22	0	2	75	0.92
28276968--28277008	11	3.5	11	81	12	55	46	0	2	51	1.14
28276970--28277009	12	3.3	12	86	10	55	42	0	2	55	1.13
28277469--28277530	24	2.5	25	84	2	81	27	1	1	69	1.07
28277473--28277537	29	2.2	30	78	8	71	29	1	1	67	1.09
28285560--28285622	22	2.9	23	77	17	71	28	7	3	60	1.40
28288320--28288415	47	2.1	46	90	7	151	27	13	7	52	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28289002--28289075	26	2.9	26	74	9	71	47	10	1	40	1.47
28289102--28289139	17	2.2	17	95	0	67	18	0	0	81	0.69
28289437--28289480	19	2.3	19	84	7	54	6	25	2	65	1.28
28289880--28289917	18	2.1	18	90	9	60	42	18	0	39	1.50
28290172--28290647	44	11.0	44	81	3	459	43	15	13	27	1.84
28292015--28292095	16	5.1	15	73	21	67	13	12	0	74	1.08
28291986--28292044	26	2.3	25	85	8	75	13	8	0	77	0.97
28291988--28292095	25	4.4	25	76	15	84	12	11	0	75	1.04
28292024--28292090	7	9.7	7	72	18	52	11	13	0	74	1.07
28291997--28292077	26	3.1	27	80	13	82	12	11	0	76	1.02
28292022--28292093	33	2.2	34	85	9	96	11	13	0	75	1.06
28293887--28294334	172	2.6	171	84	5	566	38	11	6	43	1.67
28294414--28294470	9	6.6	9	76	15	66	73	3	0	22	0.98
28294414--28294470	17	3.3	18	88	11	84	73	3	0	22	0.98
28294417--28294469	8	6.2	8	76	20	54	73	3	0	22	0.99
28296343--28296375	2	16.5	2	93	0	57	48	0	3	48	1.17
28298022--28298087	30	2.2	30	86	0	96	37	1	1	59	1.16
28301578--28301617	20	1.9	20	85	10	53	32	5	5	57	1.42
28302130--28302172	20	2.2	20	91	0	68	32	18	16	32	1.93
28305917--28305968	27	1.9	27	88	0	77	19	0	11	69	1.18
28310348--28310377	2	15.0	2	92	0	51	50	3	46	0	1.18
28324262--28324301	15	2.9	14	89	10	57	27	0	0	72	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28324270--28324301	3	11.0	3	93	6	57	31	0	0	68	0.90
28327782--28327838	28	2.0	29	93	3	98	61	7	8	22	1.50
28332562--28332614	16	3.2	17	81	7	65	64	0	0	35	0.94
28332570--28332620	12	3.9	14	82	14	65	64	0	0	35	0.94
28334766--28334818	26	2.0	27	89	10	83	50	3	0	45	1.19
28334842--28334873	14	2.2	15	94	5	57	62	0	18	18	1.33
28335065--28335094	16	1.9	15	93	6	51	13	13	3	70	1.30
28339049--28339109	24	2.6	22	80	12	59	45	0	0	54	1.00
28340596--28340690	19	4.9	19	75	10	68	41	2	3	53	1.28
28340641--28340703	21	3.4	17	75	25	56	42	0	4	52	1.22
28340635--28340716	39	2.1	39	82	8	96	39	1	4	54	1.29
28340824--28340936	21	5.4	21	72	8	79	48	2	1	46	1.26
28340852--28340902	14	3.6	14	77	12	59	49	0	0	50	1.00
28340839--28340901	29	2.2	30	86	11	87	44	0	1	53	1.10
28349988--28350027	16	2.4	17	83	4	55	67	0	15	17	1.23
28354150--28354210	24	2.6	22	80	12	59	45	0	0	54	1.00
28355545--28355583	21	1.9	21	85	15	55	51	2	0	46	1.14
28355839--28355870	17	1.9	16	93	6	55	34	6	3	56	1.40
28355953--28356008	14	3.9	14	77	11	60	48	0	0	51	1.00
28355953--28356008	22	2.6	21	80	8	67	48	0	0	51	1.00
28356042--28356096	25	2.2	25	86	0	83	54	3	1	40	1.28
28370229--28370286	30	2.0	29	83	16	75	31	3	6	58	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28370619--28370665	8	5.9	8	80	9	60	40	0	0	59	0.97
28375188--28375227	16	2.4	17	83	4	55	67	0	15	17	1.23
28378650--28378676	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
28379125--28379161	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
28379431--28379477	24	2.0	24	83	8	60	48	0	0	51	1.00
28379416--28379492	13	5.8	13	70	19	52	44	0	0	55	0.99
28380916--28380976	25	2.2	28	80	11	74	40	1	1	55	1.19
28380946--28381012	17	3.8	17	79	11	73	40	0	1	58	1.07
28380942--28381038	36	2.6	37	82	6	124	40	0	3	56	1.15
28381168--28381246	21	3.7	21	80	6	79	49	1	1	48	1.17

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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