genome.fa.s223.2.7.7.80.10.50.1000.172.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168048.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_3, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33276047

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28381196--28381246	14	3.6	14	77	12	59	49	0	0	50	1.00
28381183--28381245	29	2.2	30	86	11	87	44	0	1	53	1.10
28381283--28381330	24	2.1	23	88	7	71	54	4	2	39	1.32
28381291--28381342	24	2.2	24	89	6	79	51	3	0	44	1.19
28395933--28395979	8	5.9	8	80	9	60	40	0	0	59	0.97
28398346--28398397	21	2.5	21	90	6	79	50	0	0	50	1.00
28398346--28398397	22	2.5	22	93	6	90	50	0	0	50	1.00
28404601--28404637	18	2.2	18	85	9	51	40	0	5	54	1.24
28405071--28405106	18	2.0	18	89	10	56	72	0	0	27	0.85
28406005--28406091	39	2.2	39	97	0	165	17	14	14	52	1.74
28409959--28410245	143	2.0	143	100	0	574	29	20	13	36	1.91
28416359--28416402	19	2.3	19	92	4	70	47	0	0	52	1.00
28416354--28416422	31	2.4	28	83	13	79	49	0	0	50	1.00
28417289--28417330	21	2.1	20	91	8	68	42	0	0	57	0.99
28418412--28418458	24	1.9	25	83	12	62	57	0	2	40	1.11
28418488--28418512	12	2.1	12	100	0	50	56	0	0	44	0.99
28418657--28418692	13	2.7	13	91	4	54	36	2	0	61	1.11
28420267--28420291	13	1.9	13	100	0	50	64	0	0	36	0.94
28421487--28421527	13	3.1	13	86	6	55	43	0	2	53	1.13
28422043--28422072	4	7.2	4	92	7	51	50	3	0	46	1.18
28422215--28422261	23	2.1	22	84	4	58	19	8	12	59	1.58
28422305--28422492	97	1.9	97	88	4	281	38	7	5	47	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28423697--28423729	15	2.1	17	88	11	52	48	0	0	51	1.00
28423795--28423849	27	2.0	27	86	6	76	47	0	3	49	1.19
28423798--28423855	27	2.1	27	81	6	64	51	0	1	46	1.11
28427492--28427559	23	3.0	23	71	12	61	54	1	0	44	1.09
28431363--28431389	7	3.9	7	100	0	54	59	14	25	0	1.36
28437312--28437365	18	3.1	18	70	22	51	48	0	0	51	1.00
28437327--28437357	16	2.0	15	93	6	53	51	0	0	48	1.00
28437430--28437473	15	3.1	14	81	18	56	38	0	2	59	1.10
28437428--28437467	12	3.0	13	83	16	55	42	0	0	57	0.98
28438459--28438571	55	2.1	55	94	0	199	31	19	21	27	1.97
28439636--28439660	13	1.9	13	100	0	50	12	0	0	88	0.53
28445813--28445882	30	2.3	32	80	7	83	55	1	0	42	1.08
28461661--28461709	22	2.2	23	85	3	64	44	8	4	42	1.53
28461970--28462073	53	2.0	53	90	0	163	43	1	2	51	1.27
28462083--28462117	13	2.6	14	86	13	56	51	0	0	48	1.00
28462089--28462131	18	2.4	17	88	7	59	51	0	0	48	1.00
28469301--28469332	13	2.5	13	94	0	55	34	3	34	28	1.73
28474829--28474870	19	2.3	19	91	4	68	52	0	0	47	1.00
28474826--28474873	18	2.8	17	81	12	62	50	0	0	50	1.00
28474862--28474917	24	2.3	25	81	12	71	64	1	0	33	1.04
28489908--28489962	19	2.7	19	80	8	56	61	0	1	36	1.06
28489906--28489967	25	2.4	25	84	7	72	64	0	1	33	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28490319--28490351	17	2.0	17	88	5	50	54	0	0	45	0.99
28491353--28491474	61	2.0	61	86	0	172	31	29	7	31	1.85
28492893--28492917	13	1.9	13	100	0	50	56	0	0	44	0.99
28493181--28493211	11	2.7	11	95	5	53	25	9	9	54	1.63
28493527--28493568	16	2.7	16	82	13	52	69	2	4	23	1.20
28493613--28493653	18	2.3	18	91	0	64	51	0	0	48	1.00
28496389--28496414	5	5.2	5	100	0	52	19	19	19	42	1.90
28498573--28498700	30	4.3	30	77	6	109	39	7	15	37	1.77
28509507--28509576	26	2.7	26	81	12	74	45	25	7	21	1.77
28513909--28513958	22	2.3	22	85	0	64	50	8	16	26	1.72
28514781--28514814	15	2.3	15	100	0	68	17	5	14	61	1.52
28520657--28521349	162	4.3	161	77	7	569	31	9	15	44	1.77
28520695--28521351	328	2.0	324	81	4	766	31	9	14	44	1.77
28522852--28522908	21	2.7	21	86	0	78	40	5	29	24	1.77
28524482--28524537	19	2.9	19	70	21	53	62	0	3	33	1.12
28525278--28525320	18	2.4	18	84	3	61	58	2	2	37	1.24
28525343--28525391	19	2.5	20	80	3	64	32	0	2	65	1.04
28525365--28525400	11	3.2	11	88	7	54	30	0	0	69	0.89
28525768--28525806	19	2.1	18	85	4	51	46	0	5	48	1.24
28525870--28525939	9	7.2	9	75	13	50	31	1	5	61	1.28
28525946--28525983	19	2.0	19	89	0	58	44	0	5	50	1.24
28525944--28525987	10	4.4	10	80	11	54	43	0	4	52	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28526488--28526527	20	2.0	20	90	0	62	47	7	0	45	1.31
28528125--28528163	20	1.9	21	85	15	55	56	7	0	35	1.28
28529372--28529454	31	2.6	32	81	9	98	54	0	0	45	0.99
28529502--28529574	20	3.7	20	75	12	69	35	2	0	61	1.10
28529428--28529543	52	2.2	54	76	9	121	43	0	0	55	1.05
28538946--28539034	45	2.0	45	91	4	144	42	11	12	33	1.78
28540278--28540311	17	1.9	18	88	5	52	47	2	2	47	1.32
28544292--28544322	16	1.9	16	93	0	53	9	0	25	64	1.24
28544459--28544491	16	2.1	16	94	0	57	9	0	24	66	1.20
28545656--28545711	29	2.0	29	85	3	78	37	3	3	55	1.35
28545713--28545817	42	2.5	42	80	10	115	47	1	2	47	1.27
28545949--28546009	21	3.0	20	74	9	61	49	0	1	49	1.10
28545966--28546065	42	2.3	43	81	8	107	49	1	4	46	1.27
28550086--28550121	19	1.9	19	88	5	56	52	5	0	41	1.24
28552236--28552270	15	2.4	14	86	9	52	37	0	0	62	0.95
28553481--28553516	2	19.0	2	88	11	58	52	0	0	47	1.00
28577948--28577994	24	1.9	24	82	4	58	74	4	2	19	1.09
28590228--28590278	3	17.0	3	83	0	57	66	9	0	23	1.21
28590228--28590278	15	3.4	15	88	0	84	66	9	0	23	1.21
28595495--28595617	17	6.9	18	68	18	71	44	0	0	54	1.05
28595541--28595627	36	2.4	35	80	16	90	49	0	0	50	1.00
28595673--28595722	21	2.4	21	83	6	57	40	8	0	52	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28596183--28596220	19	2.0	19	89	0	58	26	10	23	39	1.87
28596276--28596344	29	2.3	29	78	11	68	49	14	2	33	1.58
28596347--28596393	17	2.7	18	80	3	51	53	4	0	42	1.20
28596398--28596431	13	2.6	13	90	0	50	38	11	0	50	1.39
28597217--28597258	13	3.0	14	83	16	52	47	0	2	50	1.14
28597783--28597834	26	2.0	26	81	11	61	51	0	3	44	1.19
28602229--28602254	11	2.4	11	100	0	52	65	0	0	34	0.93
28609585--28609615	2	15.5	2	93	0	53	48	3	0	48	1.17
28614507--28614532	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
28614080--28615032	323	3.0	318	89	5	1423	33	18	9	38	1.83
28616393--28616457	32	1.9	34	84	9	89	41	1	0	56	1.08
28616777--28616818	22	1.9	23	90	9	70	28	7	0	64	1.20
28618474--28618518	19	2.2	21	84	7	58	64	11	6	17	1.46
28625991--28626033	17	2.5	17	81	7	52	51	4	0	44	1.22
28633309--28633369	15	4.1	15	70	6	52	54	1	1	42	1.20
28634073--28634254	92	2.0	92	92	0	301	38	3	17	40	1.66
28637290--28637340	27	1.9	26	88	4	75	41	7	3	47	1.51
28643187--28643313	60	2.0	60	88	5	182	40	11	11	36	1.79
28643976--28644034	18	3.3	18	88	4	84	30	25	18	25	1.98
28648340--28648428	43	2.1	43	91	0	142	55	10	3	31	1.50
28648410--28648496	31	3.0	30	70	25	87	54	12	4	28	1.58
28648484--28648523	21	2.0	20	85	5	53	47	7	7	37	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28648395--28648664	78	3.4	77	85	5	344	51	9	5	32	1.59
28648530--28648583	24	2.2	25	83	9	67	53	3	7	35	1.47
28648607--28648661	24	2.2	25	87	9	78	49	5	7	38	1.54
28648645--28648729	17	4.8	17	77	12	73	47	10	7	35	1.66
28648667--28648729	16	3.6	17	83	14	67	46	12	7	33	1.71
28649329--28649362	17	1.9	18	94	5	61	67	14	0	17	1.23
28649322--28649369	18	2.6	19	83	9	73	66	10	0	22	1.22
28652985--28653026	15	3.1	15	74	25	56	26	23	7	42	1.80
28656671--28656705	16	2.2	16	90	10	54	37	0	0	62	0.95
28657590--28657618	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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