genome.fa.s223.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168048.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_3, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33276047

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
179385--181971	181	14.5	176	73	9	681	38	8	10	43	1.69
179330--181971	180	14.8	179	75	8	1734	38	8	10	43	1.69
179082--181937	357	7.9	351	74	9	1612	38	8	10	42	1.69
181285--181317	18	1.9	17	88	11	50	48	3	6	42	1.43
181969--183358	181	7.8	180	72	10	766	39	7	10	42	1.68
182350--183358	177	5.7	177	76	7	728	39	8	10	41	1.69
183373--184167	180	4.4	180	75	6	599	39	8	9	43	1.67
183483--184133	362	1.8	361	79	4	765	39	8	9	43	1.66
184069--184122	24	2.3	22	76	14	54	40	3	0	55	1.17
184319--186279	181	11.0	181	75	7	1306	40	8	9	41	1.68
186278--193609	181	40.7	181	72	10	3739	40	8	9	41	1.68
186278--196719	362	29.3	356	70	13	3132	40	8	9	41	1.68
186720--196726	361	28.0	356	69	13	1930	40	8	9	41	1.68
189062--193803	180	26.5	180	75	9	2926	40	8	9	41	1.68
190670--190989	170	1.9	167	82	8	398	40	6	10	41	1.66
189060--196726	361	21.6	358	73	11	4090	40	8	9	41	1.68
190846--192842	542	3.7	537	78	5	1489	40	8	9	41	1.68
192820--192863	20	2.3	20	84	7	56	36	2	4	56	1.32
194334--195783	181	8.1	180	78	5	1267	41	7	9	41	1.66
194334--202965	540	16.2	526	68	15	1999	39	8	9	41	1.69
195644--195946	163	1.9	163	81	5	380	40	7	7	44	1.60
194475--196396	181	10.9	176	73	12	647	40	7	9	42	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
197952--200372	181	13.5	181	73	10	856	39	8	10	41	1.70
198810--199124	164	1.9	167	83	6	408	37	10	9	42	1.73
198974--200381	182	7.9	182	74	9	974	39	8	10	40	1.71
200025--200075	18	2.8	19	82	8	61	49	7	3	39	1.51
200260--200527	147	1.8	146	80	7	321	40	6	9	43	1.64
200421--200454	16	2.1	16	88	0	50	23	5	5	64	1.38
200411--202965	181	14.3	181	72	11	1277	39	8	9	41	1.70
204606--213362	181	48.6	179	70	11	2894	39	8	9	42	1.68
204622--213362	358	24.3	358	71	11	4388	39	8	9	42	1.68
206157--206209	24	2.2	24	74	12	56	39	1	1	56	1.21
206691--207483	180	4.4	180	75	8	580	39	7	9	43	1.65
207448--207520	36	2.0	36	100	0	146	32	8	10	47	1.68
204606--233529	538	53.5	532	69	13	7610	40	8	9	41	1.69
207484--213362	180	32.7	180	74	9	3683	39	8	10	41	1.69
209287--209661	202	1.9	202	83	4	488	40	7	9	42	1.64
207484--213357	361	16.3	357	74	8	3676	39	8	10	41	1.69
213314--213346	18	1.9	17	88	11	50	48	3	6	42	1.43
213688--214190	176	2.8	178	79	5	455	40	9	8	41	1.69
213538--214370	181	4.6	179	74	9	587	40	9	8	41	1.69
213538--214794	357	3.6	355	74	10	897	40	9	8	41	1.69
215740--215772	18	1.9	17	88	11	50	39	6	6	48	1.53
215938--215978	20	2.1	19	86	4	55	46	9	4	39	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
215955--223703	181	43.1	181	73	9	4165	40	8	9	41	1.69
215955--217513	718	2.2	715	79	5	1601	40	8	9	41	1.69
217627--217686	27	2.2	27	93	0	102	33	13	15	38	1.86
218946--218985	20	2.0	20	85	4	55	40	5	5	50	1.46
220213--220248	17	2.1	17	90	10	56	38	2	5	52	1.39
221020--221478	164	2.7	165	81	9	437	40	6	10	43	1.64
221183--223703	361	7.0	361	76	6	2000	39	8	10	42	1.69
221187--223472	364	6.3	360	76	8	1068	39	8	10	41	1.68
223575--223837	134	1.9	136	82	11	335	36	6	10	46	1.65
223917--224695	181	4.4	179	72	10	515	37	8	10	43	1.69
224562--224838	144	1.9	142	82	4	342	36	10	9	44	1.71
226248--226737	182	2.7	182	86	3	603	40	7	10	41	1.67
224690--230695	181	33.4	179	75	7	3367	40	8	9	41	1.68
224690--233536	360	24.8	359	73	8	5201	40	8	9	41	1.69
230808--233536	181	15.4	179	73	8	1593	40	8	9	41	1.70
232602--233518	182	5.2	179	75	9	702	38	9	10	42	1.71
232728--233512	351	2.2	354	81	5	899	38	9	9	41	1.70
233440--233630	101	1.9	100	82	5	242	44	7	10	36	1.69
233539--234369	180	4.6	182	74	8	644	39	8	10	41	1.69
234674--235227	175	3.1	173	76	9	512	42	10	8	37	1.70
235165--235292	65	1.9	67	93	3	224	35	14	9	41	1.78
235377--237095	181	9.4	178	69	11	692	41	9	7	41	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
236127--236340	106	2.0	106	88	3	315	51	8	5	34	1.56
236959--237234	139	2.0	135	81	8	317	40	8	9	40	1.69
237094--242436	181	29.8	181	75	7	3552	42	10	8	39	1.69
237094--247219	541	18.9	535	74	9	5136	41	9	8	39	1.69
237094--242409	361	14.8	359	74	7	3346	42	10	8	39	1.69
238075--241282	899	3.6	894	76	7	1972	42	10	7	39	1.68
242438--247272	181	27.0	180	75	7	3115	41	9	8	40	1.68
243421--243746	168	2.0	163	80	5	368	43	8	6	41	1.61
247271--248850	181	8.8	178	77	6	1279	41	9	7	41	1.67
247271--248850	358	4.4	358	77	6	1358	41	9	7	41	1.67
249098--250480	181	7.7	181	76	7	1040	41	9	8	40	1.69
250090--250137	17	2.8	17	81	12	53	39	12	2	45	1.54
250478--253401	181	16.2	181	75	7	1995	41	9	8	40	1.68
250673--253245	542	4.8	532	75	8	1801	42	9	8	40	1.67
250672--253401	361	7.6	354	74	9	1471	42	9	8	40	1.67
252327--252369	23	1.9	23	85	4	61	60	2	6	30	1.35
253880--254099	58	3.8	57	84	8	282	38	14	5	42	1.68
253880--254099	118	1.9	118	88	4	338	38	14	5	42	1.68
254127--254191	5	12.4	5	84	9	85	80	0	3	16	0.85
254126--254191	33	2.1	31	88	5	96	80	0	3	16	0.84
254576--254625	19	2.6	19	84	6	66	28	14	16	42	1.86
255108--255302	4	50.5	4	71	14	94	64	1	4	30	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
255121--255294	14	12.7	13	76	16	126	64	0	4	31	1.16
255108--255290	37	4.7	39	76	13	157	63	0	4	31	1.18
255109--255287	61	3.0	59	82	11	204	63	0	4	31	1.18
255616--255735	43	2.6	49	82	14	164	34	23	13	29	1.93
264011--264041	15	2.1	15	93	0	53	45	6	29	19	1.75
265275--265748	181	2.6	180	80	4	479	39	10	8	42	1.69
265890--267793	182	10.3	180	68	14	735	42	10	7	39	1.68
265942--266776	362	2.3	362	76	8	815	44	9	7	37	1.65
267056--269214	177	11.8	181	69	13	657	42	9	7	40	1.67
267863--269199	177	7.4	177	76	7	1020	42	8	8	40	1.66
268851--268906	18	3.2	18	73	14	62	37	3	5	53	1.41
269425--270700	357	3.6	351	76	8	1048	40	7	10	40	1.69
269326--270699	180	7.7	181	78	6	1097	40	7	10	40	1.68
270717--274100	181	18.9	178	72	11	1030	40	8	9	41	1.68
270717--272047	361	3.7	360	76	9	977	41	9	9	40	1.70
272605--272648	20	2.3	20	84	7	56	38	2	2	56	1.24
273238--273559	164	2.0	163	81	4	380	39	8	10	41	1.70
273695--274036	180	1.9	179	80	5	404	38	6	11	43	1.67
274125--280197	181	33.9	179	69	13	1641	40	8	9	41	1.69
274125--276516	361	6.8	358	74	10	1509	40	7	9	42	1.66
275438--275735	161	1.9	160	81	7	363	40	7	7	43	1.61
276923--277485	183	3.1	181	78	8	463	38	8	9	43	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
278628--278942	164	1.9	167	83	6	408	37	10	10	42	1.73
277942--279836	523	3.6	517	78	9	1543	39	8	10	41	1.71
278037--280070	523	3.8	529	77	9	1293	39	8	10	41	1.71
280232--280265	16	2.1	16	88	0	50	23	5	5	64	1.38
280252--281298	177	5.9	176	74	6	613	40	8	10	40	1.70
280332--281298	180	5.4	176	74	5	485	40	9	10	39	1.71
281710--281801	30	3.1	30	63	25	77	35	14	7	42	1.74
281677--281826	59	2.6	59	92	3	241	36	12	6	44	1.69
281894--281933	5	7.4	5	97	2	53	82	0	0	17	0.67
281838--282005	12	13.8	12	72	16	75	75	3	2	18	1.08

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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