genome.fa.s223.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168048.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_3, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33276047

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
281839--282005	28	5.7	28	71	18	85	74	3	2	18	1.09
281896--281986	10	8.9	10	74	17	55	71	3	0	25	1.01
281948--281999	4	13.5	4	87	6	56	75	1	0	23	0.91
282818--283005	17	10.7	17	73	13	132	65	1	4	28	1.18
282808--283013	4	52.5	4	68	14	76	65	1	4	28	1.20
282818--283013	8	27.6	7	71	21	110	65	1	4	28	1.19
282809--282926	39	3.1	39	85	9	154	63	0	5	30	1.21
282828--282960	39	3.6	38	84	9	152	63	1	4	30	1.23
283196--283613	182	2.3	178	80	2	451	40	11	7	40	1.69
283202--283645	178	2.5	181	78	2	421	40	11	7	40	1.69
284111--284146	18	2.0	18	94	0	63	41	11	8	38	1.71
283947--284328	198	1.9	199	79	2	428	38	8	9	43	1.68
284125--286270	182	12.0	178	74	8	1378	40	8	9	41	1.68
286474--287587	181	6.2	179	74	9	572	39	8	10	41	1.69
287177--287493	169	1.9	169	85	3	442	41	5	9	44	1.59
287895--288473	307	1.9	298	81	7	684	41	8	11	38	1.70
288164--289535	181	7.5	180	75	8	915	41	8	9	40	1.69
288164--289843	181	9.2	180	74	9	903	41	8	9	40	1.68
289631--289681	25	2.0	25	92	3	84	47	9	7	35	1.66
289850--292957	181	17.5	180	74	8	1974	39	8	10	41	1.68
290392--290697	165	1.8	166	83	6	404	40	6	9	42	1.65
289880--292906	360	8.5	339	73	11	1199	40	8	10	41	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
290548--292945	180	13.4	180	74	9	1483	40	7	9	42	1.67
289874--292960	540	5.8	535	75	9	2062	40	8	10	41	1.68
292939--293065	67	1.9	67	88	0	191	43	7	13	36	1.71
293035--293831	181	4.4	179	76	7	743	37	7	10	43	1.69
294096--294564	181	2.6	177	80	6	525	41	7	9	41	1.66
294372--294755	211	1.8	211	88	3	585	43	7	7	41	1.61
294583--296164	181	8.8	180	75	7	1137	40	7	9	41	1.67
296429--296464	18	1.9	19	88	5	56	44	8	5	41	1.58
296320--298787	179	13.8	178	76	8	1776	40	7	10	41	1.68
296167--298787	359	7.3	358	76	9	1925	40	8	10	41	1.68
296174--298787	360	7.3	360	77	7	2033	40	8	10	41	1.69
298749--298781	18	1.9	17	88	11	50	42	6	15	36	1.71
298874--299551	181	3.8	177	76	6	546	41	7	9	41	1.65
299585--301313	181	9.6	181	76	6	1327	42	9	7	40	1.66
301245--301445	65	3.1	65	94	1	339	38	15	3	42	1.65
302376--310821	181	47.2	181	75	7	6066	42	10	7	39	1.68
302376--310821	358	23.6	357	75	7	5658	42	10	7	39	1.68
303533--303869	174	1.9	174	84	4	448	42	9	9	38	1.69
305111--305158	18	2.7	18	84	12	64	43	10	0	45	1.38
307797--307844	18	2.7	18	84	12	64	43	10	0	45	1.38
310902--311004	6	17.0	6	73	15	79	17	1	2	77	0.98
310891--311026	44	2.9	46	75	17	129	17	3	3	75	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
311983--312102	5	23.6	5	70	17	70	16	5	1	75	1.07
311998--312071	28	2.6	28	78	16	82	14	5	1	78	1.00
311998--312101	9	11.3	9	72	20	74	15	5	1	76	1.05
312004--312106	18	6.0	17	74	20	90	14	5	1	77	1.04
312128--312570	58	7.6	58	87	3	577	42	6	13	36	1.71
312126--312570	118	3.8	115	82	6	565	42	6	13	36	1.71
312387--312416	15	1.9	16	93	6	53	46	3	0	50	1.18
312387--312425	16	2.4	16	87	8	53	43	2	2	51	1.29
319408--319453	8	5.8	8	94	0	83	80	0	8	10	0.91
320467--320721	41	6.1	41	84	3	287	24	18	23	34	1.96
320467--320721	82	3.1	83	84	4	318	24	18	23	34	1.96
320921--321021	6	16.8	6	70	19	59	19	1	2	75	1.03
320915--320987	16	4.5	16	76	10	67	16	2	2	78	0.99
321485--321540	24	2.3	24	81	3	58	33	3	12	50	1.58
321483--321540	25	2.4	23	78	13	62	32	3	15	48	1.62
322732--322765	17	2.0	17	88	0	50	50	2	8	38	1.49
321811--330547	181	47.8	179	69	11	2745	40	8	9	40	1.68
323389--323520	67	2.0	67	86	3	185	43	5	15	35	1.69
323486--330547	181	38.9	181	72	9	3773	40	8	9	40	1.69
325573--325614	20	2.2	20	83	12	52	42	4	0	52	1.22
330633--332909	181	12.7	181	75	8	1660	40	8	8	41	1.66
332839--332970	67	2.0	67	89	3	203	44	5	13	36	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
333795--334090	151	1.9	154	80	5	343	40	9	9	40	1.71
333999--334366	177	2.1	172	83	6	468	42	7	8	41	1.63
334230--334513	145	2.0	145	85	4	394	40	6	8	45	1.60
334404--336106	181	9.4	180	74	7	1062	40	7	9	42	1.67
334405--335973	363	4.4	356	74	8	921	40	7	9	41	1.67
336033--336179	75	2.0	75	91	2	242	34	8	9	47	1.66
336422--341351	180	27.2	180	71	11	2281	39	8	9	41	1.68
337233--338069	423	2.0	420	80	5	943	40	7	8	42	1.65
337658--341308	182	20.4	181	74	8	2265	39	8	9	42	1.68
337658--341351	359	10.3	361	74	8	2445	39	8	9	42	1.69
341015--341054	18	2.4	17	87	8	55	42	5	10	42	1.60
342940--345417	182	13.8	179	74	9	1655	40	8	8	42	1.67
343278--352549	181	51.8	180	74	8	5752	40	8	9	41	1.68
345268--345570	162	1.9	162	84	4	405	41	7	6	44	1.59
345411--377932	181	179.6	180	68	14	6136	40	8	9	41	1.68
347647--347678	15	2.1	15	94	0	55	21	0	0	78	0.76
348171--348476	163	1.9	162	81	6	377	37	9	8	43	1.68
345428--354526	542	16.9	531	73	10	3954	40	8	9	41	1.69
356188--356531	182	1.9	182	84	4	462	39	9	10	40	1.72
357112--357789	373	1.8	366	80	5	810	40	6	10	42	1.65
357643--357948	153	2.0	153	97	0	576	43	5	10	40	1.63
358488--358527	19	2.0	21	85	9	57	50	7	5	37	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
357858--360325	537	4.6	534	77	8	1940	39	8	10	42	1.69
360330--360392	33	1.9	33	90	0	99	39	1	17	41	1.59
361954--362245	147	2.0	149	82	5	358	38	6	10	44	1.64
362707--363026	162	2.0	161	80	3	358	43	7	8	40	1.62
364481--364513	17	1.9	17	88	11	50	36	3	9	51	1.49
364175--365399	180	6.8	181	76	8	845	39	8	10	41	1.69
365539--365574	16	2.1	17	90	10	56	44	8	5	41	1.58
367097--367445	176	2.0	178	79	8	390	38	8	10	42	1.68
368618--368680	26	2.6	23	81	16	81	25	12	4	57	1.55
369702--369733	15	2.1	15	94	0	55	21	0	0	78	0.76
369017--377591	901	9.6	890	73	10	3162	40	8	9	41	1.68
373462--378946	181	30.8	173	70	14	1766	40	8	9	41	1.68
378276--379039	362	2.1	362	79	6	812	42	7	8	41	1.64
379140--379747	177	3.4	179	77	5	564	41	7	9	41	1.66
379859--380995	181	6.4	178	75	9	818	41	9	7	41	1.65
381020--384269	181	18.6	175	69	14	1018	42	9	7	40	1.67
382219--382631	180	2.3	181	82	4	458	40	10	7	40	1.69
384307--386997	181	15.2	177	74	10	1537	41	10	7	40	1.68
385246--385573	167	2.0	167	85	2	444	40	10	8	40	1.69
385489--386652	180	6.7	165	73	12	480	41	11	8	39	1.71
385632--386999	180	7.7	174	74	9	914	41	10	7	40	1.69
386298--386336	18	2.2	18	86	9	53	58	2	5	33	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
388534--393812	361	14.7	356	72	11	1501	41	10	8	40	1.68
388236--406979	181	104.5	179	70	12	6256	41	9	7	40	1.67
389836--389900	34	1.9	34	83	0	85	36	16	3	43	1.64
390269--390593	163	2.0	163	80	4	370	43	9	7	38	1.67
391957--393199	541	2.3	531	78	5	1252	41	9	7	40	1.67
393746--393874	62	2.1	62	92	0	213	42	9	8	39	1.68
394743--394779	18	2.1	18	89	0	56	43	8	5	43	1.57
394753--394785	18	1.9	17	88	11	50	42	6	3	48	1.43
395304--395336	17	2.0	17	94	5	59	27	0	12	60	1.32
395931--395957	11	2.5	11	100	0	54	70	0	0	29	0.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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