genome.fa.s223.2.7.7.80.10.50.1000.174.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168048.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_3, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33276047

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28882925--28882979	23	2.3	24	81	12	69	49	0	0	50	1.00
28882918--28882989	30	2.4	30	84	9	85	47	1	1	50	1.18
28882925--28882974	21	2.3	22	86	6	66	48	0	0	52	1.00
28883406--28883449	20	2.3	19	88	4	61	63	0	0	36	0.95
28883502--28883589	26	3.3	26	73	25	78	53	1	0	45	1.07
28883692--28883733	21	2.0	22	85	4	59	64	0	0	35	0.94
28888808--28888903	28	3.2	30	81	13	108	51	0	0	48	1.00
28889823--28889866	3	14.7	3	100	0	88	34	0	0	65	0.93
28896739--28896763	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
28901246--28901287	22	1.9	22	85	9	59	33	9	9	47	1.68
28901499--28901565	25	2.6	26	86	9	93	19	28	14	37	1.91
28905206--28905247	22	1.9	22	85	9	59	33	14	9	42	1.78
28907780--28907829	17	3.1	16	80	8	57	56	0	0	44	0.99
28908127--28908187	19	3.0	20	85	7	88	32	1	6	59	1.33
28908153--28908191	21	2.0	20	85	10	53	33	2	5	58	1.33
28909196--28909220	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
28910899--28911120	86	2.6	88	87	5	319	59	10	9	19	1.58
28915208--28915240	2	16.5	2	93	0	57	45	0	3	51	1.16
28920835--28920889	20	2.8	20	100	0	110	50	9	0	40	1.34
28922666--28922704	16	2.4	16	91	0	60	51	0	0	48	1.00
28922994--28923022	6	5.0	6	91	8	51	34	0	0	65	0.93
28924971--28925393	56	7.4	57	79	10	343	37	13	6	42	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28924971--28925409	57	7.7	56	79	7	377	37	12	6	43	1.69
28925426--28925519	41	2.3	41	83	8	129	77	2	5	14	1.04
28925484--28925528	17	2.6	17	82	0	54	77	2	8	11	1.07
28925426--28925574	5	29.6	5	71	16	64	73	2	4	18	1.12
28925426--28925527	11	8.8	11	73	14	64	77	1	5	14	1.04
28926542--28926573	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
28928340--28928498	84	1.9	84	85	0	219	60	8	11	19	1.56
28932377--28932411	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
28932527--28932572	19	2.4	18	89	7	65	17	2	6	73	1.14
28932764--28932820	21	2.7	20	76	13	51	40	1	3	54	1.28
28933743--28933790	23	2.1	23	84	7	62	27	10	16	45	1.80
28933913--28933960	17	2.8	16	81	9	51	70	2	18	8	1.22
28934231--28934651	42	9.8	42	71	11	174	41	12	13	32	1.82
28934231--28934406	85	2.1	85	84	4	230	41	13	12	32	1.81
28934423--28934584	84	1.9	84	83	7	213	41	12	14	31	1.83
28934620--28934800	78	2.3	77	80	8	190	41	12	10	34	1.78
28934693--28934948	112	2.3	111	80	2	289	40	17	9	32	1.82
28940320--28940358	20	1.9	20	84	5	51	12	25	2	58	1.47
28944064--28944111	19	2.5	19	86	0	69	27	18	16	37	1.92
28946920--28946956	19	1.9	19	100	0	74	21	0	10	67	1.21
28946924--28946966	19	2.2	19	87	4	59	27	4	11	55	1.55
28947052--28947095	13	3.4	12	79	14	52	81	2	0	15	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28947047--28947093	19	2.5	19	93	3	78	82	2	0	14	0.75
28947047--28947093	24	1.9	24	86	4	67	82	2	0	14	0.75
28947971--28948023	3	17.7	3	100	0	106	67	0	0	32	0.91
28948050--28948105	25	2.2	26	87	3	78	30	16	28	25	1.96
28949744--28949825	43	1.9	43	92	0	137	39	9	21	29	1.86
28954446--28954492	22	2.1	22	84	0	58	34	14	14	36	1.88
28954446--28954628	66	2.8	67	80	4	185	31	16	16	35	1.92
28955373--28955404	16	2.0	16	100	0	64	18	6	0	75	1.01
28955442--28955621	44	4.2	43	79	4	157	27	6	17	48	1.71
28959294--28959332	20	2.0	20	89	0	60	12	0	10	76	1.01
28959452--28959505	3	18.0	3	100	0	108	33	0	0	66	0.92
28960657--28960687	16	2.0	15	93	6	53	70	0	19	9	1.14
28961006--28961093	41	2.1	42	89	2	133	48	1	0	50	1.08
28961006--28961094	20	4.3	20	87	5	115	48	1	0	50	1.08
28961087--28961133	25	1.9	24	91	4	76	70	0	0	29	0.88
28961103--28961144	21	2.0	21	86	9	59	73	0	0	26	0.83
28961098--28961144	17	2.9	16	78	12	51	72	0	0	27	0.85
28965091--28965124	17	2.0	17	94	0	59	35	0	2	61	1.11
28965114--28965162	15	3.1	15	77	11	53	55	6	0	38	1.25
28965122--28965172	15	3.2	15	75	22	50	58	7	1	31	1.37
28965110--28965185	32	2.3	32	84	2	98	48	6	1	43	1.37
28965161--28965202	18	2.4	17	81	14	50	45	4	4	45	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28965240--28965356	34	3.5	32	78	10	119	41	3	5	48	1.44
28967151--28967192	20	2.1	20	100	0	84	50	4	4	40	1.45
28968995--28969025	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
28969249--28969288	20	2.0	21	95	5	73	55	0	10	35	1.34
28969252--28969298	20	2.3	20	85	10	60	59	2	6	31	1.34
28969738--28969773	17	2.1	18	89	5	56	30	2	0	66	1.06
28969730--28969784	27	2.1	26	82	3	65	32	5	0	61	1.19
28970573--28970610	13	2.9	13	88	0	58	47	0	0	52	1.00
28970831--28970862	3	10.7	3	93	0	55	31	0	0	68	0.90
28970867--28970905	5	7.8	5	88	0	60	0	12	0	87	0.55
28970864--28970905	15	2.8	15	100	0	84	0	11	0	88	0.53
28970864--28970907	10	4.4	10	83	11	63	0	11	0	88	0.51
28972188--28972228	21	2.0	21	85	9	57	70	0	0	29	0.87
28972344--28972377	18	1.9	18	88	5	52	64	5	5	23	1.38
28984088--28984254	50	3.4	50	77	3	160	35	7	14	42	1.74
28984088--28984278	50	3.9	49	74	2	150	34	8	15	41	1.78
28984317--28984544	44	5.2	43	77	6	208	34	12	11	41	1.78
28985787--28985817	14	2.3	14	94	5	55	67	0	3	29	1.06
28990286--28990390	30	3.6	29	78	10	99	62	0	2	33	1.16
28994240--28994453	106	2.0	106	94	0	374	42	14	16	27	1.86
28997446--28997560	17	6.9	17	70	19	64	61	0	1	36	1.06
28997446--28997560	18	6.9	18	69	22	65	61	0	1	36	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28997411--28997576	82	2.0	82	95	0	296	60	0	3	36	1.12
29006826--29006850	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
29007616--29007680	12	5.7	12	73	15	50	36	0	0	63	0.95
29007987--29008852	430	2.0	430	97	0	1615	40	24	14	20	1.90
29018661--29018768	51	2.1	51	87	1	155	32	4	2	60	1.32
29018846--29018887	14	2.9	14	89	3	57	69	9	0	21	1.17
29018975--29019016	21	2.0	22	90	4	68	66	2	0	30	1.04
29021160--29021186	1	27.0	1	100	0	54	0	0	0	100	0.00
29031500--29031558	15	3.7	15	78	10	64	79	3	11	5	1.01
29031500--29031564	16	4.1	16	76	11	62	80	4	10	4	1.01
29036580--29036624	18	2.4	19	85	10	58	22	2	2	73	1.05
29041522--29041557	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
29050000--29050024	11	2.3	11	100	0	50	48	0	0	52	1.00
29050538--29050563	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
29050724--29050793	33	2.2	33	84	7	90	41	1	2	54	1.24
29051968--29052029	33	1.9	32	86	3	88	29	0	4	66	1.12
29051982--29052048	32	2.1	33	83	8	84	31	1	2	64	1.18
29053050--29053075	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
29054520--29054548	13	2.2	13	100	0	58	34	6	0	58	1.25
29054811--29055078	62	4.3	61	71	11	179	31	15	14	38	1.87
29055027--29055193	62	2.7	62	71	6	160	30	17	13	37	1.89
29059796--29059883	45	1.9	46	81	2	106	21	7	7	62	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29064597--29064640	22	2.0	21	82	4	52	52	13	2	31	1.53
29065259--29065314	25	2.2	26	87	3	78	25	3	23	48	1.67
29065670--29065806	63	2.2	63	81	5	161	39	12	13	34	1.83
29065705--29065823	63	1.9	63	80	3	141	43	11	10	34	1.75
29067658--29067716	31	1.9	31	86	13	86	54	18	3	23	1.59
29078819--29078868	20	2.5	21	93	6	86	50	0	0	50	1.00
29078841--29078895	14	3.7	16	81	13	64	54	0	0	45	0.99
29078858--29078898	8	5.1	8	87	0	64	58	0	0	41	0.98
29078858--29078906	24	2.0	24	88	0	71	61	0	0	38	0.96
29081558--29081606	21	2.3	20	76	10	53	73	8	0	18	1.07

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