genome.fa.s223.2.7.7.80.10.50.1000.125.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168048.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_3, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33276047

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19757070--19757140	18	3.9	18	80	7	72	16	0	57	25	1.39
19757080--19757140	6	10.0	6	72	10	52	16	0	59	24	1.37
19757231--19757268	12	3.2	12	85	7	51	23	0	57	18	1.40
19757232--19757410	18	10.3	18	65	16	63	20	1	55	23	1.50
19757359--19757401	22	2.0	22	85	0	59	23	2	58	16	1.50
19757419--19757461	22	2.0	22	86	9	61	20	6	60	11	1.54
19757787--19757829	6	7.2	6	91	0	50	18	0	58	23	1.40
19758239--19758412	6	29.2	6	65	16	67	17	2	57	22	1.51
19758316--19758374	23	2.6	23	81	13	68	11	1	61	25	1.40
19758316--19758388	23	3.2	22	75	23	62	12	1	60	26	1.40
19758740--19758779	16	2.7	16	85	11	50	12	2	57	27	1.48
19758971--19759036	29	2.3	28	80	12	80	21	1	57	19	1.49
19759028--19759330	6	51.0	6	66	16	96	17	1	57	23	1.48
19759214--19759288	29	2.6	29	83	8	91	13	1	61	24	1.40
19759350--19759419	23	3.0	23	77	10	54	21	1	54	22	1.53
19759600--19759662	6	10.5	6	79	6	74	17	60	1	20	1.44
19759895--19759985	23	4.1	22	78	16	89	21	57	1	19	1.48
19760535--19760693	11	14.1	11	72	17	105	21	1	55	20	1.52
19760586--19760651	27	2.4	28	82	10	82	21	1	54	22	1.53
19760642--19760678	17	2.2	17	90	0	56	16	0	64	18	1.29
19760536--19760693	6	27.8	6	71	13	70	20	1	56	20	1.52
19761025--19761095	23	3.1	23	76	8	90	25	2	50	21	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19761007--19761095	46	1.9	47	95	2	162	22	2	53	21	1.56
19761005--19761106	46	2.2	46	87	5	152	24	2	52	19	1.59
19761362--19761399	12	3.2	12	81	11	51	26	0	50	23	1.50
19761538--19761574	18	2.1	18	89	0	56	21	56	0	21	1.42
19761731--19761773	22	2.0	22	81	9	52	23	53	4	18	1.63
19761823--19761860	6	6.5	6	93	3	60	21	65	0	13	1.26
19761901--19761957	22	2.6	21	78	15	62	24	57	3	14	1.52
19761937--19761972	18	2.0	18	88	0	54	19	55	2	22	1.56
19762032--19762073	18	2.3	18	84	8	50	23	54	0	21	1.44
19762041--19762150	23	4.4	23	71	19	71	21	57	0	20	1.47
19762114--19762184	23	3.0	22	71	17	63	26	60	0	12	1.32
19762041--19762433	6	66.8	6	66	11	116	22	56	1	19	1.49
19762320--19762467	18	8.5	18	71	12	85	21	59	0	18	1.38
19762385--19762437	17	3.1	17	88	2	70	18	66	0	15	1.26
19762541--19762586	22	2.1	22	88	8	67	21	54	0	23	1.45
19762541--19762582	11	3.7	11	87	3	57	21	54	0	23	1.44
19762712--19762765	23	2.3	23	75	6	56	24	59	0	16	1.37
19762904--19762941	12	3.2	12	85	3	51	23	65	0	10	1.23
19763108--19763183	39	2.0	38	82	12	93	25	59	1	14	1.43
19763271--19763321	24	2.2	23	82	10	59	25	64	0	9	1.24
19763458--19763547	41	2.2	41	81	0	108	28	51	1	18	1.54
19763644--19763688	22	2.0	23	86	4	65	22	48	4	24	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19763830--19763856	12	2.2	12	100	0	54	18	51	7	22	1.70
19763835--19763955	6	21.0	6	67	8	54	23	56	2	17	1.53
19764150--19764202	18	2.9	18	80	2	61	20	58	3	16	1.54
19764144--19764191	6	8.0	6	83	0	60	18	60	2	18	1.46
19764285--19764334	24	2.1	24	84	0	64	24	54	0	22	1.45
19764450--19764533	16	5.1	16	76	13	71	26	55	0	17	1.42
19764632--19764657	12	2.2	12	100	0	52	26	53	0	19	1.45
19764971--19765049	5	14.8	5	80	10	77	18	63	1	16	1.38
19764966--19765068	16	6.2	16	78	8	100	17	63	1	17	1.41
19764966--19765081	44	2.5	49	81	13	170	18	61	1	18	1.44
19765108--19765155	6	8.2	6	76	4	53	18	60	2	18	1.46
19765104--19765155	18	3.1	17	83	5	61	19	61	1	17	1.44
19765105--19765153	23	2.1	24	92	3	82	16	65	2	16	1.37
19765422--19765461	12	3.3	13	83	13	50	25	60	0	15	1.35
19765486--19765532	18	2.6	18	82	0	58	19	59	0	21	1.38
19765410--19765561	70	2.2	68	81	6	164	23	55	1	19	1.53
19765636--19765688	23	2.3	24	83	6	65	20	62	0	16	1.33
19765643--19765734	6	15.8	6	74	10	66	20	58	0	20	1.39
19765498--19765734	12	20.1	12	64	17	52	22	55	0	21	1.46
19765546--19765727	99	1.9	96	80	11	217	23	55	0	20	1.47
19765849--19765907	24	2.5	23	72	10	57	25	55	0	18	1.42
19766324--19766372	17	2.8	17	82	14	64	26	57	0	16	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19766442--19766538	35	2.6	37	71	20	85	23	55	2	18	1.53
19766558--19766602	18	2.6	17	79	6	54	20	60	0	20	1.37
19766788--19766830	12	3.6	12	75	12	52	18	44	0	37	1.50
19766777--19766830	24	2.2	24	90	6	83	18	44	0	37	1.50
19767001--19767101	12	8.6	12	65	16	59	21	52	1	23	1.57
19766994--19767055	18	3.5	17	82	6	61	22	53	3	20	1.60
19767052--19767107	29	1.9	29	81	0	67	23	50	0	26	1.50
19767068--19767124	23	2.4	23	80	8	62	24	52	0	22	1.47
19767237--19767444	6	35.8	6	69	16	100	19	57	0	21	1.46
19767239--19767304	23	2.9	23	95	2	116	21	57	0	21	1.41
19767240--19767274	17	2.1	16	89	5	52	20	60	0	20	1.37
19767327--19767443	17	6.9	16	69	19	51	19	58	1	20	1.49
19767581--19767615	6	5.8	6	89	0	52	20	77	0	2	0.90
19767618--19767646	13	2.1	14	93	6	51	20	51	0	27	1.47
19775091--19775122	12	2.7	12	100	0	64	37	18	31	12	1.88
19775559--19775617	21	2.8	21	94	0	100	27	25	35	11	1.91
19776190--19776291	45	2.3	45	82	3	125	23	30	23	22	1.99
19776533--19776630	45	2.2	45	86	0	142	22	25	24	27	2.00
19776787--19776826	8	5.1	8	85	14	57	37	47	15	0	1.45
19776792--19776819	14	2.0	14	100	0	56	35	50	14	0	1.43
19776787--19776832	22	2.0	23	91	4	76	39	45	15	0	1.46
19780723--19780761	13	3.0	13	84	0	51	20	23	17	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19783172--19783261	45	2.0	45	82	8	112	23	26	24	25	2.00
19783291--19783435	45	3.2	45	70	7	107	23	26	24	25	2.00
19795411--19795587	93	1.9	93	94	0	309	28	20	16	33	1.95
19800751--19800790	14	2.9	14	88	3	55	45	0	5	50	1.23
19800768--19803486	181	15.2	179	75	7	1870	42	9	7	41	1.65
19800768--19803486	362	7.6	360	75	6	2069	42	9	7	41	1.65
19800768--19803483	713	3.8	712	75	8	2299	42	9	7	41	1.65
19804821--19805423	179	3.4	178	81	7	625	43	9	7	40	1.65
19806435--19806610	95	1.8	96	82	3	230	46	9	11	33	1.71
19806509--19807107	181	3.4	176	80	5	582	42	8	9	39	1.68
19807171--19807903	181	4.1	175	77	7	588	39	8	10	41	1.70
19807848--19807879	17	1.9	16	93	6	55	53	0	3	43	1.16
19808187--19811157	181	16.5	181	72	9	503	41	10	8	39	1.69
19808129--19808895	181	4.2	180	76	4	675	40	10	8	40	1.71
19809088--19811157	181	11.5	178	76	6	1550	41	10	8	40	1.69
19807995--19811157	362	8.8	361	74	9	1871	41	10	8	39	1.70
19811345--19811728	173	2.2	177	81	9	437	40	8	8	42	1.66
19811186--19812502	362	3.7	355	73	10	1017	40	8	9	42	1.67
19811186--19812515	181	7.4	181	74	10	901	40	8	9	41	1.68
19812411--19812610	111	1.8	111	83	3	251	37	9	10	43	1.70
19812522--19813934	177	7.9	181	76	5	1043	41	7	9	41	1.66
19812877--19813933	358	3.0	352	79	7	1123	42	7	8	41	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19815887--19816089	111	1.8	110	84	5	275	42	9	9	38	1.69
19816202--19816973	181	4.3	180	73	8	460	43	10	7	39	1.67
19817164--19817644	179	2.7	182	80	5	528	41	8	7	41	1.65
19822958--19822995	17	2.2	18	90	4	60	31	10	10	47	1.72
19823142--19824078	180	5.2	180	77	6	796	41	7	8	42	1.63
19823123--19823823	361	1.9	361	82	2	854	41	7	8	42	1.64
19824279--19824917	178	3.7	169	75	10	474	41	8	9	40	1.68
19824415--19825013	180	3.3	175	79	5	558	40	8	9	41	1.69
19825770--19833645	181	44.0	178	74	9	4469	40	8	9	41	1.68
19827057--19827102	17	2.6	18	73	13	51	47	10	6	34	1.64

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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