genome.fa.s223.2.7.7.80.10.50.1000.168.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168048.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_3, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33276047

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27519668--27519698	16	1.9	16	93	0	53	19	0	35	45	1.51
27519730--27519767	7	5.4	7	87	0	58	10	0	31	57	1.32
27521221--27521273	12	4.4	11	76	19	52	13	1	9	75	1.12
27521221--27521280	27	2.4	25	86	13	79	13	1	10	75	1.13
27521614--27521999	176	2.2	174	83	5	471	49	11	17	22	1.78
27521879--27522543	111	6.3	105	84	3	734	48	12	17	21	1.80
27521930--27522548	211	2.9	211	84	6	782	48	12	17	22	1.80
27524204--27524258	22	2.7	20	76	15	58	12	0	32	54	1.38
27525879--27525915	18	2.0	18	94	5	65	48	0	0	51	1.00
27525859--27525889	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
27526068--27526101	2	17.0	2	93	0	59	52	0	0	47	1.00
27526355--27526384	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
27527365--27527445	26	3.2	25	65	28	64	29	8	7	54	1.58
27527358--27527457	49	2.0	49	96	0	182	31	8	6	55	1.53
27527725--27527755	15	2.1	15	100	0	62	38	12	6	41	1.69
27537167--27537204	18	2.1	18	85	9	51	47	0	0	52	1.00
27537160--27537208	19	2.6	18	75	18	55	51	0	0	48	1.00
27537161--27537211	13	4.0	13	76	5	50	50	0	0	49	1.00
27550925--27550974	24	2.1	23	82	14	57	32	6	4	58	1.41
27551008--27551088	22	3.4	22	66	21	63	39	3	2	54	1.32
27556159--27556226	31	2.2	31	81	5	75	16	13	17	52	1.74
27557835--27557860	6	4.3	6	100	0	52	50	0	34	15	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27579174--27579205	17	1.9	17	93	6	57	56	6	15	21	1.62
27579867--27579972	24	4.2	24	81	13	133	26	0	5	67	1.12
27579843--27579972	45	2.9	45	84	11	162	25	0	5	69	1.10
27579847--27579956	32	3.4	33	80	13	99	24	0	6	69	1.12
27579854--27579988	45	3.0	45	82	10	118	26	0	5	67	1.13
27579866--27579975	53	2.1	53	93	5	188	26	0	5	68	1.11
27579987--27580025	18	2.1	18	90	4	60	58	0	0	41	0.98
27580886--27580944	26	2.3	26	84	0	73	59	11	6	22	1.56
27587446--27587518	22	3.8	20	69	18	55	16	1	58	23	1.45
27587454--27587547	40	2.4	38	84	13	120	17	1	60	21	1.42
27587828--27587884	26	2.1	27	81	9	64	26	5	5	63	1.37
27588044--27588092	25	1.9	26	91	4	82	46	2	10	40	1.49
27589083--27589114	6	5.3	6	92	0	55	18	0	50	31	1.48
27589923--27589950	6	4.7	6	100	0	56	46	0	0	53	1.00
27591433--27591468	17	2.1	18	89	5	56	63	0	13	22	1.29
27591967--27592001	11	3.2	11	83	0	52	62	0	5	31	1.18
27592108--27592148	10	3.9	11	84	6	50	24	2	0	73	0.96
27592089--27592189	25	4.3	22	72	20	80	30	1	1	65	1.15
27592101--27592190	16	5.8	16	72	16	64	30	2	2	65	1.16
27592253--27592283	15	2.1	15	93	0	53	32	0	0	67	0.91
27592322--27592443	28	4.4	27	73	17	90	27	4	3	64	1.27
27592375--27592415	19	2.2	19	86	8	57	24	2	4	68	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27592389--27592510	19	6.5	19	68	9	61	32	2	3	61	1.25
27592394--27592500	37	2.9	36	75	9	99	32	2	2	61	1.25
27592405--27592501	18	5.3	18	69	10	63	34	3	2	60	1.24
27597151--27597258	35	3.3	34	71	23	106	42	1	12	43	1.52
27597726--27597764	19	2.0	20	95	5	71	51	5	12	30	1.62
27598106--27598151	22	2.1	22	83	0	56	43	0	8	47	1.34
27598203--27598256	25	2.1	27	86	10	78	44	1	11	42	1.50
27598212--27598263	25	2.1	25	85	7	70	50	0	11	38	1.39
27598415--27598458	20	2.2	20	84	8	54	63	6	2	27	1.31
27598931--27598992	22	2.8	22	88	9	83	51	0	0	48	1.00
27598969--27599047	36	2.1	38	84	9	101	50	3	2	43	1.33
27599020--27599070	24	2.1	24	85	0	66	60	3	0	35	1.15
27599031--27599087	17	3.3	18	83	16	68	61	1	0	36	1.07
27611806--27611844	18	2.1	18	85	4	51	64	0	0	35	0.94
27620799--27621132	175	2.0	167	85	4	443	32	9	8	50	1.65
27620961--27621311	138	2.6	135	78	7	347	32	8	9	48	1.67
27624083--27624121	20	2.0	20	94	0	69	25	7	5	61	1.44
27624288--27624312	13	1.9	13	100	0	50	32	0	0	68	0.90
27624282--27624316	16	2.2	16	94	0	61	31	0	0	68	0.90
27628234--27628272	20	2.0	20	85	10	53	43	7	7	41	1.62
27628602--27628697	3	32.3	3	73	14	65	69	2	3	25	1.13
27628592--27628658	30	2.3	29	76	14	75	71	1	5	20	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27628602--27628698	35	2.7	36	81	10	110	70	2	3	24	1.13
27630978--27631012	16	2.2	16	94	0	61	20	17	14	48	1.81
27632024--27632076	19	2.6	21	80	17	58	54	7	5	32	1.52
27641175--27641353	51	3.3	51	78	13	160	32	12	35	19	1.90
27655197--27655264	29	2.3	29	85	7	84	33	0	5	60	1.21
27659012--27659098	42	2.0	43	88	2	131	29	5	3	60	1.36
27663099--27663143	14	2.9	15	84	12	56	37	6	0	55	1.26
27663131--27663183	20	2.8	18	72	11	52	43	1	3	50	1.30
27664062--27664104	21	2.0	22	86	4	61	32	11	4	51	1.59
27670149--27670199	22	2.3	22	79	3	57	66	1	1	29	1.13
27672624--27672676	11	4.7	11	78	19	56	81	0	13	5	0.86
27672626--27672672	12	3.9	12	86	5	60	80	0	12	6	0.88
27672753--27672810	19	3.1	20	81	13	63	79	0	18	1	0.82
27672745--27672811	17	3.9	16	72	16	53	77	0	20	1	0.85
27675941--27676068	59	2.2	59	83	5	152	53	4	9	32	1.53
27676193--27676217	8	3.1	8	100	0	50	0	12	0	88	0.53
27676938--27676970	17	1.9	17	93	0	57	45	18	6	30	1.73
27676965--27677012	17	2.7	17	74	6	51	35	12	10	41	1.77
27676948--27677006	17	3.4	17	74	4	55	38	13	10	37	1.79
27676939--27677021	35	2.4	35	81	0	94	37	14	10	37	1.81
27677036--27677150	33	3.5	33	81	2	124	49	9	13	27	1.72
27677570--27677649	35	2.3	35	84	4	99	31	11	16	41	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27677640--27677672	16	2.0	17	88	5	50	36	6	18	39	1.75
27677791--27677826	16	2.2	16	90	0	54	33	16	13	36	1.89
27677904--27677959	16	3.4	16	80	7	51	39	14	17	28	1.89
27677930--27677977	18	2.7	18	83	3	53	33	12	18	35	1.89
27677976--27678039	17	3.8	17	78	14	62	34	12	17	35	1.87
27678131--27678432	46	6.6	46	74	8	224	39	12	7	40	1.70
27678166--27678432	91	2.9	91	79	6	283	38	11	7	41	1.70
27679402--27679436	12	2.8	12	95	4	61	0	11	0	88	0.51
27684610--27684677	33	2.1	32	86	5	93	19	4	4	72	1.19
27684610--27684679	32	2.2	30	82	12	86	20	4	4	71	1.20
27686071--27686190	58	2.1	59	87	1	170	29	12	18	40	1.87
27688908--27688952	21	2.1	22	84	12	58	53	0	6	40	1.27
27688763--27689207	236	1.9	236	82	4	567	50	4	12	33	1.60
27688788--27689444	237	2.8	233	78	7	639	50	5	11	33	1.60
27691127--27691164	20	1.9	20	94	0	67	34	18	7	39	1.80
27692653--27692714	28	2.2	28	78	18	67	45	0	6	48	1.28
27695585--27695615	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
27702753--27702800	16	3.0	16	79	11	53	58	2	0	39	1.10
27702755--27702824	24	3.0	24	77	6	65	60	1	0	38	1.06
27704980--27705061	29	2.9	28	75	17	71	51	0	2	46	1.14
27705021--27705067	16	2.9	16	78	15	51	55	2	2	40	1.24
27706571--27706630	16	3.8	15	75	22	52	75	0	23	1	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27706565--27706629	24	2.7	25	81	13	75	76	0	20	3	0.91
27706565--27706630	23	2.8	24	80	15	75	75	0	21	3	0.93
27706572--27706624	9	6.3	9	80	10	51	75	0	22	1	0.90
27710054--27710112	28	2.1	28	93	0	100	13	25	5	55	1.58
27710324--27710421	43	2.3	43	96	0	178	26	8	14	51	1.70
27715254--27715294	21	1.9	22	90	5	66	31	0	9	58	1.31
27718204--27718230	2	13.5	2	100	0	54	48	51	0	0	1.00
27723875--27723932	30	1.9	30	92	0	98	32	17	5	44	1.70
27725445--27725495	26	2.0	26	96	0	93	27	9	31	31	1.89
27725748--27725803	18	2.8	19	73	13	51	60	0	0	39	0.97

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