genome.fa.s223.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168048.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_3, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33276047

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14203208--14203260	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
14201571--14205161	887	4.1	871	84	6	4179	25	23	25	25	2.00
14201578--14205161	875	4.0	875	85	5	4320	25	23	25	25	2.00
14204354--14205970	810	2.0	810	88	1	2391	25	24	23	26	2.00
14209083--14209136	26	2.1	26	92	0	90	25	16	29	27	1.97
14206631--14212536	902	6.7	873	84	6	7209	25	23	24	26	2.00
14213964--14214016	26	2.0	26	89	7	81	32	20	20	26	1.98
14212556--14215763	892	3.6	891	85	6	4124	25	23	24	26	2.00
14217196--14217255	26	2.4	25	78	10	77	25	18	30	26	1.98
14215903--14240853	903	27.5	899	77	9	18899	25	24	24	25	2.00
14220752--14220804	26	2.0	26	92	0	88	26	16	28	28	1.97
14222544--14222596	26	2.0	26	88	0	79	30	20	22	26	1.98
14220036--14225104	902	5.6	899	88	2	7329	25	24	24	25	2.00
14226078--14226130	26	2.0	26	100	0	106	26	20	26	26	1.99
14227550--14227601	26	2.0	26	96	0	95	25	19	26	28	1.98
14229123--14229175	26	2.0	26	85	0	70	26	16	26	30	1.97
14230025--14230077	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
14233597--14233649	26	2.0	26	92	0	88	28	18	26	26	1.98
14234500--14234552	26	2.0	26	92	0	88	26	16	26	30	1.97
14235404--14235456	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
14236310--14236362	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
14237213--14237262	26	1.9	26	100	0	100	28	20	28	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14238106--14238158	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
14239014--14239066	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
14239917--14239969	26	2.0	26	88	0	79	30	20	20	28	1.98
14240803--14240853	26	2.0	26	88	0	75	31	19	25	23	1.98
14241009--14241061	26	2.0	26	96	0	97	26	26	22	24	2.00
14241907--14241957	26	2.0	26	88	0	75	31	25	17	25	1.97
14243668--14243717	26	1.9	26	100	0	100	22	28	22	28	1.99
14244570--14244622	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
14240852--14245331	879	5.0	890	88	3	6522	25	24	24	25	2.00
14245305--14245357	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
14244539--14246075	744	2.1	733	90	2	2412	26	24	23	25	2.00
14247076--14247128	26	2.0	26	92	0	88	24	24	22	28	2.00
14248800--14248852	26	2.0	26	92	0	88	28	22	22	26	1.99
14249700--14249752	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
14248422--14256885	904	9.3	902	70	13	4584	25	25	23	25	2.00
14250604--14250656	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
14251475--14251528	26	2.1	26	96	0	99	27	24	18	29	1.98
14251667--14251744	22	3.3	23	83	15	104	24	25	24	25	2.00
14251663--14251735	22	3.0	26	84	15	118	24	27	20	27	1.99
14251752--14256885	859	5.8	861	84	6	6012	26	24	23	25	2.00
14255213--14255265	26	2.0	26	96	0	97	26	24	22	26	2.00
14256109--14256161	26	2.0	26	88	0	79	26	20	22	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14253459--14256885	896	3.8	893	86	4	4607	26	25	23	25	2.00
14257329--14260946	902	4.0	899	87	2	5023	25	25	23	25	2.00
14260722--14261197	251	1.9	251	86	0	673	18	29	27	23	1.98
14262061--14262113	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
14260943--14264390	902	3.9	900	86	4	4457	25	25	24	24	2.00
14263975--14264006	11	3.0	11	95	4	57	15	28	37	18	1.92
14264605--14264657	26	2.0	26	92	0	88	28	24	20	26	1.99
14265178--14265564	192	2.0	192	87	2	558	25	28	20	26	1.99
14266145--14266201	26	2.2	26	83	0	69	61	8	7	22	1.50
14266561--14266613	26	2.0	26	88	0	79	30	24	16	28	1.97
14267275--14267325	25	2.0	25	96	0	93	25	17	25	31	1.97
14266957--14269485	899	2.9	891	86	3	3424	24	24	24	25	2.00
14269762--14269817	26	2.2	26	96	0	103	30	25	17	26	1.97
14270665--14270715	26	2.0	26	96	0	93	31	21	15	31	1.95
14271551--14271603	26	2.0	26	88	0	79	24	22	20	32	1.98
14269493--14272782	889	3.7	898	86	4	4292	24	24	24	26	2.00
14273236--14273288	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
14273956--14274008	26	2.0	26	92	0	88	28	15	24	32	1.95
14273626--14275087	729	2.0	722	87	4	2067	25	25	25	23	2.00
14274685--14274737	26	2.0	26	88	0	79	28	16	24	30	1.97
14275580--14275632	26	2.0	26	92	7	90	28	22	22	26	1.99
14274356--14277850	895	3.9	892	86	4	4712	25	24	24	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14276484--14276536	26	2.0	26	96	0	97	26	20	24	28	1.99
14277378--14277430	26	2.0	26	96	0	97	26	22	24	26	2.00
14277308--14279310	736	2.7	738	91	4	3171	25	23	25	25	2.00
14279741--14279793	26	2.0	26	92	0	88	30	20	22	26	1.98
14280616--14280665	26	1.9	26	87	0	73	30	12	24	34	1.91
14281518--14281570	26	2.0	26	89	7	81	30	16	24	28	1.97
14282410--14282462	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
14280577--14285319	903	5.3	900	85	4	6078	24	24	24	25	2.00
14283318--14283371	26	2.0	27	89	3	83	27	18	25	27	1.98
14284876--14284906	12	2.6	12	100	0	62	38	19	29	12	1.89
14285089--14285141	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
14285115--14285492	160	2.4	159	82	4	458	22	30	28	17	1.97
14286152--14286204	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
14285274--14306156	902	23.3	901	75	10	13571	25	23	24	25	2.00
14288825--14288877	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
14291648--14291700	26	2.0	26	89	7	81	30	22	20	26	1.98
14292534--14292583	26	1.9	26	100	0	100	30	20	26	24	1.98
14294297--14294348	26	2.0	26	92	0	86	28	21	23	26	1.99
14295200--14295252	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
14296102--14296154	26	2.0	26	88	0	79	28	18	20	32	1.97
14296994--14297046	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
14297896--14297946	26	2.0	26	96	0	93	33	17	19	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14293430--14306120	895	14.2	895	79	7	11265	25	24	24	25	2.00
14298791--14298841	26	2.0	26	96	0	93	33	17	19	29	1.95
14300549--14300601	26	2.0	26	92	0	88	28	18	26	26	1.98
14302031--14302083	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
14303229--14303281	26	2.0	26	96	0	97	26	15	26	32	1.95
14304122--14304174	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
14302625--14306156	904	4.0	895	85	3	4529	25	24	24	25	2.00
14305882--14305934	26	2.0	26	88	0	79	32	22	18	26	1.97
14306625--14306677	26	2.0	26	92	0	88	30	20	24	24	1.99
14308401--14308450	26	1.9	26	100	0	100	30	20	26	24	1.98
14309296--14309348	26	2.0	26	88	0	79	32	16	22	28	1.96
14311933--14311982	26	1.9	26	95	0	91	32	20	22	26	1.98
14313706--14313758	26	2.0	26	92	0	88	26	16	26	30	1.97
14311333--14315353	903	4.5	892	87	3	5357	25	23	24	26	2.00
14315507--14315775	135	2.0	135	97	0	511	24	18	30	26	1.98
14315940--14315976	19	1.9	19	88	0	56	29	29	13	27	1.94
14316261--14316313	26	2.0	26	96	0	97	26	20	24	28	1.99
14317160--14317213	26	2.1	26	92	0	90	29	20	24	25	1.99
14318050--14318103	26	2.1	26	92	0	90	29	20	24	25	1.99
14315946--14319866	890	4.4	891	88	2	5401	25	24	24	25	2.00
14321433--14321485	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
14322334--14322386	26	2.0	26	88	0	79	28	16	24	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14320555--14329119	924	9.5	902	86	3	10324	24	24	25	25	2.00
14323232--14323284	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
14324156--14324208	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
14326861--14326913	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
14327769--14327821	26	2.0	26	100	0	106	26	20	26	26	1.99
14328675--14328727	26	2.0	26	88	0	79	30	18	24	26	1.98
14325517--14329119	906	4.0	906	87	1	4986	24	24	25	25	2.00
14329118--14329169	26	2.0	26	88	0	77	26	13	26	32	1.94
14329145--14329527	167	2.3	167	83	4	460	21	28	31	18	1.97
14331052--14331104	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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