genome.fa.s223.2.7.7.80.10.50.1000.121.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168048.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_3, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33276047

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19061761--19061819	9	6.8	9	86	9	79	23	0	0	76	0.79
19061816--19061847	11	2.8	12	86	13	50	0	12	0	87	0.54
19062752--19062792	15	2.5	17	88	11	59	29	0	0	70	0.87
19062751--19062793	18	2.4	19	84	11	63	32	0	0	67	0.91
19062848--19062893	12	3.7	12	88	5	56	67	2	0	30	1.03
19064705--19064744	21	1.9	21	84	0	53	12	5	40	42	1.64
19064826--19064958	7	21.3	7	68	24	66	15	0	36	48	1.45
19064830--19064913	12	7.0	11	75	18	62	14	0	35	50	1.43
19064853--19064958	19	5.6	19	79	4	108	15	0	36	48	1.45
19064957--19065023	24	2.7	24	88	4	89	11	4	34	49	1.60
19064939--19065036	26	3.8	26	81	9	112	10	3	37	48	1.52
19066015--19066059	22	2.0	22	83	8	56	55	8	15	20	1.66
19068077--19068172	49	2.0	49	93	0	165	40	12	18	28	1.87
19072675--19072702	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
19072710--19072788	4	18.2	4	72	14	59	24	0	2	73	0.96
19072710--19072789	17	4.6	17	80	10	90	23	0	2	73	0.95
19072722--19072764	21	2.1	20	87	12	61	18	0	4	76	0.95
19072710--19072791	9	9.3	9	69	24	59	24	0	2	73	0.96
19072763--19072798	19	1.9	19	88	5	56	33	0	0	66	0.92
19073194--19073238	21	2.3	20	82	14	58	8	2	8	80	1.00
19073235--19073279	6	7.7	6	82	2	56	13	13	2	71	1.25
19073229--19073268	12	3.3	12	89	0	53	10	10	2	77	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19073195--19073262	18	3.7	18	75	14	59	8	5	7	77	1.11
19073437--19073531	22	4.3	22	78	2	73	23	17	24	34	1.96
19073512--19073601	32	2.8	33	82	1	110	30	17	16	35	1.93
19073512--19073832	33	9.8	32	70	9	125	33	16	16	33	1.91
19073634--19073837	66	3.1	66	72	8	173	34	16	14	34	1.89
19073592--19073871	132	2.1	131	82	2	337	34	15	16	34	1.89
19073654--19073959	33	9.4	32	71	9	122	33	14	16	34	1.90
19073783--19073962	64	2.8	65	78	7	186	32	14	18	35	1.91
19073815--19073959	32	4.5	33	77	11	122	31	12	19	36	1.89
19074257--19074369	32	3.7	32	80	4	117	29	16	19	34	1.94
19075325--19075412	39	2.4	36	77	21	92	6	18	1	73	1.11
19076593--19076617	9	2.8	9	100	0	50	0	12	8	80	0.92
19079893--19079949	21	2.7	21	76	10	53	64	8	1	24	1.31
19081600--19081653	20	2.8	19	83	5	72	18	16	24	40	1.90
19116607--19116954	174	2.0	175	86	4	488	27	13	21	37	1.91
19119061--19119099	21	1.9	20	89	5	60	61	10	7	20	1.52
19121968--19122002	16	2.2	16	94	0	61	42	11	14	31	1.81
19125451--19125492	15	2.9	15	85	3	50	50	14	9	26	1.73
19137600--19137834	114	2.1	114	96	0	434	54	9	12	23	1.66
19157749--19157787	18	2.2	18	86	9	53	51	15	2	30	1.57
19163458--19163510	20	2.7	20	80	11	56	79	0	13	7	0.93
19163479--19163555	29	2.8	28	77	13	70	75	3	18	2	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19166885--19166938	19	2.9	18	86	13	74	3	1	7	87	0.74
19166887--19166937	26	1.9	26	88	4	75	3	1	7	86	0.77
19167083--19167268	48	3.8	49	80	5	198	47	13	13	25	1.79
19167045--19167268	48	4.6	48	78	5	184	47	12	12	27	1.77
19167284--19167391	31	3.5	31	76	7	85	29	25	13	31	1.94
19167279--19167522	62	4.0	62	73	11	164	27	22	13	36	1.91
19167685--19167724	20	2.0	20	85	0	53	5	15	5	75	1.15
19169142--19169196	26	2.1	26	83	6	67	3	23	0	72	1.00
19169613--19169667	9	5.6	10	81	12	69	1	14	0	83	0.73
19169613--19169672	20	3.1	19	80	17	61	3	15	0	81	0.81
19169613--19169667	21	2.7	20	88	2	74	1	14	0	83	0.73
19172353--19172433	37	2.2	37	82	4	92	37	11	16	35	1.84
19172372--19172452	37	2.2	37	79	0	90	35	9	23	30	1.87
19172462--19172713	125	2.0	125	91	0	405	48	11	9	30	1.73
19173542--19173621	25	3.2	25	90	0	115	52	6	12	28	1.63
19173718--19173783	20	3.2	20	79	14	64	18	7	0	74	1.05
19174275--19174300	11	2.4	11	100	0	52	34	7	7	50	1.60
19174308--19174354	18	2.6	18	86	10	60	0	21	0	78	0.75
19174312--19174345	12	2.9	11	87	12	50	0	14	0	85	0.60
19176182--19176239	17	3.5	17	78	15	59	41	41	3	13	1.62
19184067--19184098	1	32.0	1	100	0	64	100	0	0	0	0.00
19189623--19189676	18	2.9	19	83	10	67	61	9	0	29	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19189635--19189694	28	2.2	27	85	8	77	65	10	0	25	1.24
19189635--19189712	28	2.8	27	79	9	68	62	10	2	24	1.39
19189739--19189800	19	3.3	19	69	13	56	27	0	6	66	1.16
19189935--19189985	25	2.0	27	81	14	63	23	0	5	70	1.09
19189947--19190030	8	9.6	8	71	14	51	23	4	3	67	1.25
19189961--19190003	19	2.3	19	84	11	54	20	4	0	74	1.00
19190023--19190090	12	5.7	12	74	10	50	27	0	2	69	1.03
19190039--19190067	15	1.9	15	100	0	58	13	0	3	82	0.79
19191479--19191515	18	2.1	17	90	5	56	24	21	2	51	1.61
19193165--19193226	25	2.3	28	81	10	76	14	11	11	62	1.54
19193165--19193225	27	2.3	25	83	8	68	13	11	11	63	1.51
19201655--19201789	67	2.0	67	95	0	243	37	9	20	33	1.85
19206482--19206513	15	2.1	16	88	11	50	65	0	0	34	0.93
19210847--19211127	145	1.9	145	97	0	526	37	9	7	45	1.66
19223718--19223742	13	1.9	13	100	0	50	60	8	0	32	1.26
19223719--19224781	235	4.5	235	80	6	1082	46	11	9	32	1.72
19223719--19224768	470	2.2	467	81	3	1239	47	11	9	32	1.71
19227374--19227399	7	3.7	7	100	0	52	26	0	11	61	1.30
19234001--19234046	23	2.0	23	100	0	92	21	21	21	34	1.97
19241628--19241678	24	2.2	23	85	3	66	3	11	3	80	0.98
19241641--19241680	17	2.4	17	82	0	53	0	15	5	80	0.88
19244452--19244490	13	3.0	13	96	0	69	5	15	41	38	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19244684--19244731	13	3.8	12	86	10	69	16	2	4	77	1.03
19244684--19244731	18	2.6	18	77	16	53	16	2	4	77	1.03
19245952--19246053	52	2.0	52	84	3	134	50	12	11	24	1.73
19249981--19250085	9	13.3	7	70	25	52	77	0	18	4	0.94
19249980--19250075	10	8.5	11	75	14	56	76	0	18	5	0.98
19249981--19250059	31	2.5	31	81	8	88	78	0	16	5	0.92
19249985--19250060	10	7.2	10	78	10	71	78	0	15	5	0.91
19250019--19250070	18	2.9	17	81	13	59	80	0	13	5	0.88
19251153--19251259	21	4.7	22	82	14	128	35	8	15	40	1.78
19251153--19251289	46	3.0	46	89	0	202	36	8	15	40	1.77
19251153--19251267	25	5.0	24	81	13	143	35	7	15	40	1.76
19251294--19251366	21	3.3	21	65	12	56	34	8	17	39	1.80
19252116--19252166	13	4.2	12	85	11	61	21	3	0	74	0.98
19252116--19252168	18	2.9	18	76	13	56	24	3	0	71	1.02
19252920--19252971	8	6.4	8	78	12	61	17	1	1	78	0.93
19252911--19252978	17	4.1	17	88	7	70	16	2	4	76	1.07
19252920--19252978	8	7.1	8	78	19	50	16	1	3	77	0.98
19252987--19253029	10	3.8	11	84	12	52	79	0	2	18	0.85
19264073--19264116	22	2.0	22	90	0	70	34	9	18	38	1.82
19268092--19268143	20	2.5	22	77	22	60	44	25	7	23	1.79
19271621--19271660	17	2.3	17	86	4	53	50	30	10	10	1.69
19273044--19273134	44	2.1	44	85	0	119	43	15	10	29	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19273435--19273499	32	2.0	32	100	0	130	15	9	15	60	1.59
19276608--19276702	47	2.0	47	97	0	181	30	23	6	40	1.79
19280167--19280207	14	2.8	16	82	10	52	56	0	7	36	1.27
19280941--19280996	14	4.0	14	88	0	67	21	3	17	57	1.55
19281116--19281165	21	2.3	21	83	13	57	34	2	0	64	1.05
19281118--19281166	24	2.1	23	88	3	71	32	2	0	65	1.04
19281129--19281230	51	2.0	52	83	9	129	35	8	5	50	1.58
19281417--19281448	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
19281447--19281493	3	15.7	3	100	0	94	34	0	0	65	0.93
19281534--19281563	13	2.2	14	94	5	53	26	0	0	73	0.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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