genome.fa.s223.2.7.7.80.10.50.1000.133.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168048.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_3, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33276047

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21381037--21381079	21	2.0	21	95	0	77	20	6	37	34	1.80
21386913--21387008	35	2.8	34	73	10	104	12	13	19	54	1.71
21386987--21387031	23	2.0	23	86	0	63	13	13	20	53	1.72
21386948--21387061	58	2.0	58	82	3	140	12	15	19	52	1.74
21387385--21387413	12	2.3	13	94	5	51	89	3	0	6	0.57
21389452--21389483	12	2.7	12	90	0	55	56	0	6	37	1.25
21389540--21389580	3	13.3	3	84	5	55	65	0	4	29	1.13
21389608--21389657	23	2.2	23	81	0	55	68	0	6	26	1.13
21389608--21389647	16	2.4	16	87	4	53	67	0	5	27	1.11
21389846--21389996	3	48.3	3	75	17	105	27	3	1	67	1.17
21389879--21389993	26	4.5	26	89	5	182	26	3	0	68	1.11
21389879--21389994	49	2.3	51	91	4	182	26	3	0	68	1.11
21390814--21390839	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
21391105--21391232	65	2.0	65	85	0	175	50	7	9	33	1.62
21401610--21401642	14	2.2	16	89	10	52	78	0	18	3	0.87
21401598--21401646	23	2.0	23	88	11	71	77	0	20	2	0.87
21402671--21403012	86	4.0	85	88	4	440	23	13	20	42	1.87
21402671--21403033	42	8.5	43	80	6	366	23	13	20	41	1.88
21403046--21403078	12	2.9	12	91	8	52	81	18	0	0	0.68
21403249--21403282	5	6.4	5	87	12	50	35	0	0	64	0.94
21403280--21403351	3	23.0	3	75	18	58	29	4	1	65	1.20
21403294--21403340	20	2.4	18	80	16	58	29	2	2	65	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21404209--21404258	3	16.7	3	100	0	100	32	0	0	68	0.90
21404478--21404685	65	3.4	59	78	8	204	46	8	13	31	1.74
21410061--21410097	16	2.2	16	90	4	56	81	0	13	5	0.86
21412337--21412395	20	3.0	20	100	0	118	40	23	10	25	1.86
21412520--21412548	13	2.1	14	93	6	51	65	0	34	0	0.93
21412885--21413299	55	7.5	54	74	13	294	50	5	7	36	1.54
21413297--21413574	56	5.1	56	72	13	208	46	7	10	35	1.67
21416515--21416581	23	3.0	23	73	4	66	76	1	17	4	1.04
21419071--21419113	22	2.0	22	85	0	59	32	18	16	32	1.93
21419104--21419160	22	2.6	22	83	8	73	31	12	22	33	1.91
21419120--21419173	22	2.5	21	80	14	56	24	18	24	33	1.97
21419873--21419900	10	2.8	10	100	0	56	53	0	0	46	1.00
21422837--21422883	3	15.7	3	86	0	67	61	2	2	34	1.20
21425628--21425733	55	1.9	56	82	1	133	33	16	17	32	1.93
21425590--21425799	117	1.8	115	85	4	296	37	16	15	30	1.89
21425680--21425857	62	2.9	62	78	1	178	35	17	13	33	1.89
21426673--21426707	15	2.3	15	95	0	61	20	5	11	62	1.48
21432217--21433047	162	5.1	161	77	8	704	32	10	14	42	1.79
21432206--21433048	328	2.6	320	77	9	773	31	10	14	43	1.79
21434609--21434642	9	3.6	9	85	14	50	64	0	0	35	0.94
21434974--21435007	9	3.6	9	85	14	50	32	0	2	64	1.08
21435376--21435432	26	2.1	27	96	3	107	64	3	8	22	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21440078--21440124	23	2.2	22	81	11	53	48	0	14	36	1.44
21447344--21447387	20	2.2	19	88	8	61	22	29	18	29	1.97
21450606--21450660	21	2.6	21	88	0	83	36	10	0	52	1.37
21457301--21457341	19	2.2	19	83	12	50	19	2	4	73	1.13
21457643--21457811	86	2.0	87	84	2	225	44	11	6	36	1.67
21459071--21459187	6	19.7	6	69	20	52	69	0	10	19	1.22
21459054--21459126	20	3.7	19	78	20	62	68	0	13	17	1.21
21459071--21459242	15	12.1	14	71	20	101	69	1	7	22	1.21
21459071--21459205	26	5.2	26	78	15	136	70	0	8	20	1.18
21459096--21459237	40	3.5	40	79	14	150	69	1	7	21	1.20
21459071--21459241	81	2.1	81	82	10	199	69	1	7	21	1.20
21459144--21459241	25	4.0	24	75	17	69	72	1	3	23	1.05
21461881--21461933	25	2.2	25	83	6	65	50	18	11	18	1.76
21463397--21463473	39	2.0	39	89	5	120	49	10	7	32	1.66
21465283--21466063	160	4.9	159	76	8	637	40	17	10	32	1.83
21467137--21467165	14	2.0	15	93	6	51	20	27	6	44	1.77
21468684--21468723	2	20.0	2	100	0	80	50	0	50	0	1.00
21470081--21470113	17	1.9	17	88	11	50	12	15	9	63	1.51
21484450--21484518	36	2.0	35	86	13	99	53	2	0	43	1.15
21484493--21484521	14	2.1	14	93	6	51	68	0	0	31	0.89
21484510--21484563	28	1.9	28	85	7	74	66	0	1	31	1.02
21485699--21485738	5	7.6	5	83	10	53	72	0	0	27	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21485699--21485744	17	2.8	17	87	6	60	65	0	0	34	0.93
21494024--21494076	22	2.4	22	90	6	81	45	11	22	20	1.83
21501670--21501706	18	2.2	16	90	9	56	37	16	2	43	1.62
21501674--21501709	18	2.0	18	100	0	72	38	16	5	38	1.72
21501813--21501873	21	2.6	23	77	15	63	67	4	0	27	1.11
21507629--21507680	17	3.3	15	77	17	52	80	0	13	5	0.88
21511014--21511040	14	1.9	14	100	0	54	85	0	14	0	0.61
21511359--21511516	60	2.6	60	80	4	183	37	17	12	32	1.87
21512593--21512843	46	5.5	46	87	4	330	29	8	20	41	1.82
21516600--21516688	42	2.1	42	87	6	128	41	14	3	40	1.62
21528267--21528558	66	4.4	62	80	13	293	38	8	8	44	1.66
21528254--21528558	67	4.6	64	81	9	303	38	8	8	44	1.66
21528254--21528558	132	2.3	131	82	9	388	38	8	8	44	1.66
21529913--21529989	33	2.3	33	82	4	93	46	10	14	28	1.77
21530016--21530068	22	2.4	22	83	3	61	43	16	1	37	1.60
21530057--21530116	21	2.9	21	84	0	75	63	6	1	28	1.29
21530055--21530164	56	2.0	54	82	3	130	58	7	5	29	1.48
21530134--21530277	18	7.8	18	67	12	69	49	7	15	27	1.71
21530239--21530276	20	1.9	20	88	0	58	44	7	18	28	1.78
21530252--21530350	36	2.6	37	75	16	96	52	9	10	28	1.65
21530156--21530296	72	2.0	72	80	8	162	48	7	14	29	1.72
21530235--21530412	94	1.9	93	81	5	216	50	10	11	27	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21530361--21530586	18	12.7	18	69	13	87	48	13	11	26	1.76
21530428--21530584	36	4.4	36	72	6	104	49	12	10	27	1.74
21530659--21530707	21	2.4	20	80	12	55	48	12	10	28	1.73
21530700--21530813	21	5.5	21	76	10	117	57	9	6	26	1.54
21530693--21530846	41	3.7	41	76	11	145	55	10	7	27	1.60
21531555--21531594	20	2.0	20	85	0	53	17	22	0	60	1.37
21533472--21533518	19	2.5	19	75	6	51	17	10	19	53	1.72
21540930--21540969	10	3.5	11	86	13	55	37	10	2	50	1.50
21542899--21542935	19	1.9	19	88	0	56	29	13	8	48	1.71
21542623--21542935	159	2.0	157	89	2	403	27	16	18	37	1.92
21553937--21553981	22	2.0	22	95	0	81	24	28	0	46	1.53
21560814--21560874	29	2.1	29	96	0	113	44	6	14	34	1.72
21563822--21563852	11	2.8	11	100	0	62	51	19	9	19	1.74
21568719--21568846	67	1.9	67	90	3	204	38	10	7	43	1.67
21568810--21568840	16	1.9	16	93	0	53	45	6	0	48	1.28
21568736--21568867	67	2.0	67	87	3	194	39	9	9	41	1.70
21568870--21568894	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
21568924--21569009	25	3.4	25	90	4	129	58	16	0	25	1.38
21573316--21573352	15	2.5	15	95	0	65	43	13	10	32	1.79
21576124--21576162	20	2.0	20	94	0	69	51	7	12	28	1.67
21578817--21579212	190	2.1	189	82	2	472	40	10	8	40	1.70
21578825--21579207	127	3.0	123	76	7	376	41	10	8	39	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21578825--21579195	63	5.9	63	80	0	348	40	10	9	39	1.72
21579611--21579662	26	2.0	26	84	0	68	13	5	5	75	1.18
21581214--21581273	13	4.5	13	79	8	50	16	5	0	78	0.92
21581281--21581322	21	2.0	22	85	4	59	50	2	2	45	1.27
21581587--21581641	21	2.6	21	73	0	56	32	21	5	40	1.76
21581501--21581827	165	2.0	165	87	1	476	30	23	4	41	1.74
21581754--21581809	21	2.7	21	72	5	51	41	26	1	30	1.66
21582438--21582484	21	2.2	22	92	3	78	48	0	0	51	1.00
21583469--21583504	18	2.0	18	88	0	54	33	0	0	66	0.92
21583938--21584001	12	5.2	12	72	7	56	42	0	1	56	1.09

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