genome.fa.s223.2.7.7.80.10.50.1000.142.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168048.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_3, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33276047

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23089379--23089653	13	21.2	13	66	19	87	45	34	0	19	1.54
23089512--23089565	19	2.8	19	85	0	72	46	37	0	16	1.48
23089379--23089551	7	26.3	7	72	14	75	46	33	0	19	1.50
23092206--23092453	124	2.0	124	92	1	417	33	18	10	37	1.84
23094818--23094965	37	4.0	37	84	0	197	34	18	9	37	1.84
23098100--23098135	9	3.9	9	88	3	54	77	0	19	2	0.88
23098099--23098133	10	3.6	10	84	7	54	80	0	17	2	0.84
23099162--23099294	37	3.5	37	80	10	135	51	31	0	16	1.45
23099161--23099293	15	9.3	14	73	12	92	51	31	0	17	1.46
23099169--23099274	22	4.7	22	78	6	97	52	31	0	16	1.43
23099237--23099308	19	3.6	19	81	12	83	47	38	0	13	1.44
23099161--23099293	7	18.6	7	73	10	90	51	31	0	17	1.46
23099733--23099772	12	3.2	12	86	6	62	85	0	15	0	0.61
23099732--23099772	13	3.2	13	86	6	66	85	0	14	0	0.60
23099733--23099778	21	2.1	23	88	8	69	80	0	19	0	0.71
23100274--23100327	20	2.6	22	83	11	62	81	1	3	12	0.91
23100274--23100320	21	2.2	22	85	7	62	82	2	2	12	0.84
23101291--23101383	37	2.5	37	82	6	100	32	25	6	35	1.82
23104082--23104124	19	2.3	19	84	8	52	74	4	0	20	1.00
23104387--23104733	43	8.1	43	80	2	369	39	17	14	28	1.89
23106191--23106225	18	1.9	18	88	0	52	2	2	8	85	0.79
23106520--23106551	12	2.4	14	90	10	50	6	6	0	87	0.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23108646--23108674	13	2.1	14	93	6	51	13	34	0	51	1.42
23112380--23112541	31	5.1	32	74	13	104	53	11	6	28	1.61
23112475--23112684	24	8.5	24	69	19	121	55	10	3	30	1.52
23112404--23112541	32	4.4	31	75	7	125	54	12	5	27	1.60
23112465--23112591	56	2.2	57	76	16	129	53	10	6	29	1.59
23112528--23112670	47	3.1	45	82	10	164	54	9	3	32	1.49
23112614--23112678	21	3.1	21	82	6	80	53	10	3	32	1.51
23118966--23119012	20	2.2	22	85	7	62	48	0	4	46	1.21
23119726--23119760	16	2.2	16	100	0	70	40	5	20	34	1.76
23123123--23123162	18	2.2	19	86	4	55	52	5	2	40	1.37
23123400--23123428	15	1.9	15	100	0	58	27	6	0	65	1.18
23126893--23127055	29	5.5	29	72	7	123	37	3	1	57	1.27
23126893--23127120	30	7.7	30	72	11	139	36	5	2	55	1.36
23127168--23127245	29	2.7	29	84	6	95	58	1	5	34	1.28
23128654--23128682	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
23131983--23132284	157	1.9	156	85	3	410	24	20	13	42	1.88
23136066--23136103	17	2.2	18	85	4	51	26	0	10	63	1.27
23149050--23149091	22	1.9	22	90	0	66	33	0	4	61	1.17
23149133--23149170	15	2.5	15	95	4	67	34	2	0	63	1.09
23149263--23149328	19	3.3	21	79	12	68	81	1	1	15	0.83
23149264--23149328	14	4.8	14	76	17	66	83	1	1	13	0.80
23149285--23149328	8	5.4	8	89	5	70	86	0	2	11	0.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23149264--23149328	17	3.6	17	82	10	76	83	1	1	13	0.80
23149265--23149320	5	10.8	5	79	12	51	82	1	1	14	0.84
23150196--23150260	3	21.7	3	76	17	64	60	0	1	38	1.07
23150196--23150259	10	6.4	10	77	16	62	59	0	1	39	1.07
23150204--23150259	5	10.2	5	81	14	58	58	0	1	39	1.08
23150199--23150260	13	4.7	13	75	18	65	59	0	1	38	1.07
23150475--23151598	89	12.7	89	80	4	948	44	14	22	18	1.86
23150467--23151599	267	4.3	267	78	3	1045	43	14	22	18	1.87
23152413--23152511	51	1.9	51	87	0	144	18	24	9	48	1.76
23153124--23153155	16	2.0	16	100	0	64	31	25	6	37	1.81
23163906--23163971	3	22.3	3	76	14	66	60	1	3	34	1.21
23163900--23163953	27	2.1	25	89	6	81	64	1	0	33	1.04
23176600--23176633	2	17.5	2	87	6	52	47	2	0	50	1.16
23182133--23182440	7	46.7	7	70	17	162	15	1	36	47	1.54
23182133--23182440	13	23.9	13	73	16	168	15	1	36	47	1.54
23182173--23182440	20	13.5	20	73	16	182	15	1	36	47	1.53
23182135--23182301	57	2.7	63	74	18	161	14	1	35	48	1.52
23184877--23185037	48	3.2	48	79	10	162	44	14	9	31	1.79
23185035--23185365	97	3.4	97	81	5	337	45	10	13	29	1.78
23185045--23185365	49	6.6	49	79	6	312	45	10	13	29	1.78
23185057--23185365	148	2.1	147	81	4	356	44	11	13	30	1.78
23185738--23186038	49	6.2	48	79	9	288	46	10	11	31	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23185742--23186037	99	3.0	97	80	8	325	46	10	12	31	1.75
23184982--23186397	705	2.0	707	97	0	2683	38	12	12	35	1.82
23186885--23186926	22	2.0	21	85	4	57	14	7	7	71	1.29
23186912--23186944	17	2.0	17	88	5	50	9	15	0	75	1.03
23191173--23191220	14	3.3	14	83	16	62	75	0	2	22	0.91
23191172--23191218	15	3.3	14	78	21	53	74	0	2	23	0.93
23204022--23204094	36	2.1	36	84	2	94	24	24	9	41	1.85
23204012--23204094	35	2.3	35	81	2	94	22	24	10	42	1.85
23204277--23204352	35	2.2	35	82	0	89	17	19	14	48	1.81
23204701--23204763	26	2.5	25	81	2	81	84	12	0	3	0.75
23204704--23204759	29	1.9	29	89	7	87	82	14	0	3	0.81
23206245--23206283	11	3.5	11	89	0	60	23	0	23	53	1.46
23206308--23206464	52	3.0	52	86	1	199	38	8	26	26	1.84
23213777--23213810	16	2.1	16	88	0	50	70	17	2	8	1.25
23214588--23214616	15	1.9	15	100	0	58	6	6	0	86	0.72
23214580--23214644	34	1.9	34	84	12	89	3	10	4	81	0.95
23214589--23214638	22	2.3	22	78	0	55	4	10	4	82	0.94
23214784--23215299	66	7.8	65	70	10	217	40	14	18	26	1.89
23214866--23214972	33	3.2	32	73	12	83	42	17	15	23	1.88
23215094--23215426	33	10.2	32	71	10	131	42	12	18	25	1.86
23215267--23215326	28	2.1	28	87	0	84	43	11	18	26	1.84
23215999--23216035	16	2.3	17	81	13	51	16	2	8	72	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23216462--23216691	117	2.0	117	80	6	261	40	14	12	33	1.84
23218252--23218307	25	2.1	27	90	6	89	23	10	21	44	1.83
23218704--23218767	3	21.3	3	100	0	128	32	0	0	67	0.91
23220284--23220323	21	1.9	21	84	0	53	27	0	5	67	1.11
23220673--23220850	36	4.9	35	77	4	167	52	12	15	19	1.74
23220645--23220849	72	2.9	70	73	9	180	53	12	14	19	1.73
23221043--23221157	3	40.3	3	72	19	70	24	1	2	71	1.08
23221041--23221157	21	5.3	21	71	16	85	23	1	2	71	1.07
23221056--23221149	49	2.0	47	85	12	129	24	2	3	70	1.13
23228677--23228737	23	2.6	24	82	5	72	80	0	8	11	0.91
23228677--23228737	16	3.8	16	75	12	54	80	0	8	11	0.91
23228941--23228970	15	2.0	15	100	0	60	26	6	20	46	1.75
23230180--23230368	44	4.2	44	86	4	254	24	12	17	45	1.83
23230343--23230439	40	2.4	40	83	8	133	30	14	18	36	1.91
23230343--23230427	41	2.1	41	89	6	129	29	14	17	38	1.89
23230422--23230617	87	2.2	89	81	5	238	22	16	19	40	1.91
23230422--23230617	44	4.5	43	83	3	221	22	16	19	40	1.91
23230809--23230928	3	40.3	3	74	18	74	24	4	1	70	1.14
23230859--23230921	7	9.3	7	83	10	69	26	3	0	69	1.03
23230859--23230928	22	3.2	21	79	16	72	27	2	0	70	1.02
23231391--23231427	14	2.6	14	91	4	56	70	0	29	0	0.88
23231392--23231434	12	3.7	12	82	17	63	69	0	30	0	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23232842--23233010	36	4.7	36	77	5	137	54	13	17	14	1.71
23232842--23233010	71	2.4	71	80	5	180	54	13	17	14	1.71
23242006--23242052	20	2.3	20	85	7	60	19	19	0	61	1.34
23242222--23242249	14	2.0	14	100	0	56	7	14	0	78	0.95
23245416--23245475	19	3.2	19	78	0	66	26	15	21	36	1.93
23245473--23245585	13	8.5	13	67	3	57	22	6	23	48	1.72
23245482--23245534	25	2.1	26	89	3	81	22	7	24	45	1.78
23245485--23245544	26	2.3	26	82	5	77	21	10	23	45	1.82
23245676--23245768	27	3.5	26	74	8	89	34	9	2	53	1.46
23245675--23245770	25	3.7	24	70	17	75	34	10	2	53	1.47

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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