genome.fa.s223.2.7.7.80.10.50.1000.135.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168048.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_3, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33276047

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21767070--21767261	98	2.0	97	88	6	293	32	22	8	35	1.84
21768788--21768844	22	2.5	22	71	20	55	8	24	1	64	1.31
21779288--21779322	11	3.2	11	91	0	52	40	17	11	31	1.85
21792157--21792187	10	3.0	10	90	9	53	38	9	3	48	1.52
21796269--21796332	21	3.0	21	73	20	62	9	12	9	68	1.39
21798104--21798174	31	2.3	31	100	0	142	40	43	0	15	1.47
21799295--21799403	54	2.0	54	96	0	200	31	11	26	31	1.91
21810117--21810145	2	14.5	2	100	0	58	48	0	51	0	1.00
21817607--21817640	2	17.0	2	93	0	59	50	2	47	0	1.16
21818723--21818750	1	28.0	1	100	0	56	100	0	0	0	0.00
21819177--21819211	16	2.2	16	89	0	52	28	0	8	62	1.24
21822214--21822254	12	3.0	14	86	10	50	48	2	0	48	1.14
21822204--21822261	26	2.3	26	85	8	77	48	1	0	50	1.11
21822216--21822261	13	3.5	13	80	17	51	52	2	0	45	1.13
21823574--21823610	19	1.9	19	88	0	56	29	0	2	67	1.04
21823785--21823847	25	2.4	26	79	12	76	20	9	1	68	1.26
21824983--21825018	13	2.8	13	88	12	56	83	0	16	0	0.65
21825285--21825692	49	8.3	50	80	9	378	40	16	12	31	1.85
21825285--21825692	145	2.8	147	81	6	461	40	16	12	31	1.85
21839109--21839252	3	48.0	3	87	0	144	55	0	11	33	1.35
21839595--21839638	20	2.3	19	92	4	70	25	0	4	70	1.06
21839595--21839649	22	2.6	22	88	5	78	25	0	5	69	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21839591--21839638	10	5.0	10	80	14	57	29	0	6	64	1.18
21839595--21839653	20	2.9	21	82	9	68	28	0	5	66	1.13
21839609--21839659	22	2.3	23	77	19	63	33	0	3	62	1.13
21844304--21844356	4	12.8	4	81	15	63	73	1	3	20	1.08
21844325--21844380	18	3.1	17	76	23	53	71	5	5	17	1.24
21845610--21845693	44	1.9	44	83	7	109	44	14	11	29	1.81
21845735--21845846	43	2.6	43	91	2	172	42	10	14	32	1.80
21847771--21847984	104	2.1	103	87	2	311	25	24	9	39	1.86
21853157--21853238	38	2.2	38	79	12	91	42	7	8	41	1.63
21856112--21856219	52	2.1	52	96	0	198	49	11	6	33	1.64
21856250--21856326	39	2.0	39	85	14	106	45	2	9	42	1.49
21859164--21859234	37	1.9	37	85	0	97	33	12	9	43	1.76
21859674--21859739	8	8.1	8	77	14	64	77	4	0	18	0.94
21859661--21859734	12	5.8	13	80	16	84	75	6	0	17	1.01
21859661--21859732	26	2.8	24	84	14	74	75	6	0	18	1.02
21861171--21861208	20	1.9	20	88	0	58	52	2	2	42	1.29
21860800--21861713	457	2.0	453	96	0	1693	47	9	11	30	1.72
21864963--21864994	2	16.0	2	93	0	55	46	0	3	50	1.17
21867256--21867543	125	2.3	126	80	6	300	36	13	17	32	1.89
21867276--21867892	304	2.0	304	86	3	859	35	13	15	35	1.87
21869458--21869502	21	2.1	21	84	8	56	64	8	0	26	1.23
21871190--21871275	37	2.3	37	77	0	91	39	24	11	24	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21871258--21871306	25	2.0	25	83	0	62	44	28	10	16	1.80
21871264--21871341	12	6.4	12	70	2	57	42	28	11	17	1.84
21871109--21871341	111	2.1	110	81	2	261	42	24	10	21	1.85
21872445--21872801	180	1.9	183	80	8	413	42	12	11	33	1.80
21872601--21873285	239	2.9	237	86	2	933	43	12	11	32	1.78
21873082--21873466	186	2.1	187	87	2	551	44	12	10	31	1.78
21872840--21873612	425	1.8	424	83	5	1033	43	13	11	31	1.79
21882566--21882590	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
21883885--21883911	1	27.0	1	100	0	54	0	0	0	100	0.00
21890856--21890900	21	2.1	21	83	0	54	55	6	0	37	1.26
21891407--21891445	18	2.2	18	85	0	51	51	5	0	43	1.24
21892398--21892445	25	2.0	25	83	4	62	25	14	4	56	1.56
21894252--21894293	21	2.0	21	95	0	75	26	4	26	42	1.75
21894359--21894397	20	2.0	20	100	0	78	30	33	0	35	1.58
21902501--21902538	13	2.9	13	88	0	58	23	7	5	63	1.42
21903699--21904794	161	6.8	161	81	6	1087	32	10	15	41	1.80
21903761--21904794	480	2.1	481	83	4	1248	32	10	15	41	1.81
21905964--21905997	18	1.9	17	88	5	50	55	2	5	35	1.39
21906089--21906175	34	2.6	33	85	3	111	39	18	13	28	1.89
21908221--21908290	24	3.0	23	77	12	70	8	0	12	78	0.96
21908242--21908292	8	6.4	8	79	6	59	11	0	7	80	0.90
21908446--21908625	69	2.6	69	73	7	168	48	12	20	18	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21908515--21908773	102	2.5	101	80	3	277	50	10	20	18	1.76
21908487--21909086	34	17.6	34	67	10	154	51	11	19	17	1.75
21908904--21909055	65	2.3	69	79	10	179	55	15	16	12	1.68
21908968--21909109	35	4.2	35	76	4	112	54	14	17	14	1.72
21908864--21909101	69	3.5	68	76	7	225	52	13	18	14	1.74
21913952--21913998	24	1.9	25	86	4	69	6	29	8	55	1.55
21915785--21915818	6	5.5	6	89	3	50	2	0	14	82	0.79
21915914--21916059	71	2.0	74	85	10	201	32	12	7	47	1.69
21917578--21917621	14	3.1	15	84	12	58	13	0	29	56	1.38
21917664--21917712	7	6.9	7	79	11	55	16	2	36	44	1.59
21917714--21917787	17	4.3	17	82	3	94	27	5	28	39	1.78
21918710--21918756	20	2.3	19	85	10	58	12	8	2	76	1.09
21918715--21918756	20	2.2	20	86	4	59	11	7	2	78	1.04
21920171--21920449	137	2.0	137	89	2	427	33	17	13	34	1.90
21924420--21924455	15	2.4	15	90	9	56	58	11	2	27	1.46
21954693--21955142	158	2.8	157	85	4	566	41	21	4	32	1.74
21960972--21961034	32	2.0	32	84	12	85	41	19	3	36	1.67
21970995--21971028	10	3.5	10	92	8	61	50	0	17	32	1.47
21970992--21971030	9	4.2	9	90	6	60	48	0	23	28	1.51
21970992--21971028	19	1.9	19	94	0	65	48	0	21	29	1.50
21977077--21977114	19	2.0	19	85	10	51	44	0	34	21	1.52
21980664--21980707	20	2.2	20	91	0	70	52	15	2	29	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21981195--21981272	8	9.7	7	76	23	66	70	2	2	24	1.12
21981195--21981272	16	4.9	15	83	12	77	70	2	2	24	1.12
21981194--21981248	18	3.2	18	77	17	71	74	1	1	21	1.01
21981195--21981272	24	3.2	23	82	14	86	70	2	2	24	1.12
21981691--21981738	25	1.9	25	83	8	62	66	4	6	22	1.32
21981835--21981881	21	2.3	20	75	7	51	23	8	4	63	1.40
21981857--21981902	23	2.0	23	83	8	58	17	2	8	71	1.21
21981986--21982057	22	3.4	21	72	14	58	16	2	9	70	1.25
21982107--21982177	18	3.8	18	68	18	56	26	4	4	64	1.30
21982133--21982255	41	3.0	39	76	16	99	30	2	7	60	1.37
21982225--21982306	38	2.2	37	85	8	112	35	3	0	60	1.14
21982428--21982479	21	2.5	21	81	6	61	44	0	7	48	1.31
21982693--21982730	19	2.0	19	89	0	58	57	0	0	42	0.98
21985903--21985989	34	2.6	34	77	1	86	27	16	16	40	1.89
21986484--21986814	165	2.0	165	98	0	644	38	9	7	44	1.64
21994610--21994654	20	2.1	22	88	8	67	42	33	4	20	1.72
21994881--21994941	18	3.4	18	71	13	63	24	16	8	50	1.72
21997043--21997274	75	3.1	75	81	9	253	27	10	19	42	1.84
21997041--21997250	37	5.6	37	85	8	239	28	11	20	40	1.87
21997041--21997249	112	1.9	110	83	6	269	28	11	20	40	1.87
21997272--21997367	38	2.5	38	83	3	122	34	10	15	39	1.82
21998910--21998936	14	1.9	14	100	0	54	7	0	18	74	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21998933--21998974	15	2.7	15	79	17	50	23	4	0	71	1.05
21998933--21998974	16	2.7	15	88	7	57	23	4	0	71	1.05
21999172--21999280	50	2.1	52	86	5	150	32	5	13	48	1.66
21999239--21999287	20	2.6	18	81	15	55	32	4	10	53	1.54
21999255--21999293	20	2.0	20	85	10	53	35	5	7	51	1.53
21999401--21999519	32	3.7	32	87	6	161	33	8	17	40	1.80
21999401--21999491	19	5.4	19	64	30	64	36	8	15	39	1.78
21999968--22000039	34	2.2	33	84	2	90	33	6	20	38	1.80
22000216--22000249	17	1.9	18	88	5	52	32	5	0	61	1.20
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