genome.fa.s223.2.7.7.80.10.50.1000.16.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168048.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_3, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33276047

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2157792--2157989	83	2.4	84	80	5	195	26	10	20	42	1.83
2158006--2158107	44	2.3	44	86	0	150	22	13	21	42	1.88
2158312--2158474	26	6.3	26	74	19	112	33	5	0	60	1.20
2158312--2158471	52	3.2	51	80	12	190	33	5	0	60	1.20
2158398--2158472	21	3.5	21	84	12	75	33	6	0	60	1.23
2158393--2158475	11	7.7	11	71	20	61	32	6	0	61	1.20
2158306--2158475	78	2.2	76	77	12	170	33	5	0	60	1.21
2159167--2159209	17	2.5	17	85	11	52	27	0	0	72	0.85
2169859--2169918	9	6.6	9	84	3	75	81	0	6	11	0.86
2169858--2169918	19	3.3	19	90	2	88	81	0	6	11	0.85
2170937--2171161	44	5.3	41	80	7	157	26	13	19	40	1.89
2170918--2171038	41	3.0	41	84	7	156	25	10	19	44	1.82
2171046--2171166	44	2.8	44	89	2	190	26	14	19	38	1.91
2171422--2171506	8	10.5	8	69	20	52	32	7	0	60	1.24
2171391--2171521	51	2.6	51	81	12	171	35	4	0	60	1.17
2171393--2171530	25	5.7	24	81	13	151	34	5	0	60	1.19
2171420--2171551	10	12.6	11	67	22	72	33	6	0	59	1.24
2171526--2171550	9	2.8	9	100	0	50	32	8	0	60	1.26
2171391--2171547	49	3.2	50	82	13	193	34	5	0	59	1.21
2172422--2172581	61	2.6	59	76	14	164	51	5	6	36	1.50
2172747--2172883	53	2.6	53	86	0	202	43	7	10	37	1.68
2173542--2173602	22	2.8	22	87	5	79	45	1	8	44	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2173575--2173633	11	5.4	11	75	0	55	50	1	5	42	1.34
2173565--2173633	22	3.1	22	85	0	84	49	1	5	43	1.35
2176928--2176959	11	2.9	11	100	0	64	46	25	0	28	1.53
2181034--2181074	15	2.6	16	88	7	57	78	4	0	17	0.93
2182001--2182032	13	2.3	15	89	10	50	75	0	3	21	0.95
2191777--2191831	22	2.5	21	88	5	65	47	7	10	34	1.66
2191784--2192256	22	21.8	22	67	10	116	48	6	9	35	1.62
2191960--2192068	43	2.5	43	80	4	112	48	4	11	35	1.59
2191951--2192321	65	5.7	63	72	9	162	47	5	10	36	1.60
2191996--2192087	43	2.1	42	78	5	94	46	3	8	41	1.51
2191983--2192487	22	23.3	22	71	8	194	47	4	9	37	1.59
2192424--2192573	74	2.0	74	84	2	194	47	4	7	41	1.50
2192494--2192544	22	2.5	19	77	17	57	49	1	7	41	1.43
2192523--2192705	22	8.3	22	76	4	100	50	8	4	35	1.55
2192523--2192628	44	2.4	44	82	3	115	50	9	2	37	1.50
2192611--2192705	44	2.2	44	82	3	111	50	9	6	33	1.60
2193030--2193071	22	1.9	22	85	0	57	47	7	9	35	1.64
2193107--2193165	23	2.6	22	83	5	64	54	6	5	33	1.49
2193114--2193165	22	2.3	23	83	6	61	55	7	3	32	1.46
2193220--2193262	22	2.0	22	95	0	77	41	16	6	34	1.75
2193372--2193408	17	2.2	17	90	0	56	54	10	5	29	1.57
2193391--2193442	22	2.4	22	90	0	86	46	5	9	38	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2193483--2193559	22	3.5	22	80	3	84	46	9	7	36	1.64
2193465--2193604	66	2.1	66	80	7	151	47	9	9	34	1.68
2194005--2194084	42	1.9	42	84	5	108	42	12	8	36	1.74
2194005--2194103	21	4.8	20	77	12	83	43	12	8	36	1.72
2194352--2194463	42	2.7	39	80	12	109	44	12	7	35	1.70
2194346--2194463	21	5.7	21	75	8	89	46	12	6	33	1.68
2194660--2194773	42	2.7	42	82	9	119	45	14	7	33	1.71
2194656--2194773	21	5.6	21	73	10	91	47	13	6	32	1.69
2214452--2214617	53	3.2	52	77	11	169	27	11	12	48	1.75
2214465--2214637	53	3.3	50	76	13	147	27	9	10	52	1.67
2215661--2215721	31	2.0	31	81	12	72	6	14	13	65	1.45
2216468--2216506	20	2.0	20	84	0	51	33	20	10	35	1.86
2216702--2217132	46	9.5	46	85	4	509	38	13	8	38	1.76
2217866--2217903	14	2.7	14	95	0	67	26	21	2	50	1.62
2218332--2218382	9	5.6	9	77	11	50	7	21	0	70	1.12
2218323--2218383	18	3.4	18	74	14	63	8	19	0	72	1.10
2219136--2219179	15	2.9	15	96	3	79	31	13	9	45	1.75
2222100--2222236	68	2.0	68	98	0	265	34	10	13	41	1.79
2222293--2222413	53	2.3	52	82	5	145	28	12	9	50	1.70
2222314--2222443	53	2.4	52	83	5	161	29	11	10	48	1.73
2234698--2234744	19	2.5	20	79	10	53	38	4	2	55	1.31
2241170--2241334	86	1.9	86	91	0	267	31	12	18	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2245892--2245926	7	4.9	7	89	3	52	28	0	2	68	1.04
2245890--2245926	14	2.5	15	86	8	58	29	0	2	67	1.04
2246066--2246170	44	2.4	42	79	7	104	27	1	5	64	1.26
2246102--2246138	16	2.3	16	90	0	56	35	0	0	64	0.94
2246109--2246144	16	2.2	16	100	0	72	30	0	0	69	0.89
2246087--2246165	21	3.7	21	80	11	72	29	1	3	65	1.17
2246115--2246154	10	3.9	11	81	12	50	25	0	0	75	0.81
2246115--2246165	26	2.0	26	88	7	77	27	0	1	70	0.98
2246224--2246265	19	2.3	19	91	4	68	45	0	0	54	0.99
2246820--2246869	15	3.3	15	77	8	57	60	0	2	38	1.09
2264628--2264668	21	2.0	21	85	9	57	19	2	31	46	1.63
2264696--2264803	14	7.5	14	71	10	65	23	0	27	48	1.57
2264633--2264857	30	7.6	29	70	14	106	24	0	28	46	1.58
2264767--2264818	15	3.5	15	92	7	88	21	0	34	44	1.52
2264810--2264848	16	2.4	16	82	4	51	30	2	20	46	1.64
2264820--2264855	16	2.3	15	90	4	54	25	2	19	52	1.59
2266682--2266756	24	3.1	24	78	0	87	40	18	16	25	1.91
2266731--2267005	87	3.2	87	76	3	230	40	18	18	21	1.91
2266760--2267012	87	2.9	86	75	4	247	40	18	19	21	1.92
2266836--2267215	196	1.9	196	82	3	469	40	18	19	22	1.92
2267014--2267180	87	1.9	87	85	4	230	40	20	19	20	1.92
2267029--2267208	87	2.1	87	81	2	209	39	18	18	22	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2267545--2267626	41	2.0	41	85	0	110	36	14	17	31	1.90
2267818--2268102	32	8.8	32	80	6	295	34	13	19	32	1.91
2267818--2268100	65	4.4	64	78	11	306	34	13	19	32	1.91
2267817--2268099	98	2.9	98	82	6	360	34	13	19	31	1.91
2268887--2268963	32	2.4	33	82	8	95	9	20	1	68	1.24
2273729--2273805	38	2.0	38	92	0	127	40	2	27	29	1.70
2276000--2276112	16	7.4	15	76	8	95	20	1	30	46	1.61
2276000--2276087	29	2.9	29	78	8	95	19	1	31	47	1.57
2276032--2276129	31	3.1	31	72	13	76	20	3	28	47	1.65
2276389--2276426	3	12.7	3	100	0	76	34	0	0	65	0.93
2281086--2281138	16	3.4	16	80	12	65	32	0	0	67	0.91
2281132--2281176	20	2.2	20	92	4	72	48	2	0	48	1.13
2282071--2282132	24	2.4	25	77	15	65	24	8	0	67	1.17
2283493--2283596	53	2.0	53	96	0	190	32	15	23	28	1.95
2284360--2284406	24	1.9	24	86	4	67	36	2	0	61	1.08
2286720--2286791	36	2.0	36	94	0	126	29	12	9	48	1.73
2292707--2292752	23	1.9	24	82	8	58	41	2	6	50	1.40
2299027--2299061	17	2.1	17	89	10	54	62	2	0	34	1.10
2301163--2301199	18	2.1	18	100	0	74	32	0	0	67	0.91
2301217--2301255	13	3.1	13	81	3	53	56	0	0	43	0.99
2301268--2301326	30	1.9	32	86	6	86	50	11	1	35	1.49
2301895--2301929	15	2.5	13	90	9	52	71	5	0	22	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2306555--2306584	15	2.0	15	93	0	51	0	23	0	76	0.78
2319379--2319422	13	3.5	13	84	12	65	22	0	0	77	0.77
2319972--2319996	12	2.1	12	100	0	50	60	0	0	40	0.97
2319972--2320013	19	2.2	19	86	0	57	59	0	0	40	0.97
2320692--2320806	58	2.0	57	93	3	196	48	10	7	33	1.66
2323109--2323184	32	2.4	30	79	14	80	63	0	0	36	0.95
2323119--2323188	34	2.1	32	82	10	79	61	0	0	38	0.96
2323668--2323716	22	2.3	22	89	3	73	48	0	0	51	1.00
2324459--2324505	20	2.3	21	78	14	62	29	2	0	68	1.02
2325784--2326049	133	2.0	133	91	2	428	26	11	20	41	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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