genome.fa.s223.2.7.7.80.10.50.1000.49.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168048.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_3, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33276047

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8217870--8217938	34	2.0	34	88	0	102	31	15	28	23	1.95
8222828--8222886	25	2.4	25	83	10	70	66	3	5	25	1.28
8223210--8223539	110	3.0	110	95	0	597	29	17	12	41	1.85
8225457--8225509	18	3.0	17	72	8	52	41	0	3	54	1.18
8225616--8225655	20	1.9	22	85	10	57	52	2	2	42	1.28
8228577--8228619	21	2.0	21	95	0	77	16	16	9	58	1.63
8229199--8231003	161	11.3	160	77	5	1212	43	14	8	33	1.76
8229348--8231003	321	5.2	314	77	7	995	43	14	8	33	1.75
8229348--8231003	639	2.6	639	75	7	1509	43	14	8	33	1.75
8229349--8231003	479	3.4	477	77	7	1553	43	14	8	33	1.75
8232287--8232329	20	2.3	19	84	11	54	11	2	39	46	1.53
8232390--8232543	15	10.8	14	68	15	57	24	4	25	45	1.72
8232457--8232518	15	3.9	15	89	6	88	25	6	22	45	1.76
8232474--8232545	29	2.5	29	80	8	83	25	8	23	43	1.81
8232476--8232545	15	4.9	14	87	1	77	22	8	24	44	1.81
8233601--8233639	21	1.9	20	89	5	60	23	23	17	35	1.95
8240213--8240263	21	2.4	21	100	0	102	23	27	21	27	1.99
8240393--8240530	75	1.9	74	83	4	179	36	18	17	27	1.94
8242539--8242596	10	5.8	10	82	8	55	34	13	17	34	1.89
8243221--8243306	33	2.6	33	72	17	88	40	20	13	24	1.89
8243370--8243450	30	2.6	31	83	11	112	50	22	7	19	1.72
8243424--8243606	68	2.7	68	74	9	160	49	19	11	20	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8243650--8243744	33	3.0	31	77	14	97	48	18	9	23	1.77
8243697--8243859	57	2.9	58	79	3	179	45	22	12	19	1.84
8244035--8244067	11	3.0	11	100	0	66	45	0	18	36	1.49
8246860--8246898	13	2.9	14	88	11	55	5	12	0	82	0.83
8246861--8246900	12	3.2	12	89	6	62	5	12	0	82	0.82
8247461--8247535	36	2.1	36	87	0	105	22	13	16	48	1.80
8247572--8247605	10	3.4	10	91	0	59	0	11	0	88	0.52
8248295--8248696	144	2.8	142	81	6	459	30	15	12	41	1.84
8252681--8252766	37	2.3	37	77	0	91	39	13	17	29	1.88
8253937--8253981	16	2.8	16	89	3	63	13	6	2	77	1.05
8253886--8254026	76	1.9	74	85	11	198	31	7	7	53	1.57
8256541--8256584	23	1.9	23	81	9	54	13	6	18	61	1.54
8257504--8257533	15	1.9	16	93	6	53	80	0	13	6	0.91
8260291--8260344	24	2.2	24	78	15	58	20	11	9	59	1.59
8267441--8267481	18	2.2	20	86	8	59	7	12	7	73	1.25
8277053--8277096	22	2.0	21	91	8	70	40	0	25	34	1.56
8282883--8282935	23	2.4	22	78	9	54	33	1	1	62	1.17
8283350--8283410	19	3.3	19	74	23	67	27	3	1	67	1.16
8283814--8283885	20	3.5	20	70	18	58	34	4	5	55	1.42
8283339--8283954	218	2.9	213	76	8	568	31	8	5	55	1.53
8283400--8285203	899	2.0	894	80	5	1980	31	10	5	51	1.60
8284968--8285501	217	2.5	215	76	8	470	31	8	5	53	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8285413--8285460	19	2.6	18	84	12	62	22	0	4	72	1.01
8287819--8287860	21	2.0	20	86	4	57	52	2	7	38	1.42
8287817--8287862	20	2.3	19	82	10	56	56	2	6	34	1.37
8288645--8288669	10	2.5	10	100	0	50	52	8	0	40	1.31
8288625--8288670	22	2.0	23	83	4	58	47	6	0	45	1.28
8289410--8289466	26	2.2	26	93	0	96	42	15	5	36	1.70
8289952--8289980	13	2.2	13	100	0	58	31	31	17	20	1.96
8290765--8290813	18	2.7	18	85	14	66	77	2	2	18	0.96
8291616--8291744	28	4.2	31	64	21	83	71	0	5	22	1.11
8291577--8291694	43	2.8	44	74	16	113	68	2	5	22	1.24
8291577--8291745	87	1.9	91	84	4	229	68	2	5	23	1.22
8291623--8291703	25	3.2	25	72	11	76	72	1	4	20	1.10
8291670--8291740	37	2.0	35	88	5	106	70	0	2	26	1.01
8291623--8291743	43	2.7	44	76	12	122	71	0	4	23	1.08
8291657--8291743	6	13.0	6	76	19	59	72	0	2	25	0.96
8292010--8292124	41	2.8	41	88	1	160	40	20	14	25	1.90
8292186--8292292	41	2.6	41	79	7	101	45	14	12	27	1.81
8291959--8292256	41	7.3	41	73	10	155	39	20	14	25	1.90
8292569--8292673	43	2.4	44	78	12	117	34	17	11	37	1.85
8295942--8296868	493	1.9	490	90	3	1468	46	9	2	41	1.52
8300750--8300792	10	4.1	10	81	6	50	58	0	0	41	0.98
8300750--8300792	21	2.0	21	86	8	61	58	0	0	41	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8301814--8301874	30	2.0	30	93	0	104	32	6	21	39	1.79
8304164--8304317	84	1.8	84	83	1	202	31	9	20	39	1.83
8305214--8305580	183	2.0	183	95	2	666	34	11	16	38	1.84
8311772--8311823	22	2.4	23	71	12	56	59	0	1	38	1.08
8311874--8311957	8	10.4	8	72	12	55	52	1	1	45	1.16
8311872--8311956	32	2.6	32	87	7	127	51	1	1	45	1.16
8311884--8311948	25	2.6	25	80	7	69	49	1	1	47	1.20
8313638--8313696	22	2.9	19	81	16	73	79	6	5	8	1.04
8313644--8313696	23	2.5	20	81	9	61	81	7	5	5	1.00
8314269--8314314	18	2.8	16	81	12	56	60	2	2	34	1.21
8314649--8314703	19	2.7	21	83	8	69	40	1	3	54	1.28
8314649--8314703	20	2.7	21	86	8	69	40	1	3	54	1.28
8314841--8314903	9	6.9	9	83	1	81	33	0	3	63	1.10
8314815--8314903	27	3.2	28	83	10	87	35	1	2	60	1.16
8315540--8315570	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
8316914--8317018	50	2.1	52	90	3	169	52	0	4	42	1.22
8317096--8317134	18	2.2	17	86	9	51	23	10	0	66	1.22
8317415--8317445	11	2.8	11	95	0	53	22	0	0	77	0.77
8317800--8317824	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
8318606--8318667	16	4.0	15	71	8	61	46	1	0	51	1.10
8318709--8318763	18	2.8	20	75	13	60	43	0	0	56	0.99
8318847--8318880	17	1.9	18	88	5	52	50	2	2	44	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8323110--8323166	24	2.3	24	80	14	71	36	1	0	61	1.07
8324491--8324545	28	2.0	28	89	6	87	34	10	10	43	1.75
8324850--8324878	13	2.1	14	93	6	51	79	6	0	13	0.93
8324874--8324974	10	10.2	10	70	10	55	52	8	1	36	1.44
8324864--8324974	19	5.7	19	73	13	66	54	9	1	35	1.43
8324879--8324937	20	2.9	21	82	2	75	49	13	1	35	1.52
8324913--8324974	29	2.1	29	82	5	72	53	4	1	40	1.32
8325005--8325048	12	3.7	13	80	17	51	70	9	0	20	1.14
8325010--8325058	22	2.2	23	85	3	64	67	6	0	26	1.14
8325035--8325079	19	2.3	20	85	11	58	57	8	0	33	1.30
8325147--8325202	8	6.5	8	83	8	58	55	3	1	39	1.28
8325146--8325256	10	11.8	9	77	16	93	53	3	3	39	1.36
8325316--8325369	18	3.1	18	79	15	60	35	0	1	62	1.06
8325325--8325368	17	2.7	16	82	13	54	34	0	0	65	0.93
8325331--8325367	16	2.3	16	90	9	58	37	0	0	62	0.96
8325372--8325440	19	3.7	19	71	13	63	44	1	2	50	1.25
8325383--8325469	35	2.4	36	79	12	90	42	2	2	52	1.26
8325453--8325493	19	2.2	18	86	4	55	36	0	4	58	1.20
8325460--8325512	19	2.7	19	77	11	54	37	0	7	54	1.29
8325557--8325596	21	2.0	21	85	9	57	50	0	0	50	1.00
8325614--8325799	10	18.8	10	69	10	89	39	2	4	53	1.35
8325681--8325719	9	4.4	9	83	6	53	43	2	2	51	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8325681--8325719	17	2.2	18	90	4	62	43	2	2	51	1.29
8325556--8325812	20	13.1	19	69	15	114	42	2	4	50	1.36
8325559--8325813	19	13.0	19	68	13	99	42	2	4	50	1.36
8325976--8326026	11	4.6	11	79	13	52	29	3	5	60	1.38
8327069--8327231	7	25.6	7	68	18	81	19	1	34	45	1.58
8327069--8327231	18	8.6	19	73	14	97	19	1	34	45	1.58
8327250--8327331	26	3.2	26	89	3	112	13	4	40	41	1.66
8328269--8328319	21	2.3	22	87	12	70	54	0	19	25	1.44
8329329--8329377	20	2.5	20	86	6	55	24	10	18	46	1.79
8329341--8329386	10	4.6	10	84	10	67	26	10	17	45	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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