genome.fa.s223.2.7.7.80.10.50.1000.52.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168048.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_3, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33276047

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8568030--8568067	18	2.2	18	85	4	51	2	5	10	81	0.94
8576693--8577107	207	2.0	207	98	0	805	19	19	33	28	1.96
8577741--8577807	22	3.0	21	80	12	73	44	1	1	52	1.19
8577906--8577941	16	2.3	15	90	4	54	38	0	0	61	0.96
8579032--8579064	15	2.2	15	94	0	57	45	3	0	51	1.16
8579070--8579321	138	1.8	137	87	6	377	46	4	6	42	1.49
8581573--8581615	20	2.1	20	86	4	59	48	4	13	32	1.63
8581984--8582032	21	2.4	20	86	3	62	40	8	10	40	1.69
8582183--8582221	20	2.0	20	94	0	69	56	10	0	33	1.33
8585827--8585873	20	2.3	20	81	3	58	46	0	14	38	1.45
8587423--8587455	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
8589417--8589493	38	2.0	38	87	5	111	29	9	28	32	1.88
8593873--8593938	25	2.6	25	97	0	123	60	16	0	22	1.35
8593887--8594012	59	2.2	59	84	4	157	55	22	2	19	1.54
8594480--8594562	16	5.2	16	79	5	96	37	2	12	48	1.54
8596504--8596537	14	2.5	13	90	4	50	55	0	0	44	0.99
8599184--8599231	10	5.2	10	76	16	50	0	18	2	79	0.84
8601091--8603399	462	5.0	462	96	0	4181	32	12	17	37	1.88
8614528--8614562	16	2.2	16	94	0	61	34	17	11	37	1.85
8620162--8621183	514	2.0	506	97	1	1927	37	18	8	35	1.80
8621363--8621532	89	1.9	89	87	0	250	34	11	13	40	1.80
8623349--8623408	25	2.4	25	82	0	66	48	31	0	20	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8623478--8623521	20	2.2	20	83	0	52	47	29	0	22	1.51
8623538--8623592	21	2.7	21	80	8	60	47	21	3	27	1.68
8623637--8623696	28	2.1	30	84	6	79	43	40	0	16	1.48
8630969--8631014	23	2.0	24	86	4	67	34	4	0	60	1.16
8631035--8631117	3	27.7	3	87	4	114	31	2	0	66	1.05
8631628--8631748	64	1.9	64	91	0	197	38	18	19	24	1.93
8632932--8632976	20	2.2	19	85	14	63	24	0	0	75	0.80
8632933--8632969	17	2.1	18	90	5	58	27	0	0	72	0.84
8632943--8632979	11	3.4	11	92	7	58	24	0	0	75	0.80
8632903--8632987	11	8.4	10	70	21	54	23	2	1	72	1.03
8632903--8632986	21	4.2	18	75	15	69	23	2	1	72	1.03
8633317--8633363	14	3.4	14	80	14	53	12	0	12	74	1.07
8633326--8633383	20	2.9	19	75	10	62	5	0	13	81	0.86
8633664--8633769	32	3.3	32	82	0	122	36	13	11	38	1.80
8633636--8633782	64	2.4	59	79	7	150	35	12	14	38	1.83
8635129--8635200	29	2.5	28	82	8	83	4	18	2	75	1.09
8636429--8636466	10	3.9	10	79	6	51	5	10	0	84	0.77
8640202--8640253	27	2.0	27	84	3	70	69	9	1	19	1.26
8646500--8646557	20	2.8	20	78	2	71	10	10	29	50	1.70
8646500--8646576	20	3.8	19	81	8	66	11	9	29	49	1.70
8646554--8646614	25	2.4	25	83	8	70	11	8	27	52	1.66
8646567--8646614	13	3.8	12	83	8	60	10	8	29	52	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8646837--8646886	20	2.6	18	87	6	64	42	4	2	52	1.31
8647099--8647143	3	15.0	3	100	0	90	66	0	0	33	0.92
8650888--8651066	73	2.5	73	78	2	182	35	20	18	24	1.95
8667731--8667787	22	2.5	23	82	2	80	38	19	21	21	1.93
8667934--8667971	9	4.2	9	80	12	51	28	0	0	71	0.87
8667937--8668003	18	3.9	17	74	20	59	29	1	1	67	1.09
8670639--8670756	57	2.1	57	88	3	175	20	17	13	48	1.81
8670638--8670734	30	3.3	30	68	23	89	20	17	12	49	1.79
8670722--8670875	35	4.4	35	82	3	193	22	13	9	54	1.68
8670722--8670875	71	2.2	70	82	4	184	22	13	9	54	1.68
8671474--8671790	142	2.2	145	82	4	374	35	10	12	41	1.78
8673790--8673836	21	2.3	20	82	10	60	53	31	2	12	1.51
8676743--8676780	15	2.4	16	83	16	53	50	2	10	36	1.51
8677156--8677181	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
8681411--8681540	30	4.4	29	77	12	108	20	0	30	48	1.50
8681411--8681589	30	6.1	31	74	13	107	22	0	29	47	1.52
8681416--8681603	58	3.2	56	75	15	159	22	0	30	46	1.56
8681471--8681677	15	13.8	14	66	13	58	20	0	29	49	1.53
8681471--8681582	29	3.9	29	71	12	88	22	0	28	49	1.50
8681611--8681669	7	7.6	8	77	19	54	20	0	23	55	1.43
8682052--8682098	17	2.8	17	81	9	60	72	6	0	21	1.07
8682743--8682785	17	2.5	17	85	7	61	0	9	9	81	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8683088--8683140	21	2.6	21	88	5	74	41	0	0	58	0.98
8683396--8683562	88	1.9	88	87	1	246	41	21	18	18	1.91
8683484--8683797	110	2.9	110	81	2	364	38	18	20	23	1.93
8683594--8684050	198	2.3	198	80	5	501	39	16	20	23	1.91
8683700--8683872	88	2.0	88	80	4	197	39	16	20	23	1.92
8683782--8683982	110	1.8	110	82	2	260	39	16	21	22	1.92
8683316--8683995	308	2.2	307	80	3	760	38	18	20	22	1.93
8683899--8684255	88	4.1	88	78	5	373	41	15	20	22	1.90
8684369--8684412	22	2.0	22	95	0	79	36	20	18	25	1.95
8684162--8684419	133	1.9	133	85	4	351	40	18	18	22	1.91
8684295--8684749	110	4.1	110	81	5	542	39	18	19	22	1.93
8684295--8684749	220	2.1	220	86	4	625	39	18	19	22	1.93
8684705--8684772	23	3.0	23	86	2	93	30	23	23	22	1.99
8684601--8684882	133	2.1	133	90	0	431	37	17	21	23	1.94
8684516--8684992	243	2.0	242	85	2	643	38	18	20	22	1.94
8684760--8685190	218	2.0	219	83	4	557	38	18	20	21	1.93
8684721--8685190	110	4.3	110	82	4	527	38	19	20	21	1.94
8686793--8686825	15	2.1	16	94	5	59	18	0	3	78	0.87
8689539--8689579	21	1.9	22	85	5	57	24	14	7	53	1.66
8693843--8694000	58	2.7	56	79	12	142	20	1	31	47	1.58
8693843--8693971	30	4.4	29	73	13	97	20	1	29	48	1.59
8693898--8694168	16	17.8	14	69	15	69	19	1	30	48	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8693960--8694167	15	13.4	15	71	16	77	18	1	32	48	1.57
8693868--8694019	58	2.6	57	78	9	155	21	1	30	46	1.59
8694027--8694168	16	8.9	16	79	3	135	16	1	31	50	1.53
8694083--8694159	7	10.0	7	74	18	64	16	1	27	54	1.50
8694551--8694597	17	2.8	17	81	9	60	72	6	0	21	1.07
8695227--8695269	18	2.5	17	82	17	54	2	6	6	83	0.88
8695563--8695608	15	3.0	16	78	6	51	32	0	0	67	0.91
8695567--8695623	24	2.5	24	88	8	84	40	0	0	59	0.97
8695596--8695625	15	2.0	15	93	0	51	50	0	0	50	1.00
8698336--8698383	20	2.5	19	83	6	62	27	6	0	66	1.15
8699683--8700196	49	10.5	48	85	7	660	35	23	14	26	1.93
8704267--8704292	11	2.4	11	100	0	52	23	0	7	69	1.14
8704266--8704294	11	2.5	12	88	11	51	24	0	6	68	1.13
8705312--8705336	4	6.2	4	100	0	50	52	0	0	48	1.00
8705409--8705447	21	2.0	21	85	10	55	38	5	5	51	1.46
8705420--8705472	21	2.3	23	81	9	65	39	3	1	54	1.29
8705466--8705504	18	2.2	18	90	0	60	33	5	7	53	1.51
8705489--8705517	14	2.1	14	93	6	51	37	6	6	48	1.57
8713073--8713135	8	7.9	8	77	19	69	74	0	11	14	1.07
8713067--8713135	17	4.2	17	78	17	74	73	0	11	14	1.09
8713074--8713132	23	2.5	23	83	10	75	74	0	11	13	1.07
8713678--8713782	51	2.1	51	90	0	165	28	12	11	47	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8726367--8726407	21	2.0	21	85	0	55	41	9	7	41	1.66
8729423--8729640	7	33.5	6	68	19	77	47	35	0	15	1.52
8729423--8729626	13	16.1	13	68	14	68	48	35	0	15	1.52
8729414--8729637	33	6.9	33	70	16	105	46	37	0	15	1.52
8729423--8729640	26	8.4	27	77	12	149	47	35	0	15	1.52
8729543--8729635	12	7.9	12	72	20	63	49	37	0	12	1.41
8729522--8729646	19	6.8	19	68	22	63	48	36	0	13	1.48
8740563--8740612	20	2.4	22	76	10	59	14	14	8	64	1.50
8740568--8740618	19	2.6	20	79	11	61	15	9	7	66	1.43
8742983--8743015	15	2.2	15	89	10	50	78	0	3	18	0.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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