genome.fa.s223.2.7.7.80.10.50.1000.39.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168048.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_3, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33276047

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   

This is table  39  of  190  ( 22769 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6738835--6738969	65	2.1	65	91	0	216	37	13	18	30	1.89
6739047--6739130	18	4.7	18	72	16	59	23	2	1	72	1.03
6739071--6739095	11	2.3	11	100	0	50	24	0	0	76	0.80
6739045--6739167	15	7.8	15	68	16	54	25	3	1	69	1.12
6739126--6739168	7	6.0	7	81	13	52	27	4	2	65	1.25
6739132--6739168	13	2.6	15	91	8	60	29	5	0	64	1.15
6739045--6739197	8	18.6	8	68	20	61	26	3	1	69	1.12
6739187--6739228	12	3.5	12	87	9	59	2	14	0	83	0.75
6739187--6739226	19	2.1	19	86	9	55	2	12	0	85	0.71
6739178--6739238	24	2.5	24	78	7	70	9	11	1	77	1.07
6739240--6739296	26	2.2	26	87	0	78	31	5	1	61	1.28
6739234--6739308	26	2.8	25	73	18	62	32	4	2	61	1.28
6739525--6739560	18	2.0	18	100	0	72	27	27	5	38	1.79
6739566--6739611	23	2.0	23	100	0	92	47	21	21	8	1.77
6740295--6740347	20	2.9	17	75	21	54	16	3	0	79	0.88
6740381--6740731	59	5.9	59	78	10	369	44	6	11	37	1.67
6740370--6740767	59	6.8	57	76	13	348	44	7	11	36	1.69
6740380--6740767	117	3.3	117	88	3	550	43	6	11	37	1.68
6748361--6748495	65	2.1	65	91	0	216	37	13	18	30	1.89
6748582--6748717	24	5.7	25	69	18	78	27	3	1	66	1.17
6748572--6748648	24	3.5	22	75	19	63	22	2	1	74	1.02
6748652--6748688	13	2.6	15	91	8	60	29	5	0	64	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6748608--6748664	22	2.7	21	76	15	55	26	3	1	68	1.15
6748719--6748754	12	3.1	11	92	8	54	0	13	0	86	0.58
6748762--6748821	26	2.4	25	85	2	84	31	5	1	61	1.27
6748762--6748833	26	2.8	25	76	14	74	31	4	2	61	1.29
6749048--6749083	18	2.0	18	100	0	72	27	27	5	38	1.79
6749089--6749134	23	2.0	23	100	0	92	47	21	21	8	1.77
6749818--6749867	17	2.8	17	80	17	57	16	4	0	80	0.87
6749890--6750262	112	3.3	111	88	7	558	45	6	11	36	1.67
6749891--6750268	55	6.8	56	85	9	488	44	6	11	36	1.68
6754136--6754194	19	3.1	19	79	18	68	83	0	13	3	0.78
6754155--6754186	13	2.6	12	90	9	55	90	0	9	0	0.45
6754136--6754183	17	2.9	16	81	15	53	85	0	12	2	0.69
6754149--6754186	9	4.1	9	86	6	58	89	0	10	0	0.49
6755415--6755473	22	2.7	22	86	5	75	37	8	20	33	1.83
6755656--6755764	43	2.5	42	79	10	121	37	11	16	34	1.84
6756046--6756415	42	8.8	42	88	2	498	25	16	20	37	1.93
6756034--6756415	83	4.6	83	85	5	493	25	16	19	37	1.92
6756047--6756403	125	2.8	123	89	3	552	25	16	19	38	1.92
6756430--6756466	11	3.5	11	89	10	51	83	13	0	2	0.74
6756439--6756485	19	2.5	19	85	0	58	82	8	2	6	0.90
6756491--6756600	46	2.5	44	88	4	159	20	13	24	41	1.88
6756785--6756838	7	8.3	7	74	13	53	25	1	1	70	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6756794--6756852	12	4.6	13	77	10	59	25	5	0	69	1.09
6756848--6756890	7	6.0	7	81	13	52	27	4	2	65	1.25
6756854--6756890	13	2.6	15	91	8	60	29	5	0	64	1.15
6756968--6757022	26	2.1	26	86	0	74	30	5	1	61	1.29
6756978--6757036	26	2.3	27	80	14	70	28	5	3	62	1.32
6757027--6757063	10	3.3	12	78	21	53	27	0	5	67	1.12
6757094--6757131	19	2.0	20	85	10	53	23	2	2	71	1.12
6757104--6757153	19	2.7	18	82	17	59	16	2	4	78	1.00
6757958--6757996	12	3.2	13	82	10	55	20	0	0	79	0.73
6758014--6758064	18	2.8	19	85	11	63	15	3	0	80	0.86
6758014--6758070	14	4.1	14	76	17	57	15	5	0	78	0.91
6758082--6758367	116	2.4	115	90	4	430	44	8	12	34	1.72
6758088--6758367	59	4.8	57	82	8	341	43	8	12	35	1.72
6763856--6763890	16	2.2	16	94	0	61	42	11	14	31	1.81
6778975--6779109	43	3.1	43	80	2	146	30	13	14	41	1.84
6778975--6779136	86	1.9	85	81	6	193	27	12	18	40	1.87
6780499--6780533	4	8.8	4	87	0	52	22	2	0	74	0.95
6782331--6782364	11	3.2	10	91	8	50	64	0	0	35	0.94
6782328--6782382	17	3.1	17	78	5	56	70	0	1	27	0.97
6783992--6784098	46	2.3	47	83	1	135	39	19	10	30	1.85
6784190--6784358	59	2.8	60	80	3	182	26	21	15	36	1.93
6786428--6786496	32	2.2	32	81	5	86	14	5	7	72	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6790321--6790377	27	2.1	27	90	0	87	22	12	15	49	1.78
6797270--6797295	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
6803289--6803381	6	14.5	6	74	20	73	76	4	2	17	1.05
6803347--6803389	19	2.3	19	87	0	59	81	6	2	9	0.95
6806292--6806343	26	2.0	26	96	0	95	44	17	3	34	1.67
6810333--6810405	17	4.1	18	72	15	62	45	1	1	52	1.18
6810836--6810861	12	2.2	12	100	0	52	76	0	23	0	0.78
6813210--6813254	22	2.0	22	82	4	54	35	2	6	55	1.38
6817941--6817983	17	2.6	16	78	10	50	69	6	4	18	1.29
6818139--6818177	20	2.0	20	94	0	69	56	5	12	25	1.57
6820336--6820381	12	3.7	13	75	18	53	63	13	0	23	1.30
6820927--6821102	64	2.7	64	81	6	203	39	12	9	38	1.75
6821053--6821331	124	2.2	126	89	5	429	41	10	13	34	1.78
6820927--6821328	64	6.3	62	71	17	197	40	10	11	36	1.77
6821243--6821405	90	1.8	89	88	6	249	39	14	12	33	1.84
6829731--6829779	1	49.0	1	81	0	53	2	6	2	89	0.62
6829722--6829767	23	2.0	23	82	0	56	4	10	0	84	0.75
6829731--6829782	17	3.0	17	85	2	68	1	7	1	88	0.66
6829731--6829779	23	2.1	23	85	7	64	2	6	2	89	0.62
6830145--6830192	7	6.6	7	81	15	53	2	12	0	85	0.69
6830145--6830184	17	2.4	16	84	8	53	0	12	0	87	0.54
6830158--6830200	11	4.0	11	90	3	70	2	9	0	88	0.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6830158--6830200	22	2.0	22	95	4	79	2	9	0	88	0.60
6830937--6830976	3	13.3	3	89	10	64	30	0	0	70	0.88
6834183--6834271	21	4.2	20	77	5	79	39	6	6	47	1.57
6834183--6834271	42	2.1	42	83	4	108	39	6	6	47	1.57
6834606--6835324	22	32.4	22	67	12	114	38	10	6	44	1.64
6834701--6834785	45	1.9	44	83	7	109	38	9	5	45	1.61
6834916--6834956	21	1.9	22	90	5	66	43	12	0	43	1.41
6835049--6835137	43	2.0	44	82	6	110	39	13	6	40	1.71
6835049--6835105	21	2.6	22	78	13	64	40	12	5	42	1.65
6835118--6835271	44	3.5	43	76	14	136	39	9	5	44	1.61
6835214--6835301	33	2.7	32	75	16	90	40	7	4	46	1.53
6835614--6835659	22	2.1	22	87	0	65	41	6	6	45	1.56
6835676--6835739	22	2.9	22	88	0	92	35	6	12	45	1.67
6835851--6835935	22	3.9	22	77	9	75	37	9	7	45	1.64
6835919--6835958	19	2.1	19	85	0	53	40	10	5	45	1.60
6835945--6836200	22	11.7	22	67	6	92	34	9	5	50	1.58
6835938--6836052	44	2.6	44	78	5	126	34	8	3	53	1.49
6836216--6836308	44	2.1	43	80	7	107	39	7	4	48	1.51
6836235--6836343	44	2.5	44	81	0	119	35	8	5	50	1.56
6836437--6836497	22	2.8	22	73	14	54	39	9	3	47	1.53
6836570--6836606	2	18.5	2	94	0	65	45	2	0	51	1.15
6838679--6838782	52	2.0	52	86	0	145	29	21	6	42	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6840182--6840227	17	2.7	17	86	0	65	45	0	2	52	1.13
6842205--6842288	29	2.9	29	76	13	68	45	0	2	52	1.13
6842244--6842297	27	2.0	27	82	13	67	44	0	5	50	1.25
6854271--6854374	33	3.2	33	85	6	124	45	9	20	25	1.81
6854361--6854515	34	4.6	34	72	7	111	50	10	14	25	1.74
6856006--6856046	14	2.9	14	82	10	57	4	12	2	80	0.97
6859519--6859565	11	4.7	10	80	15	53	2	6	2	89	0.63
6859519--6859565	20	2.3	20	86	10	69	2	6	2	89	0.63
6859519--6859567	25	2.0	25	88	8	73	4	6	2	87	0.72
6859782--6859834	28	2.0	28	85	7	74	56	3	0	39	1.17

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190