genome.fa.s223.2.7.7.80.10.50.1000.17.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168048.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_3, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33276047

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2337675--2337715	13	3.2	13	82	0	55	60	0	0	39	0.96
2337641--2337721	33	2.5	32	74	7	83	58	2	0	39	1.12
2340971--2341002	15	2.1	15	94	0	55	46	0	0	53	1.00
2343950--2343980	16	2.0	15	93	6	53	38	0	0	61	0.96
2343996--2344042	21	2.1	22	81	14	53	61	0	2	36	1.08
2351437--2351480	6	7.2	6	82	12	54	79	0	2	18	0.83
2367718--2367765	18	2.7	18	70	0	51	8	20	0	70	1.12
2389767--2389811	21	2.1	21	88	8	65	51	0	2	46	1.13
2389766--2389813	22	2.2	21	82	10	62	50	0	2	47	1.12
2389803--2389907	31	3.3	31	76	10	88	49	0	0	49	1.07
2389800--2389891	20	4.4	20	70	16	71	52	0	0	47	1.00
2390834--2390858	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
2391835--2391870	18	1.9	18	88	5	54	16	5	16	61	1.53
2392425--2392455	11	2.8	11	90	0	53	19	0	25	54	1.44
2392480--2392636	52	3.0	50	86	7	190	40	8	25	25	1.83
2394801--2394912	39	2.9	38	78	13	122	46	2	0	50	1.21
2394958--2395018	24	2.3	29	81	16	78	29	6	3	60	1.38
2394997--2395053	28	2.0	29	83	10	73	42	5	0	52	1.24
2411823--2411863	8	5.2	8	85	2	57	58	0	0	41	0.98
2411827--2411878	26	2.1	24	85	7	68	59	0	0	40	0.97
2416981--2417033	28	2.0	26	85	7	70	22	5	7	64	1.41
2426181--2426238	27	2.1	28	84	9	75	31	1	1	65	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2427102--2427167	32	2.1	32	85	0	87	40	3	1	54	1.25
2427486--2427544	29	2.0	29	100	0	118	20	23	3	52	1.61
2427888--2427942	15	3.7	16	77	22	66	30	0	0	69	0.89
2431918--2432010	47	1.9	49	89	4	145	38	18	15	27	1.90
2433960--2434017	21	2.6	21	82	15	64	50	1	0	48	1.11
2435286--2435336	21	2.4	21	83	0	66	33	0	5	60	1.21
2435853--2435878	12	2.2	12	100	0	52	34	0	0	65	0.93
2436545--2436606	32	2.0	32	90	3	99	48	0	6	45	1.28
2448252--2448345	26	3.8	24	78	12	82	57	0	1	41	1.06
2448277--2448344	35	2.0	34	88	2	100	61	0	0	38	0.96
2448790--2448848	30	2.0	28	87	6	82	61	3	0	35	1.13
2452812--2452966	78	2.0	78	96	0	283	37	11	16	34	1.85
2453779--2453820	22	1.9	22	90	0	66	45	9	11	33	1.73
2457595--2457642	22	2.2	22	78	17	55	22	2	2	72	1.05
2457606--2457639	18	1.9	17	88	5	50	23	0	2	73	0.97
2458067--2458101	15	2.3	15	95	0	61	74	5	0	20	1.02
2458336--2458386	21	2.4	21	72	18	52	39	1	0	58	1.09
2458945--2458979	11	3.2	11	91	0	52	42	2	2	51	1.31
2459483--2459533	19	2.7	18	80	14	59	45	1	0	52	1.12
2470102--2470158	25	2.3	25	78	3	62	33	3	0	63	1.12
2470141--2470188	12	3.9	12	81	5	60	31	0	4	64	1.12
2470146--2470195	20	2.5	20	76	0	55	32	0	6	62	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2471658--2471693	15	2.4	15	90	0	63	52	0	0	47	1.00
2478913--2478946	15	2.4	14	90	5	50	44	2	0	52	1.16
2478933--2479004	29	2.4	30	76	2	83	55	0	1	43	1.08
2484495--2484561	34	2.0	34	87	0	98	20	13	22	43	1.87
2486431--2486481	20	2.6	20	72	9	52	49	0	0	50	1.00
2486431--2486505	39	1.9	38	81	7	89	46	0	0	53	1.00
2489538--2489594	30	1.9	30	86	13	82	49	1	0	49	1.11
2489518--2489619	37	2.8	37	78	15	88	53	1	0	44	1.11
2489561--2489633	37	2.0	37	81	10	87	58	1	0	39	1.06
2489985--2490062	11	7.1	11	70	11	52	39	0	5	55	1.22
2490176--2490211	20	1.9	20	88	11	58	69	0	0	30	0.89
2499233--2499272	18	2.3	18	82	4	55	57	2	10	30	1.45
2499307--2499405	31	3.5	30	72	21	79	57	1	1	40	1.12
2502425--2502459	14	2.4	15	95	4	63	82	0	0	17	0.66
2502530--2502574	23	2.0	23	86	8	65	60	0	0	40	0.97
2502675--2502718	24	1.9	22	86	9	61	31	0	2	65	1.05
2503575--2503624	20	2.5	19	81	9	55	32	0	4	64	1.12
2504049--2504088	21	1.9	21	89	0	62	65	0	0	35	0.93
2504261--2504307	24	2.0	24	82	0	58	36	4	8	51	1.52
2504292--2504335	11	3.8	11	81	6	52	47	0	2	50	1.13
2504522--2504572	26	1.9	27	84	4	68	50	9	3	35	1.54
2512305--2512333	15	1.9	15	100	0	58	79	0	0	20	0.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2512339--2512379	20	2.1	19	95	4	73	56	0	0	43	0.99
2512429--2512473	23	2.0	23	82	8	56	60	2	0	37	1.09
2514168--2514213	24	1.9	24	90	0	74	32	2	8	56	1.42
2514365--2514405	13	3.2	13	82	0	55	60	0	0	39	0.96
2517392--2517939	275	2.0	276	91	0	891	28	14	15	41	1.86
2521510--2521534	12	2.1	12	100	0	50	24	8	32	36	1.84
2531261--2531672	58	7.1	56	80	9	339	37	11	6	44	1.68
2531579--2531703	30	4.2	30	72	19	100	44	7	7	41	1.59
2531257--2531672	176	2.4	170	80	8	462	37	11	6	43	1.68
2531642--2531693	16	3.4	16	73	10	63	34	5	9	50	1.59
2531580--2531759	88	2.0	88	91	0	288	42	8	7	41	1.64
2531650--2531700	16	3.3	16	72	10	61	43	7	11	37	1.71
2531528--2531795	146	1.8	146	91	0	446	38	11	7	43	1.68
2531668--2531795	58	2.2	58	90	0	211	39	11	6	42	1.67
2531812--2531930	5	23.8	5	77	16	81	73	2	1	22	1.05
2531806--2531870	16	4.0	16	77	16	62	75	0	4	20	0.98
2531822--2531875	26	2.1	26	90	10	85	77	0	3	18	0.91
2532716--2532775	17	3.6	17	86	10	72	71	1	6	20	1.17
2532732--2532858	27	4.7	27	75	16	97	68	0	5	25	1.11
2532767--2532814	19	2.5	19	78	18	55	68	0	4	27	1.07
2533052--2533105	1	54.0	1	77	0	54	1	1	7	88	0.64
2533051--2533108	21	2.8	21	87	12	84	1	3	8	86	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2533061--2533117	26	2.2	26	84	6	71	7	1	10	80	0.96
2533124--2533714	42	14.1	41	81	8	478	39	20	14	25	1.91
2533124--2533714	83	7.1	83	80	8	443	39	20	14	25	1.91
2533169--2533602	125	3.5	122	81	8	446	38	19	14	26	1.91
2535381--2535433	20	2.7	20	88	8	81	11	9	0	79	0.94
2535422--2535454	15	2.4	14	85	14	50	9	15	0	75	1.03
2539410--2539739	58	5.7	57	83	4	394	36	13	5	43	1.69
2539410--2539739	116	2.9	114	86	6	466	36	13	5	43	1.69
2539518--2539606	28	3.1	28	63	22	67	35	13	6	43	1.70
2539410--2539738	174	1.9	172	84	6	441	37	13	5	43	1.69
2539751--2539892	13	10.6	13	64	19	51	71	2	2	22	1.12
2539756--2539814	19	3.2	18	75	20	50	77	0	5	16	0.93
2539751--2539814	9	6.6	9	77	13	56	76	0	6	17	0.98
2540742--2540837	17	5.6	17	77	14	83	69	1	5	23	1.15
2540726--2540789	21	3.3	19	75	18	60	68	1	6	23	1.21
2540756--2540865	30	3.6	29	77	18	91	70	0	4	24	1.12
2540743--2540837	27	3.6	26	79	11	77	69	1	5	24	1.15
2542976--2543055	31	2.7	32	83	9	98	56	1	8	33	1.38
2543145--2543188	18	2.4	19	85	7	56	25	9	6	59	1.53
2546677--2546726	26	2.0	26	92	4	84	32	0	0	68	0.90
2546681--2546729	6	9.0	6	80	14	54	32	0	0	67	0.91
2546671--2546730	18	3.3	17	80	19	68	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2546720--2546765	19	2.3	21	88	7	69	47	0	0	52	1.00
2547652--2547686	13	2.7	13	90	0	52	48	0	0	51	1.00
2561926--2562009	44	1.9	44	97	0	159	45	11	14	28	1.80
2562556--2562580	8	3.1	8	100	0	50	0	24	0	76	0.80
2564029--2564057	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2565557--2565988	217	2.0	216	94	1	749	30	13	5	50	1.64
2581151--2581234	44	1.9	44	97	0	159	45	11	14	28	1.80
2581785--2581809	8	3.1	8	100	0	50	0	24	0	76	0.80
2584780--2585214	219	2.0	217	93	1	737	30	13	5	51	1.63
2586287--2586326	5	8.0	5	91	8	64	60	0	2	37	1.11

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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