genome.fa.s223.2.7.7.80.10.50.1000.148.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168048.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_3, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33276047

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24010338--24010401	24	2.6	24	77	2	65	50	12	4	32	1.61
24010504--24010629	23	5.6	22	73	9	110	41	14	8	35	1.77
24010493--24010629	68	2.0	68	94	0	238	39	13	9	37	1.78
24010498--24010644	68	2.2	68	88	0	231	40	14	10	35	1.80
24010546--24010790	108	2.3	108	79	9	277	42	16	7	33	1.76
24010658--24010708	23	2.3	22	83	6	66	43	9	7	39	1.67
24010729--24010859	37	3.5	37	87	5	190	45	19	3	32	1.66
24010806--24010932	61	2.1	61	89	4	195	42	15	7	33	1.76
24011425--24011530	50	2.2	47	88	6	151	38	12	15	33	1.84
24011443--24011546	50	2.1	50	92	0	172	41	12	10	35	1.78
24012571--24012634	32	2.0	32	82	11	78	6	17	1	75	1.09
24013852--24014328	135	3.5	134	87	4	652	49	15	9	25	1.74
24013852--24014336	134	3.6	133	86	5	632	49	15	9	25	1.75
24015343--24015405	33	1.9	33	83	3	83	52	11	6	30	1.61
24015369--24015408	20	2.0	21	85	5	55	57	7	5	30	1.48
24015468--24015497	9	3.4	9	90	9	53	76	0	0	23	0.78
24021254--24021293	9	4.3	9	84	15	55	87	0	5	7	0.66
24021254--24021293	19	2.1	19	86	9	55	87	0	5	7	0.66
24022573--24022607	9	4.0	9	88	7	54	77	0	2	20	0.90
24022573--24022607	17	2.1	17	94	0	61	77	0	2	20	0.90
24022949--24022993	3	15.0	3	100	0	90	66	0	0	33	0.92
24025026--24025072	13	3.6	13	75	11	51	53	19	6	21	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24024998--24025046	21	2.3	20	77	16	55	48	26	6	18	1.71
24025020--24025084	26	2.5	26	69	18	62	53	21	4	20	1.63
24025232--24025275	23	1.9	23	86	9	63	72	0	2	25	0.96
24025229--24025275	8	6.0	8	76	14	53	72	0	2	25	0.96
24026198--24026320	52	2.3	52	86	6	160	29	11	13	45	1.79
24026200--24026272	9	8.3	9	69	24	50	32	10	10	45	1.74
24026200--24026320	17	6.9	18	72	12	90	29	11	13	45	1.78
24026330--24026365	18	2.0	18	100	0	72	22	11	27	38	1.88
24037003--24037077	33	2.3	32	86	2	96	30	12	16	41	1.84
24037397--24037434	3	13.3	3	83	10	53	28	0	2	68	1.03
24045752--24045801	24	2.1	24	100	0	100	40	20	18	22	1.92
24047922--24047978	30	1.9	30	85	0	78	45	0	1	52	1.11
24047951--24048001	21	2.5	22	90	9	81	49	0	0	50	1.00
24050518--24050814	39	7.6	39	76	6	287	25	10	20	43	1.84
24050510--24050839	78	4.2	79	85	4	427	27	11	19	42	1.85
24050510--24050839	157	2.1	157	91	1	536	27	11	19	42	1.85
24050818--24050858	19	2.2	19	100	0	82	39	14	12	34	1.84
24050697--24050976	137	2.0	136	82	4	339	27	11	20	40	1.86
24050851--24051094	39	6.2	39	77	2	229	25	9	20	44	1.82
24050742--24050936	98	2.0	96	83	7	243	28	12	18	40	1.87
24050664--24050991	176	1.9	176	88	4	500	26	11	19	42	1.86
24050843--24051069	118	1.9	117	84	2	303	25	11	18	44	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24052287--24052372	16	5.6	14	71	15	55	74	3	4	17	1.13
24052465--24052509	17	2.6	17	92	0	72	82	0	0	17	0.68
24052666--24052696	10	3.0	10	95	4	53	77	3	0	19	0.90
24056634--24056686	27	2.0	27	100	0	106	24	18	30	26	1.98
24061212--24061320	51	2.1	51	88	6	159	32	23	9	34	1.87
24066534--24066600	31	2.2	31	89	5	100	41	16	7	34	1.76
24068203--24068240	16	2.4	16	87	12	53	23	7	0	68	1.16
24068496--24068524	15	2.0	15	93	6	51	6	0	44	48	1.29
24068519--24068582	30	2.2	30	85	2	85	23	0	26	50	1.50
24068458--24068567	51	2.2	50	81	6	123	18	0	33	48	1.48
24070417--24070699	131	2.1	134	86	4	394	46	13	16	23	1.82
24070714--24070801	48	1.9	47	82	11	112	52	14	15	17	1.75
24070583--24071196	173	3.6	171	88	5	798	46	14	17	21	1.84
24071265--24071303	19	2.2	16	86	13	51	56	7	12	23	1.62
24071240--24071624	109	3.5	109	81	3	454	47	12	18	22	1.81
24071541--24071660	36	3.2	36	81	8	107	48	10	18	23	1.78
24071586--24071660	36	2.1	37	89	2	116	46	12	18	22	1.82
24071477--24071769	146	2.0	145	88	3	428	47	12	19	21	1.81
24071350--24071856	255	2.0	256	86	3	709	46	12	18	21	1.82
24071688--24071976	38	7.9	35	69	10	125	48	12	19	19	1.80
24071606--24072033	109	3.9	109	90	0	617	47	12	19	20	1.81
24071262--24071988	364	2.0	363	88	1	1082	47	12	18	20	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24076488--24076526	20	2.0	20	85	10	53	38	23	20	17	1.93
24076857--24077010	11	14.2	11	71	20	60	17	3	3	75	1.09
24076856--24076907	4	12.8	4	76	11	52	17	1	1	78	0.93
24076930--24076987	17	3.4	17	72	13	57	13	5	1	79	0.98
24076942--24077010	26	2.6	25	70	20	52	14	4	1	79	0.95
24076865--24077000	12	10.7	12	69	18	71	17	3	3	75	1.10
24077037--24077365	59	5.7	56	82	10	412	45	6	12	34	1.70
24077020--24077365	118	3.0	119	89	7	525	45	7	12	34	1.69
24082413--24082656	41	5.9	41	91	4	400	20	18	24	37	1.94
24082642--24082670	14	2.1	14	100	0	58	13	20	31	34	1.92
24082600--24082711	55	2.0	55	93	5	190	19	17	25	36	1.94
24082559--24082753	97	2.0	97	94	0	345	21	17	24	36	1.95
24082656--24082961	165	1.9	165	90	4	492	22	16	24	36	1.94
24082656--24082961	40	7.4	41	89	3	456	22	16	24	36	1.94
24082656--24082961	82	3.7	82	89	6	458	22	16	24	36	1.94
24082968--24083024	1	57.0	1	76	0	51	87	8	1	1	0.68
24082971--24083021	8	5.9	8	80	15	57	86	9	1	1	0.73
24082967--24083021	18	3.0	19	78	7	60	85	9	1	3	0.79
24082968--24083021	28	2.0	27	88	3	81	87	9	1	1	0.71
24082968--24083027	20	3.1	19	86	9	77	86	10	1	1	0.71
24083400--24083500	26	3.8	25	75	15	71	21	4	3	69	1.24
24083416--24083476	24	2.5	24	79	12	70	21	4	3	70	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24083962--24084000	20	2.0	20	94	0	69	38	28	20	12	1.89
24084314--24084367	27	2.0	28	85	10	76	14	5	1	77	1.03
24084313--24084381	11	5.7	12	73	17	54	15	4	1	78	0.98
24084401--24084632	116	2.0	120	90	4	373	45	8	12	34	1.72
24084401--24084632	60	3.9	60	86	7	339	45	8	12	34	1.72
24094103--24094130	10	2.8	10	100	0	56	7	7	0	85	0.73
24094595--24094632	18	2.1	18	95	0	67	36	15	18	28	1.92
24095090--24095190	10	10.0	10	73	12	64	55	4	1	37	1.33
24095081--24095105	12	2.1	12	100	0	50	68	0	0	32	0.90
24095129--24095202	10	7.1	10	73	14	60	48	1	2	47	1.24
24097225--24097330	50	2.2	49	81	5	117	26	8	5	59	1.49
24097802--24097850	24	2.0	25	84	4	64	40	10	4	44	1.57
24098443--24098468	10	2.6	10	100	0	52	38	7	11	42	1.70
24098919--24099331	44	9.4	43	74	6	233	43	15	13	27	1.85
24099003--24099331	86	3.8	86	76	5	243	43	14	14	27	1.85
24100631--24100675	7	6.6	7	85	14	67	22	0	0	77	0.76
24111678--24111751	13	5.3	14	72	16	64	72	2	2	21	1.09
24111710--24111793	10	8.4	10	74	12	57	66	4	0	28	1.12
24111673--24111793	33	3.6	33	81	13	122	68	3	1	26	1.14
24111679--24111793	18	6.7	18	73	21	95	67	3	1	26	1.16
24111673--24111776	8	12.5	8	75	17	52	70	2	1	25	1.12
24113787--24113811	3	8.3	3	100	0	50	64	0	0	36	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24114110--24114166	20	2.9	19	84	5	78	40	29	14	15	1.87
24114159--24114218	32	1.9	31	83	10	77	50	18	5	26	1.67
24118148--24118212	3	22.3	3	84	9	82	69	1	1	27	1.07
24126198--24126241	10	4.3	10	88	5	52	81	0	18	0	0.68
24126198--24126247	18	2.7	18	82	14	50	82	2	16	0	0.77
24126733--24126775	18	2.4	18	76	7	52	76	16	4	2	1.05
24127123--24127157	17	2.1	17	89	10	54	71	0	0	28	0.86
24127174--24127244	34	2.1	32	87	10	97	66	4	1	28	1.19
24129048--24129158	18	6.3	18	69	17	72	32	6	27	33	1.82
24129048--24129158	36	3.2	35	69	15	95	32	6	27	33	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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