genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.126.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68311261

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  126  of  226  ( 27070 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38945488--38946008	46	11.6	46	79	10	431	27	0	24	47	1.59
38945606--38946008	23	17.8	23	78	10	393	27	0	23	48	1.56
38945586--38946000	136	3.1	136	84	6	492	26	0	24	48	1.56
38946060--38946316	25	10.9	25	69	18	185	46	14	0	39	1.45
38946033--38946326	70	4.3	70	95	1	515	47	13	0	38	1.44
38947416--38947441	7	3.7	7	100	0	52	57	15	0	26	1.38
38948636--38948672	11	3.4	11	96	0	65	54	0	27	18	1.44
38950019--38950366	26	13.6	25	70	15	153	58	4	6	30	1.43
38949999--38950206	50	4.0	54	73	10	157	58	5	5	30	1.44
38949998--38950374	52	7.4	50	72	11	187	59	5	5	29	1.42
38950237--38950362	25	4.8	27	77	11	104	61	2	5	30	1.32
38951738--38952081	26	13.6	25	71	14	172	59	4	5	30	1.39
38951719--38951903	50	3.7	52	76	8	152	61	4	5	28	1.37
38954061--38954097	19	1.9	19	94	0	65	51	2	0	45	1.15
38954135--38954161	10	2.7	10	100	0	54	33	0	0	66	0.92
38954784--38954819	13	2.8	13	88	12	56	75	0	25	0	0.81
38958195--38958219	12	2.1	12	100	0	50	56	16	8	20	1.65
39082925--39082985	25	2.4	25	86	0	86	24	22	19	32	1.97
39115431--39115954	128	4.1	128	94	2	881	34	19	13	32	1.90
39124766--39124801	17	2.1	17	100	0	72	50	16	11	22	1.77
39129769--39129973	27	7.6	27	85	3	250	26	15	27	30	1.96
39144867--39144908	17	2.5	17	100	0	84	23	35	23	16	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39146896--39146941	17	2.8	16	87	12	67	17	4	2	76	1.06
39148776--39148854	30	2.6	30	83	4	86	22	34	26	16	1.95
39151184--39151350	20	8.3	20	83	0	172	39	23	26	10	1.87
39153025--39153054	12	2.5	12	94	0	51	6	30	40	23	1.80
39161675--39161713	21	1.9	19	90	10	60	30	5	7	56	1.49
39168267--39168346	28	2.6	31	79	16	87	25	25	23	26	2.00
39168679--39168738	27	2.2	27	87	0	84	18	13	30	38	1.89
39168688--39168804	27	4.3	27	83	6	103	17	14	23	45	1.85
39168701--39168804	54	1.9	54	84	0	136	16	13	24	46	1.83
39169864--39169980	27	4.3	27	80	0	117	21	17	18	41	1.90
39169864--39169980	54	2.2	54	83	6	148	21	17	18	41	1.90
39173565--39173605	19	2.2	19	91	8	66	21	43	0	34	1.53
39176461--39176493	12	2.5	14	90	9	52	72	6	15	6	1.24
39176471--39176520	21	2.6	19	87	9	66	74	2	20	4	1.08
39182711--39182763	19	2.8	18	83	11	54	16	0	5	77	0.96
39185485--39186332	422	2.0	422	95	0	1527	34	19	12	33	1.89
39196266--39196431	27	6.1	27	87	0	224	40	24	16	18	1.90
39196795--39196991	28	7.0	28	90	0	295	22	18	24	34	1.96
39198781--39198847	28	2.4	28	87	5	91	52	11	7	28	1.65
39201912--39202008	6	15.7	6	68	10	61	70	3	19	7	1.25
39201912--39201966	18	3.1	18	86	0	83	70	5	18	5	1.26
39201906--39202039	30	4.6	30	71	5	96	67	2	19	11	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39201963--39201995	14	2.2	16	89	10	52	69	0	24	6	1.10
39201996--39202030	18	1.9	18	88	11	54	57	0	20	22	1.41
39203968--39204024	19	2.9	19	80	10	62	21	22	17	38	1.93
39207776--39207810	16	2.2	16	90	10	54	51	2	17	28	1.59
39210069--39210104	18	2.0	18	94	0	63	52	16	5	25	1.65
39212095--39212164	37	1.9	36	82	8	88	52	5	0	41	1.25
39213439--39213473	17	2.1	17	94	0	61	71	8	5	14	1.29
39236212--39236252	17	2.5	16	88	7	64	26	0	19	53	1.45
39236223--39236261	19	2.2	17	86	9	51	23	2	20	53	1.57
39237000--39237138	46	3.0	46	93	0	224	34	8	27	29	1.87
39239120--39239607	40	12.2	40	94	0	744	23	20	29	26	1.99
39243160--39243576	96	4.4	94	92	3	636	32	8	29	29	1.87
39243160--39243576	47	8.7	47	93	3	699	32	8	29	29	1.87
39243695--39243773	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
39248238--39248267	15	2.0	15	100	0	60	40	6	33	20	1.78
39254135--39254162	8	3.5	8	100	0	56	64	0	0	35	0.94
39254526--39254550	13	1.9	13	100	0	50	40	16	4	40	1.67
39256145--39256170	12	2.2	12	100	0	52	15	15	23	46	1.83
39256177--39256291	40	2.9	40	86	1	169	31	20	24	23	1.98
39256350--39256763	41	10.1	41	84	3	512	22	19	28	29	1.98
39256966--39257019	7	7.6	7	81	4	63	18	0	31	50	1.48
39256911--39257105	14	13.6	14	68	13	85	20	2	31	45	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39257414--39257462	21	2.3	20	86	10	71	24	0	46	28	1.53
39257407--39257484	14	5.5	14	82	11	79	26	0	39	33	1.57
39257407--39257479	28	2.6	27	82	8	92	26	0	39	34	1.56
39257429--39257492	22	3.0	22	81	2	67	29	1	35	32	1.67
39260880--39260966	43	2.0	43	84	4	113	32	10	12	44	1.76
39261380--39261539	86	1.9	86	84	7	218	28	13	28	29	1.94
39261385--39261559	43	4.1	42	84	10	187	25	14	29	29	1.95
39264181--39264241	25	2.6	22	76	10	59	42	0	3	54	1.17
39264217--39264255	16	2.6	15	84	11	53	43	0	0	56	0.99
39267683--39267819	66	2.1	66	98	0	265	29	18	10	41	1.84
39267811--39267865	28	2.0	28	89	7	85	56	1	9	32	1.41
39267875--39267937	21	3.0	21	76	6	65	68	0	17	14	1.22
39269127--39269170	20	2.2	20	84	8	54	6	13	0	79	0.92
39269834--39269869	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
39274750--39274783	9	3.8	9	92	0	59	88	2	0	8	0.62
39274751--39274788	9	4.3	9	86	6	51	84	7	0	7	0.79
39276977--39277114	44	3.2	43	70	11	127	27	22	25	24	2.00
39276931--39277172	88	2.8	88	91	2	371	29	23	22	23	1.99
39276931--39277260	88	3.8	86	83	6	362	30	23	22	23	1.99
39277374--39278017	46	14.6	46	68	16	202	30	19	21	28	1.97
39277379--39277796	221	1.9	220	89	2	651	30	19	21	29	1.97
39277643--39277940	129	2.3	128	87	1	418	30	18	21	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39277992--39278275	129	2.2	129	91	1	444	29	19	20	29	1.97
39277419--39278298	349	2.5	349	96	0	1616	30	19	21	28	1.97
39279076--39279119	20	2.2	20	84	8	54	6	13	0	79	0.92
39284040--39284065	13	2.0	13	100	0	52	38	7	7	46	1.61
39285614--39285850	51	4.6	51	78	10	275	24	16	27	31	1.96
39285614--39285852	104	2.3	102	83	7	288	24	16	28	31	1.96
39290358--39290387	15	2.0	15	100	0	60	40	13	20	26	1.89
39299049--39299181	50	2.6	51	78	3	151	35	13	12	39	1.82
39301801--39301856	22	2.5	21	86	11	76	1	21	1	75	0.99
39302529--39302577	20	2.5	20	96	0	89	53	18	12	16	1.73
39305068--39305165	48	2.0	48	100	0	196	26	15	26	31	1.96
39307649--39307690	21	2.0	21	95	0	75	33	26	4	35	1.77
39311505--39311562	21	2.8	19	75	10	53	63	0	24	12	1.28
39313371--39313512	51	2.8	50	88	2	214	28	14	13	42	1.84
39326388--39326480	45	2.1	45	97	0	177	51	3	18	26	1.61
39326399--39326471	24	3.2	24	62	18	64	49	4	17	28	1.65
39330008--39330063	28	1.9	30	82	7	71	42	25	1	30	1.65
39331188--39331266	37	2.1	37	92	0	131	26	29	18	25	1.98
39331385--39331993	47	12.7	47	95	1	986	29	29	8	32	1.87
39331385--39331993	143	4.2	141	93	3	986	29	29	8	32	1.87
39331440--39331993	290	1.9	286	94	3	875	29	29	8	32	1.86
39339395--39339491	40	2.5	39	76	8	99	39	16	30	13	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39349879--39349909	7	4.4	7	100	0	62	48	38	0	12	1.42
39353963--39354017	22	2.5	22	84	0	74	32	7	16	43	1.75
39354772--39354810	20	2.0	20	89	0	60	17	20	30	30	1.96
39369618--39369678	29	2.1	29	100	0	122	37	18	19	24	1.94
39380067--39380105	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
39380331--39380429	23	4.3	23	87	5	137	22	19	27	31	1.98
39385086--39385158	27	2.7	27	78	6	85	12	13	38	35	1.83
39400780--39400891	50	2.2	50	82	0	134	25	21	21	31	1.98
39400780--39400909	25	5.2	25	77	2	111	26	21	20	31	1.98
39423031--39423073	18	2.4	18	88	0	59	9	13	6	69	1.35

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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