genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.200.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68311261

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  200  of  226  ( 27070 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59969020--59969051	16	2.0	17	88	11	50	15	0	28	56	1.40
59969013--59969076	22	2.9	21	81	9	74	18	0	28	53	1.45
59969108--59969149	21	2.0	21	86	9	59	30	0	26	42	1.55
59969157--59969233	21	3.6	21	82	1	82	20	0	25	53	1.46
59969151--59969212	28	2.2	28	85	5	81	22	0	25	51	1.48
59969202--59969247	15	3.0	16	84	6	60	19	0	26	54	1.44
59969225--59969286	27	2.3	27	88	0	88	19	0	33	46	1.50
59969272--59969298	6	4.5	6	100	0	54	14	0	48	37	1.45
59969003--59969292	138	2.1	139	81	6	356	22	0	29	48	1.51
59969240--59969332	40	2.4	39	89	5	134	20	0	36	43	1.52
59969225--59969367	67	2.2	66	81	7	157	20	0	33	44	1.57
59969272--59969365	32	2.9	33	81	12	113	21	1	36	41	1.60
59970812--59970849	20	1.9	20	84	10	51	57	7	0	34	1.28
59971871--59971914	12	3.8	12	80	19	58	43	0	29	27	1.55
59973470--59973520	24	2.1	25	96	3	95	27	13	21	37	1.91
59974047--59974101	23	2.3	23	81	9	67	65	1	1	30	1.13
59974051--59974090	8	5.3	7	85	14	53	65	2	0	32	1.06
59974051--59974097	16	3.1	15	87	9	60	63	2	2	31	1.18
59974047--59974097	8	6.5	8	84	8	52	64	1	1	31	1.15
59974209--59974265	19	2.8	20	73	7	62	56	5	7	31	1.49
59974238--59974457	25	9.0	25	72	13	129	56	4	5	33	1.42
59974935--59975098	30	5.5	30	85	1	197	20	3	48	27	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59975954--59976016	14	4.5	14	82	7	74	60	4	14	20	1.52
59976070--59976104	14	2.5	14	90	0	52	60	5	20	14	1.54
59975983--59976175	85	2.2	87	85	5	257	39	18	17	24	1.92
59976268--59976326	14	4.2	14	84	0	64	64	3	11	20	1.41
59976309--59977075	77	10.1	74	79	12	675	33	19	18	28	1.95
59976461--59976623	86	1.9	87	92	2	274	31	20	20	26	1.98
59976735--59977074	72	4.7	73	80	9	392	32	18	16	32	1.94
59976727--59977454	74	9.7	73	74	14	518	32	20	16	29	1.95
59976312--59977454	226	5.0	224	79	12	1176	33	20	17	28	1.96
59985765--59985812	16	3.1	15	90	6	69	64	2	2	31	1.16
59985761--59985816	24	2.3	24	81	6	69	66	1	1	30	1.12
59985761--59985812	8	6.5	8	82	8	61	65	1	1	30	1.14
59985925--59985979	19	2.8	20	70	8	60	56	5	7	30	1.49
59985958--59986022	25	2.8	24	83	6	80	52	6	7	33	1.55
59986044--59986177	25	5.6	25	68	15	77	57	2	4	35	1.34
59986011--59986084	33	2.3	33	81	6	82	59	4	4	32	1.35
59985993--59986112	27	4.5	27	69	16	70	55	4	6	33	1.45
59986663--59986825	30	5.4	30	88	1	213	22	3	47	26	1.68
59987649--59987690	16	2.6	16	78	14	50	30	2	7	59	1.37
59995886--59995921	16	2.2	16	90	9	56	27	0	2	69	1.02
60011004--60011064	32	1.9	32	93	0	104	21	32	0	45	1.52
60013764--60013804	19	2.1	20	86	4	57	34	17	12	36	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60019626--60019686	29	2.1	29	81	0	68	37	18	18	26	1.93
60020037--60020071	11	3.1	11	88	8	52	48	2	0	48	1.16
60021457--60021521	29	2.3	29	84	12	82	44	3	3	49	1.33
60025866--60025910	21	2.3	18	88	11	63	55	2	4	37	1.32
60029282--60029338	23	2.6	21	78	10	69	50	8	14	26	1.71
60034074--60034109	19	1.9	19	94	5	65	27	22	19	30	1.98
60040760--60040797	19	2.0	19	94	0	67	5	7	15	71	1.28
60046742--60046793	26	2.0	26	88	7	79	73	1	3	21	1.10
60046788--60046851	18	3.3	20	76	12	62	56	0	1	42	1.09
60047160--60047211	20	2.5	22	82	14	67	23	3	0	73	1.00
60047294--60047659	91	4.0	92	86	4	499	31	8	22	36	1.84
60048502--60048558	17	3.2	17	79	16	62	40	0	5	54	1.23
60060959--60061001	21	2.0	21	95	0	77	32	16	13	37	1.88
60068263--60068304	19	2.3	18	84	12	50	71	7	4	16	1.26
60070419--60070446	14	2.0	14	100	0	56	14	28	14	42	1.84
60076138--60076211	29	2.5	29	86	8	96	50	13	13	22	1.77
60081771--60081925	53	2.9	53	83	7	147	29	27	0	41	1.61
60081801--60081925	53	2.4	52	86	6	164	29	28	0	41	1.62
60087445--60087543	40	2.5	40	85	4	121	33	22	24	20	1.97
60087607--60087766	41	3.9	41	86	1	194	25	20	25	28	1.99
60087607--60087804	83	2.4	81	78	6	193	24	20	24	30	1.98
60088402--60088475	29	2.5	29	91	2	112	27	0	28	44	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60094802--60094841	21	1.9	21	84	0	53	35	17	10	37	1.83
60097126--60097160	17	2.0	18	94	5	63	28	5	8	57	1.52
60099428--60099470	21	2.0	21	95	0	77	9	20	25	44	1.81
60102469--60102518	21	2.4	21	86	6	66	40	0	18	42	1.50
60103082--60103142	25	2.5	24	78	5	68	16	26	22	34	1.95
60110658--60110723	16	3.7	18	70	12	55	33	0	9	57	1.30
60110658--60110730	18	4.1	17	71	15	58	36	0	8	54	1.30
60110700--60110742	19	2.3	18	80	4	50	32	0	6	60	1.23
60114152--60114202	25	2.0	25	96	0	93	70	7	9	11	1.33
60117285--60117318	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
60120114--60120154	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
60122060--60122093	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
60123314--60123404	42	2.2	42	86	2	121	47	18	4	29	1.68
60123422--60123461	19	2.2	18	95	4	71	42	15	2	40	1.60
60151310--60151410	11	9.5	11	67	22	56	40	1	0	57	1.10
60151295--60151420	41	3.3	41	74	23	141	36	1	0	61	1.05
60151303--60151378	31	2.4	32	93	6	136	38	2	0	59	1.12
60151321--60151426	31	3.4	31	82	10	101	39	1	0	58	1.09
60151367--60151400	17	2.0	17	88	0	50	35	0	0	64	0.94
60151390--60151447	22	2.6	21	76	10	62	46	0	0	53	1.00
60151890--60151943	27	2.0	27	88	0	81	33	1	1	62	1.16
60151898--60151951	27	2.0	27	85	3	74	38	0	0	61	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60152960--60152992	2	17.0	2	93	6	59	48	0	0	51	1.00
60173082--60173166	28	3.1	28	73	8	75	31	24	15	28	1.95
60174788--60174846	18	3.1	18	73	17	57	54	1	0	44	1.10
60175285--60175432	57	2.6	58	75	18	139	54	2	0	42	1.14
60175709--60175870	77	2.1	77	98	0	315	41	9	6	41	1.65
60178507--60178540	17	1.9	18	94	5	61	23	20	8	47	1.78
60189547--60189572	13	2.0	13	100	0	52	30	15	7	46	1.74
60193478--60193514	13	2.9	13	88	11	51	24	0	8	67	1.17
60193884--60193923	17	2.4	16	91	4	62	85	2	2	10	0.80
60202804--60202844	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
60215979--60216014	15	2.5	14	86	8	54	44	8	0	47	1.33
60238558--60238603	21	2.3	20	78	14	51	30	6	17	45	1.73
60247431--60247599	87	2.0	86	89	3	259	27	13	17	42	1.86
60259815--60259852	17	2.2	18	86	9	53	34	7	5	52	1.53
60260045--60260084	20	2.0	21	90	5	64	42	0	7	50	1.30
60268801--60268832	13	2.5	13	94	0	55	50	3	6	40	1.43
60269570--60269609	19	2.1	19	95	0	71	35	20	7	37	1.81
60275795--60275841	3	15.0	3	84	8	58	29	2	4	63	1.25
60275960--60276020	27	2.2	27	85	2	77	32	4	4	57	1.41
60277620--60277651	16	2.0	16	100	0	64	25	25	18	31	1.98
60282469--60282586	50	2.4	50	83	0	146	24	22	24	28	1.99
60282665--60283148	50	9.7	50	64	4	188	32	20	21	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60282675--60283181	100	5.1	100	88	1	678	32	20	21	25	1.98
60283020--60283181	50	3.2	50	67	13	127	33	17	20	27	1.96
60283189--60283312	45	2.8	45	89	0	176	28	23	25	23	2.00
60284747--60284782	3	12.0	3	87	0	54	33	2	0	63	1.08
60288156--60288195	20	2.0	21	90	5	64	40	2	7	50	1.44
60293736--60293856	18	7.2	18	72	14	105	28	23	14	33	1.94
60293736--60293856	47	2.4	50	85	8	158	28	23	14	33	1.94
60301267--60301297	16	1.9	16	93	0	53	6	3	22	67	1.28
60302628--60302675	16	3.2	15	82	8	53	37	2	0	60	1.09
60305455--60305647	66	2.8	69	77	9	205	60	2	7	30	1.37

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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