genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68311261

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  1  of  226  ( 27070 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1775--1905	25	5.4	23	83	9	99	38	22	25	14	1.92
1799--1905	25	4.3	25	91	1	171	37	23	24	14	1.93
2891--2927	16	2.3	16	95	0	65	59	0	0	40	0.97
2890--2921	8	4.0	8	91	0	55	59	0	0	40	0.97
11353--11483	28	4.8	27	73	10	97	60	18	3	18	1.49
11316--11462	28	5.4	27	73	12	79	58	17	4	20	1.54
11353--11462	27	4.1	25	75	9	76	60	19	3	17	1.51
11464--11622	28	5.7	28	74	11	130	52	17	11	18	1.73
11477--11624	56	2.6	56	74	12	144	51	17	12	18	1.76
11755--11854	28	3.7	27	76	9	98	58	15	3	24	1.51
11856--11936	29	2.8	28	83	10	110	49	11	14	24	1.76
13182--13250	34	2.0	34	94	0	120	43	15	8	31	1.78
18668--18693	6	4.3	6	100	0	52	84	0	0	15	0.62
18741--18770	12	2.5	12	94	0	51	3	6	16	73	1.18
18754--18800	20	2.3	21	82	14	62	2	10	19	68	1.30
18743--18802	32	1.9	31	86	3	84	3	10	18	68	1.32
19258--19360	34	3.0	34	94	0	188	44	18	9	27	1.81
22076--22132	23	2.5	23	91	2	89	40	21	8	29	1.83
26291--26379	47	1.9	46	90	2	142	40	14	23	21	1.90
27003--27037	6	5.8	6	93	0	52	62	0	20	17	1.32
36434--36479	24	1.9	24	90	0	74	23	28	13	34	1.92
38681--38741	30	2.0	30	83	0	77	37	4	24	32	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39103--39276	75	2.3	75	94	0	303	20	20	27	31	1.97
39138--39274	42	3.5	41	75	17	155	21	18	27	32	1.97
39178--39378	102	2.0	102	92	0	339	20	21	28	29	1.98
39073--39412	177	1.9	177	95	0	608	20	20	28	30	1.98
56529--56588	30	2.0	30	83	0	75	48	5	10	36	1.59
56685--56974	119	2.4	122	87	4	444	44	2	4	48	1.34
56918--56954	19	2.0	19	85	15	51	45	0	0	54	1.00
57119--57209	45	2.0	45	82	2	112	36	28	7	27	1.84
57190--57258	16	4.2	16	94	3	120	37	36	0	26	1.57
57190--57258	33	2.1	32	94	2	120	37	36	0	26	1.57
57734--57791	30	1.9	30	83	13	75	43	5	1	50	1.35
68945--68997	13	4.1	13	85	0	79	35	28	7	28	1.84
70432--70474	2	21.5	2	100	0	86	0	0	48	51	1.00
75191--75627	224	2.0	217	90	4	687	39	13	12	34	1.83
88131--88170	20	2.0	20	100	0	80	30	20	10	40	1.85
88477--88532	4	13.8	4	78	10	51	0	25	3	71	1.02
88480--88551	9	7.8	9	73	16	58	1	25	2	70	1.08
88468--88551	24	3.6	23	77	15	84	1	27	2	69	1.09
90425--90456	3	11.0	3	93	6	57	31	0	0	68	0.90
93654--93765	50	2.2	50	84	6	138	35	24	20	19	1.96
114611--114648	17	2.2	18	85	4	51	10	23	2	63	1.39
118081--118323	118	2.0	119	97	2	461	25	21	17	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123699--123808	22	4.6	24	83	11	122	40	18	23	17	1.90
123705--123796	22	4.0	22	83	12	123	41	18	23	16	1.90
124670--124711	4	10.2	4	84	5	57	0	28	0	71	0.86
124669--124705	17	2.2	17	95	0	65	0	24	0	75	0.80
124777--124809	11	3.2	11	87	12	52	63	0	0	36	0.95
131354--131379	6	4.3	6	100	0	52	15	15	69	0	1.20
141580--141604	5	5.0	5	100	0	50	0	40	0	60	0.97
146929--146989	31	2.0	31	83	6	79	34	11	11	42	1.77
149225--149329	51	2.1	51	100	0	210	33	15	9	41	1.79
154980--155008	4	7.2	4	100	0	58	48	24	0	27	1.51
171395--171424	1	30.0	1	100	0	60	100	0	0	0	0.00
172656--172904	87	2.9	88	85	4	319	31	23	21	23	1.98
172658--172911	86	2.9	88	85	4	320	31	23	22	23	1.99
172928--173168	46	5.5	46	72	11	191	31	20	19	28	1.97
172971--173082	43	2.6	43	82	5	127	32	19	20	27	1.97
172925--173169	87	2.8	86	72	11	250	31	20	20	27	1.97
173254--173367	46	2.6	45	82	9	128	29	23	22	23	1.99
173953--174002	22	2.2	22	82	3	55	42	10	20	28	1.84
174842--174896	15	3.8	15	81	13	62	30	0	0	69	0.89
174844--174907	22	2.9	23	84	9	80	35	0	0	64	0.94
174872--175006	2	73.5	2	69	21	82	42	3	0	52	1.24
174892--175006	11	10.6	11	71	15	64	44	4	0	50	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
174894--174972	15	5.3	15	81	9	63	43	6	1	49	1.36
174873--175007	36	3.8	37	70	15	106	42	3	0	52	1.24
174930--175021	35	2.6	34	80	13	89	42	3	0	54	1.16
174852--175007	9	17.4	9	69	22	89	41	3	0	55	1.21
175115--175169	22	2.4	23	75	6	58	25	7	7	60	1.49
180546--180598	13	4.1	13	75	0	61	35	26	9	28	1.87
200762--200803	2	21.0	2	100	0	84	50	0	50	0	1.00
220893--220929	11	3.4	11	88	0	56	54	0	0	45	1.00
220900--220986	24	3.6	25	87	6	117	55	0	2	42	1.12
230924--230985	29	2.1	30	84	3	81	33	17	11	37	1.86
235635--235659	9	2.8	9	100	0	50	0	12	68	20	1.21
245832--245884	23	2.3	23	87	3	81	35	0	0	64	0.94
250965--250999	18	1.9	18	88	0	52	25	5	0	68	1.11
261658--261684	14	1.9	14	100	0	54	51	3	0	44	1.19
267529--267661	67	2.0	67	98	0	257	25	14	18	42	1.88
306434--306463	4	7.5	4	100	0	60	0	23	0	76	0.78
313044--313090	5	9.4	5	84	9	60	34	4	23	38	1.74
314304--314342	21	1.9	20	89	5	60	48	0	0	51	1.00
314630--314663	16	2.1	16	94	0	59	44	5	14	35	1.70
316144--316191	16	2.9	16	72	6	51	35	4	4	56	1.38
324301--324388	30	2.9	30	91	0	140	34	35	3	27	1.74
324580--324620	11	3.7	11	84	12	57	21	48	0	29	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
327236--327357	10	11.9	11	66	28	65	40	0	0	59	1.03
327204--327294	30	3.1	30	80	10	98	38	3	0	58	1.15
327206--327309	40	2.6	39	84	15	133	35	2	0	61	1.11
327195--327344	70	2.1	69	90	6	230	37	2	0	60	1.08
327247--327340	29	3.1	29	88	8	127	36	1	0	62	1.02
327276--327357	42	2.0	40	83	11	103	40	1	0	58	1.06
328224--328290	34	1.9	35	87	3	100	31	5	14	47	1.69
329898--329943	22	2.1	22	95	0	83	34	0	43	21	1.53
329909--329949	11	3.7	11	84	12	57	34	0	43	21	1.53
330141--330228	30	2.9	30	86	0	122	28	4	34	32	1.78
332178--332317	71	2.0	72	89	1	219	45	7	21	25	1.77
338440--338465	13	2.0	13	100	0	52	30	15	7	46	1.74
344179--344212	5	6.8	5	86	0	50	0	20	2	76	0.92
344254--344280	13	2.1	13	100	0	54	22	40	7	29	1.81
349483--349519	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
367588--367707	40	3.0	40	77	12	95	20	30	26	22	1.99
368766--368818	22	2.4	23	71	9	56	50	1	5	41	1.36
369957--370013	30	1.9	29	89	3	87	28	12	22	36	1.90
371553--371637	31	2.8	31	80	1	91	44	5	11	37	1.65
392031--392070	13	3.1	13	81	0	53	35	7	22	35	1.82
392743--392767	9	2.8	9	100	0	50	40	0	0	60	0.97
394132--394196	31	2.1	31	82	5	78	44	12	10	32	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
399088--399127	20	2.0	20	85	9	55	45	7	0	47	1.31
418048--418107	30	2.0	30	87	6	86	46	1	11	40	1.50
423690--423776	27	3.2	27	72	18	65	29	1	5	63	1.25
423708--423785	18	4.2	19	75	19	67	32	0	5	62	1.17
423763--423810	23	2.0	24	88	12	71	35	0	6	58	1.23
424680--424720	12	3.4	12	89	0	64	39	0	2	58	1.11
428553--428624	3	23.7	3	78	13	76	59	4	2	33	1.31
428553--428617	34	1.9	33	84	12	87	60	4	3	32	1.33
430088--430275	83	2.3	82	83	8	256	31	22	15	29	1.95
430176--430457	131	2.2	127	96	2	519	30	21	18	29	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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