genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.212.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68311261

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   

This is table  212  of  226  ( 27070 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63231027--63231061	3	11.7	3	93	0	61	34	2	0	62	1.10
63231026--63231067	12	3.4	12	90	3	66	30	9	0	59	1.29
63243825--63244200	50	7.6	50	67	7	239	32	25	19	21	1.97
63243765--63244227	98	4.7	98	93	0	746	32	25	21	21	1.98
63243777--63244149	48	7.6	48	66	9	189	31	25	21	21	1.98
63245536--63245567	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
63247004--63247041	17	2.1	18	85	9	51	55	0	0	44	0.99
63250576--63250614	21	1.9	19	90	10	60	23	30	7	38	1.83
63251228--63251252	12	2.1	12	100	0	50	40	0	24	36	1.55
63253991--63254015	13	1.9	13	100	0	50	48	0	8	44	1.32
63262154--63262187	17	1.9	18	88	5	52	50	0	0	50	1.00
63262222--63262295	25	2.9	25	86	6	78	25	6	5	62	1.42
63263112--63263148	16	2.4	16	90	4	58	59	5	2	32	1.34
63263373--63264446	19	55.3	19	66	26	262	55	12	0	31	1.40
63263411--63263653	8	31.0	8	67	24	92	53	13	0	31	1.44
63263429--63263689	27	10.0	27	87	6	396	54	13	0	31	1.42
63263373--63264446	88	12.0	86	73	19	469	55	12	0	31	1.40
63263387--63263661	77	3.7	77	94	3	467	54	14	0	30	1.44
63263429--63263691	104	2.5	105	87	7	394	54	13	0	31	1.42
63263667--63264353	80	8.3	80	92	4	1007	57	11	0	30	1.38
63263642--63264339	168	4.2	167	85	10	976	57	12	0	30	1.38
63264244--63264421	69	2.6	69	90	3	261	55	10	0	34	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63264266--63264446	42	4.3	40	75	15	134	54	12	0	32	1.41
63263709--63264343	42	15.2	42	67	16	293	56	11	0	31	1.38
63264456--63264523	27	2.5	27	100	0	136	17	29	22	30	1.97
63268639--63268677	21	1.9	19	90	10	60	23	30	7	38	1.83
63273116--63273162	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
63285040--63285136	48	2.0	48	97	0	185	20	24	5	49	1.69
63289243--63289291	24	2.0	24	96	0	89	32	16	14	36	1.89
63289387--63289463	40	1.9	39	87	10	111	37	6	16	38	1.75
63297056--63297097	6	7.0	6	86	10	59	2	11	33	52	1.51
63297471--63297512	17	2.4	17	80	19	50	28	0	0	71	0.86
63302497--63302540	22	2.0	22	86	0	61	40	2	0	56	1.11
63311981--63312029	14	3.8	14	74	20	52	71	4	2	22	1.13
63313962--63313991	15	1.9	16	93	6	53	53	6	6	33	1.53
63326039--63326077	19	2.1	19	90	0	60	58	0	10	30	1.31
63327080--63327119	20	2.0	21	85	5	55	47	2	7	42	1.45
63330699--63330752	27	2.0	27	100	0	108	25	0	22	51	1.48
63339726--63339766	21	2.0	21	85	9	57	51	4	2	41	1.36
63345529--63345560	16	1.9	17	93	6	57	18	6	0	75	1.01
63345534--63345573	16	2.5	16	87	0	53	22	2	2	72	1.09
63347204--63347229	6	4.3	6	100	0	52	19	0	0	80	0.71
63347525--63347557	15	2.1	17	88	11	52	57	6	0	36	1.23
63347538--63347575	18	2.0	19	85	10	51	47	5	0	47	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63349191--63349236	23	2.0	23	87	4	67	45	2	6	45	1.41
63352295--63352368	36	2.0	37	97	2	141	22	13	5	58	1.56
63355405--63356071	155	4.4	154	86	6	881	31	10	7	51	1.63
63355405--63356071	308	2.2	304	90	3	1025	31	10	7	51	1.63
63356287--63356354	28	2.4	27	76	9	73	30	1	5	61	1.28
63362345--63362372	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
63365374--63365403	14	2.1	14	100	0	60	26	0	0	73	0.84
63365472--63365516	24	1.9	23	86	4	63	31	8	2	57	1.41
63365774--63365827	21	2.7	19	77	11	56	40	1	0	57	1.09
63365774--63365834	9	6.3	9	76	10	50	42	1	0	55	1.09
63365968--63366011	18	2.5	18	88	3	63	15	4	6	72	1.22
63378057--63378123	30	2.2	30	78	0	71	43	4	13	38	1.64
63379267--63379307	3	13.7	3	94	0	73	31	0	2	65	1.05
63380395--63380486	23	4.0	22	83	6	112	20	19	21	38	1.94
63390000--63390041	21	2.0	21	100	0	84	33	0	4	61	1.17
63390043--63390078	18	2.0	18	94	0	63	19	0	41	38	1.52
63391150--63391179	9	3.4	9	90	9	53	53	0	0	46	1.00
63393258--63393790	72	7.4	72	82	2	631	29	14	20	35	1.92
63393258--63393786	144	3.7	144	95	0	905	29	14	19	35	1.92
63405514--63405605	46	2.0	45	95	2	166	36	8	25	29	1.86
63409681--63409997	72	4.4	72	86	0	445	29	13	20	36	1.91
63409681--63409993	144	2.2	144	97	0	581	30	14	19	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63413191--63413241	23	2.2	24	86	10	70	74	0	15	9	1.06
63413329--63413387	28	2.1	28	81	15	68	45	11	15	27	1.81
63413638--63413687	26	1.9	26	88	8	75	18	6	8	68	1.36
63414324--63414543	121	1.8	121	83	2	289	38	15	9	36	1.79
63414614--63414655	21	2.1	20	86	8	59	42	0	9	47	1.36
63420801--63420957	72	2.2	72	83	0	197	33	14	17	34	1.91
63424889--63424928	17	2.6	16	81	18	50	22	0	0	77	0.77
63425147--63425197	20	2.6	19	76	14	50	35	50	5	7	1.55
63427403--63427471	27	2.5	28	72	11	70	40	7	0	52	1.29
63427570--63427607	18	2.1	19	90	5	60	39	10	0	50	1.37
63427742--63427798	19	3.1	19	80	17	66	36	1	1	59	1.18
63427743--63427789	17	2.6	17	83	6	58	36	2	2	59	1.21
63431940--63432000	27	2.3	27	82	0	68	55	3	9	31	1.48
63431962--63432035	35	2.0	37	82	10	89	55	2	10	31	1.48
63432232--63432286	28	2.0	28	85	7	76	49	0	12	38	1.41
63432309--63432456	3	48.7	3	69	7	68	58	4	4	32	1.40
63435095--63435208	44	2.6	44	83	2	149	28	22	14	34	1.94
63435399--63435687	45	6.5	44	73	3	193	26	24	19	30	1.98
63435447--63435653	45	4.6	45	75	1	200	24	25	19	29	1.98
63435398--63435606	89	2.3	89	87	1	294	25	24	19	30	1.98
63447554--63447623	23	3.0	22	73	15	61	51	8	8	31	1.63
63450785--63450916	47	2.8	46	83	3	147	33	6	3	56	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63450796--63450916	23	5.2	24	79	4	131	33	5	3	57	1.39
63451037--63451074	19	2.1	19	85	9	53	42	7	2	47	1.46
63451085--63451118	18	1.9	18	88	5	52	32	2	2	61	1.26
63451373--63451431	27	2.1	28	84	3	75	35	6	0	57	1.25
63451594--63451631	17	2.2	18	86	13	53	21	2	13	63	1.42
63452964--63453153	104	1.8	103	93	1	326	21	16	17	43	1.88
63453189--63453214	13	2.0	13	100	0	52	38	7	23	30	1.83
63454322--63454637	72	4.4	72	85	1	436	30	14	19	36	1.91
63454328--63454638	144	2.2	144	94	1	543	30	14	19	36	1.91
63458356--63458389	2	17.0	2	93	0	59	47	0	0	52	1.00
63460417--63460446	6	5.0	6	100	0	60	16	0	0	83	0.65
63460439--63460479	17	2.4	17	84	11	57	39	2	0	58	1.11
63461494--63461621	65	1.9	68	84	4	172	50	3	8	38	1.49
63468666--63468708	18	2.5	17	85	7	59	48	0	4	46	1.22
63468666--63468716	19	2.8	18	88	5	68	47	0	5	47	1.26
63468672--63468720	19	2.7	18	90	3	71	40	0	6	53	1.26
63469560--63469595	15	2.5	14	86	4	54	61	0	5	33	1.19
63469562--63469673	23	5.0	22	69	20	79	54	3	3	38	1.35
63469660--63469703	23	2.0	23	81	4	54	40	9	0	50	1.34
63472486--63472525	16	2.5	17	88	8	57	75	0	7	17	1.03
63473277--63473323	7	6.4	7	80	9	58	57	0	2	40	1.11
63474484--63474525	21	2.0	21	85	0	57	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63491868--63491904	18	2.0	18	89	5	56	72	5	2	18	1.15
63492665--63492697	15	2.1	16	88	5	50	24	0	3	72	0.98
63499256--63499300	22	2.0	22	95	0	81	51	24	15	8	1.72
63499994--63500018	11	2.3	11	100	0	50	24	0	16	60	1.36
63502958--63503176	119	1.8	119	84	1	296	33	12	15	37	1.86
63507446--63507758	72	4.3	72	86	1	439	36	18	13	31	1.90
63507442--63507758	144	2.2	144	93	1	537	36	18	13	30	1.90
63510048--63510179	66	2.0	66	96	0	246	30	28	13	28	1.94
63511139--63511182	18	2.4	18	88	0	61	56	2	11	29	1.46
63511103--63511179	15	4.9	15	76	14	68	58	5	10	25	1.52

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226