genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.185.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68311261

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   

This is table  185  of  226  ( 27070 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56033624--56033740	44	2.7	44	76	5	110	33	20	17	29	1.95
56034467--56034521	12	4.3	12	82	11	65	78	12	9	0	0.97
56041002--56041062	18	3.4	18	74	17	56	31	3	1	63	1.20
56041440--56041489	14	3.7	14	82	17	54	50	2	0	48	1.12
56042935--56043015	9	8.6	9	76	10	81	39	27	8	24	1.84
56042934--56043012	29	2.7	29	92	0	131	40	27	8	22	1.84
56043022--56043119	17	5.4	17	67	21	56	51	13	3	32	1.56
56043013--56043065	20	2.9	18	75	8	54	49	16	1	32	1.57
56043020--56043140	37	3.3	37	90	1	181	48	14	4	33	1.62
56045768--56045812	23	2.0	23	90	0	72	37	17	24	20	1.93
56047279--56047319	21	2.0	21	81	18	50	65	7	2	24	1.30
56047308--56047362	3	18.3	3	83	7	67	67	1	3	27	1.17
56048945--56049899	170	5.6	170	95	0	1676	26	22	20	30	1.98
56062112--56062165	21	2.5	22	79	8	58	59	3	0	37	1.15
56062344--56062398	3	18.3	3	83	7	67	67	1	3	27	1.17
56064172--56064205	16	2.1	16	100	0	68	50	11	0	38	1.39
56064172--56064215	16	2.6	16	89	7	52	47	11	0	40	1.39
56065227--56065264	16	2.4	16	86	0	58	18	5	39	36	1.73
56069709--56069760	24	2.2	24	85	0	68	53	11	1	32	1.48
56071273--56071341	21	3.3	21	67	20	56	44	0	1	53	1.09
56073728--56074010	97	2.9	97	94	3	475	31	11	10	45	1.75
56082029--56082084	21	2.7	20	83	10	69	64	1	12	21	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56082271--56082588	59	5.4	58	69	21	191	62	3	5	28	1.32
56082409--56082509	52	1.9	53	89	4	159	62	3	5	27	1.36
56082326--56082688	127	3.1	116	80	11	325	62	3	5	28	1.32
56082470--56082559	15	5.7	15	67	14	56	66	2	7	23	1.29
56082470--56082512	22	2.0	21	82	13	52	72	0	6	20	1.08
56082270--56082839	175	3.2	174	77	13	575	62	3	5	28	1.34
56082471--56082567	31	3.1	31	72	21	101	68	2	7	22	1.25
56082441--56082628	64	2.7	70	71	19	160	63	3	4	28	1.30
56082445--56082556	33	3.5	32	72	18	99	62	3	6	27	1.36
56082577--56082656	16	4.7	16	70	19	63	60	5	1	33	1.27
56082486--56082900	69	6.3	70	67	22	209	62	3	6	27	1.35
56082561--56082678	53	2.2	55	90	4	186	61	3	5	29	1.33
56082615--56082893	69	4.2	68	81	9	351	62	3	6	27	1.36
56082652--56082757	35	3.1	35	65	16	85	63	2	7	26	1.35
56082702--56082898	59	3.2	59	78	14	225	61	3	6	28	1.36
56082441--56082898	128	3.6	128	87	7	642	62	3	6	27	1.35
56083868--56083907	21	2.0	20	85	5	53	15	15	0	70	1.18
56084402--56084889	44	11.1	44	80	6	474	28	24	16	30	1.96
56085356--56085398	18	2.4	18	84	0	59	44	4	16	34	1.68
56096085--56096133	25	1.9	26	91	4	64	71	0	8	20	1.11
56096063--56096119	21	2.8	20	82	12	71	66	1	10	21	1.31
56096283--56096312	14	2.1	14	100	0	60	53	6	13	26	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56096576--56096700	43	3.1	41	69	24	122	64	4	4	27	1.29
56096426--56096742	78	4.4	73	84	10	413	64	3	5	26	1.31
56096611--56096671	27	2.2	28	81	16	67	72	3	4	19	1.18
56096426--56096978	69	8.1	67	74	14	422	63	3	5	27	1.32
56096784--56096862	8	9.0	9	76	17	51	62	1	3	32	1.21
56096661--56096968	59	4.9	60	77	13	259	62	3	6	28	1.35
56098568--56098643	9	8.4	9	82	0	89	26	9	22	42	1.83
56098568--56098643	27	2.8	27	83	0	98	26	9	22	42	1.83
56099907--56099951	19	2.3	20	75	17	51	62	2	0	35	1.08
56100972--56101022	26	2.0	26	92	0	84	31	15	9	43	1.80
56101730--56101776	20	2.4	19	86	10	60	38	8	0	53	1.32
56101730--56101795	19	3.5	20	78	15	68	39	7	0	53	1.30
56101724--56101795	38	1.9	36	83	5	90	40	6	0	52	1.28
56107365--56107408	22	2.0	22	90	0	70	29	2	20	47	1.62
56107960--56107993	18	1.9	18	88	5	52	41	38	5	14	1.70
56126276--56126361	35	2.5	35	81	9	106	45	0	4	50	1.22
56126303--56126363	24	2.5	23	80	15	61	45	0	4	49	1.23
56126751--56126805	19	3.0	19	81	5	51	50	0	3	45	1.19
56127874--56127974	45	2.2	46	81	8	118	24	17	16	40	1.90
56127957--56127997	6	6.7	6	83	5	55	19	17	14	48	1.81
56133379--56133505	41	3.1	41	89	0	182	33	23	22	20	1.97
56133349--56133505	82	1.9	82	82	0	197	35	24	20	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56133351--56133526	82	2.1	82	79	0	190	36	24	19	19	1.95
56135701--56135898	41	4.9	41	75	4	127	16	22	25	35	1.95
56135781--56135898	40	2.9	41	80	1	130	15	22	26	36	1.93
56136384--56136450	15	4.9	15	77	15	56	28	0	31	40	1.57
56136713--56136741	10	2.9	10	100	0	58	41	0	17	41	1.49
56139799--56139940	43	3.3	42	82	2	133	28	30	16	24	1.96
56146496--56146536	21	1.9	22	85	5	57	39	39	0	21	1.54
56146937--56147021	35	2.4	36	82	2	109	43	30	3	22	1.70
56146986--56147051	22	3.0	24	72	17	61	42	28	3	25	1.70
56147395--56147709	41	7.7	41	90	1	479	32	31	20	15	1.94
56148136--56148160	13	1.9	13	100	0	50	24	0	12	64	1.27
56148640--56148692	21	2.5	21	84	9	72	39	1	1	56	1.21
56148765--56148789	12	2.1	12	100	0	50	52	16	0	32	1.44
56148763--56148829	21	3.0	21	72	18	64	47	14	1	35	1.54
56148765--56148854	44	1.9	45	82	10	110	48	13	1	36	1.50
56148847--56148933	17	4.9	17	70	18	61	51	20	1	26	1.54
56148905--56148934	13	2.3	13	94	0	51	53	20	0	26	1.46
56149024--56149348	9	37.8	9	70	13	186	46	20	2	31	1.62
56149053--56149344	25	11.5	25	70	16	140	46	19	2	31	1.62
56149073--56149183	43	2.6	41	83	10	134	47	21	0	30	1.51
56149024--56149275	34	7.5	34	73	15	154	47	20	1	30	1.61
56149073--56149171	52	1.9	52	89	0	153	46	23	0	30	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56149163--56149304	61	2.3	60	84	13	193	47	16	2	33	1.62
56149300--56149359	25	2.4	25	91	0	93	45	18	1	35	1.60
56154876--56154906	12	2.6	12	94	0	53	41	16	38	3	1.64
56155341--56155609	43	6.4	40	79	12	256	25	23	22	29	1.99
56155342--56155592	42	6.0	40	80	12	265	24	23	21	30	1.99
56155341--56155609	126	2.1	128	85	6	361	25	23	22	29	1.99
56157490--56157802	158	2.0	157	98	0	608	34	13	27	24	1.93
56159122--56159168	24	2.0	24	83	8	60	53	2	4	40	1.32
56160853--56160890	19	2.0	20	85	10	53	13	10	0	76	1.02
56161509--56161543	13	2.7	13	86	0	52	42	22	8	25	1.82
56162495--56162532	19	2.0	20	85	10	53	13	10	0	76	1.02
56163595--56163660	24	3.0	22	89	10	75	12	18	0	69	1.18
56163604--56163656	12	4.5	12	85	2	72	13	18	0	67	1.22
56163604--56163660	24	2.4	24	97	2	107	12	19	0	68	1.20
56164343--56164385	17	2.6	16	78	7	50	76	2	13	6	1.08
56178560--56178589	8	3.8	8	100	0	60	90	0	10	0	0.47
56180303--56180331	5	5.8	5	100	0	58	41	0	0	58	0.98
56184773--56184799	6	4.5	6	100	0	54	51	0	33	14	1.43
56185252--56185277	3	8.7	3	100	0	52	30	34	0	34	1.58
56185544--56185576	2	16.5	2	100	0	66	51	0	48	0	1.00
56185891--56185934	3	14.7	3	80	0	52	9	65	0	25	1.21
56185892--56185932	6	6.8	6	97	0	64	9	68	0	21	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56204900--56205043	75	1.9	75	84	5	193	43	12	9	34	1.74
56209329--56209383	22	2.5	22	87	0	83	9	10	16	63	1.51
56221905--56221934	15	1.9	16	93	6	53	26	3	0	70	1.03
56222065--56222102	20	1.9	20	89	10	60	34	7	7	50	1.61
56224771--56224800	6	4.8	6	92	8	51	83	0	16	0	0.65
56236274--56236311	2	19.0	2	100	0	76	50	0	50	0	1.00
56240774--56240831	27	2.1	27	90	0	89	50	20	1	27	1.58
56241222--56241278	25	2.3	25	87	3	89	38	7	0	54	1.28
56241237--56241283	25	1.9	25	91	4	78	38	8	0	53	1.32
56241856--56241935	31	2.6	30	76	9	83	41	3	17	37	1.68

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226