genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.23.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68311261

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  23  of  226  ( 27070 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8155816--8156001	100	1.9	100	90	0	300	36	19	15	28	1.92
8159285--8160037	375	2.0	375	99	0	1488	34	7	17	39	1.79
8161020--8161157	59	2.3	59	98	0	267	27	16	24	31	1.97
8163434--8163465	15	2.1	15	94	0	55	71	6	6	15	1.26
8163639--8163698	28	2.1	28	100	0	120	30	21	0	48	1.51
8163638--8163682	14	3.1	15	70	23	51	33	22	0	44	1.53
8163648--8163694	14	3.4	14	72	21	53	34	19	0	46	1.50
8163983--8164061	32	2.5	32	85	4	97	41	27	5	25	1.76
8166720--8166898	46	3.9	46	83	2	225	36	10	24	29	1.88
8166720--8166896	92	1.9	92	86	2	248	36	10	24	28	1.88
8179969--8180066	34	2.9	33	85	7	119	44	0	11	43	1.39
8179965--8180073	33	3.2	32	72	15	96	40	0	11	48	1.38
8180127--8180522	128	3.1	125	84	3	497	36	14	17	30	1.91
8183438--8183706	105	2.6	105	95	0	475	18	20	30	30	1.96
8186223--8186279	25	2.3	24	77	11	62	54	3	1	40	1.28
8186700--8186737	18	2.1	18	95	0	67	39	10	26	23	1.87
8188701--8188745	18	2.5	18	88	0	72	40	11	26	22	1.87
8190298--8190341	22	2.0	23	82	13	56	68	2	6	22	1.25
8191849--8191921	31	2.4	31	83	2	85	45	10	12	31	1.76
8207245--8207289	21	2.1	22	88	12	67	22	4	13	60	1.51
8207246--8207290	20	2.2	21	84	11	58	24	4	13	57	1.54
8217237--8217307	21	3.2	21	67	18	63	23	8	23	43	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8217231--8217320	45	2.0	45	100	0	180	26	8	24	40	1.84
8219255--8219382	37	3.5	37	94	0	220	47	0	13	38	1.48
8219268--8219376	18	5.9	18	75	8	103	47	0	11	39	1.47
8219914--8219974	27	2.3	27	88	0	86	16	29	24	29	1.96
8220029--8220091	28	2.4	27	86	7	94	49	0	9	41	1.35
8220029--8220089	25	2.3	25	88	8	86	50	0	8	40	1.32
8224702--8224759	3	19.3	3	75	7	55	63	5	3	27	1.31
8224689--8224738	21	2.4	21	86	0	64	58	12	4	26	1.51
8226576--8226632	29	1.9	29	86	10	80	61	5	5	28	1.39
8226710--8226775	29	2.3	28	82	7	87	62	4	3	30	1.30
8226429--8226789	133	2.7	133	88	1	528	51	8	10	29	1.66
8226868--8227229	90	4.0	88	82	7	363	38	16	8	36	1.80
8226883--8227170	91	3.2	88	85	2	344	38	15	9	36	1.79
8240902--8240985	29	2.9	28	70	18	64	50	7	11	30	1.66
8259488--8259523	18	1.9	18	88	5	54	58	2	0	38	1.13
8259512--8259585	19	3.8	19	66	18	53	50	0	1	48	1.09
8270666--8270704	4	9.8	4	94	0	69	71	0	0	28	0.86
8277567--8277599	17	2.0	17	88	5	50	42	9	24	24	1.83
8290320--8290374	21	2.6	21	85	0	74	23	7	38	30	1.82
8290486--8290541	18	3.1	18	72	23	55	55	3	1	39	1.28
8297870--8297900	15	2.1	15	93	0	53	35	9	9	45	1.70
8299840--8299988	38	3.7	41	80	13	166	32	1	0	65	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8299848--8299911	29	2.2	30	85	2	94	29	1	0	68	0.99
8300658--8300684	11	2.5	11	100	0	54	22	7	18	51	1.70
8302065--8302271	91	2.3	91	86	3	283	44	4	3	46	1.41
8302288--8302321	17	2.0	17	88	11	52	44	2	0	52	1.16
8302420--8302463	16	2.8	16	83	13	56	45	0	2	52	1.13
8302395--8302665	145	1.9	147	93	3	476	46	2	2	47	1.32
8302552--8302586	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
8302730--8302839	45	2.6	43	79	11	120	31	26	6	35	1.82
8302818--8302871	16	3.4	16	92	0	81	31	33	0	35	1.58
8307231--8307285	7	7.9	7	78	8	58	83	3	10	1	0.84
8307228--8307289	21	3.0	21	79	9	74	83	3	11	1	0.82
8308313--8308397	44	1.9	44	82	0	107	30	21	20	28	1.98
8308164--8309059	143	6.3	142	82	4	918	31	19	20	28	1.97
8308887--8309292	44	9.0	44	70	13	243	33	17	19	29	1.95
8308164--8308988	285	2.9	285	81	3	1025	31	19	20	28	1.97
8308173--8308988	428	1.9	428	83	5	1058	31	19	20	28	1.97
8308974--8309149	90	1.9	90	87	4	255	35	17	17	30	1.92
8309458--8309491	14	2.3	15	85	5	52	73	14	2	8	1.19
8310829--8310879	25	2.0	25	96	0	93	13	5	3	76	1.11
8313874--8314032	42	3.8	42	78	3	167	42	16	23	17	1.88
8313895--8314045	21	7.2	21	75	0	131	43	16	23	16	1.88
8313878--8314045	63	2.7	63	82	0	192	43	16	22	17	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8315253--8315351	42	2.4	42	87	0	144	36	9	27	27	1.87
8327366--8327471	54	2.0	54	81	7	126	41	9	0	48	1.42
8336032--8336071	20	2.0	20	95	0	71	25	12	27	35	1.92
8336579--8336622	20	2.2	20	83	0	52	43	15	2	38	1.60
8349005--8349031	12	2.2	12	100	0	54	48	0	7	44	1.31
8351425--8351484	22	2.9	21	87	5	86	16	5	3	75	1.12
8351423--8351487	21	3.1	20	80	8	76	18	4	6	70	1.26
8353698--8353731	15	2.4	14	90	5	50	38	5	2	52	1.41
8360104--8360151	16	2.9	16	78	6	60	22	0	20	56	1.43
8364193--8364277	43	2.0	43	92	0	143	44	12	11	30	1.79
8366043--8366142	50	2.0	49	94	3	175	23	15	26	36	1.93
8369239--8369282	22	2.0	22	82	8	54	43	11	2	43	1.53
8371581--8371614	17	2.0	17	88	0	50	73	2	0	23	0.97
8371987--8372026	20	2.0	20	95	0	71	37	0	0	62	0.95
8371994--8372034	20	2.0	20	85	0	55	34	0	7	58	1.26
8372602--8372663	31	2.0	31	100	0	124	32	9	16	41	1.80
8373209--8373252	19	2.3	19	100	0	88	72	13	13	0	1.12
8375425--8375600	41	4.3	41	91	0	280	23	27	19	29	1.98
8375431--8375600	82	2.1	82	98	0	331	23	28	18	29	1.98
8383056--8383231	41	4.3	41	91	0	280	23	27	19	29	1.98
8383062--8383231	82	2.1	82	98	0	331	23	28	18	29	1.98
8391834--8391900	34	1.9	35	90	3	109	50	11	4	32	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8401505--8401542	18	2.1	18	100	0	76	21	26	18	34	1.96
8403721--8403780	29	2.0	30	81	9	70	48	0	8	43	1.33
8431149--8431203	23	2.5	22	85	5	76	58	0	0	41	0.98
8431743--8431796	24	2.2	26	83	12	69	48	0	0	51	1.00
8444860--8444897	19	2.0	20	85	10	53	42	0	2	55	1.14
8454498--8454538	21	2.0	21	90	0	64	19	24	21	34	1.97
8457134--8457500	46	7.6	49	86	8	440	34	13	22	29	1.93
8457134--8457500	98	3.7	97	84	9	501	34	13	22	29	1.93
8457378--8457411	7	4.7	7	88	3	50	44	2	26	26	1.69
8457148--8457500	196	1.8	196	92	0	607	34	13	22	29	1.93
8457464--8457574	37	3.0	37	97	0	204	38	16	19	25	1.92
8457134--8457489	150	2.4	150	90	4	487	34	14	21	29	1.93
8467737--8467802	20	3.2	21	80	6	64	16	6	4	72	1.21
8467746--8467807	21	3.0	20	85	7	70	14	6	4	74	1.19
8470928--8470977	21	2.4	22	75	21	61	56	4	0	40	1.18
8473653--8473696	24	1.9	22	95	4	70	18	20	13	47	1.82
8473660--8473714	24	2.3	24	84	6	67	21	20	14	43	1.87
8474583--8474627	18	2.5	18	100	0	90	11	8	22	57	1.60
8477290--8477398	37	3.0	37	93	2	177	24	22	16	36	1.94
8477407--8477445	14	2.7	14	84	4	51	20	28	7	43	1.79
8477362--8477479	59	2.0	60	90	5	186	27	22	12	37	1.91
8477412--8477629	52	4.3	51	88	6	329	27	24	14	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8477362--8477637	105	2.6	104	84	11	384	26	23	14	34	1.94
8477517--8477643	52	2.6	45	77	18	132	26	25	14	33	1.95
8481862--8482069	88	2.3	91	90	3	325	47	2	3	46	1.34
8481990--8482037	15	3.3	14	83	16	62	47	0	0	52	1.00
8481978--8482135	47	3.1	50	71	14	128	48	2	2	46	1.29
8482076--8482374	120	2.5	120	98	0	580	44	2	4	48	1.37
8482155--8482345	61	3.2	61	70	11	194	42	3	6	47	1.44
8482326--8482360	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
8483209--8483260	24	2.2	24	86	6	70	38	21	26	13	1.90
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