genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.93.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68311261

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29151144--29151220	40	1.9	40	89	0	118	28	19	22	29	1.98
29153130--29153245	33	3.6	32	75	12	112	37	1	6	54	1.38
29158886--29158912	5	5.4	5	100	0	54	59	0	0	40	0.98
29160768--29160806	20	1.9	21	85	15	55	69	5	0	25	1.09
29162053--29162285	122	1.9	122	95	0	421	37	9	16	36	1.81
29165416--29165509	46	2.0	46	100	0	188	39	24	12	23	1.90
29167710--29167816	51	2.1	51	100	0	214	22	20	20	36	1.95
29170309--29170414	50	2.1	50	85	0	140	28	20	29	21	1.98
29170317--29170432	50	2.3	50	81	0	124	28	25	25	21	1.99
29179922--29180214	50	5.9	50	83	3	304	22	28	20	27	1.99
29183886--29183929	19	2.3	19	84	4	52	63	2	9	25	1.35
29185183--29185292	32	3.5	32	77	1	114	37	20	20	21	1.95
29185292--29185362	26	2.7	26	88	0	106	35	25	22	16	1.95
29185485--29185566	24	3.5	23	76	5	74	45	25	6	23	1.76
29185580--29185821	27	9.0	27	84	1	315	23	20	21	34	1.97
29200858--29200907	19	2.5	20	84	12	68	20	8	14	58	1.61
29203732--29203782	15	3.5	15	75	21	54	17	11	7	62	1.51
29207780--29207805	7	3.7	7	100	0	52	15	0	0	84	0.62
29211900--29211924	13	1.9	13	100	0	50	8	0	20	72	1.10
29212096--29212199	52	2.0	52	98	0	199	20	7	16	55	1.65
29217960--29218177	80	2.8	79	85	2	267	41	9	17	32	1.81
29224192--29225602	354	4.0	353	82	2	1526	31	21	14	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29224192--29225589	708	2.0	707	82	2	1700	31	21	14	32	1.93
29226812--29226840	15	1.9	15	100	0	58	31	6	13	48	1.69
29227140--29227185	19	2.3	21	85	14	62	23	26	19	30	1.98
29244546--29244576	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
29244629--29244665	9	4.1	9	85	0	56	45	10	10	32	1.74
29261930--29262324	110	3.6	109	91	2	576	34	18	14	32	1.91
29263994--29264037	14	3.1	14	87	9	63	81	0	13	4	0.83
29263999--29264033	17	2.1	17	88	0	52	85	0	11	2	0.69
29266908--29267058	47	3.0	52	81	12	197	42	20	25	11	1.85
29269022--29269148	46	3.0	42	84	12	165	26	24	2	46	1.65
29269034--29269127	46	2.0	46	97	0	179	26	24	2	46	1.64
29281376--29281418	20	2.2	20	86	0	59	44	20	6	27	1.77
29289452--29289482	15	2.1	15	93	0	53	25	0	6	67	1.14
29289458--29289491	15	2.3	15	89	0	50	29	0	5	64	1.17
29291392--29291425	16	2.0	17	88	11	52	23	5	14	55	1.61
29291392--29291426	18	2.0	18	88	5	54	22	5	14	57	1.59
29297675--29297716	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
29297781--29297827	16	3.0	16	78	12	53	51	2	0	46	1.13
29297926--29297960	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
29297980--29298026	24	2.0	24	84	15	64	51	8	4	36	1.52
29297666--29298081	120	3.5	120	95	0	735	49	5	2	42	1.38
29298063--29298485	47	9.3	45	69	21	251	47	3	3	45	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29298097--29298485	91	4.3	91	97	0	715	47	3	3	46	1.36
29300132--29300181	26	1.9	26	88	8	75	44	0	0	56	0.99
29308745--29308785	21	2.0	20	85	4	55	48	7	12	31	1.68
29309117--29309491	187	2.0	187	94	0	660	36	14	14	34	1.87
29310274--29310350	22	3.4	22	67	13	66	36	25	2	35	1.70
29310261--29310355	46	2.1	46	95	0	172	42	23	2	32	1.66
29314250--29314344	46	2.1	46	93	0	163	41	23	2	33	1.66
29319371--29319412	23	1.9	21	90	9	66	54	11	9	23	1.66
29322348--29322410	32	2.0	32	96	0	117	38	6	20	34	1.78
29323009--29323382	122	3.0	122	89	1	559	31	15	20	32	1.94
29326392--29326635	116	2.1	116	90	1	391	44	6	9	39	1.63
29326629--29327183	23	24.1	22	75	13	421	26	0	24	48	1.54
29326691--29326747	22	2.6	23	83	5	64	24	0	26	49	1.51
29326663--29327049	114	3.3	113	81	9	415	26	0	24	49	1.50
29326638--29327190	91	6.0	89	76	12	419	26	0	25	48	1.54
29326818--29326862	15	3.1	15	96	3	83	20	0	26	53	1.46
29326707--29327158	166	2.8	159	88	3	613	25	0	25	48	1.55
29326925--29327200	45	6.1	45	82	7	278	25	0	26	47	1.57
29327229--29327276	25	1.9	25	95	0	87	39	12	0	47	1.41
29327707--29327744	18	2.1	18	95	0	67	39	7	28	23	1.83
29328395--29328419	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
29328590--29328627	20	1.9	20	84	10	51	55	7	2	34	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29329520--29329562	11	3.8	12	81	6	54	58	0	0	41	0.98
29329569--29329599	11	2.8	11	90	0	53	51	6	22	19	1.69
29329607--29329642	11	3.2	11	96	4	63	44	0	36	19	1.51
29336490--29336526	5	7.6	5	90	6	58	64	0	0	35	0.94
29337036--29337118	10	8.8	9	74	18	71	62	3	1	32	1.20
29337036--29337118	30	2.9	28	78	16	91	62	3	1	32	1.20
29337084--29337116	17	1.9	17	93	0	57	60	3	3	33	1.27
29337046--29337126	9	8.5	10	70	21	50	62	2	1	33	1.16
29337804--29337874	32	2.3	32	90	4	110	45	9	12	32	1.75
29339927--29339966	21	1.9	21	90	10	64	40	5	5	50	1.46
29339932--29339973	11	3.8	11	78	9	50	38	4	4	52	1.44
29339927--29339976	21	2.3	21	80	12	57	40	4	4	52	1.39
29341849--29341900	22	2.3	23	86	10	79	34	11	25	28	1.91
29341857--29341901	22	2.0	22	95	0	81	28	15	24	31	1.96
29341863--29341908	22	2.1	22	91	0	74	32	15	21	30	1.94
29351128--29351157	9	3.2	9	90	9	51	86	0	3	10	0.67
29358407--29358436	15	1.9	16	93	6	53	26	10	3	60	1.45
29365138--29365180	20	2.2	20	95	0	77	53	2	13	30	1.53
29379679--29379794	39	3.0	39	87	0	160	35	10	12	42	1.76
29386771--29386811	19	2.0	20	86	9	57	12	0	7	80	0.90
29388981--29389096	39	3.0	39	88	0	169	34	11	12	42	1.78
29394855--29394926	28	2.6	28	93	0	117	27	25	11	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29400379--29400416	20	1.9	20	88	0	58	44	7	0	47	1.32
29402102--29402174	37	1.9	37	86	5	101	43	4	5	46	1.45
29403038--29403090	19	2.8	19	77	2	63	37	0	1	60	1.08
29404161--29404258	40	2.6	38	72	4	90	31	26	17	24	1.97
29405269--29405319	15	3.4	15	72	20	52	47	1	1	49	1.24
29422137--29422236	33	3.2	30	89	9	155	30	4	15	51	1.61
29422137--29422236	30	3.2	31	86	8	148	30	4	15	51	1.61
29425779--29426110	69	4.8	69	78	4	224	20	21	23	34	1.97
29432646--29432683	17	2.2	17	86	9	51	44	18	0	36	1.50
29432609--29432778	89	1.9	89	87	0	250	40	15	13	30	1.86
29434391--29434438	21	2.3	21	88	0	69	37	2	8	52	1.44
29434391--29434452	21	2.8	21	82	7	61	40	1	8	50	1.42
29437665--29437759	50	1.9	50	84	0	127	32	26	21	20	1.97
29437715--29437860	63	2.3	63	85	0	193	32	29	18	19	1.96
29442468--29442604	17	7.9	17	66	19	61	48	2	3	45	1.32
29442505--29442602	12	8.1	12	68	18	60	52	2	3	42	1.28
29442505--29442602	17	5.8	17	71	20	71	52	2	3	42	1.28
29447782--29449852	265	7.9	264	83	3	2469	30	16	16	37	1.91
29447771--29449852	529	4.0	525	83	3	2474	30	16	16	37	1.91
29447771--29449852	790	2.6	790	85	3	2674	30	16	16	37	1.91
29454010--29454042	17	1.9	17	93	0	57	48	0	12	39	1.40
29454033--29454109	9	8.7	9	81	7	86	44	0	2	53	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29454044--29454109	13	4.9	13	75	5	69	43	0	1	54	1.09
29457425--29457473	21	2.1	24	85	14	68	40	2	0	57	1.10
29461517--29461549	16	2.1	16	100	0	66	24	18	12	45	1.83
29462917--29462999	26	3.3	25	77	8	71	39	16	19	24	1.91
29465680--29465740	28	2.1	29	84	3	79	65	1	0	32	1.02
29466606--29466663	31	2.0	29	86	10	82	67	0	1	31	1.01
29466627--29466656	11	2.6	11	94	5	51	60	0	3	36	1.14
29469442--29469471	13	2.3	13	94	0	51	56	6	10	26	1.57
29470931--29470973	22	2.0	21	81	4	50	60	0	0	39	0.97
29470953--29471005	27	1.9	28	84	3	72	50	1	3	43	1.30

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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