genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.51.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68311261

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  51  of  226  ( 27070 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16997223--16997284	17	3.5	17	79	16	81	46	11	6	35	1.65
16997211--16997284	36	2.1	36	100	0	148	47	13	5	33	1.66
16997211--16997268	19	3.2	19	76	18	77	46	15	5	32	1.68
16999450--16999487	18	2.1	18	90	0	58	23	15	18	42	1.89
17002778--17003055	46	6.0	46	93	2	450	28	26	9	35	1.87
17007035--17007059	13	1.9	13	100	0	50	48	24	0	28	1.52
17010397--17010441	22	2.0	24	91	8	76	24	22	0	53	1.46
17010926--17010964	20	2.0	20	95	5	71	41	5	2	51	1.38
17011709--17011760	15	3.2	15	73	19	50	44	0	1	53	1.11
17011694--17011760	34	2.1	34	83	8	86	46	1	1	50	1.19
17011819--17011924	36	3.1	34	74	20	96	57	1	0	39	1.16
17011900--17011955	17	3.4	16	90	5	85	62	0	1	35	1.06
17011862--17011955	8	11.6	8	69	21	54	59	1	2	37	1.16
17012476--17012525	20	2.3	20	86	10	64	58	10	0	32	1.31
17018270--17018314	23	2.0	23	91	4	74	37	2	0	60	1.09
17018271--17018322	22	2.2	22	83	10	59	40	3	0	55	1.18
17022582--17022622	12	3.4	12	96	0	73	51	0	48	0	1.00
17022575--17022622	18	2.7	18	90	0	78	52	0	47	0	1.00
17023164--17023206	18	2.4	18	84	7	52	58	0	2	39	1.11
17023163--17023247	38	2.2	38	80	4	89	55	1	2	41	1.20
17024103--17024144	16	2.6	16	88	7	59	38	7	30	23	1.82
17024390--17024479	38	2.4	36	73	12	83	51	5	1	42	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17024390--17024591	61	3.3	61	71	20	206	52	4	0	41	1.29
17024465--17024505	13	3.2	12	80	12	55	58	0	0	41	0.98
17024355--17024815	121	4.0	119	80	13	570	53	4	0	41	1.27
17024662--17024826	21	7.3	21	67	23	61	54	4	0	40	1.26
17024613--17024701	37	2.4	38	74	12	94	50	5	1	42	1.33
17024514--17024734	102	2.2	102	95	0	408	52	4	0	41	1.29
17024742--17024767	12	2.2	12	100	0	52	53	0	0	46	1.00
17024626--17024810	60	3.1	60	69	16	177	52	4	1	41	1.30
17024393--17024818	223	1.9	220	94	2	617	53	4	0	41	1.28
17024908--17024934	12	2.2	12	100	0	54	51	0	0	48	1.00
17025182--17025243	32	1.9	32	93	0	106	27	11	22	38	1.88
17025829--17025860	15	2.1	15	100	0	64	75	0	0	25	0.81
17025934--17025981	23	2.1	23	92	0	78	58	14	4	22	1.54
17026086--17026132	24	2.0	24	87	4	69	44	0	2	53	1.12
17026086--17026133	23	2.1	23	84	7	62	45	0	2	52	1.12
17026156--17026203	23	2.1	23	88	0	69	56	14	4	25	1.56
17025872--17026319	222	2.0	222	97	0	842	50	7	4	37	1.52
17027428--17027464	17	2.1	18	90	10	58	51	5	0	43	1.24
17029074--17029098	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
17029879--17029947	25	2.7	25	93	2	111	56	20	10	13	1.65
17030826--17030851	5	5.2	5	100	0	52	80	0	19	0	0.71
17030898--17030938	17	2.3	17	87	8	55	63	4	24	7	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17043175--17043203	14	2.1	14	100	0	58	44	13	13	27	1.82
17044060--17044087	9	3.1	9	100	0	56	57	10	0	32	1.33
17044030--17044230	59	3.1	67	83	13	278	44	8	5	41	1.59
17044219--17044260	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
17044234--17044289	23	2.5	23	82	2	69	44	1	1	51	1.22
17045137--17045213	21	3.7	21	74	6	66	18	18	19	44	1.87
17046471--17046511	21	1.9	22	85	14	59	39	4	12	43	1.63
17048026--17048072	22	2.1	22	84	0	58	57	8	14	19	1.63
17052102--17052230	58	2.2	60	81	2	145	24	14	17	42	1.87
17053899--17053943	22	2.0	22	82	0	54	33	24	20	22	1.97
17056940--17057072	66	2.0	66	100	0	266	42	12	13	32	1.81
17059368--17059412	13	3.3	13	90	6	63	40	0	13	46	1.43
17063861--17063904	7	6.3	7	84	10	54	38	4	31	25	1.76
17063892--17064170	46	6.3	46	88	7	416	33	15	22	29	1.94
17063980--17064150	84	2.0	84	96	0	315	32	16	21	28	1.96
17063892--17064170	130	2.1	131	89	6	420	33	15	22	29	1.94
17067009--17067194	22	9.0	21	73	15	163	32	0	12	55	1.37
17067033--17067089	19	2.9	19	86	2	78	33	0	14	52	1.41
17067009--17067194	41	4.5	40	74	17	175	32	0	12	55	1.37
17067147--17067355	49	4.2	49	86	3	294	30	0	13	55	1.45
17067147--17067355	97	2.1	99	93	3	359	30	0	13	55	1.45
17067292--17067369	38	2.0	40	85	7	106	30	2	11	55	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17070554--17070618	6	10.8	6	91	0	103	0	36	30	32	1.58
17072241--17072282	16	2.7	15	85	7	57	57	2	2	38	1.25
17072394--17072467	38	1.9	38	97	0	139	39	2	4	54	1.34
17072663--17072889	27	9.1	26	70	22	175	53	13	1	31	1.48
17072684--17073025	19	18.5	19	65	24	128	54	12	0	31	1.42
17072668--17072889	48	4.5	48	85	5	293	54	13	1	31	1.47
17072687--17072731	22	2.1	21	91	4	72	57	13	2	26	1.48
17072838--17073023	22	9.0	21	71	20	124	55	12	0	31	1.37
17072838--17073023	41	4.5	41	72	17	161	55	12	0	31	1.37
17072843--17073024	83	2.2	84	76	13	189	56	12	0	31	1.36
17072948--17073025	20	3.8	20	81	8	86	55	11	0	33	1.36
17073194--17073221	3	9.3	3	100	0	56	0	32	0	67	0.91
17079528--17079579	25	2.1	25	85	7	70	53	0	0	46	1.00
17084685--17084751	20	3.3	20	76	17	68	34	2	4	58	1.34
17101313--17101363	23	2.2	23	89	0	75	27	7	21	43	1.80
17102659--17102684	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
17105581--17105675	27	3.4	27	85	2	82	33	26	15	24	1.95
17105610--17105681	27	2.7	27	88	0	108	34	25	13	26	1.93
17105771--17105845	35	2.1	35	100	0	150	25	28	10	36	1.89
17108122--17108194	23	3.2	23	94	0	128	30	27	20	21	1.98
17108421--17108461	18	2.3	18	88	12	59	43	19	0	36	1.51
17113231--17113317	43	2.0	43	100	0	174	44	6	0	48	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17113285--17113338	28	1.9	28	84	0	72	42	1	1	53	1.22
17115033--17115080	21	2.3	20	75	10	51	35	4	22	37	1.74
17117451--17117494	17	2.5	17	85	10	54	68	4	4	22	1.27
17130261--17130293	17	1.9	17	88	11	50	48	9	6	36	1.60
17130422--17130449	13	2.2	13	100	0	56	50	7	0	42	1.30
17133368--17133399	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
17137726--17137754	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
17149810--17149854	10	4.4	10	80	2	54	33	2	0	64	1.06
17149819--17149859	20	2.0	20	95	0	73	39	2	0	58	1.11
17149864--17149930	19	3.4	20	82	14	86	40	0	8	50	1.34
17149864--17149933	20	3.6	19	84	7	88	38	0	8	52	1.32
17152075--17152142	33	2.1	33	100	0	136	17	29	17	35	1.93
17157150--17157210	30	2.0	30	93	0	104	42	11	3	42	1.57
17158308--17158353	10	4.6	10	84	10	67	10	13	0	76	1.03
17160899--17161016	36	3.3	36	93	0	200	20	46	5	27	1.73
17160971--17161110	45	3.1	45	88	0	181	17	50	9	23	1.75
17170062--17170103	13	3.2	13	74	12	50	11	9	11	66	1.44
17174809--17174833	12	2.1	12	100	0	50	88	0	12	0	0.53
17181644--17181713	25	2.7	27	82	13	83	64	1	7	27	1.28
17181637--17181713	3	26.7	3	75	10	63	63	1	6	28	1.27
17183264--17183970	99	7.1	99	84	4	832	26	20	21	32	1.98
17183264--17183970	298	2.4	297	86	2	970	26	20	21	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17183264--17183966	199	3.5	199	85	3	873	26	20	21	32	1.97
17183430--17183908	50	9.7	50	69	4	270	26	21	21	31	1.98
17196212--17196240	12	2.3	13	94	5	51	68	13	0	17	1.20
17196436--17196517	26	3.0	27	80	10	87	59	2	9	28	1.42
17196456--17196530	26	2.9	26	86	4	80	60	1	10	28	1.38
17196446--17196517	3	24.7	3	71	10	51	61	1	8	29	1.34
17198330--17198364	18	1.9	18	94	0	61	54	2	5	37	1.39
17198800--17198876	3	25.3	3	79	7	84	59	1	7	31	1.34
17199784--17199822	18	2.2	18	90	0	60	2	5	10	82	0.93
17203629--17203660	16	2.0	16	93	0	55	78	0	21	0	0.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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