genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68311261

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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          225   226   

This is table  65  of  226  ( 27070 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21060084--21060382	119	2.5	119	89	5	457	41	2	5	50	1.39
21060344--21060385	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
21060335--21060376	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
21060320--21060633	154	2.0	156	94	3	553	46	4	3	45	1.40
21060485--21060519	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
21060753--21060791	16	2.4	16	86	0	51	28	33	2	35	1.71
21060766--21060822	16	3.6	16	95	0	87	33	36	0	29	1.58
21070562--21070611	3	16.7	3	100	0	100	34	0	0	66	0.92
21084830--21084858	3	9.7	3	100	0	58	0	0	31	68	0.89
21084857--21084887	3	10.3	3	92	0	53	35	0	0	64	0.94
21098040--21098155	43	2.7	43	89	0	178	31	18	25	24	1.98
21098038--21098226	84	2.2	85	80	5	213	30	18	25	25	1.98
21098528--21098583	27	2.1	27	100	0	112	12	10	14	62	1.55
21102601--21102879	41	6.8	41	85	5	348	25	27	18	27	1.98
21102601--21102882	82	3.4	82	88	1	386	25	27	18	28	1.98
21102613--21102882	123	2.2	124	89	2	400	25	27	18	28	1.98
21103200--21103409	78	2.8	77	80	7	214	40	17	4	38	1.70
21103692--21103742	21	2.4	21	79	17	61	43	9	3	43	1.56
21103687--21103747	23	2.7	23	92	0	95	44	9	3	42	1.54
21103581--21103724	80	1.9	74	91	4	189	43	12	3	40	1.59
21103710--21103956	78	3.2	78	94	1	426	43	12	4	40	1.61
21103618--21103825	103	2.0	102	98	1	400	43	11	3	40	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21103889--21104074	61	3.1	60	95	3	329	45	13	3	37	1.62
21106444--21106495	15	3.2	17	79	17	58	59	3	7	28	1.43
21106452--21106499	15	3.3	15	83	13	64	62	4	6	27	1.38
21106461--21106516	3	17.7	3	75	17	51	66	1	3	28	1.19
21106461--21106516	7	8.8	6	81	11	51	66	1	3	28	1.19
21106476--21106517	7	6.3	7	91	2	61	69	0	2	28	1.01
21108178--21108429	44	5.8	43	70	10	174	28	20	17	32	1.96
21108113--21108426	129	2.4	129	90	1	477	29	20	19	30	1.97
21118401--21118972	46	13.6	45	81	13	554	35	13	20	29	1.92
21118437--21118837	36	10.0	36	79	14	298	37	13	19	29	1.90
21118401--21118972	82	6.9	81	76	17	509	35	13	20	29	1.92
21118565--21118883	118	2.7	118	93	0	548	36	12	20	30	1.90
21119478--21119627	76	2.0	76	94	0	264	22	16	25	36	1.94
21122093--21122724	316	2.0	316	98	0	1228	27	25	20	25	1.99
21124511--21124557	14	3.4	14	79	2	60	63	0	0	36	0.94
21124570--21124643	37	2.0	37	81	5	87	63	4	6	25	1.37
21124781--21124855	3	24.3	3	75	15	64	62	2	5	29	1.31
21124779--21124854	7	9.4	8	72	19	52	61	2	5	30	1.31
21132006--21132080	38	2.0	38	89	0	114	30	33	1	34	1.66
21133663--21133703	22	2.0	20	85	9	55	48	7	0	43	1.30
21148640--21148705	34	1.9	35	81	3	80	39	25	4	30	1.76
21158017--21158096	33	2.4	33	89	0	115	15	43	16	25	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21165059--21165117	21	2.8	21	68	0	55	16	28	16	37	1.92
21165035--21165120	42	2.0	42	86	8	122	15	25	17	41	1.88
21167613--21167665	3	17.3	3	79	11	54	24	1	1	71	1.06
21167628--21167665	19	2.0	19	89	0	58	26	0	0	73	0.83
21167978--21168047	28	2.5	28	79	4	70	35	8	4	51	1.52
21168400--21168700	109	2.7	110	95	1	532	30	14	20	33	1.93
21169939--21170211	61	4.5	61	81	0	287	25	27	16	30	1.97
21169991--21170090	29	3.3	29	67	13	76	25	27	21	27	1.99
21169939--21170211	122	2.2	121	83	0	330	25	27	16	30	1.97
21170336--21170488	53	2.9	53	87	0	225	28	28	13	30	1.94
21175494--21175537	18	2.4	18	80	0	52	22	9	13	54	1.67
21176092--21176119	9	3.1	9	100	0	56	21	0	0	78	0.75
21176137--21176229	11	9.5	10	78	13	79	34	1	0	64	1.01
21176098--21176229	39	3.4	40	80	14	159	34	2	0	62	1.07
21176139--21176168	8	3.6	8	95	4	51	30	0	0	70	0.88
21176116--21176220	10	10.4	11	71	20	70	38	2	0	59	1.13
21176638--21176693	24	2.4	24	78	3	60	48	0	1	50	1.11
21176739--21176798	25	2.3	26	80	11	79	45	0	0	55	0.99
21179453--21179489	9	4.1	9	85	0	56	32	10	10	45	1.74
21184163--21184210	13	3.7	13	82	0	60	27	4	27	41	1.74
21184829--21184861	12	2.8	12	100	0	66	24	39	9	27	1.85
21186241--21186478	72	3.3	72	91	1	363	56	14	5	23	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21187641--21187684	20	2.2	20	100	0	88	50	9	4	36	1.55
21189070--21189118	20	2.5	19	80	6	62	67	6	10	16	1.39
21194000--21194124	56	2.2	56	87	2	171	40	7	14	38	1.73
21194118--21194225	23	4.7	23	95	0	180	33	0	22	44	1.53
21194193--21195500	29	46.4	29	85	6	1690	30	0	28	41	1.57
21194118--21194369	29	9.7	23	80	16	153	32	0	23	44	1.54
21194170--21195511	143	9.6	143	88	5	1769	30	0	27	41	1.57
21194637--21194682	22	2.1	22	100	0	92	26	0	34	39	1.57
21194960--21195043	22	3.5	22	69	20	60	30	0	28	40	1.57
21195192--21195238	12	4.2	11	78	13	51	25	0	36	38	1.56
21195187--21195233	16	3.2	16	74	22	57	31	0	29	38	1.58
21195192--21195238	22	2.1	23	88	4	69	25	0	36	38	1.56
21197667--21197717	26	2.0	26	84	7	68	56	5	0	37	1.23
21197822--21197879	30	1.9	31	92	3	100	56	0	1	41	1.09
21197920--21197967	22	2.2	22	88	7	71	35	0	31	33	1.58
21197975--21198020	21	2.1	22	84	11	51	41	0	32	26	1.56
21200124--21200180	13	4.0	14	75	16	55	40	1	0	57	1.09
21206251--21206302	3	17.3	3	100	0	104	67	0	32	0	0.91
21207277--21207319	23	1.9	22	90	4	68	30	0	2	67	1.03
21213052--21213076	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
21220500--21220543	20	2.1	20	83	8	52	52	6	0	40	1.28
21220691--21220724	17	1.9	18	94	5	61	79	0	2	17	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21226268--21226313	21	2.3	20	85	7	67	36	13	0	50	1.41
21226276--21226319	21	2.0	21	86	4	61	31	15	0	52	1.44
21232191--21232319	42	3.1	42	79	4	136	44	18	24	13	1.85
21232213--21232263	21	2.4	21	76	0	57	41	21	25	11	1.87
21234766--21234842	25	3.1	25	76	14	79	29	22	24	23	1.99
21234757--21234870	50	2.3	51	83	6	135	31	21	22	23	1.98
21234782--21234870	25	3.6	24	78	14	83	30	22	24	22	1.99
21237863--21238023	81	2.0	81	93	0	277	29	14	16	40	1.87
21240780--21240823	23	1.9	23	90	0	70	61	4	2	31	1.28
21240784--21240826	11	3.8	11	80	17	52	65	2	2	30	1.18
21243799--21243874	31	2.5	31	74	8	82	32	9	11	46	1.72
21254274--21254303	15	1.9	16	93	6	53	53	3	0	43	1.17
21254336--21254367	12	2.4	14	90	10	50	56	0	0	43	0.99
21257976--21258022	21	2.2	22	88	3	69	23	19	36	21	1.95
21260615--21260690	37	2.0	39	87	5	111	14	9	15	60	1.58
21260933--21261012	41	1.9	42	89	2	126	58	1	15	25	1.44
21261290--21261351	28	2.2	28	97	0	115	19	11	6	62	1.49
21265884--21265931	18	2.7	18	86	0	69	37	12	8	41	1.73
21266355--21266526	72	2.4	71	87	0	254	26	6	13	54	1.63
21268570--21268607	13	2.9	13	88	0	58	39	23	10	26	1.87
21268624--21268670	20	2.4	20	82	13	62	63	0	23	12	1.28
21268765--21268795	15	2.1	14	94	5	53	35	0	6	58	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21269929--21270003	19	3.8	19	87	6	114	36	9	16	38	1.80
21269930--21269992	21	3.1	21	90	4	103	36	9	14	39	1.78
21270639--21270702	8	7.9	8	73	11	51	21	0	4	73	1.01
21270631--21270702	16	4.1	17	69	22	51	20	1	4	73	1.07
21283723--21283769	22	2.2	22	88	3	69	76	0	19	4	0.95
21285039--21285393	44	8.1	44	66	13	140	30	19	24	25	1.98
21285031--21285575	132	4.1	132	92	0	874	30	19	24	25	1.98
21285689--21285980	44	6.7	43	71	18	180	28	18	23	29	1.98
21285572--21286024	173	2.6	173	91	1	730	27	18	23	30	1.98
21285567--21286105	173	3.1	170	85	6	669	27	18	23	30	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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