genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.87.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68311261

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  87  of  226  ( 27070 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27434469--27434503	16	2.2	16	100	0	70	31	0	11	57	1.34
27434637--27434678	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
27434646--27434687	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
27434677--27434855	57	3.1	54	65	22	146	47	6	2	43	1.44
27434672--27434859	61	3.1	61	66	17	183	47	6	2	43	1.42
27434635--27434932	120	2.5	121	92	4	496	49	4	3	42	1.39
27434973--27435020	26	1.9	25	84	16	64	52	2	0	45	1.12
27438517--27438567	21	2.4	22	77	6	61	39	3	1	54	1.30
27438572--27438742	25	7.1	25	77	15	198	35	8	6	50	1.58
27438576--27438742	23	7.0	24	77	14	184	34	8	6	50	1.59
27438559--27438742	48	3.8	48	100	0	368	36	7	5	50	1.56
27443232--27443256	13	1.9	13	100	0	50	32	8	20	40	1.81
27444925--27444993	32	2.2	32	94	0	120	23	2	31	42	1.69
27452405--27452454	18	2.7	18	93	3	82	46	14	6	34	1.69
27455688--27455743	16	3.3	17	90	5	78	62	5	1	30	1.28
27457715--27457745	12	2.5	13	94	5	55	16	22	0	61	1.34
27465430--27465465	18	1.9	19	88	5	56	38	0	8	52	1.32
27470387--27470418	6	5.2	6	96	3	55	15	3	0	81	0.82
27485999--27486068	34	2.1	34	89	5	106	30	10	21	38	1.86
27488847--27488914	22	3.2	22	60	19	54	20	32	33	13	1.91
27489770--27489837	29	2.3	29	80	7	75	41	20	16	22	1.90
27513185--27513248	25	2.6	25	85	9	78	29	21	25	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27517259--27517316	20	3.0	20	97	2	109	25	10	13	50	1.74
27517743--27517781	21	1.9	21	89	5	62	41	25	5	28	1.77
27519719--27519757	19	2.1	19	90	0	60	41	2	5	51	1.38
27520725--27520759	17	2.0	18	88	5	54	65	0	5	28	1.15
27523871--27523955	42	2.0	42	100	0	170	16	11	32	38	1.85
27531651--27531733	41	2.0	40	83	4	103	25	16	25	32	1.96
27532329--27532415	25	3.5	25	69	13	81	24	17	13	44	1.85
27532310--27532438	23	5.4	23	66	14	82	24	17	16	41	1.90
27532310--27532538	48	4.7	49	86	2	309	26	16	14	42	1.87
27532310--27532538	99	2.3	97	87	3	325	26	16	14	42	1.87
27540172--27540394	48	4.6	48	84	4	286	25	15	16	43	1.86
27540168--27540394	98	2.3	96	86	3	312	25	14	16	43	1.86
27541454--27541516	27	2.4	27	74	12	67	50	17	7	23	1.72
27555246--27555303	25	2.3	24	82	8	62	46	0	3	50	1.18
27555246--27555371	47	2.6	49	72	11	123	44	2	3	50	1.31
27555478--27555532	24	2.2	26	81	12	71	45	0	1	52	1.11
27555656--27555760	44	2.5	40	76	15	113	31	28	4	35	1.78
27555654--27555763	45	2.6	44	80	8	122	31	28	5	34	1.80
27555742--27555779	16	2.4	16	90	0	58	34	34	0	31	1.58
27560602--27560643	18	2.3	19	88	12	61	47	2	7	42	1.43
27560612--27560654	19	2.3	18	84	8	50	44	2	9	44	1.49
27581034--27581079	9	5.1	9	89	0	65	45	8	10	34	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27588592--27588650	27	2.2	27	96	0	109	52	32	0	15	1.43
27595694--27596927	617	2.0	617	98	0	2378	34	17	13	33	1.89
27609828--27609988	73	2.2	73	92	2	270	57	9	17	15	1.63
27612638--27612739	27	3.9	26	76	13	93	24	27	12	35	1.92
27617251--27617316	28	2.4	28	80	14	75	18	6	1	74	1.10
27617583--27617611	13	2.2	13	100	0	58	55	6	0	37	1.27
27621296--27621350	20	2.8	19	86	8	74	27	9	21	41	1.83
27621336--27621474	73	1.9	73	84	7	185	27	13	15	43	1.84
27628863--27629062	27	7.4	27	76	3	170	43	18	21	18	1.89
27628863--27629062	81	2.5	81	83	9	264	43	18	21	18	1.89
27629235--27629311	26	3.0	26	86	0	109	19	24	19	36	1.95
27629417--27629473	28	2.0	29	86	3	80	26	19	22	31	1.98
27636372--27636483	27	4.1	27	81	4	136	47	19	16	16	1.83
27636372--27636483	54	2.1	54	86	0	152	47	19	16	16	1.83
27636633--27636707	26	2.9	27	84	4	82	16	17	24	42	1.88
27653717--27654376	84	7.9	84	78	9	541	33	11	10	44	1.75
27653713--27654444	166	4.4	171	78	8	652	32	11	10	44	1.75
27654392--27654503	59	1.9	59	81	3	136	25	10	11	51	1.70
27660875--27660941	34	1.9	35	87	3	100	46	8	8	35	1.67
27661880--27661945	13	5.1	13	81	7	89	37	24	6	31	1.80
27663547--27663998	234	1.9	234	99	0	895	28	20	14	36	1.92
27669980--27670010	15	2.1	15	93	0	53	32	9	0	58	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27670290--27670351	23	2.7	23	75	7	63	35	11	0	53	1.37
27670382--27670425	24	1.9	22	86	9	61	34	9	2	54	1.44
27670735--27671141	103	3.9	107	87	3	574	31	19	17	31	1.95
27675774--27675881	41	2.6	40	75	2	99	32	25	19	23	1.97
27702571--27702628	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
27702839--27702870	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
27702965--27703162	50	3.8	50	87	4	252	25	22	30	21	1.99
27702965--27703155	106	1.9	104	89	6	300	25	23	30	20	1.99
27710110--27710167	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
27710379--27710410	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
27710505--27710746	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
27710505--27710754	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99
27716578--27716625	14	3.3	15	81	16	57	43	0	2	54	1.12
27717938--27717976	18	2.1	19	90	4	62	41	0	10	48	1.37
27718472--27718512	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
27719574--27719678	26	4.2	26	84	9	128	32	6	24	36	1.82
27721286--27721424	52	2.6	52	88	6	190	18	20	24	35	1.95
27721311--27721442	26	5.0	26	80	15	146	18	22	22	35	1.96
27725459--27725678	79	2.8	79	80	6	205	26	27	20	24	1.99
27725496--27725678	40	4.6	40	80	8	187	27	27	20	24	1.99
27733357--27733577	80	2.8	80	80	7	202	27	27	20	24	1.99
27733397--27733577	80	2.3	80	83	9	219	27	27	20	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27733394--27733577	40	4.6	40	81	7	196	28	27	20	23	1.99
27744043--27744079	19	1.9	19	88	0	56	56	8	2	32	1.43
27744367--27744613	110	2.4	100	84	11	290	57	15	1	25	1.45
27744394--27744826	113	3.9	111	83	6	500	56	16	2	24	1.53
27745485--27745536	24	2.2	24	92	0	86	46	42	3	7	1.51
27746768--27746813	18	2.8	18	84	15	64	0	30	41	28	1.56
27754637--27754694	30	1.9	30	100	0	116	39	20	13	25	1.90
27755853--27755892	14	2.9	14	88	0	53	45	15	7	32	1.74
27755818--27755884	34	1.9	35	90	3	109	47	11	8	31	1.71
27758022--27758079	27	2.1	27	83	0	71	53	3	1	41	1.28
27766264--27766339	33	2.3	32	77	6	80	35	18	21	25	1.95
27766368--27766444	33	2.3	32	80	6	91	33	16	22	27	1.95
27766263--27766456	105	1.8	105	84	4	266	32	17	23	26	1.96
27767631--27767663	17	2.0	17	88	5	50	69	12	6	12	1.35
27773320--27773379	24	2.6	23	75	15	68	50	1	0	48	1.11
27778634--27778673	13	3.0	14	78	14	57	42	5	20	32	1.73
27780828--27780882	28	2.0	28	82	7	67	61	1	0	36	1.06
27781980--27782043	31	2.1	31	91	2	103	23	3	14	59	1.49
27782317--27782341	5	5.0	5	100	0	50	20	60	20	0	1.37
27782635--27782748	34	3.5	33	81	9	126	50	14	0	33	1.49
27782846--27782884	15	2.6	15	87	0	51	53	33	0	12	1.39
27791524--27791573	17	3.1	16	80	11	50	74	10	0	16	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27791801--27791861	30	2.0	30	90	0	95	24	26	31	18	1.97
27792159--27792201	13	3.3	13	90	0	68	16	25	30	27	1.97
27796366--27796402	18	2.0	19	89	5	58	45	8	18	27	1.77
27798913--27798957	22	2.0	22	100	0	90	35	4	13	46	1.63
27815755--27815801	20	2.4	20	89	3	69	57	6	10	25	1.56
27822154--27822202	24	2.0	24	100	0	98	20	4	12	63	1.45
27832713--27832806	49	1.9	49	95	0	170	59	6	28	5	1.44
27836457--27836531	16	4.4	16	72	16	53	5	18	1	74	1.08
27836480--27836531	20	2.5	20	81	9	61	7	17	1	73	1.16
27836586--27836642	8	7.2	8	72	23	50	47	1	0	50	1.11

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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